KOZLÍKOVÁ, Barbora, Jiří SOCHOR, Tibor SZABÓ a Matúš ZAMBORSKÝ. CAVER Viewer-new tool enhancing computation and visualization of channels in proteins. In The IADIS Computer Graphics, Visualization, Computer Vision and Image Processing (CGVCVIP) 2010. Neuveden: IADIS Press, 2010. 8 s. ISBN 978-972-8939-22-9.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název CAVER Viewer-new tool enhancing computation and visualization of channels in proteins
Autoři KOZLÍKOVÁ, Barbora (203 Česká republika, garant), Jiří SOCHOR (203 Česká republika), Tibor SZABÓ (703 Slovensko) a Matúš ZAMBORSKÝ (703 Slovensko).
Vydání Neuveden, The IADIS Computer Graphics, Visualization, Computer Vision and Image Processing (CGVCVIP) 2010, 8 s. 2010.
Nakladatel IADIS Press
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Německo
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV RIV/00216224:14330/10:00044485
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-972-8939-22-9
Klíčová slova česky CAVER; CAVER Viewer; vizualizace; protein; tunel; molekulová dynamika
Klíčová slova anglicky CAVER; CAVER Viewer; visualization; protein; channel; molecular dynamics
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 18. 8. 2010 16:49.
Anotace
In this article, we describe the CAVER Viewer as the next tile in the mosaic of protein visualization programs. CAVER Viewer provides enhanced interface for channel analysis and a set of traditional and new techniques for visualization of the results. With the CAVER Viewer, users can explore specific paths in protein structure, which are called channels. Channels may be explored in the three-dimensional space of the molecule using the two-dimensional information and statistics, visualized as 2D graphs and connected with the 3D displaying window. In comparison to the existing applications, our program also enables working with large data sets obtained from dynamic simulations of protein behavior.
Anotace česky
Tento článek popisuje možnosti aplikace CAVER Viewer, která se věnuje analýze a vizualizaci proteinových struktur. Právě díky specifické tvoří doplněk k již existujícím programům věnujícím se proteiovým strukturám. CAVER Viewer poskytuje rozhraní pro výpočet a analýzu tzv. tunelů v proteinech a zároveň obsahuje sadu tradičních i nových technik pro vizualizaci výsledků. Specifické struktury, které zkoumáme, jsou nazývany tunely. Jejich prozkoumání je umožněno spojením 3D zobrazení a dvoudimenzionální informace o tunelech v podobě grafových statistik. V porovnání s existujícími aplikacemi CAVER Viewer zpracovává rozsáhlé množiny dat reprezentující molekulovou dynamiku - pohyb a chování proteinu v čase.
Návaznosti
GA201/07/0927, projekt VaVNázev: Vizualizace proteinových struktur
Investor: Grantová agentura ČR, Vizualice proteinových struktur
LC06010, projekt VaVNázev: Centrum biokatalýzy a biotransformací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum biokatalýzy a biotransformací
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 07:16