Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2024

    1. SCHÄFER, Marco, Nicolas BRICH, Jan BYŠKA, Sérgio Manuel MARQUES, David BEDNÁŘ, Philipp THIEL, Barbora KOZLÍKOVÁ a Michael KRONE. InVADo: Interactive Visual Analysis of Molecular Docking Data. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. IEEE Computer Society, roč. 30, č. 4, s. 1984-1997. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2023.3337642. 2024.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Schäfer, Marco (276 Německo) -- Brich, Nicolas (276 Německo) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Thiel, Philipp (276 Německo) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Krone, Michael (276 Německo, garant)
      Klíčová slova anglicky: proteins; drugs; visualization; data visualization; three-dimensional displays; receptor (biochemistry); carbon
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 25. 3. 2024 11:40.

    2023

    1. KUNKA, Antonín, Sérgio Manuel MARQUES, Martin HAVLÁSEK, Michal VAŠINA, Nikola VELÁTOVÁ, Lucia CENGELOVÁ, David KOVÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ, Martin MAREK, David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Advancing Enzyme's Stability and Catalytic Efficiency through Synergy of Force-Field Calculations, Evolutionary Analysis, and Machine Learning. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, roč. 13, č. 19, s. 12506-12518. ISSN 2155-5435. doi:10.1021/acscatal.3c02575. 2023.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Havlásek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Velátová, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Cengelová, Lucia (703 Slovensko, domácí) -- Kovář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: biocatalysis; computational design; FireProt; machine learning; PROSS; proteinengineering; stabilization; thermostability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 14. 11. 2023 23:06.
    2. ŠNAJDAROVÁ, Karolína, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Atypical homodimerization revealed by the structure of the (S)-enantioselective haloalkane dehalogenase DmmarA from Mycobacterium marinum. Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. Chester: International Union of Crystallography, roč. 79, November, s. 956-970. ISSN 2059-7983. doi:10.1107/S2059798323006642. 2023.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Šnajdarová, Karolína (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: haloalkane dehalogenases; Mycobacterium marinum; DmmarA; homodimerization; surface loops; enantioselectivity; X-ray crystallography; SAXS
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 19. 1. 2024 09:05.
    3. NEMERGUT, Michal, Sérgio Manuel MARQUES, Lukáš UHRÍK, Tereza VÁŇOVÁ, Markéta NEZVEDOVÁ, Darshak Chandulal GADARA, Durga JHA, Jan TULIS, Veronika NOVÁKOVÁ, Joan PLANAS IGLESIAS, Antonín KUNKA, Anthony Thomas P LEGRAND, Hana HŘÍBKOVÁ, Veronika POSPÍŠILOVÁ, Jiří SEDMÍK, Jan RAŠKA, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ, Dáša BOHAČIAKOVÁ, Zdeněk SPÁČIL, Lenka HERNYCHOVÁ, David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Domino-like effect of C112R mutation on ApoE4 aggregation and its reduction by Alzheimer’s Disease drug candidate. Molecular Neurodegeneration. England: BMC, roč. 18, č. 1, s. 1-25. ISSN 1750-1326. doi:10.1186/s13024-023-00620-9. 2023.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Nemergut, Michal (703 Slovensko, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Uhrík, Lukáš (703 Slovensko) -- Váňová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Nezvedová, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Gadara, Darshak Chandulal (356 Indie, domácí) -- Jha, Durga (356 Indie, domácí) -- Tulis, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Nováková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Legrand, Anthony Thomas P (250 Francie, domácí) -- Hříbková, Hana (203 Česká republika, domácí) -- Pospíšilová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Sedmík, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Raška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bohačiaková, Dáša (703 Slovensko, domácí) -- Spáčil, Zdeněk (203 Česká republika, domácí) -- Hernychová, Lenka (203 Česká republika) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Apolipoprotein E; Alzheimer’s disease; Neurodegeneration; Aggregation; Cerebral organoids; Molecular dynamics; HDX-MS; Protein crystallography; Proteomics; Lipidomics; Tramiprosate; 3-sulfopropanoic acid
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 7. 9. 2023 09:52.
    4. NEMERGUT, Michal, Daniel PLUSKAL, Jana HORÁČKOVÁ, Tereza ŠUSTROVÁ, Jan TULIS, Tomáš BÁRTA, Racha BAATALLAH, Glwadys GAGNOT, Veronika NOVÁKOVÁ, Marika MAJEROVÁ, Karolina SEDLÁČKOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, Martin TOUL, Jiří DAMBORSKÝ, Zbyněk PROKOP, David BEDNÁŘ, Yves L. JANIN a Martin MAREK. Illuminating the mechanism and allosteric behavior of NanoLuc luciferase. Nature Communications. Berlin: Nature, roč. 14, č. 1, s. 1-20. ISSN 2041-1723. doi:10.1038/s41467-023-43403-y. 2023.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Nemergut, Michal (703 Slovensko, domácí) -- Pluskal, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Horáčková, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Šustrová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Tulis, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bárta, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Nováková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Majerová, Marika (703 Slovensko, domácí) -- Sedláčková, Karolina (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; BIOLOGICAL MACROMOLECULES; CRYSTAL-STRUCTURE; BINDING PROTEIN; CDNA CLONING; BIOLUMINESCENCE; COELENTERAMIDE; INTEGRATION; PREDICTION; SUBSTRATE
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 5. 3. 2024 12:14.
    5. ULBRICH, Pavol, Manuela WALDNER, Katarína FURMANOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, David BEDNÁŘ, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jan BYŠKA. sMolBoxes: Dataflow Model for Molecular Dynamics Exploration. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. United States: IEEE Computer Society, roč. 29, č. 1, s. 581-590. ISSN 1077-2626. doi:10.1109/TVCG.2022.3209411. 2023.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Ulbrich, Pavol (703 Slovensko, garant, domácí) -- Waldner, Manuela (40 Rakousko) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Molecular dynamics;structure;node-based visualization;progressive analytics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 7. 2. 2024 07:53.

