J 2010

Solution structure of the N-terminal domain of Bacillus subtilis delta subunit of RNA polymerase and its classification based on structural homologs

MOTÁČKOVÁ, Veronika, Hana ŠANDEROVÁ, Lukáš ŽÍDEK, Jiří NOVÁČEK, Petr PADRTA et. al.

Základní údaje

Originální název

Solution structure of the N-terminal domain of Bacillus subtilis delta subunit of RNA polymerase and its classification based on structural homologs

Název česky

Struktura N-terminální domény delta podjednotky RNA polymerasy z Bacilla subtila a její klasifikace na základě strukturních homologů

Autoři

MOTÁČKOVÁ, Veronika (203 Česká republika, domácí), Hana ŠANDEROVÁ (203 Česká republika), Lukáš ŽÍDEK (203 Česká republika, garant, domácí), Jiří NOVÁČEK (203 Česká republika, domácí), Petr PADRTA (203 Česká republika, domácí), Alžběta ŠVENKOVÁ (203 Česká republika), Jana KORELUSOVÁ (203 Česká republika), Jiří JONÁK (203 Česká republika), Libor KRÁSNÝ (203 Česká republika) a Vladimír SKLENÁŘ (203 Česká republika, domácí)

Vydání

Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics, USA, John Wiley and Sons, 2010, 0887-3585

Další údaje

Jazyk

angličtina

Typ výsledku

Článek v odborném periodiku

Obor

10600 1.6 Biological sciences

Stát vydavatele

Spojené státy

Utajení

není předmětem státního či obchodního tajemství

Impakt faktor

Impact factor: 2.813

Kód RIV

RIV/00216224:14310/10:00043931

Organizační jednotka

Přírodovědecká fakulta

UT WoS

000277302300018

Klíčová slova anglicky

RNA polymerase; delta subunit; gram positive bacteria; nuclear magnetic resonance; structural homologues

Příznaky

Mezinárodní význam, Recenzováno
Změněno: 2. 2. 2012 17:31, Mgr. Veronika Papoušková, Ph.D.

Anotace

ORIG CZ

V originále

RNA polymerase is an essential multisubunit enzyme responsible for transcription of genetic information from DNA into RNA. The RNA polymerase from Bacillus subtilis differs from its analogue from gram-negative bacteria in a presence of two additional subunits, omega1 and delta. Their role in the transcription machinery is still not clear. In this study, we focused on the N-terminal part of delta subunit to reveal its structure. The sample was prepared using a standard protocol of overexpression in the E.coli system to produce a 15N,13C-uniformly labeled sample. A standard set of spectra was measured on a 600MHz spectrometer. The distance restrains were extracted and assigned from NOESY spectra. The additional RDC restraints and anisotropic contributions to the 13C chemical shifts were used in the final refinement. The quality of the calculated structures were checked. The determined structure was identified based on structure homology with some proteins from the Forkhead DNA-binding domain SCOP family.

Česky

RNA polymerase is an essential multisubunit enzyme responsible for transcription of genetic information from DNA into RNA. The RNA polymerase from Bacillus subtilis differs from its analogue from gram-negative bacteria in a presence of two additional subunits, omega1 and delta. Their role in the transcription machinery is still not clear. In this study, we focused on the N-terminal part of delta subunit to reveal its structure. The sample was prepared using a standard protocol of overexpression in the E.coli system to produce a 15N,13C-uniformly labeled sample. A standard set of spectra was measured on a 600MHz spectrometer. The distance restrains were extracted and assigned from NOESY spectra. The additional RDC restraints and anisotropic contributions to the 13C chemical shifts were used in the final refinement. The quality of the calculated structures were checked. The determined structure was identified based on structure homology with some proteins from the Forkhead DNA-binding domain SCOP family.

Návaznosti

GA204/09/0583, projekt VaV
Název: Delta podjednotka RNA polymerázy z Gram pozitivních bakterií (Akronym: DELTA)
Investor: Grantová agentura ČR, Delta podjednotka RNA polymerázy z Gram pozitivních bakterií
LC06030, projekt VaV
Název: Biomolekulární centrum
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
MSM0021622413, záměr
Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Zobrazeno: 14. 11. 2024 15:29