Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2016

    1. ChrgDescCalc.py – nástroj na výpočet nábojových deskriptorů
      HEJRET, Václav, Stanislav GEIDL, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. ChrgDescCalc.py – nástroj na výpočet nábojových deskriptorů. Online. In ENBIK - Národní bioinformatická konference. ISBN 978-80-7080-960-0
      URL
      Název anglicky: ChrgDescCalc.py - tool for calculating charge descriptors
      RIV/00216224:14740/16:00108723 Konferenční abstrakt. čeština. Česká republika.
      Hejret, Václav (203 Česká republika, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: ChrgDescCalc.py; calculating charge descriptors
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnila: Mgr. Pavla Foltynová, Ph.D., učo 106624. Změněno: 26. 3. 2020 21:00.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1380243/cs
    2. NEEMP – nástroj pro parametrizaci EEM
      RAČEK, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Aleš KŘENEK, Jana PAZÚRIKOVÁ, Stanislav GEIDL a Jaroslav KOČA. NEEMP – nástroj pro parametrizaci EEM. Online. In ENBIK2016. ISBN 978-80-7080-960-0
      URL
      čeština. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: EEM, parameterization, atomic charges
      Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 18. 10. 2016 11:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1348875/cs
    3. NEEMP: software for validation, accurate calculation and fast parameterization of EEM charges
      RAČEK, Tomáš, Jana PAZÚRIKOVÁ, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Stanislav GEIDL, Aleš KŘENEK, Francesco Luca FALGINELLA, Vladimír HORSKÝ, Václav HEJRET a Jaroslav KOČA. NEEMP: software for validation, accurate calculation and fast parameterization of EEM charges. Online. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, roč. 8, October, s. nestránkováno, 14 s. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-016-0171-1
      URL
      RIV/00216224:14740/16:00091249 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Pazúriková, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Falginella, Francesco Luca (380 Itálie, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Hejret, Václav (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Partial atomic charges; Electronegativity equalization method; EEM; EEM parameterization; wwPDB CCD database
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 22. 2. 2017 10:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1357233/cs
    4. Parametrizace ekvalizace elektronegativity metodou diferenciální evoluce
      PAZÚRIKOVÁ, Jana, Tomáš RAČEK, Stanislav GEIDL, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Aleš KŘENEK. Parametrizace ekvalizace elektronegativity metodou diferenciální evoluce. Online. In ENBIK 2016
      Název česky: Parametrizace ekvalizace elektronegativity metodou diferenciální evoluce
      Název anglicky: Parametrization of Electronegativity Equalization Method through Differential Evolution
      Počítačový hardware a software. čeština. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: atomic charges; EEM; differential evolution
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnila: Ing. Jana Hozzová, Ph.D., učo 411498. Změněno: 3. 8. 2016 09:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1350828/cs
    5. Structural Bioinformatics Tools for Drug Design: Extraction of Biologically Relevant Information from Structural Databases
      KOČA, Jaroslav, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Lukáš PRAVDA, Karel BERKA, Stanislav GEIDL, David SEHNAL a Michal OTYEPKA. Structural Bioinformatics Tools for Drug Design: Extraction of Biologically Relevant Information from Structural Databases. Online. 1. vyd. Cham: Springer International Publishing. 144 s. SpringerBriefs in Biochemistry and Molecular Biology. ISBN 978-3-319-47388-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-47388-8
      URL
      RIV/00216224:14740/16:00093315 Odborná kniha. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Berka, Karel (203 Česká republika) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Otyepka, Michal (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: Structural bioinformatics tools; databases of molecular structure; drug design; detection of biomacromolecular fragments; validation of ligands; detection of channels and pores
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 9. 4. 2017 11:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1370955/cs
    6. The Eighth Central European Conference “Chemistry towards Biology”: Snapshot
      PERCZEL, András, Atanas G. ATANASOV, Vladimír SKLENÁŘ, Jiří NOVÁČEK, Veronika PAPOUŠKOVÁ, Pavel KADEŘÁVEK, Lukáš ŽÍDEK, Henryk KOZLOWSKI, Joanna WATLY, Aleksandra HECEL, Paulina KOLKOWSKA, Jaroslav KOČA, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Lukáš PRAVDA, David SEHNAL, Vladimír HORSKÝ, Stanislav GEIDL, Ricardo D. ENRIZ, Pavel MATĚJKA, Adéla JENIŠTOVÁ, Marcela DENDISOVÁ, Alžběta KOKAISLOVÁ, Volkmar WEISSIG, Mark OLSEN, Aidan COFFEY, Jude AJUEBOR, Ruth KEARY, Marta SANZ-GAITERO, Mark J. VAN RAAIJ, Olivia MCAULIFFE, Birgit WALTENBERGER, Andrei MOCAN, Karel ŠMEJKAL, Elke H. HEISS, Marc DIEDERICH, Robert MUSIOL, Janez KOŠMRLJ, Jaroslaw POLANSKI a Josef JAMPÍLEK. The Eighth Central European Conference “Chemistry towards Biology”: Snapshot. Online. MOLECULES. Basel: MDPI AG, roč. 21, č. 10, s. nestránkováno, 27 s. ISSN 1420-3049. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/molecules21101381
      URL
      Název anglicky: The Eighth Central European Conference “Chemistry towards Biology”: Snapshot
      RIV/00216224:14310/16:00091715 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Švýcarsko.
      Perczel, András (348 Maďarsko) -- Atanasov, Atanas G. (40 Rakousko) -- Sklenář, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Nováček, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Papoušková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Kadeřávek, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Žídek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Kozlowski, Henryk (616 Polsko) -- Watly, Joanna (616 Polsko) -- Hecel, Aleksandra (616 Polsko) -- Kolkowska, Paulina (616 Polsko) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Enriz, Ricardo D. (32 Argentina) -- Matějka, Pavel (203 Česká republika) -- Jeništová, Adéla (203 Česká republika) -- Dendisová, Marcela (203 Česká republika) -- Kokaislová, Alžběta (203 Česká republika) -- Weissig, Volkmar (840 Spojené státy) -- Olsen, Mark (840 Spojené státy) -- Coffey, Aidan (372 Irsko) -- Ajuebor, Jude (372 Irsko) -- Keary, Ruth (372 Irsko) -- Sanz-Gaitero, Marta (724 Španělsko) -- van Raaij, Mark J. (724 Španělsko) -- McAuliffe, Olivia (372 Irsko) -- Waltenberger, Birgit (40 Rakousko) -- Mocan, Andrei (642 Rumunsko) -- Šmejkal, Karel (203 Česká republika) -- Heiss, Elke H. (40 Rakousko) -- Diederich, Marc (410 Korejská republika) -- Musiol, Robert (616 Polsko) -- Košmrlj, Janez (705 Slovinsko) -- Polanski, Jaroslaw (616 Polsko) -- Jampílek, Josef (703 Slovensko)
      Klíčová slova anglicky: drug design; targeting; chemical biology; biological chemistry; proteins and nucleic acids; natural compounds; synthesis; biomaterials; nanoparticles; ADME; drug delivery systems
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 9. 4. 2017 11:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1360575/cs
    7. Využití nábojových deskriptorů v chemoinformatice
      GEIDL, Stanislav, Václav HEJRET, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Využití nábojových deskriptorů v chemoinformatice. Online. In ENBIK - Národní bioinformatická konference. ISBN 978-80-7080-960-0

