New path planning method for computation of constrained dynamic channels in proteins

BENEŠ, Petr, Ondřej STRNAD a Jiří SOCHOR. New path planning method for computation of constrained dynamic channels in proteins. In Vaclav Skala. WSCG Full papers proceedings. Plzeň: Union Agency. s. 81-88. ISBN 978-80-86943-83-1. 2011.

Základní údaje

• Originální název: New path planning method for computation of constrained dynamic channels in proteins
• Autoři: BENEŠ, Petr (203 Česká republika, garant, domácí), Ondřej STRNAD (203 Česká republika, domácí) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika, domácí).
• Vydání: Plzeň, WSCG Full papers proceedings, od s. 81-88, 8 s. 2011.
• Nakladatel: Union Agency

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Stať ve sborníku
• Obor: 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• WWW: URL
• Kód RIV: RIV/00216224:14330/11:00051905
• Organizační jednotka: Fakulta informatiky
• ISBN: 978-80-86943-83-1
• UT WoS: 000309144000011
• Klíčová slova anglicky: protein; path planning; collision-free path; constrained dynamic channel
• Příznaky: Recenzováno

Anotace

Collision-free paths in the geometric model of a protein molecule reveal various dependencies between the structure of the molecule and its function. The paths which connect a biochemically important part of the protein molecule with the surface of the molecule can serve as egression or access paths for small molecules which react in the active site. The geometric method introduced in this paper is designed to compute such paths in the dynamic models of protein molecules. The paths have to satisfy additional constraints such as valid flow of time which allows us to distinguish between access and egression paths, minimum width and others. Possibly, the method may be used not only for protein molecules but also for similar environments with high density of spherical obstacles. The method was tested on real protein data and the results indicate that if there is a path present, it is detected by our method.

Anotace česky

Bezkolizní cesty v geometrickém modelu molekuly proteinu odkrývají různé závislosti mezi strukturou a funkcí molekuly. Cesty spojující biochemicky důležité části uvnitř proteinu s povrchem mohou sloužit jako vstupní nebo výstupní cesty pro malé molekuly (substráty), které mohou v těchto důležitých částech zreagovat a tím i změnit funkci celého proteinu. Geometrický plánovací algoritmus prezentován v tomto článku byl navržen pro hledání cest v prostředí hustě pokrytém sférickými pohybujícími se překážkami. Ukázková implementace řeší výpočet bezkolizních cest v molekulárním prostředí. Na algoritmus jsou kladeny další omezující podmínky např. časová souslednost průchodu robota. Algoritmus byl testován na reálných datech a z výsledků můžeme konstatovat, že pokud byla cesta v datech přítomna, náš algoritmus ji úspěšně detekoval.

Návaznosti

• LC06008, projekt VaV: Název: Centrum počítačové grafiky (Akronym: CPG)

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, CPG - Centrum počítačové grafiky

• MUNI/A/0057/2011, interní kód MU: Název: Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity (Akronym: SKONF)

Investor: Masarykova univerzita, Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty