Crystallization and structure determination of delta-subunit of RNApolymerase

DEMO, Gabriel, Veronika PAPOUŠKOVÁ, Hana ŠANDEROVÁ, Lukáš ŽÍDEK a Michaela WIMMEROVÁ. Crystallization and structure determination of delta-subunit of RNApolymerase. In Higher European Research Course for Users of Large Experimental Systems (HERCULES). 2011.

Základní údaje

• Originální název: Crystallization and structure determination of delta-subunit of RNApolymerase
• Název česky: Krystalizace a určení struktury delta-podjednotky RNA polymerázy
• Autoři: DEMO, Gabriel (703 Slovensko, domácí), Veronika PAPOUŠKOVÁ (203 Česká republika, domácí), Hana ŠANDEROVÁ (203 Česká republika), Lukáš ŽÍDEK (203 Česká republika, domácí) a Michaela WIMMEROVÁ (203 Česká republika, garant, domácí).
• Vydání: Higher European Research Course for Users of Large Experimental Systems (HERCULES), 2011.

Další údaje

• Originální jazyk: angličtina
• Typ výsledku: Konferenční abstrakt
• Obor: 10600 1.6 Biological sciences
• Stát vydavatele: Česká republika
• Utajení: není předmětem státního či obchodního tajemství
• Kód RIV: RIV/00216224:14740/11:00049774
• Organizační jednotka: Středoevropský technologický institut
• Klíčová slova česky: delta-podjednotka RNA polymeráza krystalizace struktura
• Klíčová slova anglicky: delta-subunit RNA polymerase crystallization structure
• Štítky: rivok

Anotace

The structure of N-terminal domain was determined by NMR. It consists mainly of three alpha-helixes and one short beta-sheet, yet the N-terminal part remains unstructured. The cause of this flexibility is probably the His6-Tag attached at the N-terminus.The N-terminal domain of delta subunit was conquested to high-throughput screening (sitting drop), where several crystallization conditions were found.Higher quality crystals were obtained after 7-9 days with an average size 150 x 100 micrometers.Diffraction data were collected at ESRF Grenoble, ID-23. The resolution of the structure was 3.5 Angstrom. The data were processed by MOSFLM and the determination of the structure was done by molecular replacement with NMR structure used as a model.

Anotace česky

Struktura N-terminální domény byla určená NMR. Její struktura je tvořena 3 alfa-helixy a jedním krátkym beta-listem. Část domény zůstáva neuspořádaná, pravděpodobně díky flexibilnímu konci His6-Tag. Přistoupilo se ke krystalizaci N-terminální domény, kde byli najdeny krystalizační podmínky pro získání krystalu. Krystaly byli získany po 7-9 dnech s průměrnou velikostí 150 x 100 mikrometru. Difrakční data byli naměřeny na ESRF v Grenobli na ID-23. Rozlišení dat bylo 3.5 Angstrom. Data byli spracovány programem MOSFLM a struktura delta podjednotky byla určená molekulárním nahrazením za použití NMR struktury jako modelu.

Návaznosti

• GA204/09/0583, projekt VaV: Název: Delta podjednotka RNA polymerázy z Gram pozitivních bakterií (Akronym: DELTA)

Investor: Grantová agentura ČR, Delta podjednotka RNA polymerázy z Gram pozitivních bakterií

• GD301/09/H004, projekt VaV: Název: Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanistických studií k chemoterapii rakoviny

Investor: Grantová agentura ČR, Molekulární a strukturní biologie vybraných cytostatik. Od mechanických studií k chemoterapii rakoviny

• MSM0021622413, záměr: Název: Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím

Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Proteiny v metabolismu a při interakci organismů s prostředím