Detailed Information on Publication Record
2011
Diverse retrotransposon families and an AT-rich satellite DNA revealed in giant genomes of Fritillaria lilies
AMBROŽOVÁ, Kateřina, Terezie MANDÁKOVÁ, Petr BUREŠ, Pavel NEUMANN, Ilia J. LEITCH et. al.Basic information
Original name
Diverse retrotransposon families and an AT-rich satellite DNA revealed in giant genomes of Fritillaria lilies
Name in Czech
Různé rodiny transpozonů a AT bohaté satelitní repetice zjištěny v obřích genome rodu Fritillaria
Authors
AMBROŽOVÁ, Kateřina (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Terezie MANDÁKOVÁ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Petr BUREŠ (203 Czech Republic, belonging to the institution), Pavel NEUMANN (203 Czech Republic), Ilia J. LEITCH (826 United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland), Andrea KOBLÍŽKOVÁ (203 Czech Republic), Jiří MACAS (203 Czech Republic) and Martin LYSÁK (203 Czech Republic, belonging to the institution)
Edition
Annals of Botany, Oxford, Oxford University Press, 2011, 0305-7364
Other information
Language
English
Type of outcome
Článek v odborném periodiku
Field of Study
10600 1.6 Biological sciences
Country of publisher
United Kingdom of Great Britain and Northern Ireland
Confidentiality degree
není předmětem státního či obchodního tajemství
References:
Impact factor
Impact factor: 4.030
RIV identification code
RIV/00216224:14740/11:00049704
Organization unit
Central European Institute of Technology
UT WoS
000286672500007
Keywords (in Czech)
Liliaceae; repetitivní DNA; transposibilní elementy; retrotranspozony; heterochromatin; satellitní repetice; chromosomy; variabilita velikosti genomu
Keywords in English
Liliaceae; repetitive DNA; transposable elements; retrotransposon; heterochromatin; satellite repeats; chromosomes; genome size variation
Změněno: 20/4/2012 13:38, Mgr. Eva Doležalová
V originále
Repeats corresponding to 6.7 and 4.7% of the F. affinis and F. imperialis genome, respectively, were identified. Chromoviruses and the Tat lineage of Ty3/gypsy group long terminal repeat retrotransposons were identified as the predominant components of the highly repeated fractions in the F. affinis and F. imperialis genomes, respectively. In addition, a heterogeneous, extremely AT-rich satellite repeat was isolated from F. affinis. The FriSAT1 repeat localized in heterochromatic bands makes up approx. 26% of the F. affinis genome and substantial genomic fractions in several other Liliorhiza species. However, no evidence of a relationship between heterochromatin content and genome size variation was observed. Also, this study was unable to reveal any predominant repeats which tracked the increasing/decreasing trends of genome size evolution in Fritillaria. Instead, the giant Fritillaria genomes seem to be composed of many diversified families of transposable elements.
In Czech
Byl identifikován podíl repetic pokrývající 6,7 resp. 4,7% v rámci obřích genomů Fritillaria affinis resp. F. imperialis. Převládající frakcí LTR retrotranspozonů byly přitom Chromoviry a Tat podrodina v rámci Ty3/gypsy. Kromě toho, heterogenní, mimořádně AT bohaté repetice byly izolovány z genomů F. affinis a několika jiných druhů Liliorhiza. Nicméně žádný vztah mezi obsahem heterochromatinu a velikostí genomu variace byla prokázán. Oproti předpokladu, že za obří genomy v rámci genomů druhů rodu Fritillaria je zodpovědný jeden typ transpozonů se zdá být pravděpodobnější, že za tento nárůst je zodpovědné velké množství různých rodin. Předpokládáme proto, že za genomovou obezitu je zodpovědné selhání mechanizmů odstraňování transpozonů, které jinak balancuje jejich amplifikaci.
Links
| GA521/07/0284, research and development project |
| ||
| LC06073, research and development project |
| ||
| MSM0021622415, plan (intention) |
| ||
| MSM0021622416, plan (intention) |
|