Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2023

    1. Boolean network sketches: a unifying framework for logical model inference
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Ondřej HUVAR, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Boolean network sketches: a unifying framework for logical model inference. Online. Bioinformatics. roč. 39, č. 4, s. "btad158", 8 s. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btad158
      URL
      RIV/00216224:14330/23:00130796 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Huvar, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Pastva, Samuel (203 Česká republika) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Boolean Networks; model inference; logical modelling
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 8. 4. 2024 15:38.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2283417/cs
    2. Combining formal methods and Bayesian approach for inferring discrete-state stochastic models from steady-state data
      KLEIN, Julia, Huy PHUNG, Matej HAJNAL, David ŠAFRÁNEK a Tatjana PETROV. Combining formal methods and Bayesian approach for inferring discrete-state stochastic models from steady-state data. Online. Plos one. San Francisco: Public Library of Science, roč. 18, č. 11, s. 1-26. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0291151
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Hajnal, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Bayes Theorem; Markov Chains
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 8. 4. 2024 06:19.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2392234/cs
    3. Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Samuel PASTVA, David ŠAFRÁNEK a Eva ŠMIJÁKOVÁ. Phenotype Control of Partially Specified Boolean Networks. Online. In Jun Pang, Joachim Niehren. Computational Methods in Systems Biology. Luxembourg City, Luxembourg: Springer Cham. s. 18-35. ISBN 978-3-031-42696-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-42697-1_2
      URL
      RIV/00216224:14330/23:00131639 Stať ve sborníku. angličtina. Lucembursko.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí) -- Šmijáková, Eva (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Boolean networks;Partial specification;Permanent control;Phenotype;Perturbation;Symbolic algorithm
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 7. 4. 2024 23:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2308500/cs
    4. Rule-based Modelling of Biological Systems Using Regulated Rewriting
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Samuel PASTVA a Luboš BRIM. Rule-based Modelling of Biological Systems Using Regulated Rewriting. Online. Biosystems. Elsevier, roč. 225, č. 104843, s. 1-15. ISSN 0303-2647. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.biosystems.2023.104843
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Irsko.
      Troják, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: systems biology; rule-based modelling; regulations; multiset rewriting
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 8. 4. 2024 10:08.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2253358/cs
    5. Temporary and Permanent Control of Partially Specified Boolean Networks
      BRIM, Luboš, Samuel PASTVA, David ŠAFRÁNEK a Eva ŠMIJÁKOVÁ. Temporary and Permanent Control of Partially Specified Boolean Networks. Online. BIOSYSTEMS. Elsevier, roč. 223, JAN, s. 104795-104808. ISSN 0303-2647. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.biosystems.2022.104795
      URL
      RIV/00216224:14330/23:00130043 Článek v odborném periodiku. angličtina. Irsko.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Šmijáková, Eva (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Boolean network; Perturbation; Temporary Control; Permanent Control; Symbolic Algorithm
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 8. 4. 2024 15:35.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2226398/cs

    2022

    1. AEON.py: Python library for attractor analysis in asynchronous Boolean networks
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Ondřej HUVAR, Samuel PASTVA, David ŠAFRÁNEK a Eva ŠMIJÁKOVÁ. AEON.py: Python library for attractor analysis in asynchronous Boolean networks. Online. BIOINFORMATICS. UK: OXFORD UNIV PRESS, roč. 38, č. 21, s. 4978-4980. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btac624
      URL
      Název anglicky: AEON.py: Python library for attractor analysis in asynchronous Boolean networks
      RIV/00216224:14330/22:00127100 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Huvar, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Šmijáková, Eva (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Boolean Networks; Attractors; Software
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 3. 2023 12:03.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2229990/cs
    2. BDD-Based Algorithm for SCC Decomposition of Edge-Coloured Graphs
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. BDD-Based Algorithm for SCC Decomposition of Edge-Coloured Graphs. Online. Logical Methods in Computer Science. Episciences, roč. 18, č. 1, s. 1-27. ISSN 1860-5974. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.46298/LMCS-18(1:38)2022
      URL
      RIV/00216224:14330/22:00125612 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: strongly connected components; symbolic algorithm; BDD
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 3. 2023 10:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1845005/cs
    3. eBCSgen 2.0: Modelling and Analysis of Regulated Rule-Based Systems
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Branislav BROZMANN a Luboš BRIM. eBCSgen 2.0: Modelling and Analysis of Regulated Rule-Based Systems. Online. In I. Petre, A. Păun. 20th International Conference on Computational Methods in Systems Biology. LNBI 13447. Neuveden: Springer. s. 302-309. ISBN 978-3-031-15033-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-15034-0_17
      URL
      RIV/00216224:14330/22:00129141 Stať ve sborníku. angličtina. Nizozemské království.
      Troják, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Brozmann, Branislav (703 Slovensko, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: rule-based modelling; regulations; SBML; Galaxy tool
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 6. 1. 2023 09:59.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2213777/cs
    4. Exploring attractor bifurcations in Boolean networks
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Jakub KADLECAJ, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Exploring attractor bifurcations in Boolean networks. Online. BMC Bioinformatics. roč. 23, č. 173, s. 1-18. ISSN 1471-2105. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12859-022-04708-9
      URL
      RIV/00216224:14330/22:00125836 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Kadlecaj, Jakub (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Boolean networks; Attractor bifurcation; Symbolic computation; Software tool; type-1 interferons
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 3. 2023 10:53.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1854097/cs
    5. Extracting individual characteristics from population data reveals a negative social effect during honeybee defence
      PETROV, Tatjana, Matej HAJNAL, Julia KLEIN, David ŠAFRÁNEK a Morgane NOUVIAN. Extracting individual characteristics from population data reveals a negative social effect during honeybee defence. Online. Plos Computational Biology. roč. 18, č. 9, s. 1-20. ISSN 1553-734X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1010305
      URL
      Název anglicky: Extracting individual characteristics from population data reveals a negative social effect during honeybee defence
      RIV/00216224:14330/22:00126876 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Petrov, Tatjana (688 Srbsko) -- Hajnal, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Klein, Julia (276 Německo) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Nouvian, Morgane (250 Francie)
      Klíčová slova anglicky: stochastic models; honeybee population; Markov population models; collective behaviour
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 3. 2023 12:00.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2224466/cs
    6. Polyhydroxyalkanoates synthesis by halophiles and thermophiles: towards sustainable production of microbial bioplastics
      OBRUČA, Stanislav, Pavel DVOŘÁK, Petr SEDLÁČEK, Martin KOLLER, Karel SEDLÁŘ, Iva PERNICOVÁ a David ŠAFRÁNEK. Polyhydroxyalkanoates synthesis by halophiles and thermophiles: towards sustainable production of microbial bioplastics. Online. Biotechnology Advances. Elsevier, roč. 58, September, s. 1-28. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.biotechadv.2022.107906
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00125748 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Obruča, Stanislav (garant) -- Dvořák, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Sedlář, Karel (203 Česká republika) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Polyhydroxyalkanoates; Bacteria; Archaea; Halophiles; Thermophiles; Stress robustness; Adaptation; Biotechnological production of polyhydroxyalkanoates; Metabolic engineering and synthetic biology
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 21. 8. 2023 17:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1850617/cs

    2021

    1. Aeon 2021: Bifurcation Decision Trees in Boolean Networks
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Aeon 2021: Bifurcation Decision Trees in Boolean Networks. Online. In Cinquemani et al. International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2021). Cham: Springer. s. 230-237. ISBN 978-3-030-85632-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-85633-5_14
      RIV/00216224:14330/21:00124485 Stať ve sborníku. angličtina. Německo.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Boolean networks; attractors; software tool
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 6. 1. 2023 10:03.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1844999/cs
    2. Computing Bottom SCCs Symbolically Using Transition Guided Reduction
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Computing Bottom SCCs Symbolically Using Transition Guided Reduction. Online. In Alexandra Silva, K. Rustan, M. Leino. Computer Aided Verification - 33rd International Conference, CAV 2021. Neuveden: Springer Nature. s. 505-528. ISBN 978-3-030-81684-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-81685-8_24
      URL
      Název anglicky: Computing Bottom SCCs Symbolically Using Transition Guided Reduction
      RIV/00216224:14330/21:00121980 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Bottom SCC; Symbolic algorithm; Boolean network
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 11. 10. 2021 07:52.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1783802/cs
    3. DiPS: A Tool for Data-Informed Parameter Synthesis for Markov Chains from Multiple-Property Specifications
      HAJNAL, Matej, Tatjana PETROV a David ŠAFRÁNEK. DiPS: A Tool for Data-Informed Parameter Synthesis for Markov Chains from Multiple-Property Specifications. Online. In Ballarini et al. Performance Engineering and Stochastic Modeling. Cham: Springer. s. 79-95. ISBN 978-3-030-91824-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-91825-5_5
      RIV/00216224:14330/21:00119728 Stať ve sborníku. angličtina. Německo.
      Hajnal, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: probabilistic model checking; parameter synthesis; DTMC
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2022 07:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1845004/cs
    4. Symbolic Coloured SCC Decomposition
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Symbolic Coloured SCC Decomposition. Online. In Jan Friso Groote, Kim Larsen. Tools and Algorithms for the Construction and Analysis of Systems, 27th International Conference, TACAS 2021. Neuveden: Springer Nature. s. 64-83. ISBN 978-3-030-72012-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-72013-1_4
      URL
      Název anglicky: Symbolic Coloured SCC Decomposition
      RIV/00216224:14330/21:00121404 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: strongly connected components; symbolic algorithm; edge-coloured digraphs; systems biology
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 23. 5. 2022 14:43.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1759896/cs