    2022

    1. RAPP, Lea R., Sérgio Manuel MARQUES, Bernd NEBEL, Jiří DAMBORSKÝ a Bernhard HAUER. Engineering CYP153A(M.aq) to Oxyfunctionalize its Inhibitor Dodecylamine Using a LC/MS Based Rapid Flow Analysis Screening. ChemCatChem. WEINHEIM: WILEY-V C H VERLAG GMBH, roč. 14, č. 6, s. 1-5. ISSN 1867-3880. doi:10.1002/cctc.202101648. 2022.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126696 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: biocatalysis; cytochrome P450; docking; enzyme engineering; molecular dynamics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 9. 3. 2023 20:46.
    2. MARQUES, Sérgio Manuel, Michaela SLÁNSKÁ, Klaudia CHMELOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Martin MAREK, Spencer CLARK, Jiří DAMBORSKÝ, Eric T. KOOL, David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Mechanism-Based Strategy for Optimizing HaloTag Protein Labeling. JACS AU. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, roč. 2, č. 6, s. 1324-1337. ISSN 2691-3704. doi:10.1021/jacsau.2c00002. 2022.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126373 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Slánská, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Chmelová, Klaudia (703 Slovensko, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: HaloTag; enzyme kinetics; molecular modeling; reaction mechanism; ligand binding; nucleophilic substitution; protein engineering; access tunnel; numerical integration
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 3. 4. 2023 09:45.
    3. VAŠINA, Michal, Jan VELECKÝ, Joan PLANAS IGLESIAS, Sérgio Manuel MARQUES, Jana ŠKAŘUPOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ, Stanislav MAZURENKO a Zbyněk PROKOP. Tools for computational design and high-throughput screening of therapeutic enzymes. ADVANCED DRUG DELIVERY REVIEWS. NETHERLANDS: ELSEVIER, roč. 183, April 2022, s. 1-16. ISSN 0169-409X. doi:10.1016/j.addr.2022.114143. 2022.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126167 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Velecký, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Škařupová, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Big data; Bioinformatics; Biopharmaceuticals; Biocatalysts; Enzyme characterization; Enzyme diversity; Machine learning; Microfluidics; Rational design
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 3. 4. 2023 09:28.

