Komparativní analýza genomů Treponema pallidum subspecies pertenue a Treponema pallidum subspecies pallidum.

ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ POSPÍŠILOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ, David ŠMAJS and George M. WEINSTOCK. Komparativní analýza genomů Treponema pallidum subspecies pertenue a Treponema pallidum subspecies pallidum. (Comparative genome analysis of Treponema pallidum subspecies pertenue and Treponema pallidum subspecies pallidum.). In XVIII. Tomáškovy dny. 2009.

Basic information

• Original name: Komparativní analýza genomů Treponema pallidum subspecies pertenue a Treponema pallidum subspecies pallidum.
• Name (in English): Comparative genome analysis of Treponema pallidum subspecies pertenue and Treponema pallidum subspecies pallidum.
• Authors: ZOBANÍKOVÁ, Marie, Petra MATĚJKOVÁ POSPÍŠILOVÁ, Michal STROUHAL, Darina ČEJKOVÁ, David ŠMAJS and George M. WEINSTOCK.
• Edition: XVIII. Tomáškovy dny, 2009.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Conference abstract
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• Organization unit: Faculty of Medicine
• Keywords (in Czech): Treponema pallidum subspecies pertenue; Treponema pallidum subspecies pallidum; syfilis; yaws; komparativní genomika
• Keywords in English: Treponema pallidum subspecies pertenue; Treponema pallidum subspecies pallidum; syphilis; yaws; comparative genomics

Abstract

Byl sekvencován genom T. pallidum ssp. pertenue (původce yaws) u kmenů Samoa D (1 139 330 bp), CDC-2 (1 139 744 bp) a Gauthier (1 139 441 bp) pomocí 3 celogenomových sekvenačních metod a Sangerova sekvencování, pro srovnání 1 138 011 bp je délka genomu u kmene Nichols (T. pallidum ssp. pertenue, původce syfilis). Oba poddruhy nelze morfologicky, sérologicky ani imunologicky odlišit. Navržené geny kmene Samoa D byly porovnány s geny kmene Nichols. Pro 90 genů (u kmene Nichols hypotetických) byla nově předpovězena funkce. Bylo zjištěno, že 56 % kóduje proteiny identické u obou kmenů a jen 3 % genů mají více než 10 aa změn nebo inzerce a delece. U nich bylo provedeno srovnání s ortologními geny dalších ssp. pertenue kmenů. Bylo nalezeno 9 identických genů na úrovni ssp. pertenue oproti výrazným rozdílům vůči ssp. pallidum. Většina těchto genů kóduje konzervované hypotetické proteiny.

Abstract (in English)

Three whole genome sequencing methods and dideoxynucleotide terminator method were used for genome sequencing of T. pallidum ssp. pertenue (the causative agent of yaws) of strains Samoa D( 1 139 330), CDC-2 (1 139 744 bp) and Gauthier (1 139 441 bp). The previously reported size of the Nichols (T. pallidum ssp. pallidum) genome was 1 138 011 bp. Both subspecies cannot be distinguished based on serology or imunology. Genes annotated in the Samoa D genome were compared to the genes annotated in the Nichols genome. Possible function was predicted for 90 genes with previously unknown function (in the Nichols genome). It was discovered that more than a half (56%) of the genes code for identical proteins in both strains and just 3% of genes code for proteins with more than 10 aa differences. In this group, 9 genes in 3 ssp. pertenue strains were identified as identical in the ssp. pertenue level. Most of these genes encoded conserved hypothetical proteins.

Links

• GA310/07/0321, research and development project: Name: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum

Investor: Czech Science Foundation

• MSM0021622415, plan (intention): Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

• NR8967, research and development project: Name: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů

Investor: Ministry of Health of the CR