    2020

    1. AEON: Attractor Bifurcation Analysis of Parametrised Boolean Networks
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Jakub KADLECAJ, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. AEON: Attractor Bifurcation Analysis of Parametrised Boolean Networks. Online. In Shuvendu K. Lahiri and Chao Wang. Computer Aided Verification. CAV 2020. LNCS 12224. Cham: Springer, Cham. s. 569-581. ISBN 978-3-030-53287-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-53288-8_28
      URL
      Název anglicky: AEON: Attractor Bifurcation Analysis of Parametrised Boolean Networks
      RIV/00216224:14330/20:00114294 Stať ve sborníku. angličtina. Česká republika.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Kadlecaj, Jakub (703 Slovensko) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, garant, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Boolean networks; Attractors; Bifurcation analysis
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 19. 1. 2021 14:59.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1676301/cs
    2. Digital Bifurcation Analysis of Internet Congestion Control Protocols
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Digital Bifurcation Analysis of Internet Congestion Control Protocols. Online. International Journal of Bifurcation and Chaos. roč. 30, č. 13, s. 2030038-2030055. ISSN 0218-1274. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1142/S0218127420300384
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00114358 Článek v odborném periodiku. angličtina. Singapur.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Congestion control; nonlinear phenomenon; attractor; bifurcation; stability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2021 08:08.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1684616/cs
    3. eBCSgen: A Software Tool for Biochemical Space Language
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Lukrécia MERTOVÁ a Luboš BRIM. eBCSgen: A Software Tool for Biochemical Space Language. Online. In Abate A., Petrov T., Wolf V. 18th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, CMSB 2020. LNBI 12314. Neuveden: Springer. s. 356-361. ISBN 978-3-030-60326-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-60327-4_20
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00114395 Stať ve sborníku. angličtina.
      Troják, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mertová, Lukrécia (703 Slovensko, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: rule-based modelling; parameter synthesis; static analysis; Galaxy tool
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 15. 4. 2021 11:52.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1687203/cs
    4. Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Systems
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Lukrécia MERTOVÁ a Luboš BRIM. Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Systems. Online. PLOS ONE. Public Library of Science, roč. 15, č. 9, s. 1-23, 24 s. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0238838
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00114304 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Troják, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mertová, Lukrécia (703 Slovensko, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: rule-based; modelling; static analysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2021 08:02.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1678155/cs
    5. Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Systems
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Luboš BRIM, Jakub ŠALAGOVIČ a Jan ČERVENÝ. Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Systems. Online. In Ankit Gupta, Tatjana Petrov. 9th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB). ENTCS 350. Amsterdam: Elsevier. s. 91-116. ISSN 1571-0661. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2020.06.006
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00114281 Stať ve sborníku. angličtina.
      Troják, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Šalagovič, Jakub (703 Slovensko) -- Červený, Jan (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: rule-based modelling; formal specification; static analysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2021 12:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1675380/cs
    6. Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Systems
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Lukrécia MERTOVÁ a Luboš BRIM. Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Systems. Online. In 7th Workshop on Hybrid Systems and Biology
      Název anglicky: Executable Biochemical Space for Specification and Analysis of Biochemical Systems
      angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: systems biology; rule-based modelling; annotation
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 15. 4. 2021 11:40.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1675419/cs
    7. Parallel parameter synthesis algorithm for hybrid CTL
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Parallel parameter synthesis algorithm for hybrid CTL. Online. Science of Computer Programming. roč. 185, č. 102321, s. 1-19. ISSN 0167-6423. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.scico.2019.102321
      URL
      Název anglicky: Parallel parameter synthesis algorithm for hybrid CTL
      RIV/00216224:14330/20:00113986 Článek v odborném periodiku. angličtina. Česká republika.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, garant, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Parameter synthesis; Hybrid CTL; Parallelism; Model checking
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2021 07:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1569697/cs
    8. Parallel Parameter Synthesis for Multi-affine Hybrid Systems from Hybrid CTL Specifications.
      ŠMIJÁKOVÁ, Eva, Samuel PASTVA, David ŠAFRÁNEK a Luboš BRIM. Parallel Parameter Synthesis for Multi-affine Hybrid Systems from Hybrid CTL Specifications. Online. In Abate A., Petrov T., Wolf V. Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2020. Lecture Notes in Computer Science, vol 12314. Cham: Springer, Cham. s. 280-297. ISBN 978-3-030-60326-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-60327-4_15
      URL
      Název anglicky: Parallel Parameter Synthesis for Multi-affine Hybrid Systems from Hybrid CTL Specifications
      RIV/00216224:14330/20:00114364 Stať ve sborníku. angličtina. Německo.
      Šmijáková, Eva (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Hybrid systems; Parameter synthesis; Rectangular abstraction; Semi-symbolic; Hybrid CTL
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 8. 2. 2024 10:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1685211/cs
    9. Parameter Synthesis and Robustness Analysis of Rule-Based Models
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Lukrécia MERTOVÁ a Luboš BRIM. Parameter Synthesis and Robustness Analysis of Rule-Based Models. Online. In Ritchie Lee, Susmit Jha, Anastasia Mavridou. 12th International Symposium on NASA Formal Methods, NFM 2020. LNCS 12229. Moffett Field, CA, USA: Springer. s. 41-59. ISBN 978-3-030-55753-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-55754-6_3
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00114280 Stať ve sborníku. angličtina.
      Troják, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí) -- Mertová, Lukrécia (703 Slovensko, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: rule-based modelling; probabilistic models; parameter synthesis; robustness analysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 16. 8. 2023 13:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1675379/cs
    10. The need for standardisation in life science research - an approach to excellence and trust
      HOLLMANN, Susanne, Andreas KREMER, Špela BAEBLER, Christophe TREFOIS, Kristina GRUDEN, Witold RUDNICKY, Weida TONG, Alexandra GRUCA, Erik BONGCAM-RUDLOFF, Chris EVELO, Alina NECHYPORENKO, Marcus FROHME, David ŠAFRÁNEK, Babette REGIERER a Domenica D'ELIA. The need for standardisation in life science research - an approach to excellence and trust. Online. F1000Research. roč. 9, č. 1398, s. 1-9. ISSN 2046-1402. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.12688/f1000research.27500.2
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00118505 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Hollmann, Susanne (276 Německo) -- Kremer, Andreas (442 Lucembursko) -- Baebler, Špela (705 Slovinsko) -- Trefois, Christophe (56 Belgie) -- Gruden, Kristina (705 Slovinsko) -- Rudnicky, Witold (616 Polsko) -- Tong, Weida (840 Spojené státy) -- Gruca, Alexandra (616 Polsko) -- Bongcam-Rudloff, Erik (752 Švédsko) -- Evelo, Chris (528 Nizozemské království) -- Nechyporenko, Alina (804 Ukrajina) -- Frohme, Marcus (276 Německo) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Regierer, Babette (276 Německo) -- D'Elia, Domenica (380 Itálie)
      Klíčová slova anglicky: Open Data; Open Access; Open Science; FAIR Principles; Standardisation; Education; Quality Management
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 13. 5. 2021 11:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1759984/cs

    2019

    1. Accelerating Parameter Synthesis Using Semi-algebraic Constraints
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Martin GELETKA, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Accelerating Parameter Synthesis Using Semi-algebraic Constraints. Online. In Ahrendt, Wolfgang and Tapia Tarifa, Silvia Lizeth. Integrated Formal Methods. LNCS 11918. Cham: Springer International Publishing. s. 27-45. ISBN 978-3-030-34967-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-34968-4_2
      URL
      Název anglicky: Accelerating Parameter Synthesis Using Semi-algebraic Constraints
      RIV/00216224:14330/19:00108262 Stať ve sborníku. angličtina.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Geletka, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: parameter synthesis; semi-algebraic set; CTL
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 15. 4. 2021 12:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1645597/cs
    2. Barbaric Robustness Monitoring Revisited for STL* in Parasim
      ŠAFRÁNEK, David, Matej TROJÁK, Vojtěch BRŮŽA, Tomáš VEJPUSTEK, Jan PAPOUŠEK, Martin DEMKO, Samuel PASTVA, Aleš PEJZNOCH a Luboš BRIM. Barbaric Robustness Monitoring Revisited for STL* in Parasim. Online. In Bortolussi L., Sanguinetti G. Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2019). LNBI 11773. Neuveden: Springer. s. 356-359. ISBN 978-3-030-31303-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-31304-3_26
      RIV/00216224:14330/19:00107671 Stať ve sborníku. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Troják, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Brůža, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Vejpustek, Tomáš (203 Česká republika) -- Papoušek, Jan (203 Česká republika) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Pejznoch, Aleš (203 Česká republika) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: systems biology; robustness analysis; STL
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 15. 4. 2021 12:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1561203/cs
    3. Comprehensive Modelling Platform
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Jan ČERVENÝ, Marek HAVLÍK, Lukrécia MERTOVÁ, Matej HAJNAL, Jakub HRABEC a Jakub ŠALAGOVIČ. Comprehensive Modelling Platform. Online. In 6th Workshop on Hybrid Systems & Biology
      URL
      Název anglicky: Comprehensive Modelling Platform
      angličtina. Česká republika.
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Matej Troják, Ph.D., učo 410129. Změněno: 13. 4. 2019 21:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1519996/cs
    4. Computational Modelling of Metabolic Burden and Substrate Toxicity in Escherichia coli Carrying a Synthetic Metabolic Pathway
      DEMKO, Martin, Lukáš CHRÁST, Pavel DVOŘÁK, Jiří DAMBORSKÝ a David ŠAFRÁNEK. Computational Modelling of Metabolic Burden and Substrate Toxicity in Escherichia coli Carrying a Synthetic Metabolic Pathway. Online. Microorganisms. Basel: MDPI, roč. 7, č. 11, s. 553-581. ISSN 2076-2607. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/microorganisms7110553
      Full Text
      Název anglicky: Computational Modelling of Metabolic Burden and Substrate Toxicity in Escherichia coli Carrying a Synthetic Metabolic Pathway
      RIV/00216224:14310/19:00107775 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Demko, Martin (703 Slovensko, garant, domácí) -- Chrást, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Dvořák, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: biodegradation; computational modelling; population growth; metabolic burden; environmental pollutants
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1577678/cs
    5. Data-Informed Parameter Synthesis for Population Markov Chains
      HAJNAL, Matej, Nouvian MORGANE, Tatjana PETROV a David ŠAFRÁNEK. Data-Informed Parameter Synthesis for Population Markov Chains. Online. In Bortolussi, L. and Sanguinetti, G. 17th International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB 2019). LNBI 11773. Neuveden: Springer Nature. s. 383-386. ISBN 978-3-030-31303-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-31304-3_32
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00114780 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Hajnal, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Morgane, Nouvian (276 Německo) -- Petrov, Tatjana (688 Srbsko) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: population models; formal methods; model checking
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 15. 4. 2021 12:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1760018/cs
    6. Data-Informed Parameter Synthesis for Population Markov Chains
      HAJNAL, Matej, Morgan NOUVIAN, David ŠAFRÁNEK a Tatjana PETROV. Data-Informed Parameter Synthesis for Population Markov Chains. Online. In Ceska, M et al. Hybrid Systems Biology (HSB 2019). LNCS 11705. Cham: Springer International Publishing. s. 147-164. ISBN 978-3-030-28041-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-28042-0_10
      RIV/00216224:14330/19:00108287 Stať ve sborníku. angličtina. Švýcarsko.
      Hajnal, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Nouvian, Morgan (276 Německo) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Petrov, Tatjana (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: Stochastic population models; Markov processes; Parameter synthesis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 15. 4. 2021 12:08.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1648999/cs
    7. Digital Bifurcation Analysis of TCP Dynamics
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Digital Bifurcation Analysis of TCP Dynamics. Online. In Tomáš Vojnar and Lijun Zhang. Tools and Algorithms for the Construction and Analysis of Systems. TACAS 2019. LNCS, volume 11428. Cham: Springer International Publishing. s. 339-356. ISBN 978-3-030-17464-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-17465-1_19
      URL
      Název anglicky: Digital Bifurcation Analysis of TCP Dynamics
      RIV/00216224:14330/19:00107359 Stať ve sborníku. angličtina. Německo.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, garant, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: bifurcation analysis; TCP; terminal strongly connected components; robustness
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 15. 4. 2021 12:19.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1521156/cs
    8. Facetal Abstraction for Non-linear Dynamical Systems Based on delta-decidable SMT
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Jana DRAŽANOVÁ, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Facetal Abstraction for Non-linear Dynamical Systems Based on delta-decidable SMT. Online. In Proceedings of the 22Nd ACM International Conference on Hybrid Systems: Computation and Control. New York, NY, USA: ACM. s. 99-108. ISBN 978-1-4503-6282-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/3302504.3311793
      URL
      Název anglicky: Facetal Abstraction for Non-linear Dynamical Systems Based on delta-decidable SMT
      RIV/00216224:14330/19:00107360 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Dražanová, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, garant, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: SMT solver; discrete abstraction; dynamical systems; hybrid systems
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 15. 4. 2021 12:17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1521178/cs
    9. Formal Analysis of Qualitative Long-Term Behaviour in Parametrised Boolean Networks.
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Samuel PASTVA, Jakub POLÁČEK a David ŠAFRÁNEK. Formal Analysis of Qualitative Long-Term Behaviour in Parametrised Boolean Networks. Online. In Ait Ameur et al. Formal Methods and Software Engineering - 21st International Conference on Formal Engineering Methods, ICFEM 2019, Shenzhen, China, November 5-9, 2019, Proceedings. Heidelberg: Springer. s. 353-369. ISBN 978-3-030-32408-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-32409-4_22
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00108117 Stať ve sborníku. angličtina. Česká republika.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Poláček, Jakub (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Attractor analysis; Machine learning; Boolean networks
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 15. 4. 2021 12:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1610819/cs
    10. Model Checking Approach to the Analysis of Biological Systems
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Model Checking Approach to the Analysis of Biological Systems. Online. In Pietro Liò, Paolo Zuliani. Automated Reasoning for Systems Biology and Medicine. Cham: Springer, Cham. s. 3-35. Computational Biology. ISBN 978-3-030-17296-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-17297-8_1
      RIV/00216224:14330/19:00107592 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, garant, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: systems biology; model checking
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 15. 4. 2021 12:14.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1550299/cs
    11. Parameter space abstraction and unfolding semantics of discrete regulatory networks
      KOLČÁK, Juraj, David ŠAFRÁNEK, Stefan HAAR a Loïc PAULEVÉ. Parameter space abstraction and unfolding semantics of discrete regulatory networks. Online. Theoretical Computer Science. Elsevier, roč. 765, April, s. 120-144. ISSN 0304-3975. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.tcs.2018.03.009
      URL
      RIV/00216224:14330/19:00108116 Článek v odborném periodiku. angličtina. Česká republika.
      Kolčák, Juraj (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Haar, Stefan (276 Německo) -- Paulevé, Loïc (250 Francie)
      Klíčová slova anglicky: Boolean networks; Thomas networks; Parametrised discrete dynamics; Asynchronous systems; Concurrency; Systems biology
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 27. 4. 2020 15:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1610817/cs

