KOZLÍKOVÁ, Barbora, Igor ALEKSANDROWICZ a Jiří SOCHOR. Computation and Visualization of Surface of Proteins and their Channels. In IADIS Press. The IADIS Computer Graphics, Visualization, Computer Vision and Image Processing (CGVCVIP) 2011. Neuveden: IADIS Press, 2011. s. 99-106. ISBN 978-972-8939-48-9.
Další formáty:   BibTeX LaTeX RIS
Základní údaje
Originální název Computation and Visualization of Surface of Proteins and their Channels
Název česky Počítání a vizualizace povrchu proteinů a jejich tunelů
Autoři KOZLÍKOVÁ, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí), Igor ALEKSANDROWICZ (203 Česká republika, domácí) a Jiří SOCHOR (203 Česká republika, domácí).
Vydání Neuveden, The IADIS Computer Graphics, Visualization, Computer Vision and Image Processing (CGVCVIP) 2011, od s. 99-106, 8 s. 2011.
Nakladatel IADIS Press
Další údaje
Originální jazyk angličtina
Typ výsledku Stať ve sborníku
Obor 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
Stát vydavatele Itálie
Utajení není předmětem státního či obchodního tajemství
Kód RIV RIV/00216224:14330/11:00049922
Organizační jednotka Fakulta informatiky
ISBN 978-972-8939-48-9
Klíčová slova česky povrch; protein; tunel; vizualizace
Klíčová slova anglicky surface; protein; channel; visualization
Příznaky Mezinárodní význam, Recenzováno
Změnil Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 31. 10. 2011 12:44.
Anotace
In this paper we are introducing our approach to the computation of molecular surface. This challenge occupies the researchers for many years because of its complexity and many solutions have been proposed. Our algorithm comes from the generally known reduced surface algorithm but in our case we innovate this approach using various simplifications and improvements, especially when dealing with various problems. This is done with respect to the demands to utilize our algorithm not only for the computation of molecular surfaces but also for the surface detection of so called channels inside proteins. Our approach is namely used as a part of the complex CAVER Viewer application designed specially for the localization, visualization and further exploration of channels in protein molecules.
Anotace česky
V tomto článku představujeme náš přístup k výpočtu povrchu molekul. Výzkumníci se tímto složitým problémem zabývají již mnoho let a během této doby bylo navrženo mnoho možných řešení. Náš algoritmus vychází z obecně známého přístupu zvaného redukované povrchy, avšak naše řešení zavádí četná vylepšení a zjednodušení, zejména ve fázích, kdy je třeba řešit problémy vznikající při generování redukovaných povrchů. Vše je navrženo s ohledem na skutečnost, že nově implementovaný algoritmus by měl sloužit nejen na zobrazení molekulárních povrchů, ale rovněž pro generování povrchu takzvaných tunelů, což jsou specifické struktury nacházející se uvnitř proteinů. Výsledný algoritmus se rovněž stal součástí komplexní aplikace CAVER Viewer, která byla navržena zejména pro možnost detekce, vizualizace a následného prozkoumání spočtených tunelů.
Návaznosti
GAP202/10/1435, projekt VaVNázev: Analýza a vizualizace proteinových struktur
Investor: Grantová agentura ČR, Analýza a vizualizace proteinových struktur
LC06010, projekt VaVNázev: Centrum biokatalýzy a biotransformací
Investor: Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy ČR, Centrum biokatalýzy a biotransformací
MUNI/A/0057/2011, interní kód MUNázev: Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity (Akronym: SKONF)
Investor: Masarykova univerzita, Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity, DO R. 2020_Kategorie A - Specifický výzkum - Studentské výzkumné projekty
VytisknoutZobrazeno: 19. 3. 2024 07:56