Srovnání genomů původců yaws a syfilis.

ZOBANÍKOVÁ, Marie, Darina ČEJKOVÁ, Michal STROUHAL, Petra POSPÍŠILOVÁ, G.M. WEINSTOCK and David ŠMAJS. Srovnání genomů původců yaws a syfilis. In XIV. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2010.

Basic information

• Original name: Srovnání genomů původců yaws a syfilis.
• Authors: ZOBANÍKOVÁ, Marie, Darina ČEJKOVÁ, Michal STROUHAL, Petra POSPÍŠILOVÁ, G.M. WEINSTOCK and David ŠMAJS.
• Edition: XIV. Setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2010.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Conference abstract
• Field of Study: Genetics and molecular biology
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• Organization unit: Faculty of Medicine
• Keywords (in Czech): Treponema pallidum subsp. pallidum; Treponema pallidum subsp. pertenue; syfilis; yaws; pyrosekvencování; Solexa; CGS

Abstract

Yaws je tropické kožní onemocnění, jehož původcem je Treponema pallidum subsp. pertenue (TPE). Poddruh pertenue nelze morfologicky, sérologicky ani imunologicky odlišit od poddruhu pallidum, původce onemocnění syfilis (Treponema pallidum subsp. pallidum, TPA), jehož genom byl sekvencován konvenční metodou dle Sangera (Fraser et al., 1998). Onemocnění yaws probíhá v několika stádiích s výraznou kožní manifestací, ale není sexuálně ani kongenitálně přenosné a vyskytuje se v chudých oblastech se špatnými hygienickými podmínkami. Metodou DNA fingerprintingu a hybridizace DNA k predikovaným otevřeným čtecím rámcům (ORF) zástupce poddruhu pallidum kmene Nichols byla ověřena velká shoda na úrovni sekvence DNA (> 99 %). Pro odhalení podstaty rozdílů v klinické manifestaci syfilis a yaws bylo tedy nezbytné určit kompletní nukleotidovou sekvenci T. pallidum subsp. pertenue. Byly sekvencovány genomy kmenů Samoa D, CDC-2 a Gauthier pomocí Sangerova sekvencování a 3 celogenomových sekvenačních metod (komparativní genomová sekvenace (Nimblegen), pyrosekvencování (454 Life Sciences), sekvencování Solexa (Illumina)). Pro 90 ORF (hypotetických genů kmene Nichols) byla nově předpovězena funkce. Mezi sekvencovanými kmeny poddruhu pertenue bylo nalezeno 130 až 145 nukleotidových změn, které se projevily změnou aminokyselinové (aa) sekvence v 53 až 58 genech v závislosti na kmeni. Pouze 92 genů (9 % ze všech anotovaných genů) obsahovalo 2 a více aa změn nebo posun čtecího rámce. U 49 z těchto 92 genů je přepokládána funkce, patří sem 14 genů s předpokládaným vlivem na virulenci (tpr geny, TP0136, tp92, arp, flhB), dále 5 genů ovlivňujících metabolismus DNA a relativně velký počet genů (11) kódujících proteiny s transportní funkcí. U 43 z těchto 92 genů není známa funkce, jsou to převážně konzervované hypotetické proteiny (39) a patří sem i tři geny paralogní k TP0136 (TP0133, TP0134, TP0462_463). Tyto geny jsou identické u všech kmenů pertenue, ale liší se minimálně 6 aa změnami vůči odpovídajícím proteinům u TPA kmenů.

Links

• GA310/07/0321, research and development project: Name: Komparativní genomové sekvencování patogenních treponem a transkriptomová analýza T. pallidum ssp. pallidum

Investor: Czech Science Foundation

• MSM0021622415, plan (intention): Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

• NR8967, research and development project: Name: Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů

Investor: Ministry of Health of the CR