    2021

    1. PLANAS IGLESIAS, Joan, Sérgio Manuel MARQUES, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Miloš MUSIL, Jan ŠTOURAČ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Computational design of enzymes for biotechnological applications. Biotechnology Advances. OXFORD: Elsevier, roč. 47, March–April, s. 1-22. ISSN 0734-9750. doi:10.1016/j.biotechadv.2021.107696. 2021.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00119844 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biocatalyst; Catalytic efficiency; Computational enzyme design; Enzyme biotechnologies; Protein engineering; Protein dynamics; Software; Solubility; Stability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:22.
    2. DAMBORSKÝ, Jiří, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Martin MAREK, Stanislav MAZURENKO, Jan ŠTOURAČ, Sérgio Manuel MARQUES, Gabriela Filipa FONSECA PINTO, Joan PLANAS IGLESIAS, Miloš MUSIL, Jiří HON, Ondřej VÁVRA, Rayyan Tariq KHAN, Jiří FILIPOVIČ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Computational enzyme design for metabolic engineering. In The 45th FEBS Congress. ISSN 2211-5463. 2021.
      URL
      angličtina.
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 26. 7. 2022 11:11.
    3. MARKOVÁ, Klára, Antonín KUNKA, Klaudia CHMELOVÁ, Martin HAVLÁSEK, Petra BABKOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, Michal VAŠINA, Joan PLANAS IGLESIAS, Radka CHALOUPKOVÁ, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Martin MAREK. Computational Enzyme Stabilization Can Affect Folding Energy Landscapes and Lead to Catalytically Enhanced Domain-Swapped Dimers. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, roč. 11, č. 21, s. 12864-12885. ISSN 2155-5435. doi:10.1021/acscatal.1c03343. 2021.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00124052 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Marková, Klára (203 Česká republika, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Chmelová, Klaudia (703 Slovensko, domácí) -- Havlásek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Babková, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein folding; protein design; alpha/beta-hydrolase; haloalkane dehalogenase; domain swapping; energy landscape; oligonicrization; catalytic efficiency; substrate inhibition
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:13.
    4. MARQUES, Sérgio Manuel, Lucie ŠUPOLÍKOVÁ, Lenka MOLČANOVÁ, Karel ŠMEJKAL, David BEDNÁŘ a Iva SLANINOVÁ. Screening of Natural Compounds as P-Glycoprotein Inhibitors against Multidrug Resistance. BIOMEDICINES. BASEL: MDPI, roč. 9, č. 4, s. 1-22. ISSN 2227-9059. doi:10.3390/biomedicines9040357. 2021.
      URL
      RIV/00216224:14110/21:00121577 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Šupolíková, Lucie (203 Česká republika, domácí) -- Molčanová, Lenka (703 Slovensko, domácí) -- Šmejkal, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Slaninová, Iva (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: flavonoids; molecular dynamics; molecular docking; multidrug resistance; natural compounds; P-glycoprotein; structure-based virtual screening
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:15.
    5. RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, José Gaspar, Ondřej VÁVRA, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří FILIPOVIČ, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Screening of world approved drugs against highly dynamical spike glycoprotein of SARS-CoV-2 using CaverDock and machine learning. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, roč. 19, May, s. 3187-3197. ISSN 2001-0370. doi:10.1016/j.csbj.2021.05.043. 2021.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00119270 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CaverDock; CaverWeb; Protein dynamics; Machine learning; Tunnel; Virtual screening
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:29.
    6. RAPP, Lea R., Sérgio Manuel MARQUES, Erna ZUKIC, Benjamin ROWLINSON, Mahima SHARMA, Gideon GROGAN, Jiří DAMBORSKÝ a Bernhard HAUER. Substrate Anchoring and Flexibility Reduction in CYP153A(M.aq) Leads to Highly Improved Efficiency toward Octanoic Acid. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, roč. 11, č. 5, s. 3182-3189. ISSN 2155-5435. doi:10.1021/acscatal.0c05193. 2021.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00122271 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Rapp, Lea R. (276 Německo) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Zukic, Erna (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Rowlinson, Benjamin (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Sharma, Mahima (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Grogan, Gideon (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hauer, Bernhard (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: biocatalysis; enzyme engineering; molecular dynamics; computational chemistry; cytochrome P450
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 16. 2. 2023 12:40.
    7. MARQUES, Sérgio Manuel, Joan PLANAS IGLESIAS a Jiří DAMBORSKÝ. Web-based tools for computational enzyme design. Current Opinion in Structural Biology. London: Elsevier Science Ltd., roč. 69, August 2021, s. 19-34. ISSN 0959-440X. doi:10.1016/j.sbi.2021.01.010. 2021.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00119876 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: PROTEIN; STABILITY; DYNAMICS; VIEW
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:41.

    2020

    1. FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Los Alamitos: IEEE Computer Society, roč. 17, č. 5, s. 1625-1638. ISSN 1545-5963. doi:10.1109/TCBB.2019.2907492. 2020.
      URL
      Název česky: CaverDock: nová metoda pro rychlou analýzu transportu ligandu
      RIV/00216224:14610/20:00115044 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Plhák, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: molecular docking; tunnel analysis; ligand transport; drug design; numerical optimization; restrained force field; volume discretization
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 17. 2. 2023 20:52.
    2. MARKOVÁ, Klára, Klaudia CHMELOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, Philippe CARPENTIER, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ a Martin MAREK. Decoding the intricate network of molecular interactions of a hyperstable engineered biocatalyst. Chemical Science. Cambridge: Royal Society of Chemistry, roč. 11, č. 41, s. 11162-11178. ISSN 2041-6520. doi:10.1039/d0sc03367g. 2020.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00117258 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Marková, Klára (203 Česká republika, domácí) -- Chmelová, Klaudia (703 Slovensko, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Carpentier, Philippe (250 Francie) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Small-angle scattering; Candida antarctica lipase B
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:54.