    2018

    1. E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Jakub HRABEC, Jakub ŠALAGOVIČ, Jan ČERVENÝ, Matej HAJNAL, Lukrécia MERTOVÁ, Katarína PALUBOVÁ a Marek HAVLÍK. E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria. Online. In 16th International Conference on Computational Methods in Systems Biology
      URL
      angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: cyanobacteria; systems biology; model analysis
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Matej Troják, Ph.D., učo 410129. Změněno: 13. 4. 2019 22:00.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1520016/cs
    2. Fully Automated Attractor Analysis of Cyanobacteria Models
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Jan ČERVENÝ, Samuel PASTVA, David ŠAFRÁNEK, Jakub ŠALAGOVIČ a Matej TROJÁK. Fully Automated Attractor Analysis of Cyanobacteria Models. Online. In Marian Barbu, Răzvan Şolea, Adrian Filipescu. 22nd International Conference on System Theory, Control and Computing. Neuveden: IEEE. s. 354-359. ISBN 978-1-5386-4444-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/ICSTCC.2018.8540762
      URL
      Název česky: Plne Automatizovaná Analýza Atraktorů Modelů Cyanobaktérií
      Název anglicky: Fully Automated Attractor Analysis of Cyanobacteria Models
      RIV/00216224:14330/18:00101265 Stať ve sborníku. angličtina.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Červený, Jan (203 Česká republika) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí) -- Šalagovič, Jakub (703 Slovensko) -- Troják, Matej (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: attractors; parametrised graph; terminal strongly connected components; cyanobacteria
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1450516/cs
    3. Influence of circadian clocks on optimal regime of central C-N metabolism of cyanobacteria
      ČERVENÝ, Jan, Jakub ŠALAGOVIČ, František MUZIKA, David ŠAFRÁNEK a Igor SCHREIBER. Influence of circadian clocks on optimal regime of central C-N metabolism of cyanobacteria. Online. In Mishra, A. K.; Tiwari, D.; Rai, A. N. Cyanobacteria: From Basic Science to Applications. 1st ed. Neuveden: Academic Press. s. 193-206. ISBN 978-0-12-814667-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/B978-0-12-814667-5.00009-X
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00104828 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina.
      Červený, Jan (203 Česká republika) -- Šalagovič, Jakub (703 Slovensko) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Computational modeling; Bioreactor; Formal methods; Industry 4.0; Microalgae; Network analysis; Optimization; Process control
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 16. 6. 2022 13:23.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1475736/cs
    4. PITHYA (software)
      DEMKO, Martin, Samuel PASTVA, David ŠAFRÁNEK, Nikola BENEŠ a Luboš BRIM. PITHYA. Online
      online verzia zdrojovy kod
      Název česky: PITHYA
      Název anglicky: PITHYA
      RIV/00216224:14330/18:00101130 Software. angličtina. Česká republika.
      Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí) -- Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Parameter synthesis; Dynamical systems; Model checking; Temporal logic; ODE; Systems biology
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 16. 1. 2019 18:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1432079/cs
    5. Unfolding of Parametric Boolean Networks
      KOLČÁK, Juraj, David ŠAFRÁNEK, Paulevé LOIC a Stefan HAAR. Unfolding of Parametric Boolean Networks. Online. Electronic Notes in Theoretical Computer Science. Elsevier Science, roč. 335, Duben 2018, s. 67-90. ISSN 1571-0661. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2018.03.009
      URL
      RIV/00216224:14330/18:00100911 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Kolčák, Juraj (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Loic, Paulevé (250 Francie) -- Haar, Stefan (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: asynchronous systems; Boolean networks; concurrency; parameters identification; systems biology
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 5. 2020 15:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1415145/cs
    6. 7th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2016)
      ŠAFRÁNEK, David a Guido SANGUINETTI. 7th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2016). Online. In 7th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2016). Neuveden: Elsevier. 130 s. ISSN 1571-0661
      angličtina. Česká republika.
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 24. 4. 2018 18:22.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1415147/cs

    2017

    1. BCSgen: Biochemical Space language software tool (software)
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK a Jakub ŠALAGOVIČ. BCSgen: Biochemical Space language software tool. Online
      URL
      Název česky: BCSgen: Softvérová podpora pre jazyk Biochemického priestoru
      Název anglicky: BCSgen: Biochemical Space language software tool
      RIV/00216224:14330/17:00101020 Software. angličtina. Česká republika.
      Troják, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí) -- Šalagovič, Jakub (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: systems biology; rule-based language; analysis
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Matej Troják, Ph.D., učo 410129. Změněno: 25. 4. 2019 16:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1421800/cs
    2. Biochemical Space: A framework for formal description and annotation of complex biological processes
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Jakub ŠALAGOVIČ, Františka ROMANOVSKÁ a Matej HAJNAL. Biochemical Space: A framework for formal description and annotation of complex biological processes. Online. In Computational Modeling in Biology Network meeting (COMBINE 2017)
      URL
      Název anglicky: Biochemical Space: A framework for formal description and annotation of complex biological processes
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: formal specification; biological systems; systems biology; rule-based language
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Matej Troják, Ph.D., učo 410129. Změněno: 30. 10. 2017 11:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1393978/cs
    3. Biochemical Space: A Framework for Formal Description and Annotation of Complex Biological Processes
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Jakub ŠALAGOVIČ, Františka ROMANOVSKÁ a Matej HAJNAL. Biochemical Space: A Framework for Formal Description and Annotation of Complex Biological Processes. Online. In The 8th International Workshop on Static Analysis for Systems Biology
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: formal specification; biological systems; systems biology; rule-based language
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Matej Troják, Ph.D., učo 410129. Změněno: 5. 9. 2017 18:59.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1388616/cs
    4. Detecting Attractors in Biological Models with Uncertain Parameters
      BRIM, Luboš, Jiří BARNAT, David ŠAFRÁNEK, Nikola BENEŠ, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a Matej HAJNAL. Detecting Attractors in Biological Models with Uncertain Parameters. Online. In Jérôme Feret and Heinz Koeppl. Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2017. LNCS 10545. Cham: Springer International Publishing. s. 40-56. ISBN 978-3-319-67470-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-67471-1_3
      Název anglicky: Detecting Attractors in Biological Models with Uncertain Parameters
      RIV/00216224:14330/17:00094899 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Barnat, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí) -- Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Hajnal, Matej (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: model checking; systems biology; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms;
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 13. 5. 2021 13:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1387860/cs
    5. Discrete Bifurcation Analysis with Pithya
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Martin DEMKO, Matej HAJNAL, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Discrete Bifurcation Analysis with Pithya. Online. In Feret J. et al. 15th International Conference on Computational Methods in Systems Biology (CMSB). LNCS 10545. Cham: Springer. s. 319-320. ISBN 978-3-319-67470-4
      Název anglicky: Discrete Bifurcation Analysis with Pithya
      RIV/00216224:14330/17:00114985 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Hajnal, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: bifurcation analysis; model checking; systems biology; terminal strongly connected components; parameter synthesis; parallel algorithms
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2021 17:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1394275/cs
    6. E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Jakub HRABEC, Jakub ŠALAGOVIČ, Františka ROMANOVSKÁ, Matej HAJNAL a Jan ČERVENÝ. E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria. Online. In International Conference on Systems Biology 2017
      URL
      Název anglicky: E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: systems biology; cyanobacteria; online tool; model repository
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Matej Troják, Ph.D., učo 410129. Změněno: 30. 10. 2017 11:20.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1393980/cs
    7. E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Jakub HRABEC, Jakub ŠALAGOVIČ, Františka ROMANOVSKÁ, Matej HAJNAL a Jan ČERVENÝ. E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria. Online. In The Biomania Student Scientific Meeting 2017
      URL
      Název anglicky: E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: systems biology; cyanobacteria; online tool; model repository
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Matej Troják, Ph.D., učo 410129. Změněno: 30. 10. 2017 11:17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1393977/cs
    8. E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Jakub HRABEC, Jakub ŠALAGOVIČ, Františka ROMANOVSKÁ, Matej HAJNAL a Jan ČERVENÝ. E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria. Online. In Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science
      URL
      Název anglicky: E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: systems biology; cyanobacteria; online tool; model repository
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Matej Troják, Ph.D., učo 410129. Změněno: 30. 10. 2017 11:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1392807/cs
    9. Model Checking Approach to Discrete Bifurcation Analysis
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Martin DEMKO, David ŠAFRÁNEK, Samuel PASTVA a Matej HAJNAL. Model Checking Approach to Discrete Bifurcation Analysis. Online. In Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science
      URL
      Název anglicky: Model Checking Approach to Discrete Bifurcation Analysis
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: model checking, bifurcation analysis, parameters, phase portrait, temporal logic
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Martin Demko, Ph.D., učo 325073. Změněno: 4. 9. 2018 12:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1392805/cs
    10. Parameter Synthesis of Biological Models by Model Checking: A Case Study
      BRIM, Luboš, David ŠAFRÁNEK, Nikola BENEŠ, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a Matej HAJNAL. Parameter Synthesis of Biological Models by Model Checking: A Case Study. Online. In 4th International Synthetic & Systems Biology Summer School. SSBSS 2017
      URL
      Název anglicky: Parameter Synthesis of Biological Models by Model Checking: A Case Study
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: parameter synthesis; model checking; systems biology; dynamical systems; synthetic biology
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 26. 2. 2018 10:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1387861/cs
    11. Pithya: A Parallel Tool for Parameter Synthesis of Piecewise Multi-Affine Dynamical Systems
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Pithya: A Parallel Tool for Parameter Synthesis of Piecewise Multi-Affine Dynamical Systems. Online. In Rupak Majumdar and Viktor Kunčak. Computer Aided Verification. CAV 2017. LNCS 10426. Cham: Springer International Publishing. s. 591-598. ISBN 978-3-319-63386-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-63387-9_29
      URL
      Název anglicky: Pithya: A Parallel Tool for Parameter Synthesis of Piecewise Multi-Affine Dynamical Systems
      RIV/00216224:14330/17:00094898 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: model checking; satisfiability modulo theories; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:18.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1387857/cs
    12. PITHYA: High-Performance Parameter Synthesis for Biological Models
      BRIM, Luboš, Nikola BENEŠ, David ŠAFRÁNEK, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a Matej HAJNAL. PITHYA: High-Performance Parameter Synthesis for Biological Models. Online. In Intelligent Systems for Molecular Biology and European Conference on Computational Biology. ISMB/ECCB 2017
      URL
      Název anglicky: PITHYA: High-Performance Parameter Synthesis for Biological Models
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: parameter synthesis; model checking; systems biology; dynamical systems; synthetic biology
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 26. 2. 2018 10:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1387862/cs

