Současné trendy v analýze genomických dat

BUDINSKÁ, Eva, Zbyněk BORTLÍČEK and Ladislav DUŠEK. Současné trendy v analýze genomických dat (Current trends in genomic data analysis). Lékař a technika. 2011, vol. 2011. ISSN 0301-5491.

Basic information

• Original name: Současné trendy v analýze genomických dat
• Name (in English): Current trends in genomic data analysis
• Authors: BUDINSKÁ, Eva, Zbyněk BORTLÍČEK and Ladislav DUŠEK.
• Edition: Lékař a technika, 2011, 0301-5491.

Other information

• Original language: Czech
• Type of outcome: Article in a journal
• Field of Study: 30000 3. Medical and Health Sciences
• Country of publisher: Czech Republic
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• Organization unit: Faculty of Medicine
• Keywords (in Czech): genomický experiment, zpracování dat, mikročip, sekvenování
• Keywords in English: genomic experiment, data processing, microchip, sequencing

Abstract

Současný biologický a medicínský výzkum se dostal do stádia, kdy pochopení komplexních procesů stojících za fenotypovou variabilitou studovaných entit (bakteriálních kmenů, buněčných populací, jedinců, nemocí nebo celých živočišných druhů) je jednoznačně determinováno znalostí genomu, proteomu a mechanismů řídících jejich vzájemnou regulaci a interakce. Moderní a vysoce výkonné technologie, jakými jsou mikročipy nebo sekvenační metody nové generace, produkují velké množství komplexních dat, pro jejichž skladování a analýzu je nutná aplikace a vývoj speciálních bioinformatických nástrojů a statistických postupů. Neustálé zdokonalování těchto technologií představuje permanentní výzvu mnoha oborům, zejména bioinformatice a biostatistice. Tento článek si klade za cíl poskytnout ucelený přehled současných trendů v analýze genomických dat z pohledu bioinformatiky. Práce se také krátce zabývá dostupností těchto technologií v současné klinické praxi a výzkumu.

Abstract (in English)

Current biological and medical research has become into the stage, in which understanding of complex processes standing behind the phenotypic variability of investigated entities (bacterial strains, cell populations, individuals, diseases, or animal species) is unambiguously determined by knowledge of genome and proteome and mechanisms behind their mutual regulation and interactions. Modern high-throughput technologies, such as microchips or new generation sequencing methods, produce a high amount of complex data, which requires warehousing and analysis with application and development of special bioinformatics tools and statistical methodologies. This consists particularly in continuous improvement of these technologies, which represents a permanent challenge for many disciplines, namely bioinformatics and biostatistics. This article aims to provide a short overview of current trends in the genomic data analysis in light of bioinformatics. The article also briefly discusses the accessibility of the modern technologies in current clinical practice and research.