Computation and Visualization of Surface of Proteins and their Channels

KOZLÍKOVÁ, Barbora, Igor ALEKSANDROWICZ and Jiří SOCHOR. Computation and Visualization of Surface of Proteins and their Channels. In IADIS Press. The IADIS Computer Graphics, Visualization, Computer Vision and Image Processing (CGVCVIP) 2011. Neuveden: IADIS Press, 2011, p. 99-106. ISBN 978-972-8939-48-9.

Basic information

• Original name: Computation and Visualization of Surface of Proteins and their Channels
• Name in Czech: Počítání a vizualizace povrchu proteinů a jejich tunelů
• Authors: KOZLÍKOVÁ, Barbora (203 Czech Republic, guarantor, belonging to the institution), Igor ALEKSANDROWICZ (203 Czech Republic, belonging to the institution) and Jiří SOCHOR (203 Czech Republic, belonging to the institution).
• Edition: Neuveden, The IADIS Computer Graphics, Visualization, Computer Vision and Image Processing (CGVCVIP) 2011, p. 99-106, 8 pp. 2011.
• Publisher: IADIS Press

Other information

• Original language: English
• Type of outcome: Proceedings paper
• Field of Study: 10201 Computer sciences, information science, bioinformatics
• Country of publisher: Italy
• Confidentiality degree: is not subject to a state or trade secret
• RIV identification code: RIV/00216224:14330/11:00049922
• Organization unit: Faculty of Informatics
• ISBN: 978-972-8939-48-9
• Keywords (in Czech): povrch; protein; tunel; vizualizace
• Keywords in English: surface; protein; channel; visualization
• Tags: International impact, Reviewed

Abstract

In this paper we are introducing our approach to the computation of molecular surface. This challenge occupies the researchers for many years because of its complexity and many solutions have been proposed. Our algorithm comes from the generally known reduced surface algorithm but in our case we innovate this approach using various simplifications and improvements, especially when dealing with various problems. This is done with respect to the demands to utilize our algorithm not only for the computation of molecular surfaces but also for the surface detection of so called channels inside proteins. Our approach is namely used as a part of the complex CAVER Viewer application designed specially for the localization, visualization and further exploration of channels in protein molecules.

Abstract (in Czech)

V tomto článku představujeme náš přístup k výpočtu povrchu molekul. Výzkumníci se tímto složitým problémem zabývají již mnoho let a během této doby bylo navrženo mnoho možných řešení. Náš algoritmus vychází z obecně známého přístupu zvaného redukované povrchy, avšak naše řešení zavádí četná vylepšení a zjednodušení, zejména ve fázích, kdy je třeba řešit problémy vznikající při generování redukovaných povrchů. Vše je navrženo s ohledem na skutečnost, že nově implementovaný algoritmus by měl sloužit nejen na zobrazení molekulárních povrchů, ale rovněž pro generování povrchu takzvaných tunelů, což jsou specifické struktury nacházející se uvnitř proteinů. Výsledný algoritmus se rovněž stal součástí komplexní aplikace CAVER Viewer, která byla navržena zejména pro možnost detekce, vizualizace a následného prozkoumání spočtených tunelů.

Links

• GAP202/10/1435, research and development project: Name: Analýza a vizualizace proteinových struktur

Investor: Czech Science Foundation, Analysis and Visualization of Protein Structures

• LC06010, research and development project: Name: Centrum biokatalýzy a biotransformací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Center of Biocatalysis and Biotransformation

• MUNI/A/0057/2011, interní kód MU: Name: Posílení zapojení studentů Fakulty informatiky do mezinárodní vědecké komunity (Acronym: SKONF)

Investor: Masaryk University, Category A