D 2010

METODY V ZÁZNAMU, HODNOCENÍ A ZPRACOVÁNÍ GENOMICKÝCH SIGNÁLŮ FRAKTÁLY

VALLA, Martin, Jiří NEDVĚD, Dušan PAVLÍK, Vojtěch ADAM, Jaromír HUBÁLEK et. al.

Basic information

Original name

METODY V ZÁZNAMU, HODNOCENÍ A ZPRACOVÁNÍ GENOMICKÝCH SIGNÁLŮ FRAKTÁLY

Name (in English)

Methods of recording, evaluation and processing of genomic signals with fractals

Authors

VALLA, Martin, Jiří NEDVĚD, Dušan PAVLÍK, Vojtěch ADAM, Jaromír HUBÁLEK, Libuše TRNKOVÁ, René KIZEK and Ivo PROVAZNÍK

Edition

Brno, XIV.Setkání biochemiků a molekulárních biologů - sborník příspěvků, 1 pp. 2010

Publisher

Masarykova univerzita

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Stať ve sborníku

Field of Study

10600 1.6 Biological sciences

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

Organization unit

Faculty of Science

ISBN

978-80-210-5164-5

Keywords in English

fractals; genomic DNA
Změněno: 2/3/2012 08:34, prof. RNDr. Libuše Trnková, CSc.

Abstract

ORIG EN

V originále

Cílem projektu je uvedení do problematiky teorie fraktálů a aplikace těchto poznatků pro analýzu obrazů získaných ze sekvence DNA kódu. Pro analýzu byly vybrány genomové sekvence kódující proteiny s afinitou k iontům kovů (metalothionein, protein p53, metaloproteinaza). Výsledkem jsou fraktální koeficienty odvozené od dimenzí struktur. Ty nám dovolují zavést kritérium pro odlišení sekvencí, multifraktální koeficient. Výstup lze také reprezentovat jako více rozměrné zobrazovaní a záznam genomického signálu (1D, 2D a 3D). Všechny algoritmy byly vytvořeny v prostředí maticové laboratoře MATLAB.

In English

Aim of interest consists in image analysis obtained from linear sequence of DNA code. For analysis itself, sequences of Homo sapiens Atlase and Citrobacter youngae were chosen. Results of calculation are fractal coefficients derived from dimensions of generated structures. This result enables to introduce criterion for sequences determination. Graphical outputs may be also represented as multidimensional alternative transformation of linearly recorded genomic signal. Algorithms are developed in environment of matrix laboratory MATLAB.

Links

KAN208130801, research and development project
Name: Nové konstrukce a využití nanobiosenzorů a nanosenzorů v medicíně (NANOSEMED)
LC06035, research and development project
Name: Centrum biofyzikální chemie, bioelektrochemie a bioanalýzy. Nové nástroje pro genomiku, proteomiku a biomedicínu.
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Centre of Biophysical Chemistry, Bioelectrochemistry and Bioanalysis. New Tools for Genomics, Proteomics and Biomedicine