    2019

    1. BYŠKA, Jan, Thomas TRAUTNER, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří DAMBORSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ a Manuela WALDNER. Analysis of Long Molecular Dynamics Simulations Using Interactive Focus+Context Visualization. Computer Graphics Forum. Wiley-Blackwell, roč. 38, č. 3, s. 441-453. ISSN 0167-7055. doi:10.1111/cgf.13701. 2019.
      URL
      Název anglicky: Analysis of Long Molecular Dynamics Simulations Using Interactive Focus+Context Visualization
      RIV/00216224:14330/19:00107361 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Byška, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Trautner, Thomas (40 Rakousko) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Waldner, Manuela (40 Rakousko)
      Klíčová slova anglicky: Molecular Visualization;Design Studies;Focus + Context Techniques
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 17. 2. 2023 20:49.
    2. VÁVRA, Ondřej, Jiří FILIPOVIČ, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Jan ŠTOURAČ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, roč. 35, č. 23, s. 4986-4993. ISSN 1367-4803. doi:10.1093/bioinformatics/btz386. 2019.
      Full Text
      Název česky: CaverDock: na molekulovém dokingu založený nástroj k analýze transportu ligandu skrz tunely a kanály v proteinech
      RIV/00216224:14310/19:00110114 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Plhák, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: HALOALKANE DEHALOGENASE LINB; ENERGY LANDSCAPE; ACTIVE-SITE; DYNAMICS; MECHANISM; BINDING; RECOGNITION; KINETICS
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:12.
    3. MARQUES, Sérgio Manuel, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Computational Study of Protein-Ligand Unbinding for Enzyme Engineering. FRONTIERS IN CHEMISTRY. LAUSANNE: FRONTIERS MEDIA SA, roč. 6, JAN 2019, s. 1-15. ISSN 2296-2646. doi:10.3389/fchem.2018.00650. 2019.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00113203 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: unbinding kinetics; protein engineering; molecular dynamics; metadynamics; adaptive sampling; CaverDock
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:27.
    4. CERNY, J., P. BOZIKOVA, A. BALIK, Sérgio Manuel MARQUES a L. VYKLICKY. NMDA Receptor Opening and Closing-Transitions of a Molecular Machine Revealed by Molecular Dynamics. Biomolecules. BASEL: MDPI, roč. 9, č. 10, s. 1-17. ISSN 2218-273X. doi:10.3390/biom9100546. 2019.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00113388 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: glutamate receptor gating; molecular modeling; molecular dynamics simulations; NMDA receptor transition; open and closed state
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 16. 2. 2023 13:14.

    2018

    1. JURČÍK, Adam, David BEDNÁŘ, Jan BYŠKA, Sérgio Manuel MARQUES, Katarína FURMANOVÁ, Lukáš DANIEL, Piia Pauliina KOKKONEN, Jan BREZOVSKÝ, Ondřej STRNAD, Jan ŠTOURAČ, Antonín PAVELKA, Martin MANAK, Jiří DAMBORSKÝ a Barbora KOZLÍKOVÁ. CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories. Bioinformatics. roč. 34, č. 20, s. 3586-3588. ISSN 1367-4803. doi:10.1093/bioinformatics/bty386. 2018.
      URL
      Název anglicky: CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories
      RIV/00216224:14330/18:00100952 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Daniel, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Strnad, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Pavelka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Manak, Martin (203 Česká republika) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein;tunnel;software;visualization
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 31. 5. 2022 17:34.
    2. BEERENS, Koen, Stanislav MAZURENKO, Antonín KUNKA, Sérgio Manuel MARQUES, N. HANSEN, Miloš MUSIL, Radka CHALOUPKOVÁ, Jitka WATERMAN, Jan BREZOVSKÝ, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, roč. 8, č. 10, s. 9420-9428. ISSN 2155-5435. doi:10.1021/acscatal.8b01677. 2018.
      URL
      RIV/00216224:14310/18:00101752 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Beerens, Koen (56 Belgie, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Hansen, N. (276 Německo) -- Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Waterman, Jitka (203 Česká republika) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein stabilization; thermostability; evolutionary analysis; force-field calculations; computational tools; entropy; enthalpy; thermodynamic integration

