KADEŘÁVEK, Pavel, Carl DIEHL, Veronika PAPOUŠKOVÁ, Hana ŠANDEROVÁ, Petr PADRTA, Lukáš ŽÍDEK, Libor KRÁSNÝ, Vladimír SKLENÁŘ a Mikael AKKE. Complementation of 3D structure of delta subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis with description of internal motions in terms of reduced spectral density mapping. MATERIALS STRUCTURE. roč. 18, č. 1, s. 3-5. ISSN 1211-5894. 2011.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Complementation of 3D structure of delta subunit of RNA polymerase from Bacillus subtilis with description of internal motions in terms of reduced spectral density mapping
Autoři KADEŘÁVEK, Pavel (203 Česká republika, garant, domácí), Carl DIEHL (752 Švédsko), Veronika PAPOUŠKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Hana ŠANDEROVÁ (203 Česká republika), Petr PADRTA (203 Česká republika, domácí), Lukáš ŽÍDEK (203 Česká republika, domácí), Libor KRÁSNÝ (203 Česká republika), Vladimír SKLENÁŘ (203 Česká republika, domácí) a Mikael AKKE (752 Švédsko).
Vydání MATERIALS STRUCTURE, 2011, 1211-5894.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10600 1.6 Biological sciences
Stát vydavatele Česká republika
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Kód RIV RIV/00216224:14740/11:00057189
Organizační jednotka Středoevropský technologický institut
Klíčová slova anglicky NMR; delta subunit; RNA polymerase; spectral density function
Štítky ok, rivok
Příznaky Recenzováno
Změnil Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 16. 4. 2013 11:03.
Anotace
RNA polymerases of Gram positive and Gram negative bacteria differ. The subunit composition in Gram positive bacteria includes two additional subunits. One of them is denoted delta-subunit. The structure of delta-subunit from Bacillus subtilis has been solved recently using methods of solution NMR [1] (PDB ID = 2KRC). Here, we extend the information about the structure by the basic characterization of its dynamics studied at two temperatures. The standard relaxation experiments (R1, R2, ssNOE) were performed and data were analyzed using reduced spectral density mapping as the most straightforward approach. The analysis reveals flexible residues in the central part of the sequence. It confirms expected independent stochastic movements in the C-terminal part of the molecule. Results also yield an evidence of a slow conformational exchange of several residues in the well-structured region of the protein.
Návaznosti
FRVS/1851/2010, interní kód MUNázev: Využití nukleární magnetické rezonance pro studium vnitřních pohybů biomolekul (Akronym: frvs)
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Využití nukleární magnetické rezonance pro studium vnitřních pohybů biomolekul, G - Tvůrčí činnost studentů
GA204/09/0583, projekt VaVNázev: Delta podjednotka RNA polymerázy z Gram pozitivních bakterií (Akronym: DELTA)
Investor: Grantová agentura ČR, Delta podjednotka RNA polymerázy z Gram pozitivních bakterií
GD301/09/H004, projekt VaVNázev: Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanistických studií k chemoterapii rakoviny
Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanických studií k chemoterapii rakoviny
LC06030, projekt VaVNázev: Biomolekulární centrum
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Biomolekulární centrum
MSM0021622413, záměrNázev: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím
VytisknoutZobrazeno: 29. 3. 2024 16:41