Informační systém MU
LEXA, Matej, Tomáš MARTÍNEK, Ivana BURGETOVÁ, Daniel KOPEČEK a Marie BRÁZDOVÁ. A dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences. Bioinformatics, Oxford: Oxford University Press, 2011, roč. 27, č. 18, s. 2510-2517. ISSN 1367-4803. doi:10.1093/bioinformatics/btr439.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název A dynamic programming algorithm for identification of triplex-forming sequences
Název česky Algoritmus dynamického programování pro identifikaci sekvencí tvořících triplexy
Autoři LEXA, Matej (703 Slovensko, garant, domácí), Tomáš MARTÍNEK (203 Česko), Ivana BURGETOVÁ (203 Česko), Daniel KOPEČEK (203 Česko, domácí) a Marie BRÁZDOVÁ (203 Česko).
Vydání Bioinformatics, Oxford, Oxford University Press, 2011, 1367-4803.
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Článek v odborném periodiku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Velká Británie
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
WWW URL
Impakt faktor Impact factor: 5.468
Kód RIV RIV/00216224:14330/11:00049911
Organizační jednotka Fakulta informatiky
Doi http://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btr439
UT WoS 000294755400006
Klíčová slova anglicky DNA sequence analysis; H-DNA; triplex; triplet; triad; gene regulation; pattern search; pattern recognition
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 20. 4. 2012 11:42.
Anotace
Current methods for identification of potential triplex-forming sequences in genomes and similar sequence sets rely primarily on detecting homopurine and homopyrimidine tracts. We modified an algorithm for detection of approximate palindromes, so as to account for the special nature of triplex DNA structures. From available literature we conclude that approximate triplexes tolerate two classes of errors. One, analogical to mismatches in duplex DNA, involves nucleotides in triplets that do not readily form Hoogsteen bonds. The other class involves geometrically incompatible neighboring triplets hindering proper alignment of strands for optimal hydrogen bonding and stacking. We tested the statistical properties of the algorithm, as well as its correctness when confronted with known triplex sequences. The proposed algorithm satisfactorily detects sequences with intramolecular triplex-forming potential. Its complexity is directly comparable to palindrome searching.
Návaznosti
GA204/08/1560, projekt VaVNázev: Bioinformatická a experimentální identifikace nekanonických struktur v genomové DNA
Investor: Grantová agentura ČR, Standardní projekty
Zobrazeno: 5. 8. 2020 16:51