    2016

    1. A Model Checking Approach to Discrete Bifurcation Analysis
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. A Model Checking Approach to Discrete Bifurcation Analysis. Online. In John S. Fitzgerald et al. Formal Methods. FM 2016. LNCS 9995. Neuveden: Springer International Publishing. s. 85-101. ISBN 978-3-319-48988-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-48989-6_6
      Název anglicky: A Model Checking Approach to Discrete Bifurcation Analysis
      RIV/00216224:14330/16:00088309 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: model checking; satisfiability modulo theories; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms; bifurcation analysis
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1359653/cs
    2. Biochemical Space: A Language for Formal Description and Annotation of Complex Biological Processes
      TROJÁK, Matej, Tadeáš DĚD, David ŠAFRÁNEK, Matej KLEMENT, Jan ČERVENÝ a Františka ROMANOVSKÁ. Biochemical Space: A Language for Formal Description and Annotation of Complex Biological Processes. Online. In MEMICS 2016
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: formal specification; biological systems; systems biology; rule-based language
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Matej Troják, Ph.D., učo 410129. Změněno: 5. 9. 2017 11:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1388614/cs
    3. E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria (software)
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Jakub HRABEC, Jakub ŠALAGOVIČ, Jan ČERVENÝ a Matej HAJNAL. E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria. Online
      URL
      Název česky: E-cyanobacterium.org: Webová platforma pre modelovanie siníc
      Název anglicky: E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
      RIV/00216224:14330/16:00101019 Software. angličtina. Česká republika.
      Troják, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí) -- Hrabec, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Šalagovič, Jakub (703 Slovensko, domácí) -- Červený, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Hajnal, Matej (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: systems biology; cyanobacteria; database; annotation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Matej Troják, Ph.D., učo 410129. Změněno: 22. 6. 2018 14:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1421797/cs
    4. E-Cyanobacterium.org: A Web-Based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Jakub HRABEC, Jakub ŠALAGOVIČ, Františka ROMANOVSKÁ a Jan ČERVENÝ. E-Cyanobacterium.org: A Web-Based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria. Online. In Ezio Bartocci et al. Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2016. Heidelberg: Springer. s. 316-322. ISBN 978-3-319-45176-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-45177-0_20
      URL
      RIV/00216224:14330/16:00088449 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Troják, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hrabec, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Šalagovič, Jakub (703 Slovensko, domácí) -- Romanovská, Františka (203 Česká republika, domácí) -- Červený, Jan (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: systems biology; model repository; model analysis; model specification
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1365006/cs
    5. Formal Biochemical Space with Semantics in Kappa and BNGL
      DĚD, Tadeáš, David ŠAFRÁNEK, Matej TROJÁK, Matej KLEMENT, Jakub ŠALAGOVIČ a Luboš BRIM. Formal Biochemical Space with Semantics in Kappa and BNGL. Online. In Loic Pauleve et al. The 6th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology, SASB 2015. ENTCS 326. Neuveden: Elsevier. s. 27-49. ISSN 1571-0661. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2016.09.017
      RIV/00216224:14330/16:00088812 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Děd, Tadeáš (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Troják, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Klement, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šalagovič, Jakub (703 Slovensko, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Kappa; Biochemical space; CMP; cyanobacteria processes
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:19.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1377771/cs
    6. High-Performance Symbolic Parameter Synthesis of Biological Models: A Case Study
      DEMKO, Martin, Nikola BENEŠ, Luboš BRIM, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. High-Performance Symbolic Parameter Synthesis of Biological Models: A Case Study. Online. In Ezio Bartocci et al. Computational Methods in Systems Biology. CMSB 2016. LNBI 9859. Neuveden: Springer International Publishing. s. 82-97. ISBN 978-3-319-45176-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-45177-0_6
      Název anglicky: High-Performance Symbolic Parameter Synthesis of Biological Models: A Case Study
      RIV/00216224:14330/16:00088099 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: model checking; systems biology; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1352261/cs
    7. Parallel SMT-Based Parameter Synthesis with Application to Piecewise Multi-Affine Systems
      BENEŠ, Nikola, Luboš BRIM, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Parallel SMT-Based Parameter Synthesis with Application to Piecewise Multi-Affine Systems. Online. In Cyrille Artho et al. Automated Technology for Verification and Analysis. ATVA 2016. LNCS 9938. Neuveden: Springer International Publishing. s. 192-208. ISBN 978-3-319-46519-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-46520-3_13
      Název anglicky: Parallel SMT-Based Parameter Synthesis with Application to Piecewise Multi-Affine Systems
      RIV/00216224:14330/16:00088098 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Beneš, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: model checking; satisfiability modulo theories; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1352259/cs
    8. Toward Modelling and Analysis of Transient and Sustained Behaviour of Signalling Pathways
      HAJNAL, Matej, David ŠAFRÁNEK, Martin DEMKO, Samuel PASTVA, Pavel KREJČÍ a Luboš BRIM. Toward Modelling and Analysis of Transient and Sustained Behaviour of Signalling Pathways. Online. In Eugenio Cinquemani. Hybrid Systems Biology. HSB 2016. LNBI 9957. Neuveden: Springer International Publishing. s. 57-66. ISBN 978-3-319-47150-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-47151-8_4
      Název anglicky: Toward Modelling and Analysis of Transient and Sustained Behaviour of Signalling Pathways
      RIV/00216224:14330/16:00088117 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Hajnal, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Krejčí, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: signalling pathways; systems biology; parameter synthesis; dynamical systems; parameter estimation
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 13. 5. 2020 19:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1353254/cs

