Image Division Technique in Pre-acquisition Analysis of Information Content for Automated Microscopy

BRÁZDILOVÁ, Silvie Luisa a Michal KOZUBEK. Image Division Technique in Pre-acquisition Analysis of Information Content for Automated Microscopy. Journal of Microscopy. Oxford: Blackwell Science, roč. 242, č. 3, s. 279-289. ISSN 0022-2720. doi:10.1111/j.1365-2818.2010.03465.x. 2011.

Základní údaje

• Originální název: Image Division Technique in Pre-acquisition Analysis of Information Content for Automated Microscopy
• Autoři: BRÁZDILOVÁ, Silvie Luisa (203 Česká republika, domácí) a Michal KOZUBEK (203 Česká republika, garant, domácí).
• Vydání: Journal of Microscopy, Oxford, Blackwell Science, 2011, 0022-2720.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Článek v odborném periodiku
• Obor: 20200 2.2 Electrical engineering, Electronic engineering, Information engineering
• Stát vydavatele: Velká Británie a Severní Irsko
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Impakt faktor: Impact factor: 1.631
• Kód RIV: RIV/00216224:14330/11:00051479
• Organizační jednotka: Fakulta informatiky
• Doi: http://dx.doi.org/10.1111/j.1365-2818.2010.03465.x
• UT WoS: 000290627600006
• Klíčová slova anglicky: Automated microscopy; fluorescence microscopy; autofocusing; multimodal content function; image acquisition; information content analysis
• Štítky: cbia-web
• Příznaky: Mezinárodní význam, Recenzováno

Anotace

This article presents a method that allows for reliable automated image acquisition of specimens with high information content in light microscopy with emphasis on fluorescence microscopy applications. Automated microscopy typically relies on autofocusing used for the analysis of information content behaviour along z-axis within each field of view. However, in the case of a field of view containing more objects that do not lie precisely in one z-plane, traditional autofocusing methods fail due to their principle of operation. We avoid this issue by reducing the original problem to a set of simple and performable tasks: we divide the field of view into a small number of tiles and process each of them individually. The obtained results enable discovering z-planes with rich information content that remain hidden during global analysis of the whole field of view. Our approach therefore outperforms other acquisition methods including the manual one. A large part of the contribution is oriented toward practical application.

Návaznosti

• LC535, projekt VaV: Název: Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Dynamika a organizace chromosomů během buněčného cyklu v normě a patologii

• MSM0021622419, záměr: Název: Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vysoce paralelní a distribuované výpočetní systémy

• MUNI/A/0914/2009, interní kód MU: Název: Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace (Akronym: SV-FI MAV)

Investor: Masarykova univerzita, Rozsáhlé výpočetní systémy: modely, aplikace a verifikace, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty

• 2B06052, projekt VaV: Název: Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů (Akronym: Biomarker)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Vytipování markerů, screening a časná diagnostika nádorových onemocnění pomocí vysoce automatizovaného zpracování multidimenzionálních biomedicínských obrazů