Sample preparation methods for MALDI-MS profiling of bacteria

ŠEDO, Ondrej, Ivo SEDLÁČEK and Zbyněk ZDRÁHAL. Sample preparation methods for MALDI-MS profiling of bacteria. Mass Spectrometry Reviews. Wiley-Blackwell, 2011, vol. 30, No 3, p. 417-434. ISSN 0277-7037. Available from: https://dx.doi.org/10.1002/mas.20287.

Basic information

• Original name: Sample preparation methods for MALDI-MS profiling of bacteria
• Name in Czech: Metody přípravy vzorku pro MALDI-MS profilování bakterií
• Authors: ŠEDO, Ondrej (203 Czech Republic, belonging to the institution), Ivo SEDLÁČEK (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Zbyněk ZDRÁHAL (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution).
• Edition: Mass Spectrometry Reviews, Wiley-Blackwell, 2011, 0277-7037.

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Article in a journal
• Field of Study: 10406 Analytical chemistry
• Country of publisher: United States of America
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• Impact factor: Impact factor: 10.461
• RIV identification code: RIV/00216224:14740/11:00052198
• Organization unit: Central European Institute of Technology
• Doi: http://dx.doi.org/10.1002/mas.20287
• UT WoS: 000289532100004
• Keywords (in Czech): MALDI MS; profilování bakterií; identifikace mikroorganismů
• Keywords in English: MALDI-MS; bacteria profiling; microorganism identification
• Tags: ok, rivok
• Tags: International impact, Reviewed

Abstract

Direct matrix-assisted laser desorption/ionization mass spec- trometry (MALDI-MS) bacterial cell or lysate analysis appears to meet all the criteria required for a rapid and reliable analytical microorganism identification and taxonomical classification tool. Few-minute analytical procedure providing information extending up to sub-species level underlines the potential of the MALDI-MS profiling in comparison with other methods employed in the field. However, the quality of MALDI-MS profiles and consequently the performance of the method are influenced by numerous factors, which involve particular steps of the sample preparation procedure. This review is aimed at advances in development and optimization of the MALDI-MS profiling methodology. Approaches improving the quality of the MALDI-MS profiles and universal feasibility of the method are discussed.

Abstract (in Czech)

Přímá analýza celých buněk či jejich lyzátů hmotnostní spektrometrií s laserovou desorpcí a ionizací za účasti matrice (MALDI MS) splňuje všechna kritéria pro rychlou a spolehlivou metodu identifikace a taxonomické klasifikace mikroorganismů. Několikaminutová příprava vzorku vedoucí k získání infomace až na úrovni poddruhu podtrhuje význam MALDI MS ve srovnání s dalšími v této oblasti používanými metodami. Kvalita MALDI MS dat a z ní plynoucí diskriminační schopnosti metody jsou ovlivněny mnoha mnoha faktory, které zahrnují jednotlivé kroky přípravy vzorku. Tato review se zaměřuje na možné varianty a optimalizaci přípravy vzorku pro MALDI MS profilování. Diskutovány jsou především přístupy zlepšující vlastnosti MALDI hmotnostních spekter a tím i použitelnost metody.

Links

• LC06034, research and development project: Name: Regulace morfogeneze rostlinných buněk a orgánů

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Regulation of morphogenesis of plant cells and organs

• MSM0021622415, plan (intention): Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

• MSM0021622416, plan (intention): Name: Diverzita biotických společenstev a populací: kauzální analýza variability v prostoru a čase

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Diversity of Biotic Communities and Populations: Causal Analysis of variation in space and time