    2015

    1. Biochemical Space: A Language for Formal Description and Annotation of Complex Biological Processes
      TROJÁK, Matej, Tadeáš DĚD, David ŠAFRÁNEK, Matej KLEMENT, Jan ČERVENÝ a Luboš BRIM. Biochemical Space: A Language for Formal Description and Annotation of Complex Biological Processes. Online. In 13th Conference on Computational Methods in Systems Biology
      RIV/00216224:14330/15:00081135 Prezentace na konferencích. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Troják, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Děd, Tadeáš (203 Česká republika) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Klement, Matej (703 Slovensko) -- Červený, Jan (203 Česká republika) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: formal specification; biological systems; systems biology; rule-based language
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 5. 9. 2016 12:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314355/cs
    2. Biochemical Space: A Language for Formal Description and Annotation of Complex Biological Processes
      TROJÁK, Matej, David ŠAFRÁNEK, Matej KLEMENT, Tadeáš DĚD, Jan ČERVENÝ a Luboš BRIM. Biochemical Space: A Language for Formal Description and Annotation of Complex Biological Processes. Online. In Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science
      URL
      Název anglicky: Biochemical Space: A Language for Formal Description and Annotation of Complex Biological Processes
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: formal specification; biological systems; systems biology; rule-based language
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Matej Troják, Ph.D., učo 410129. Změněno: 24. 11. 2017 14:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1396435/cs
    3. Coloured Model Checking Approach to Parameter Synthesis for Executable Models in Synthetic Biology
      BRIM, Luboš, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Coloured Model Checking Approach to Parameter Synthesis for Executable Models in Synthetic Biology. Online. In Verification of Engineered Molecular Devices and Programs
      URL
      Název česky: Coloured Model Checking Approach to Parameter Synthesis for Executable Models in Synthetic Biology
      Název anglicky: Coloured Model Checking Approach to Parameter Synthesis for Executable Models in Synthetic Biology
      RIV/00216224:14330/15:00080984 Konferenční abstrakt. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: parameter synthesis; model checking; systems biology
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 27. 1. 2018 20:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1309616/cs
    4. Compact Representation of Photosynthesis Dynamics by Rule-based Models
      BRIM, Luboš, Juraj NIŽNAN a David ŠAFRÁNEK. Compact Representation of Photosynthesis Dynamics by Rule-based Models. Online. In 5th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2014). 316. vyd. Neuveden: Elsevier. s. 17-27. ISSN 1571-0661. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2015.06.008
      RIV/00216224:14330/15:00083221 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Nižnan, Juraj (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biological models; model annotation; systems biology; simulation; database
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 6. 5. 2016 03:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1301635/cs
    5. CyanoNetwork workshop - Cyanobacterium in silico 2015
      ČERVENÝ, Jan, Stefan MUELLER a David ŠAFRÁNEK. CyanoNetwork workshop - Cyanobacterium in silico 2015. Online
      workshop website
      RIV/00216224:14330/15:00082680 Uspořádání workshopu. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Červený, Jan (203 Česká republika) -- Mueller, Stefan (40 Rakousko) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: systems biology; cyanobacteria; computational modelling
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 4. 5. 2016 20:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1297330/cs
    6. E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
      KLEMENT, Matej, David ŠAFRÁNEK, Jan ČERVENÝ, Tadeáš DĚD, Matej TROJÁK, Luboš BRIM a Stefan MUELLER. E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria. Online. In Fourth International Workshop on Hybrid Systems Biology
      URL
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: systems biology; model repository; dynamical systems; cyanobacteria
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Matej Troják, Ph.D., učo 410129. Změněno: 4. 9. 2017 15:09.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314359/cs
    7. Fourth International Workshop on Hybrid Systems Biology
      ABATE, Alessandro a David ŠAFRÁNEK. Fourth International Workshop on Hybrid Systems Biology. Online
      URL
      RIV/00216224:14330/15:00081136 Uspořádání workshopu. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Abate, Alessandro (380 Itálie) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: hybrid systems; systems biology; formal methods
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 6. 4. 2016 14:23.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314364/cs
    8. High-Performance Discrete Bifurcation Analysis for Piecewise-Affine Dynamical Systems
      BRIM, Luboš, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. High-Performance Discrete Bifurcation Analysis for Piecewise-Affine Dynamical Systems. Online. In Alessandro Abate, David Šafránek. Hybrid Systems Biology Fourth International Workshop, HSB 2015, Madrid, Spain, September 4-5, 2015. Revised Selected Papers. LNCS 9271. Neuveden: Springer International Publishing. s. 58-74. ISBN 978-3-319-26915-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-26916-0_4
      elektronická verze v nakladatelství Springer
      RIV/00216224:14330/15:00081134 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: bifurcation analysis; model checking; dynamical systems; formal methods
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2016 21:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314354/cs
    9. Hybrid Systems Biology Fourth International Workshop, HSB 2015, Madrid, Spain, September 4-5, 2015. Revised Selected Papers
      ALESSANDRO, Abate a David ŠAFRÁNEK. Hybrid Systems Biology Fourth International Workshop, HSB 2015, Madrid, Spain, September 4-5, 2015. Revised Selected Papers. Online. In Lecture Notes in Bioinformatics. Springer International Publishing. 263 s. ISBN 978-3-319-26915-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-26916-0
      elektronická verze v nakladatelství Springer
      RIV/00216224:14330/15:00081448 Editorství tematického sborníku, editorství monotematického čísla odborného časopisu. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Alessandro, Abate (380 Itálie) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: hybrid systems; dynamical systems; systems biology
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 11. 1. 2016 15:39.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1323854/cs
    10. Parameter Synthesis by Model Checking in Formal Biochemical Space
      ŠAFRÁNEK, David. Parameter Synthesis by Model Checking in Formal Biochemical Space. Online. In IST Austria Henzinger Group Seminar
      RIV/00216224:14330/15:00084271 Vyžádané přednášky. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: model checking; parameter synthesis
      Druh účasti: vyžádaná přednáška
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 19. 10. 2015 11:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314025/cs
    11. Parameter Synthesis by Parallel Coloured CTL Model Checking
      BRIM, Luboš, Milan ČEŠKA, Martin DEMKO, Samuel PASTVA a David ŠAFRÁNEK. Parameter Synthesis by Parallel Coloured CTL Model Checking. Online. In Roux, Olivier and Bourdon, Jérémie. Computational Methods in Systems Biology. Neuveden: Springer International Publishing. s. 251-263. ISBN 978-3-319-23400-7. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-23401-4_21
      RIV/00216224:14330/15:00081130 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Češka, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Demko, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Pastva, Samuel (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: model checking; systems biology; Computational Tree Logic; dynamical systems; distributed algorithms
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 28. 4. 2016 15:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314024/cs
    12. PC Member of HSB 2015
      ŠAFRÁNEK, David. PC Member of HSB 2015. Online. Fourth International Workshop on Hybrid Systems Biology (HSB 2015)
      URL
      RIV/00216224:14330/15:00084282 Členství ve věd. radách, odb. grémiích, expert. komisích apod.. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: hybrid systems biology; formal methods
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 19. 10. 2015 12:10.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314362/cs
    13. PC Member of SASB 2015
      ŠAFRÁNEK, David. PC Member of SASB 2015. Online. The Sixth International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2015)
      URL
      Název anglicky: The Sixth International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2015)
      RIV/00216224:14330/15:00084283 Členství ve věd. radách, odb. grémiích, expert. komisích apod.. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: systems biology; static analysis; formal methods
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 19. 10. 2015 12:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314366/cs
    14. Stochastic Modelling of the Interface between Regulatory Enzymes and Transcription Initiation at Inducible Genes
      ČEŠKA, Milan, Caroline SCHNEIDER, Abate ALESSANDRO, David ŠAFRÁNEK, Louis MAHADEVAN a Marta KWIATKOWSKA. Stochastic Modelling of the Interface between Regulatory Enzymes and Transcription Initiation at Inducible Genes. Online. In Fourth International Workshop on Hybrid Systems Biology
      URL
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: stochastic modelling; mRNA transcription; immediate-early genes; formal methods
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 19. 10. 2015 11:47.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314358/cs

    2014

    1. Biochemical Space: A Framework for Systemic Annotation of Biological Models
      KLEMENT, Matej, Tadeáš DĚD, David ŠAFRÁNEK, Jan ČERVENÝ, Stefan MUELLER a Ralf STEUER. Biochemical Space: A Framework for Systemic Annotation of Biological Models. Online. In Proceedings of the 5th International Workshop on Interactions between Computer Science and Biology (CS2Bio’14). Amsterdam: Elsevier. s. 31-44. ISSN 1571-0661. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2014.06.013
      Elsevier URL
      RIV/00216224:14330/14:00076022 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klement, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Děd, Tadeáš (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Červený, Jan (203 Česká republika) -- Mueller, Stefan (40 Rakousko) -- Steuer, Ralf (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: biological models; model annotation; systems biology; cyanobacteria
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 03:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1193175/cs
    2. E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria
      KLEMENT, Matej, David ŠAFRÁNEK, Jan ČERVENÝ, Tadeáš DĚD, Stefan MUELLER a Ralf STEUER. E-cyanobacterium.org: A Web-based Platform for Systems Biology of Cyanobacteria. Online
      URL
      RIV/00216224:14330/14:00078568 Prezentace na konferencích. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klement, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Červený, Jan (203 Česká republika) -- Děd, Tadeáš (203 Česká republika, domácí) -- Mueller, Stefan (40 Rakousko) -- Steuer, Ralf (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: systems biology; modelling; mode repository; database
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 21:52.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1217718/cs
    3. From Formal Methods to Systems Biology
      ŠAFRÁNEK, David. From Formal Methods to Systems Biology. Online. In Modeling and Simulation Seminar, Saarland University
      RIV/00216224:14330/14:00084284 Vyžádané přednášky. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: model checking; formal methods; parameter synthesis; parametric uniformisation
      Druh účasti: vyžádaná přednáška
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 19. 10. 2015 12:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314371/cs
    4. Model Checking in Systems Biology
      ŠAFRÁNEK, David. Model Checking in Systems Biology. Online. In LACS Seminar, University of Luxembourg
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: model cheking; formal methods; parameter synthesis; systems biology
      Druh účasti: vyžádaná přednáška
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 19. 10. 2015 12:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314369/cs
    5. PC Member of HSB 2014
      ŠAFRÁNEK, David. PC Member of HSB 2014. Online. Third International Workshop on Hybrid Systems Biology (HSB 2014)
      URL
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: hybrid systems; systems biology; formal methods
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 19. 10. 2015 12:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314373/cs
    6. PC Member of MEMICS 2014
      ŠAFRÁNEK, David. PC Member of MEMICS 2014. Online. Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science (MEMICS 2014)
      URL
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: formal methods; mathematical engineering; computer science
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 19. 10. 2015 12:52.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314374/cs
    7. PC Member of SASB 2014
      ŠAFRÁNEK, David. PC Member of SASB 2014. Online. The Fifth International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2014)
      URL
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: static analysis; systems biology
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 19. 10. 2015 12:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1314372/cs
    8. Robustness Analysis of Stochastic Biochemical Systems
      ČEŠKA, Milan, David ŠAFRÁNEK, Sven DRAŽAN a Luboš BRIM. Robustness Analysis of Stochastic Biochemical Systems. Online. Plos One. SAN FRANCISCO: PUBLIC LIBRARY SCIENCE, roč. 9, č. 4, s. 1-23. ISSN 1932-6203. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0094553
      URL
      RIV/00216224:14330/14:00075751 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Spojené státy.
      Češka, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí) -- Dražan, Sven (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: stochastic models; robustness analysis; probabilistic model checking
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 16. 4. 2019 09:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1186386/cs
    9. STL*: Extending signal temporal logic with signal-value freezing operator
      BRIM, Luboš, Petr DLUHOŠ, David ŠAFRÁNEK a Tomáš VEJPUSTEK. STL*: Extending signal temporal logic with signal-value freezing operator. Online. Information and computation. Academic Press, roč. 236, January, s. 52-67. ISSN 0890-5401. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.ic.2014.01.012
      RIV/00216224:14330/14:00075313 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Dluhoš, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Vejpustek, Tomáš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Signal Temporal Logic; dynamical systems; robustness analysis; value-freezing logic
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 17. 4. 2018 08:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1179568/cs
    10. Stochastic Modelling of the Interface between Regulatory Enzymes and Transcription Initiation at Inducible Genes
      ČEŠKA, Milan, Caroline SCHNEIDER, Alessandro ABATE, David ŠAFRÁNEK, Louis MAHADEVAN a Marta KWIATKOWSKA. Stochastic Modelling of the Interface between Regulatory Enzymes and Transcription Initiation at Inducible Genes. Online. In CMSB 2014
      URL
      RIV/00216224:14330/14:00080020 Prezentace na konferencích. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Češka, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Schneider, Caroline (250 Francie) -- Abate, Alessandro (380 Itálie) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mahadevan, Louis (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Kwiatkowska, Marta (840 Spojené státy)
      Klíčová slova anglicky: systems biology; probabilistic dynamical systems; RNA transcription; piece-wise deterministic Markov process
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2015 04:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1297328/cs