      Změnila: Mgr. Tereza Miškechová, učo 341652. Změněno: 30. 4. 2019 10:06.
    3. KAUSHIK, Shubhangi, Sérgio Manuel MARQUES, Prashant Kumar KHIRSARIYA, Kamil PARUCH, Lenka LIBICHOVÁ, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP, Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Impact of the access tunnel engineering on catalysis is strictly ligand-specific. the FEBS Journal. roč. 285/2018, č. 8, s. 1456-1476. ISSN 1742-464X. doi:10.1111/febs.14418. 2018.
      URL
      Název anglicky: Impact of the access tunnel engineering on catalysis is strictly ligand-specific
      RIV/00216224:14310/18:00100915 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kaushik, Shubhangi (356 Indie, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Khirsariya, Prashant Kumar (356 Indie, domácí) -- Paruch, Kamil (203 Česká republika, domácí) -- Libichová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: de novo protein design; enzyme catalysis;enzyme tunnels engineering; haloalkanedehalogenases; protein engineering
      Mezinárodní význam: ano

      Změnila: Mgr. Tereza Miškechová, učo 341652. Změněno: 30. 4. 2019 08:55.

    2017

    1. MARQUES, Sérgio Manuel, Zuzana DUNAJOVÁ, Zbyněk PROKOP, Radka CHALOUPKOVÁ, Jan BREZOVSKÝ a Jiří DAMBORSKÝ. Catalytic Cycle of Haloalkane Dehalogenases Toward Unnatural Substrates Explored by Computational Modeling. JOURNAL OF CHEMICAL INFORMATION AND MODELING. DC USA: AMER CHEMICAL SOC, roč. 57, č. 8, s. 1970-1989. ISSN 1549-9596. doi:10.1021/acs.jcim.7b00070. 2017.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00095517 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Dunajová, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; FORCE-FIELD; DIRECTED EVOLUTION; SYNTHETIC PATHWAY; PRODUCT RELEASE; MECHANISM; KINETICS; LINB; BIODEGRADATION; PARAMETERS

      Změnila: Ing. Nicole Zrilić, učo 240776. Změněno: 29. 3. 2018 23:17.
    2. CaverDock 1.0 (software)
      URL
      Název česky: CaverDock 1.0
      Název anglicky: CaverDock 1.0
      RIV/00216224:14610/17:00098438 Software. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Plhák, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CaverDock;transport processes in proteins
      Mezinárodní význam: ano

      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 1. 3. 2019 11:24.
    3. MARQUES, Sérgio Manuel, Lukáš DANIEL, Tomáš BURYŠKA, Zbyněk PROKOP, Jan BREZOVSKÝ a Jiří DAMBORSKÝ. Enzyme Tunnels and Gates As Relevant Targets in Drug Design. MEDICINAL RESEARCH REVIEWS. Hoboken, USA: WILEY, roč. 37, č. 5, s. 1095-1139. ISSN 0198-6325. doi:10.1002/med.21430. 2017.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00095541 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Daniel, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Buryška, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: drug design; protein tunnels; protein gates; drug binding; selectivity; specificity

      Změnila: Ing. Nicole Zrilić, učo 240776. Změněno: 3. 4. 2018 14:38.
    4. VAD, Viktor, Jan BYŠKA, Adam JURČÍK, Ivan VIOLA, Eduard M. GRÖLLER, Helwig HAUSER, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří DAMBORSKÝ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Watergate: Visual Exploration of Water Trajectories in Protein Dynamics. In S. Bruckner, A. Hennemuth, and B. Kainz. Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine. Bremen, Germany: Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine. s. 33-42. ISBN 978-3-03868-036-9. 2017.
      RIV/00216224:14330/17:00094923 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina.
      Vad, Viktor (348 Maďarsko) -- Byška, Jan (203 Česká republika) -- Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Viola, Ivan (703 Slovensko) -- Gröller, Eduard M. (40 Rakousko) -- Hauser, Helwig (40 Rakousko) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Protein;water molecule;trajectory;visualization
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 26. 4. 2018 12:43.

    2016

    1. MARQUES, Sérgio Manuel, Jan BREZOVSKÝ a Jiří DAMBORSKÝ. Role of Tunnels and Gates in Enzymatic Catalysis. In Svendsen, A. UNDERSTANDING ENZYMES: FUNCTION, DESIGN, ENGINEERING, AND ANALYSIS. USA: Pan Stanford Publishing. s. 421-463. prvni 1. ISBN 978-981-4669-32-0. 2016.
      URL
      RIV/00216224:14310/16:00088570 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Enzymes;lock-and-key model;
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano

      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 23. 4. 2020 15:06.
Zobrazeno: 29. 3. 2024 14:45