R 2010

CAVER 2.1

BENEŠ, Petr, Barbora KOZLÍKOVÁ, Ondřej STRNAD, Vilém ŠUSTR, Eva CHOVANCOVÁ et. al.

Basic information

Original name

CAVER 2.1

Name in Czech

CAVER 2.1

Authors

BENEŠ, Petr (203 Czech Republic, belonging to the institution), Barbora KOZLÍKOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Ondřej STRNAD (203 Czech Republic, belonging to the institution), Vilém ŠUSTR (203 Czech Republic, belonging to the institution), Eva CHOVANCOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Antonín PAVELKA (203 Czech Republic, belonging to the institution), Jan BREZOVSKÝ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Tibor SZABÓ (703 Slovakia), Matúš ZAMBORSKÝ (703 Slovakia), Jiří SOCHOR (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Jiří DAMBORSKÝ (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Lada BIEDERMANNOVÁ (203 Czech Republic)

Edition

2010

Other information

Language

English

Type of outcome

Software

Field of Study

10600 1.6 Biological sciences

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

References:

RIV identification code

RIV/00216224:14330/10:00040637

Organization unit

Faculty of Informatics

Keywords (in Czech)

tunel analýza vizualizace

Keywords in English

channel analysis visualization

Technical parameters

computer program

Tags

Tags

International impact
Změněno: 31/10/2011 12:47, RNDr. Ondřej Strnad, Ph.D.

Abstract

ORIG CZ

V originále

CAVER algorithm enables rapid and fully automated calculation of specific pathways called channels in protein molecules. It enables to compute channels in static molecules as well as in molecular dynamics. CAVER is distributed as standalone plugin for PyMOL and also as a part of CAVER Viewer visualization tool. It enables to display computed channels and to perform various subsequent analyses. CAVER Viewer is available as a standalone software or as a Java Web Start application.

In Czech

CAVER algoritmus umožňuje plně automatizovaný výpočet takzvaných tunelů v molekulách proteinů. Výpočet probíhá jak na statických datech, tak na sekvencích molekulové dynamiky, kdy dochází k automatické detekci daného tunelu v jednotlivých snímcích. CAVER je dostupný jako zásuvný modul pro program PyMOL nebo jako součást aplikace CAVER Viewer. Ta se věnujekromě jiného zejména vizualizaci spočtených tunelů a pomocí různých funkcí umožňuje následnou analýzu takovýchto tunelů. CAVER Viewer je možné získat jako samostatnou aplikaci nebo ve formě Java Web Start na stránkách projektu.

Links

GA201/07/0927, research and development project
Name: Vizualizace proteinových struktur
Investor: Czech Science Foundation, Visualization of protein structures
IAA100040602, research and development project
Name: Nové přístupy v elektrochemické analýze nukleových kyselin a oligonukleotidů zaměřené na ultrasensitivní mikrodetekci DNA a detekci DNA hybridizace.
Investor: Academy of Sciences of the Czech Republic, New approaches in electrochemical analysis of nucleic acids and oligonucleotides aimed at a ultrasensitive microdetection of DNA and DNA hybridization
LC06010, research and development project
Name: Centrum biokatalýzy a biotransformací
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Center of Biocatalysis and Biotransformation
MSM0021622412, plan (intention)
Name: Interakce mezi chemickými látkami, prostředím a biologickými systémy a jejich důsledky na globální, regionální a lokální úrovni (INCHEMBIOL) (Acronym: INCHEMBIOL)
Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Interactions among the chemicals, environment and biological systems and their consequences on the global, regional and local scales (INCHEMBIOL)
MUNI/A/0057/2011, interní kód MU
Name: Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity (Acronym: SKONF)
Investor: Masaryk University, Category A