    2013

    1. A Comprehensive Web-based Platform For Domain-Specific Biological Models
      KLEMENT, Matej, David ŠAFRÁNEK, Tadeáš DĚD, Aleš PEJZNOCH, Ladislav NEDBAL, Ralf STEUER, Jan ČERVENÝ a Stefan MUELLER. A Comprehensive Web-based Platform For Domain-Specific Biological Models. Online. In Proceedings of the fourth International Workshop on Interactions between Computer Science and Biology (CS2Bio'13). Neuveden: Elsevier. s. 61-67. ISSN 1571-0661. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2013.11.006
      URL
      RIV/00216224:14330/13:00068771 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klement, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Děd, Tadeáš (203 Česká republika, domácí) -- Pejznoch, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Nedbal, Ladislav (203 Česká republika) -- Steuer, Ralf (276 Německo) -- Červený, Jan (203 Česká republika) -- Mueller, Stefan (40 Rakousko)
      Klíčová slova anglicky: systems biology; modelling; mode repository; database
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 24. 4. 2014 18:17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1114457/cs
    2. Esther: Introducing an Online Platform for Parameter Identification of Boolean Networks
      STRECK, Adam, Juraj KOLČÁK, Heike SIEBERT a David ŠAFRÁNEK. Esther: Introducing an Online Platform for Parameter Identification of Boolean Networks. Online. In A. Gupta. Computational Methods in Systems Biology 11th International Conference, CMSB 2013, Klosterneuburg, Austria, September 22-24, 2013, Proceedings. Heidelberg: Springer. s. 257-258. ISBN 978-3-642-40707-9
      RIV/00216224:14330/13:00070435 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Streck, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Kolčák, Juraj (703 Slovensko, domácí) -- Siebert, Heike (276 Německo) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: systems biology; boolean networks; model checking
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2014 23:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1135951/cs
    3. Exploring Parameter Space of Stochastic Biochemical Systems Using Quantitative Model Checking
      BRIM, Luboš, Milan ČEŠKA, Sven DRAŽAN a David ŠAFRÁNEK. Exploring Parameter Space of Stochastic Biochemical Systems Using Quantitative Model Checking. Online. In 25th International Conference, CAV 2013, Saint Petersburg, Russia, July 13-19, 2013. Proceedings. Berlin: Springer Berlin Heidelberg. s. 107-123. ISBN 978-3-642-39798-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-39799-8_7
      URL
      RIV/00216224:14330/13:00066280 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Češka, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Dražan, Sven (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: continuous-time Markov chains; parameter exploration; model checking
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2014 23:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1119886/cs
    4. Model Checking of Biological Systems
      BRIM, Luboš, Milan ČEŠKA a David ŠAFRÁNEK. Model Checking of Biological Systems. Online. In Marco Bernardo. Formal Methods for Dynamical Systems. Neuveden: Springer. s. 63-112. ISBN 978-3-642-38873-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-38874-3_3
      Název česky: Ověřování modelů biologických systémů
      Název anglicky: Model Checking of Biological Systems
      RIV/00216224:14330/13:00066544 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Češka, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: dynamical systems
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 24. 4. 2014 18:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1130953/cs
    5. Qualitative modelling and analysis of Photosystem II
      BRIM, Luboš, Vilém DĚD a David ŠAFRÁNEK. Qualitative modelling and analysis of Photosystem II. Online. In CEUR Workshop Proceedings. Aachen: Neuveden. s. 17-29. ISSN 1613-0073
      URL
      RIV/00216224:14330/13:00066237 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Děd, Vilém (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Qualitative modelling; Petri nets; Systems biology; Photosystem II; Model checking
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 24. 4. 2014 18:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1114455/cs
    6. Robustness Analysis for Value-Freezing Signal Temporal Logic
      BRIM, Luboš, Tomáš VEJPUSTEK, David ŠAFRÁNEK a Jana FABRIKOVÁ. Robustness Analysis for Value-Freezing Signal Temporal Logic. Online. In Proceedings HSB 2013. Neuveden: Neuveden. s. 20-36. ISSN 2075-2180. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.4204/EPTCS.125
      URL
      RIV/00216224:14330/13:00066573 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Vejpustek, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Fabriková, Jana (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Signal Temporal Logic; robustness; monitoring; systems biology
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 24. 4. 2014 19:01.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1132231/cs
    7. Robustness Analysis of Stochastic Systems
      BRIM, Luboš, Milan ČEŠKA, Sven DRAŽAN a David ŠAFRÁNEK. Robustness Analysis of Stochastic Systems. Online. In Electronic Proceedings in Theoretical Computer Science, Volume 116. Turku: Open Publishing Association. s. 33-34. ISSN 2075-2180. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.4204/EPTCS.116.5
      URL
      RIV/00216224:14330/13:00067061 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Finsko.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Češka, Milan (203 Česká republika, domácí) -- Dražan, Sven (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: robustness analysis; stochastic systems
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2014 16:38.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1179476/cs
    8. Timed Modelling of Gene Networks with Arbitrary Expression Level Discretization
      VAN GOETHEM, Simon, Jean-Marie JACQUET, Luboš BRIM a David ŠAFRÁNEK. Timed Modelling of Gene Networks with Arbitrary Expression Level Discretization. Online. In Proceedings of the Third International Workshop on Interactions Between Computer Science and Biology (CS2Bio'12). Neuveden: Elsevier. s. 67-81. ISSN 1571-0661. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.entcs.2013.02.019
      URL
      RIV/00216224:14330/13:00065956 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Van Goethem, Simon (56 Belgie) -- Jacquet, Jean-Marie (56 Belgie) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: timed automata; gene regulatory networks; UPPAAL
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 24. 4. 2014 17:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1076398/cs

    2012

    1. On Approximative Reachability Analysis of Biochemical Dynamical Systems
      BRIM, Luboš, Jana FABRIKOVÁ, Sven DRAŽAN a David ŠAFRÁNEK. On Approximative Reachability Analysis of Biochemical Dynamical Systems. Online. In Corrado Priami et al. Transactions on Computational Systems Biology XIV. Heidelberg: Springer. s. 77-101. ISBN 978-3-642-35523-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-35524-0_4
      URL
      RIV/00216224:14330/12:00057894 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Fabriková, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Dražan, Sven (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: biochemical dynamical systems; reachability analysis; discrete approximation
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 22. 4. 2013 23:47.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1076230/cs
    2. On Expressing and Monitoring Oscillatory Dynamics
      DLUHOŠ, Petr, Luboš BRIM a David ŠAFRÁNEK. On Expressing and Monitoring Oscillatory Dynamics. Online. Electronic Proceedings in Theoretical Computer Science. Newcastle Upon Tyne: EPTCS, roč. 2012, č. 92, s. 73-87. ISSN 2075-2180. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.4204/EPTCS.92
      URL
      RIV/00216224:14330/12:00057626 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Dluhoš, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: dynamical systems; oscillation; monitoring; Signal Temporal Logic
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 11. 4. 2013 17:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1067413/cs
    3. On Parameter Synthesis by Parallel Model Checking
      BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Adam KREJČÍ, Adam STRECK, David ŠAFRÁNEK, Martin VEJNÁR a Tomáš VEJPUSTEK. On Parameter Synthesis by Parallel Model Checking. Online. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Los Alamitos: IEEE Computer Society, roč. 9, č. 3, s. 693-705. ISSN 1545-5963. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2011.110
      URL
      RIV/00216224:14330/12:00057196 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Barnat, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Krejčí, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Streck, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Vejnár, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Vejpustek, Tomáš (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: biological networks; parallel model checking; dynamical systems; parameter synthesis; systems biology
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 11. 4. 2013 17:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/947077/cs
    4. Parameter Identification and Model Ranking of Thomas Networks
      KLARNER, Hannes, Adam STRECK, David ŠAFRÁNEK, Juraj KOLČÁK a Heike SIEBERT. Parameter Identification and Model Ranking of Thomas Networks. Online. In Computational Methods in Systems Biology: 10th International Conference, CMSB 2012, London, UK, October 3-5, 2012. Proceedings. Berlin: Springer. s. 207-226. ISBN 978-3-642-33635-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-33636-2_13
      URL
      Název česky: Identifikace parametrů a clasifikace modelů Thomasových sítí
      RIV/00216224:14330/12:00057781 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klarner, Hannes (276 Německo) -- Streck, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kolčák, Juraj (703 Slovensko, domácí) -- Siebert, Heike (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: Thomas network; parameter identification; model checking
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 23. 4. 2013 07:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1071805/cs

    2011

    1. Abstraction of Biochemical Reaction Systems on Polytopes
      COLLINS, Pieter, Luc HABETS, Jan VAN SCHUPPEN, Ivana ČERNÁ, Jana FABRIKOVÁ a David ŠAFRÁNEK. Abstraction of Biochemical Reaction Systems on Polytopes. Online. In Proceedings of the 18th IFAC World Congress. Milano: IFAC. s. 14869-14875. ISBN 978-1-1234-7890-2
      URL
      RIV/00216224:14330/11:00052082 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Collins, Pieter (826 Velká Británie a Severní Irsko) -- Habets, Luc (528 Nizozemské království) -- van Schuppen, Jan (528 Nizozemské království) -- Černá, Ivana (203 Česká republika, domácí) -- Fabriková, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: affine system; multi-affine system; piecewise-affine hybrid system; abstraction; polytope
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 11. 4. 2012 10:37.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/933271/cs
    2. E-photosynthesis: Web-based platform for modeling of complex photosynthetic processes
      ŠAFRÁNEK, David, Jan ČERVENÝ, Matej KLEMENT, Jana POSPÍŠILOVÁ, Luboš BRIM, Dušan LAZÁR a Ladislav NEDBAL. E-photosynthesis: Web-based platform for modeling of complex photosynthetic processes. Online. BioSystems. Elsevier, roč. 103, č. 2, s. 115-124. ISSN 0303-2647. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.biosystems.2010.10.013
      URL
      RIV/00216224:14330/11:00049652 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Červený, Jan (203 Česká republika) -- Klement, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Pospíšilová, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Lazár, Dušan (203 Česká republika) -- Nedbal, Ladislav (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Biomodels repository; Computational models; Photosynthesis; Systems biology; Web platform
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 1. 7. 2013 10:23.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/908657/cs
    3. Reachability in Biochemical Dynamical Systems by Quantitative Discrete Approximation
      BRIM, Luboš, Jana FABRIKOVÁ, Sven DRAŽAN a David ŠAFRÁNEK. Reachability in Biochemical Dynamical Systems by Quantitative Discrete Approximation. Online. Electronic Proceedings in Theoretical Computer Science. Neuveden, č. 67, s. 97-112, 15 s. ISSN 2075-2180. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.4204/EPTCS.67.9
      URL
      RIV/00216224:14330/11:00049903 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Fabriková, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Dražan, Sven (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: abstraction; differential equations; reachability; systems biology
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 11. 4. 2012 10:22.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/947015/cs

