Charakterizácia kmeňov Escherichia coli izolovaných od osôb s
ochoreniami tráviaceho traktu.

a 2011

Charakterizácia kmeňov Escherichia coli izolovaných od osôb s ochoreniami tráviaceho traktu.

MICENKOVÁ, Lenka and David ŠMAJS

Basic information

Original name

Charakterizácia kmeňov Escherichia coli izolovaných od osôb s ochoreniami tráviaceho traktu.

Authors

MICENKOVÁ, Lenka and David ŠMAJS

Edition

55. Studentská vědecká konference LF MU, Brno, 18. 5. 2011, 2011

Other information

Language

Czech

Type of outcome

Konferenční abstrakt

Field of Study

10600 1.6 Biological sciences

Country of publisher

Czech Republic

Confidentiality degree

není předmětem státního či obchodního tajemství

Organization unit

Faculty of Medicine

Keywords (in Czech)

Escherichia coli; koliciny

Změněno: 17/1/2012 13:44, Mgr. Marie Zobaníková, Ph.D.

Abstract

V originále

Escherichia coli je bakteriálny druh charakteristický ochotným prijímaním genetickej informácie. Získanou prídavnou genetickou informáciou umožňujúcou lepšie presadenie sa v konkurenčnom boji predstavujú aj gény kódujúce bakteriocíny a gény kódujúce virulentné faktory. Práca sa zameriava na odlišnosti vo výskyte týchto génov medzi osobami s ochoreniami tráviaceho traktu a zdravými osobami. Výskyt génov kódujúcich bakteriocíny (24 typov kolicínov a 7 typov mikrocínov), virulentné faktory (15 virulentných faktorov) a génov, ktorých prítomnosť umožňuje rozdelenie kmeňov do fylogenetických skupín E. coli bol skúmaný u 575 kmeňov pochádzajúcich z črevnej flóry kontrolných osôb (321 komenzálnych kmeňov) a pacientov s diagnostikovaným infekčným (101 kmeňov) a neinfekčným ochorením TS (153 kmeňov). Pre detekciu génov bola použitá metóda PCR a agarózová gélová elektroforéza. Sporné výsledky (PCR produkty) boli podrobené sekvenčnej analýze kapilárnym sekvenátorom. Kmene produkujúce potenciálne nový typ bakteriocínu boli bližšie analyzované transpozónovou mutagenézou a sekvenátorom GS Junior. Bol hľadaný súvis medzi skupinami kmeňov E. coli a výskytom detegovaných znakov. Produkcia bakteriocínov v kontrolnej skupine predstavovala 57,3 %. Znížený výskyt bakteriocinogénie - 47,1 % (p=0,04) bol zistený v skupine osôb trpiacich neinfekčnými chorobami tráviaceho systému. V tejto skupine bol taktiež zistený zvýšený výskyt genetickej skupiny D (p=0,05), virulentného plazmidu pCVD (p<0,001) a mikrocínov B17 a H47 (p=0,01). V skupine kmeňov od osôb s infekčným ochorením tráviacej sústavy bol zistený mierne zvýšený výskyt multiproducentských kmeňov produkujúcich kolicíny kódované na veľkých plazmidoch (skupina B kolicínov). V práci bol identifikovaný plazmid nesúci gén kódujúci potenciálne nový typ bakteriocínu. Kmene E. coli izolované od osôb s diagnostikovaných ochorením TS neinfekčného pôvodu majú znížený výskyt bakteriocinogénnych kmeňov a prevahu monoproducentov produkujúcich mikrocíny. Prevláda tu fylogenetická skupina D a častý je výskyt virulentného plazmidu pCVD. U kmeňov izolovaných od osôb s infekčnými chorobami TS je významné zvýšený výskyt kolicínov skupiny B.

