Biomarkers of lymph node metastasis in low-grade breast cancer: An integrated, proteomics-based approach

BOUCHAL, Pavel, Monika MUDROCHOVÁ, Eva BUDINSKÁ, Zbyněk BORTLÍČEK, Iva STRUHÁROVÁ, Lenka HERNYCHOVÁ, Theodoros ROUMELIOTIS, Spiros D. GARBIS, Roman HRSTKA, Petr MÜLLER, Rudolf NENUTIL and Bořivoj VOJTĚŠEK. Biomarkers of lymph node metastasis in low-grade breast cancer: An integrated, proteomics-based approach. In XXII. Biochemický zjazd: The Book of Abstracts. 2010. ISBN 978-80-88866-83-1.

Basic information

• Original name: Biomarkers of lymph node metastasis in low-grade breast cancer: An integrated, proteomics-based approach
• Name in Czech: Vyhledávání biomarkerů metastazování u low-grade karcinomů prsu: Integrovaný přístup na bázi proteomiky
• Authors: BOUCHAL, Pavel, Monika MUDROCHOVÁ, Eva BUDINSKÁ, Zbyněk BORTLÍČEK, Iva STRUHÁROVÁ, Lenka HERNYCHOVÁ, Theodoros ROUMELIOTIS, Spiros D. GARBIS, Roman HRSTKA, Petr MÜLLER, Rudolf NENUTIL and Bořivoj VOJTĚŠEK.
• Edition: XXII. Biochemický zjazd: The Book of Abstracts, 2010.

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Requested lectures
• Field of Study: 10600 1.6 Biological sciences
• Country of publisher: Slovakia
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• Organization unit: Faculty of Science
• ISBN: 978-80-88866-83-1
• Keywords (in Czech): rakovina prsu; uzlinové metastáze; proteomika
• Keywords in English: breast cancer; lymph node metastasis; proteomics
• Tags: International impact

Abstract

Our effort has been focused on biomarker discovery in the set of 96 breast cancer tumors divided into groups according to grade and presence or absence of lymph node metastases. Three proteomics approaches were involved in complex protein analysis of tissue lysates: (i) SELDI-TOF MS enabled us to quantify 130 intact protein peaks. One protein peak correlating with lymph node metastases was detected and identified. (ii) Selected set of tumors was analyzed using iTRAQ-2DLC-MS/MS approach. This approach provides a simultaneous identification and quantitation of more than 600 proteins. (iii) Set of selected tumor lysates was analyzed also using 2-D SDS-PAGE. The expression variability of 26 selected gene products was validated using qRT-PCR. Generally, our results indicate the differential expression of (i) cytoskeletal proteins, (ii) AGR protein family members and (iii) proteins involved in heme biosynthesis.

Abstract (in Czech)

Naše práce je zaměřena na vyhledávání biomarkerů metastazování v souboru 96 primárních nádorů prsu rozdělených podle grade a přítomnosti uzlinových metastáz. K tomuto účelu byly použity následující proteomické přístupy: (i) SELDI-TOF MS nám umožnilo kvantifikovat 130 píků intaktních proteinů, přičemž byl detegován a identifikován jeden pík korelující se stavem uzlinových metastáz. (ii) Vybarný soubor primárních nádorů byl analyzován pomocí metodiky iTRAQ-2DLC-MS/MS. Tento přístup umožňuje současnou identifikaci a vantifikaci více než 600 proteinů. Diferenciálně experimované proteiny náleží do několika funkčních skupin, které byly podrobně popsány v prezentaci. (iii) Vybraný soubor nádrových lyzátů byl analyzován také pomocí 2-D PAGE. Navíc, expresní profily 26 genových produktů byly evaluovány pomocí qRT-PCR. V souhrnu naše výsledky naznačují rozdílnou expresi cytoskeletálních proteinů, proteinů rodiny anterior-gradient a proteinů zapojených do biosystézy hemu.

Links

• GAP304/10/0868, research and development project: Name: Studium molekulárních mechanismů časného metastazování do lymfatických uzlin u karcinomu prsu nízkého stupně malignity pomocí proteomických technik

Investor: Czech Science Foundation

• MSM0021622413, plan (intention): Name: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Proteins in metabolism and interaction of organisms with the environment

• MZ0MOU2005, plan (intention): Name: Funkční diagnostika zhoubných nádorů