    2010

    1. E-photosynthesis: web software for modeling and analysis of biological processes behind photosynthesis (software)
      KLEMENT, Matej, David ŠAFRÁNEK, Jan ČERVENÝ, Luboš BRIM a Ladislav NEDBAL. E-photosynthesis: web software for modeling and analysis of biological processes behind photosynthesis. Online
      URL
      Název česky: E-photosynthesis: webový software pro modelování a analýzu biologických procesů fotosyntézy
      RIV/00216224:14330/10:00047901 Software. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klement, Matej (703 Slovensko, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Červený, Jan (203 Česká republika) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Nedbal, Ladislav (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: systems biology; photosynthesis; database; annotation; SBML
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 29. 4. 2011 10:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/935939/cs
    2. High-performance analysis of biological systems dynamics with the DiVinE model checker
      BARNAT, Jiří, Luboš BRIM a David ŠAFRÁNEK. High-performance analysis of biological systems dynamics with the DiVinE model checker. Online. Briefings in Bioinformatics. Oxford (UK): Oxford University Press, roč. 11, č. 3, s. 301-312. ISSN 1467-5463
      DOI Abstract PDF reprint
      RIV/00216224:14330/10:00043826 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Barnat, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: molecular interaction networks; mathematical modeling and computer simulation; kinetic models; discrete abstraction; high-performance computing; model checking
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 2. 2. 2011 09:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/881320/cs
    3. Parameter Scanning by Parallel Model Checking with Applications in Systems Biology
      BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, David ŠAFRÁNEK a Martin VEJNÁR. Parameter Scanning by Parallel Model Checking with Applications in Systems Biology. Online. In Ninth International Workshop on Parallel and Distributed Methods in Verification, and Second International Workshop on High Performance Computational Systems Biology. Los Alamitos: IEEE Computer Society. s. 95-104. ISBN 978-0-7695-4265-2
      Název česky: Skenování parametrů prostřednictvím paralelního modelcheckingu s aplikacemi v systémové biologii
      RIV/00216224:14330/10:00045419 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Barnat, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Vejnár, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: biological networks; parallel model checking; dy namic systems; parameter scanning; systems biology
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Jiří Barnat, Ph.D., učo 3496. Změněno: 23. 1. 2012 12:18.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/908095/cs

    2009

    1. BioDiVinE: A Framework for Parallel Analysis of Biological Models
      BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Ivana ČERNÁ, Sven DRAŽAN, Jana FABRIKOVÁ, Jan LÁNÍK, David ŠAFRÁNEK a Ma HONGWU. BioDiVinE: A Framework for Parallel Analysis of Biological Models. Online. In Proceedings of 2nd International Workshop on Computational Models for Cell Processes. Neuveden: EPTCS. s. 31-45. ISSN 2075-2180
      Název česky: BioDiVinE: Framework pro analýzu biologických modelů
      RIV/00216224:14330/09:00028618 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Barnat, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Černá, Ivana (203 Česká republika, domácí) -- Dražan, Sven (203 Česká republika, domácí) -- Fabriková, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Láník, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hongwu, Ma (826 Velká Británie a Severní Irsko)
      Klíčová slova anglicky: model checking; multi-affine systems; dynamic systems; rectangular abstraction
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 2. 2. 2011 09:35.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/850846/cs
    2. BioDiVinE: A Tool for Parallel Analysis of Multi-Affine ODE Models
      BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Ivana ČERNÁ, Sven DRAŽAN, Jana FABRIKOVÁ, Jan LÁNÍK a David ŠAFRÁNEK. BioDiVinE: A Tool for Parallel Analysis of Multi-Affine ODE Models. Online. In Computational Mehotds in Systems Biology: Abstract of the Posters. Pisa: University of Pisa. s. 1-5, 4 s
      Název česky: BioDiVinE: Nástroj pro paralelní analýzu multi-afinních ODE modelů
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: parallel model checking; ordinary differential equations; multi-affine systems
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 17. 12. 2010 11:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/843066/cs
    3. Computational Analysis of Large-Scale Multi-Affine ODE Models
      BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Ivana ČERNÁ, Sven DRAŽAN, Jana FABRIKOVÁ a David ŠAFRÁNEK. Computational Analysis of Large-Scale Multi-Affine ODE Models. Online. In International Workshop on High Performance Computational Systems Biology. Los Alamitos (California): IEEE Computer Society. s. 81-90. ISBN 978-0-7695-3809-9
      URL
      Název česky: Výpočetní analýza rozsáhlých multiafinních ODE modelů
      RIV/00216224:14330/09:00028617 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Barnat, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Černá, Ivana (203 Česká republika, domácí) -- Dražan, Sven (203 Česká republika, domácí) -- Fabriková, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: biological networks; parallel model checking; dynamics systems; rectangular abstraction
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: prof. RNDr. Ivana Černá, CSc., učo 1419. Změněno: 13. 10. 2020 09:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/850840/cs
    4. On Algorithmic Analysis of Transcriptional Regulation by LTL Model Checking
      BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Ivana ČERNÁ, Sven DRAŽAN, Jana FABRIKOVÁ a David ŠAFRÁNEK. On Algorithmic Analysis of Transcriptional Regulation by LTL Model Checking. Online. Theoretical Computer Science. roč. 2009, č. 410, s. 3128-3148, 20 s. ISSN 0304-3975
      URL
      Název česky: Algoritmická analýza transkripční regulace s využitím metody ověřování modelů
      RIV/00216224:14330/09:00029225 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Barnat, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Brim, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Černá, Ivana (203 Česká republika, domácí) -- Dražan, Sven (203 Česká republika, domácí) -- Fabriková, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Genetic regulatory network; Piecewise-linear approximation; Model checking
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 2. 2. 2011 09:33.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/824056/cs

    2008

    1. From Simple Regulatory Motifs to Parallel Model Checking of Complex Transcriptional Networks
      BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Ivana ČERNÁ, Sven DRAŽAN a David ŠAFRÁNEK. From Simple Regulatory Motifs to Parallel Model Checking of Complex Transcriptional Networks. Online. In Proceedings of PDMC 2008 - Parallel and Distributed Methods ins VerifiCation. Budapest: Ivana Cerna and Gerald Luettgen. s. 83-96, 15 s. ISSN 1571-0661
      Název česky: Od jednoduchých regulačních motivů k ověřování komplexních transkripčních sítí
      RIV/00216224:14330/08:00024175 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Barnat, Jiří (203 Česká republika) -- Brim, Luboš (203 Česká republika) -- Černá, Ivana (203 Česká republika) -- Dražan, Sven (203 Česká republika) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: transcriptional networks; model checking; B. subtilis
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: prof. RNDr. Ivana Černá, CSc., učo 1419. Změněno: 31. 3. 2010 15:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/763157/cs
    2. Parallel Model Checking Large-Scale Genetic Regulatory Networks with DiVinE
      BARNAT, Jiří, Luboš BRIM, Ivana ČERNÁ, Sven DRAŽAN a David ŠAFRÁNEK. Parallel Model Checking Large-Scale Genetic Regulatory Networks with DiVinE. Online. In Electronic Notes in Theoretical Computer Science. Vol. 194/3. Elsevier: Elsevier Science. s. 35-50, 15 s. ISSN 1571-0661
      Název česky: Paralelní ověřování rozsáhlých genetických regulačních sítí nástrojem DiVinE
      RIV/00216224:14330/08:00024143 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Barnat, Jiří (203 Česká republika) -- Brim, Luboš (203 Česká republika) -- Černá, Ivana (203 Česká republika) -- Dražan, Sven (203 Česká republika) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: genetic regulatory networks; discrete simulation; parallel model checking
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Luboš Brim, CSc., učo 197. Změněno: 18. 11. 2008 12:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/749375/cs

    2007

    1. SystemVerilog verification of VHDL design
      ŠAFRÁNEK, David, Petr KOBIERSKÝ, Viktor PUŠ a Tom MÁLEK. SystemVerilog verification of VHDL design. Online. CESNET, z.s.p.o. Praha: CESNET, z.s.p.o. CESNET Technical Reports
      URL
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 29. 1. 2008 14:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/752397/cs
    2. Verifying VHDL Designs with Multiple Clocks in SMV
      SMRČKA, Aleš, Vojtěch ŘEHÁK, Tomáš VOJNAR, David ŠAFRÁNEK, Petr MATOUŠEK a Zdeněk ŘEHÁK. Verifying VHDL Designs with Multiple Clocks in SMV. Online. In Formal Methods Applications and Technology, 11th International Workshop on Formal Methods for Industrial Critical Systems, FMICS 2006, and 5th International Workshop on Parallel and Distributed Methods in Verification, PDMC 2006. Bonn: Springer-Verlag. s. 148-164, 16 s. ISBN 978-3-540-70951-0
      Název česky: Verifikace VHDL programů s více hodinami pomocí SMV
      RIV/00216224:14330/07:00019329 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Německo.
      Smrčka, Aleš (203 Česká republika) -- Řehák, Vojtěch (203 Česká republika) -- Vojnar, Tomáš (203 Česká republika) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant) -- Matoušek, Petr (203 Česká republika) -- Řehák, Zdeněk (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: formal verification; model checking; VHDL; asynchronous clock domains
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 9. 4. 2010 16:10.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/639264/cs