Links

MSM0021622415, plan (intention)

Name: Molekulární podstata buněčných a tkáňových regulací

Investor: Ministry of Education, Youth and Sports of the CR, Molecular basis of cell and tissue regulations

NS9665, research and development project

Name: Molekulární typizace bakteriocinů produkovaných kmeny Escherichia coli z klinického materiálu: identifikace kolicinů a mikrocinů v souborech komensálních a patogenních kmenů

Investor: Ministry of Health of the CR

Citovat

MICENKOVÁ, Lenka and David ŠMAJS. Charakterizácia kmeňov Escherichia coli izolovaných od osôb s ochoreniami tráviaceho traktu. In 55. Studentská vědecká konference LF MU, Brno, 18. 5. 2011. 2011.

@proceedings{966155,
   author = {Micenková, Lenka and Šmajs, David},
   booktitle = {55. Studentská vědecká konference LF MU, Brno, 18. 5. 2011},
   language = {cze},
   title = {Charakterizácia kmeňov Escherichia coli izolovaných od osôb s ochoreniami tráviaceho traktu.},
   year = {2011}
}

TY  - CONF
ID  - 966155
AU  - Micenková, Lenka - Šmajs, David
PY  - 2011
TI  - Charakterizácia kmeňov Escherichia coli izolovaných od osôb s ochoreniami tráviaceho traktu.
N2  - Escherichia coli je bakteriálny druh charakteristický ochotným prijímaním genetickej informácie. Získanou prídavnou genetickou informáciou umožňujúcou lepšie presadenie sa v konkurenčnom boji predstavujú aj gény kódujúce bakteriocíny a gény kódujúce virulentné faktory. Práca sa zameriava na odlišnosti vo výskyte týchto génov medzi osobami s ochoreniami tráviaceho traktu a zdravými osobami. Výskyt génov kódujúcich bakteriocíny (24 typov kolicínov a 7 typov mikrocínov), virulentné faktory (15 virulentných faktorov) a génov, ktorých prítomnosť umožňuje rozdelenie kmeňov do fylogenetických skupín E. coli bol skúmaný u 575 kmeňov pochádzajúcich z črevnej flóry kontrolných osôb (321 komenzálnych kmeňov) a pacientov s diagnostikovaným infekčným (101 kmeňov) a neinfekčným ochorením TS (153 kmeňov). Pre detekciu génov bola použitá metóda PCR a agarózová gélová elektroforéza. Sporné výsledky (PCR produkty) boli podrobené sekvenčnej analýze kapilárnym sekvenátorom. Kmene produkujúce potenciálne nový typ bakteriocínu boli bližšie analyzované transpozónovou mutagenézou a sekvenátorom GS Junior. Bol hľadaný súvis medzi skupinami kmeňov E. coli a výskytom detegovaných znakov. Produkcia bakteriocínov v kontrolnej skupine predstavovala 57,3 %. Znížený výskyt bakteriocinogénie - 47,1 % (p=0,04) bol zistený v skupine osôb trpiacich neinfekčnými chorobami tráviaceho systému. V tejto skupine bol taktiež zistený zvýšený výskyt genetickej skupiny D (p=0,05), virulentného plazmidu pCVD (p<0,001) a mikrocínov B17 a H47 (p=0,01). V skupine kmeňov od osôb s infekčným ochorením tráviacej sústavy bol zistený mierne zvýšený výskyt multiproducentských kmeňov produkujúcich kolicíny kódované na veľkých plazmidoch (skupina B kolicínov). V práci bol identifikovaný plazmid nesúci gén kódujúci potenciálne nový typ bakteriocínu. Kmene E. coli izolované od osôb s diagnostikovaných ochorením TS neinfekčného pôvodu majú znížený výskyt bakteriocinogénnych kmeňov a prevahu monoproducentov produkujúcich mikrocíny. Prevláda tu fylogenetická skupina D a častý je výskyt virulentného plazmidu pCVD. U kmeňov izolovaných od osôb s infekčnými chorobami TS je významné zvýšený výskyt kolicínov skupiny B.
ER  -

MICENKOVÁ, Lenka and David ŠMAJS. Charakterizácia kmeňov Escherichia coli izolovaných od osôb s ochoreniami tráviaceho traktu. In \textit{55. Studentská vědecká konference LF MU, Brno, 18. 5. 2011}. 2011.

Detailed Information on Publication Record