    2006

    1. Architectural Interoperability Checking in Visual Coordination Networks
      ŠAFRÁNEK, David. Architectural Interoperability Checking in Visual Coordination Networks. Online. In Combined Proceedings of the Second International Workshop on Coordination and Organization (CoOrg 2006) and the Second International Workshop on Methods and Tools for Coordinating Concurrent, Distributed and Mobile Systems (MTCoord 2006). Bologna: Elsevier Science. s. 81-96, 15 s. ISSN 1571-0661
      URL
      Název česky: Ověřování interoperability architektur ve vizuálních koordinačních diagramech
      RIV/00216224:14330/06:00015346 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: coordination models; architectural description languages; interoperability checking; equivalence checking; visual coordination networks
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 18. 6. 2007 14:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/637465/cs
    2. FlowMon Cache Simulation and Analysis of Inter-Packet Gaps
      KRAMÁREKOVÁ, Miroslava, Daniel JAKUBÍK, Martin ŽÁDNÍK a David ŠAFRÁNEK. FlowMon Cache Simulation and Analysis of Inter-Packet Gaps. Online. CESNET, z.s.p.o. Praha: CESNET, z.s.p.o. CESNET Technical Report Series 32/2006. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1000/182
      FlowMon
      Název česky: Simulace vyrovnávací paměti sondy FlowMon a analýza mezipaketových vzdáleností v tocích
      Informatika. angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: NetFlow
      Změnil: RNDr. Daniel Jakubík, učo 139797. Změněno: 5. 6. 2023 15:04.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/714999/cs
    3. Formal Verification of a FIFO Component in Design of Network Monitoring Hardware
      KRATOCHVÍLA, Tomáš, Vojtěch ŘEHÁK a David ŠAFRÁNEK. Formal Verification of a FIFO Component in Design of Network Monitoring Hardware. Online. In 10 years of CESNET - CESNET CONFERENCE 2006. Praha: CESNET, z.s.p.o. s. 151-160. ISBN 978-80-239-6533-9
      Název česky: Formální verifikace FIFO komponenty při návrhu síťového monitorovacího hardware
      RIV/00216224:14330/06:00015311 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Kratochvíla, Tomáš (203 Česká republika) -- Řehák, Vojtěch (203 Česká republika) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: formal verification; model checking; component-based hardware; FPGA
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 9. 4. 2010 16:09.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/630815/cs
    4. Formal Verification of the CRC Algorithm Properties
      SMRČKA, Aleš, Petr HLÁVKA, David ŠAFRÁNEK, Vojtěch ŘEHÁK, Pavel ŠIMEČEK a Tomáš VOJNAR. Formal Verification of the CRC Algorithm Properties. Online. In Proceedings of 2nd Doctoral Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science (MEMICS 2006). Brno: FIT BUT. s. 55-62. ISBN 80-214-3287-X
      Název česky: Formální verifikace vlastností CRC algoritmů
      RIV/00216224:14330/06:00015972 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Smrčka, Aleš (203 Česká republika) -- Hlávka, Petr (203 Česká republika) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant) -- Řehák, Vojtěch (203 Česká republika) -- Šimeček, Pavel (203 Česká republika) -- Vojnar, Tomáš (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: formal verification; CRC algorithms; generating polynomial
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 24. 3. 2010 10:39.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/701731/cs
    5. Visual Coordination Networks
      ŠAFRÁNEK, David. Visual Coordination Networks. Online. Brno: Masaryk University. 218 s. PhD Thesis
      Název česky: Visuální koordinační sítě
      RIV/00216224:14330/06:00031784 Účelové publikace. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: Thesis; coordination languages; architectural description languages; architectural interoperability checking; formal specification
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 19. 10. 2009 14:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/707398/cs

    2005

    1. CRC64 Algorithm Analysis and Verification
      ŠAFRÁNEK, David, Vojtěch ŘEHÁK, Tomáš KRATOCHVÍLA, Pavel ŠIMEČEK, Petr HLÁVKA a Tomáš VOJNAR. CRC64 Algorithm Analysis and Verification. Online. Brno: CESNET, z. s. p. o. Technical Report 27/2005
      URL
      Název česky: CRC64 Algorithm Analysis and Verification
      RIV/00216224:14330/05:00012922 Audiovizuální tvorba. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant) -- Řehák, Vojtěch (203 Česká republika) -- Kratochvíla, Tomáš (203 Česká republika) -- Šimeček, Pavel (203 Česká republika) -- Hlávka, Petr (203 Česká republika) -- Vojnar, Tomáš (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: CRC64; formal verification; correctness of CRC algorithm
      Změnil: RNDr. Pavel Šimeček, Ph.D., učo 51636. Změněno: 2. 5. 2008 13:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/597384/cs
    2. VCD: A Visual Formalism for Specification of Heterogeneous Software Architectures
      ŠAFRÁNEK, David a Jiří ŠIMŠA. VCD: A Visual Formalism for Specification of Heterogeneous Software Architectures. Online. In SOFSEM 2005: Theory and Practice of Computer Science. Heidelberg: Springer. s. 320-330, 10 s. ISBN 3-540-24302-X
      Název česky: VCD: Visuální formalizmus pro specifikaci heterogenních softwarových architektur
      RIV/00216224:14330/05:00012664 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant) -- Šimša, Jiří (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: visual coordination diagrams; labelled transition systems; visual specification; concurrent systems
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 9. 4. 2010 16:08.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/579961/cs

    2004

    1. How to Formalize FPGA Hardware Design
      HOLEČEK, Jan, Tomáš KRATOCHVÍLA, Vojtěch ŘEHÁK, David ŠAFRÁNEK a Pavel ŠIMEČEK. How to Formalize FPGA Hardware Design. Online. Praha: CESNET, z.s.p.o. CESNET Technical Report No. 04/2004
      URL
      Název česky: Kterak formalizovat hardwarový design FPGA čipů
      RIV/00216224:14330/04:00010387 Audiovizuální tvorba. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Holeček, Jan (203 Česká republika) -- Kratochvíla, Tomáš (203 Česká republika) -- Řehák, Vojtěch (203 Česká republika, garant) -- Šafránek, David (203 Česká republika) -- Šimeček, Pavel (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: formal verification; programmable hardware; FPGA; Cadence SMV; VHDL
      Změnil: doc. RNDr. Vojtěch Řehák, Ph.D., učo 3721. Změněno: 14. 2. 2005 11:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/559201/cs
    2. Verification Process of Hardware Design in Liberouter Project
      HOLEČEK, Jan, Tomáš KRATOCHVÍLA, Vojtěch ŘEHÁK, David ŠAFRÁNEK a Pavel ŠIMEČEK. Verification Process of Hardware Design in Liberouter Project. Online. Praha: CESNET z.s.p.o. CESNET Technical Report No. 05/2004
      URL
      Název česky: Proces verifikace hardwarového návrhu v projektu Liberouter
      RIV/00216224:14330/04:00010547 Audiovizuální tvorba. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Holeček, Jan (203 Česká republika, garant) -- Kratochvíla, Tomáš (203 Česká republika) -- Řehák, Vojtěch (203 Česká republika) -- Šafránek, David (203 Česká republika) -- Šimeček, Pavel (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: formal verification; Liberouter; Cadence SMV; VHDL
      Změnil: doc. RNDr. Vojtěch Řehák, Ph.D., učo 3721. Změněno: 24. 1. 2005 17:02.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/561408/cs
    3. Verification Results in Liberouter Project
      HOLEČEK, Jan, Tomáš KRATOCHVÍLA, Vojtěch ŘEHÁK, David ŠAFRÁNEK a Pavel ŠIMEČEK. Verification Results in Liberouter Project. Online. Praha: CESNET, z.s.p.o. CESNET Technical Report No. 03/2004
      URL
      Název česky: Výsledky verifikace v rámci projektu Liberouter
      RIV/00216224:14330/04:00010306 Audiovizuální tvorba. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Holeček, Jan (203 Česká republika) -- Kratochvíla, Tomáš (203 Česká republika) -- Řehák, Vojtěch (203 Česká republika) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant) -- Šimeček, Pavel (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: formal verification; programmable hardware; FPGA; Cadence SMV; VHDL; Verilog
      Změnil: doc. RNDr. Vojtěch Řehák, Ph.D., učo 3721. Změněno: 24. 1. 2005 17:02.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/558042/cs
    4. Visual Coordination Diagrams
      ŠAFRÁNEK, David. Visual Coordination Diagrams. Online. In Proceedings of the Doctoral Symposium of 7th International Conference on the Unified Modeling Language. Lisbon, Portugal: Alanen M., Cabot J., Goulao M., Saez J. and Simmonds D. (editors). s. 53-60
      URL
      Název česky: Visuální koordinační diagramy
      RIV/00216224:14330/04:00010393 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: VCD; specification of concurrent systems; modeling languages
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 31. 1. 2005 12:53.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/559388/cs
    5. Visual Specification of Systems with Heterogeneous Coordination Models
      ŠAFRÁNEK, David. Visual Specification of Systems with Heterogeneous Coordination Models. Online. In Proceeding of 3rd International Workshop on Foundations of Coordination Languages and Software Architectures. London: ENTCS. s. 107-121. ISSN 1571-0661
      Název česky: Visuální specifikace systémů s heterogenními modely koordinace
      Název anglicky: Visual Specification of Systems with Heterogeneous Coordination Models
      RIV/00216224:14330/04:00010302 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: specification; formal methods; visual formalism
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 18. 6. 2007 14:55.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/557990/cs

    2003

    1. Visual Specification of Concurrent Systems
      ŠAFRÁNEK, David. Visual Specification of Concurrent Systems. Online. In 18th IEEE International Conference on Automated Software Engineering. Montreal, Quebec, Canada: IEEE Computer Society. s. 369-372. ISBN 0-7695-2035-9
      Název anglicky: Visual Specification of Concurrent Systems
      RIV/00216224:14330/03:00008253 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: visual specification; concurrent systems; coordination models
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 9. 1. 2006 11:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/489729/cs

    2002

    1. SGCCS: A Graphical Language for Real-Time Coordination
      ŠAFRÁNEK, David. SGCCS: A Graphical Language for Real-Time Coordination. Online. In Proceedings of 1th International Workshop on Foundations of Coordination Languages and Software Architectures. Namur, Belgium: Elsevier Science. s. 99-114. ISSN 1571-0661
      URL
      Název anglicky: SGCCS: A Graphical Language for Real-Time Coordination
      RIV/00216224:14330/02:00006582 Stať ve sborníku. Počítačový hardware a software. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: formal specification; discrete real-time systems; hardware; SCCS; SGCCS; GCCS
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 20. 5. 2003 14:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/406145/cs
    2. SGCCS: A Graphical Language for Real-Time Systems
      ŠAFRÁNEK, David. SGCCS: A Graphical Language for Real-Time Systems. Online. In Proceedings SOFSEM 2002 Student Research Forum. Milovy: Mária Bieliková. s. 47-52
      URL
      Název anglicky: SGCCS: A Graphical Language for Real-Time Systems
      RIV/00216224:14330/02:00007148 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Šafránek, David (203 Česká republika, garant)
      Klíčová slova anglicky: graphical specification; SGCCS; CCS; real-time systems
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 19. 10. 2009 14:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/483067/cs
    3. YAHODA: verification tools database
      CRHOVÁ, Jitka, Pavel KRČÁL, Jan STREJČEK, David ŠAFRÁNEK a Pavel ŠIMEČEK. YAHODA: verification tools database. Online. In Proceedings of Tools Day. Brno: FI MU. s. 99-103
      FI MU Report Series
      RIV/00216224:14330/02:00006433 Stať ve sborníku. Počítačový hardware a software. angličtina. Česká republika.
      Crhová, Jitka (203 Česká republika) -- Krčál, Pavel (203 Česká republika) -- Strejček, Jan (203 Česká republika) -- Šafránek, David (203 Česká republika, garant) -- Šimeček, Pavel (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: formal verification
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: prof. RNDr. Jan Strejček, Ph.D., učo 3366. Změněno: 27. 11. 2006 15:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/405435/cs

    2001

    1. Grafická specifikace souběžných systémů
      ŠAFRÁNEK, David. Grafická specifikace souběžných systémů. Online. Brno: Masarykova universita, Fakulta informatiky. 68 s. Diplomová práce

      Klíčová slova anglicky: concurrent systems; CCS; GCCS
      Změnil: doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., učo 3159. Změněno: 7. 1. 2004 11:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/491770/cs
Zobrazeno: 23. 4. 2024 21:24