      Druh účasti: aktivní účast
      Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 10. 5. 2017 18:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1380244/cs

    2015

    1. AtomicChargeCalculator: Interactive Web-based calculation of atomic charges in large biomolecular complexes and drug like molecules
      IONESCU, Crina-Maria, David SEHNAL, Francesco Luca FALGINELLA, Purbaj PANT, Lukáš PRAVDA, Tomáš BOUCHAL, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Stanislav GEIDL a Jaroslav KOČA. AtomicChargeCalculator: Interactive Web-based calculation of atomic charges in large biomolecular complexes and drug like molecules. Online. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, roč. 7, č. 50, s. "nestránkováno", 13 s. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-015-0099-x
      URL
      RIV/00216224:14310/15:00081192 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Falginella, Francesco Luca (380 Itálie, domácí) -- Pant, Purbaj (524 Nepál, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Bouchal, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Conformationally dependent atomic charges; Biomacromolecules; Drug-like molecules; Paracetamol; Benzoic acids; Protegrin; Proteasome; Allostery; Chemical reactivity
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 29. 3. 2016 10:59.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1316982/cs
    2. High-quality and universal empirical atomic charges for chemoinformatics applications
      GEIDL, Stanislav, Tomáš BOUCHAL, Tomáš RAČEK, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Václav HEJRET, Aleš KŘENEK, Ruben ABAGYAN a Jaroslav KOČA. High-quality and universal empirical atomic charges for chemoinformatics applications. Online. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, roč. 7, DEC, s. 1-10. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-015-0107-1
      URL
      RIV/00216224:14740/15:00081211 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Bouchal, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Hejret, Václav (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, domácí) -- Abagyan, Ruben (840 Spojené státy) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Partial atomic charges; Electronegativity Equalization Method; EEM; Quantum mechanics; QM; Drug-like molecules
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 29. 3. 2016 11:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1317812/cs
    3. How Does the Methodology of 3D Structure Preparation Influence the Quality of pK(a) Prediction?
      GEIDL, Stanislav, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Veronika BENDOVÁ, Lukáš PETRUSEK, Crina-Maria IONESCU, Zdeněk JURKA, Ruben A. ABAGYAN a Jaroslav KOČA. How Does the Methodology of 3D Structure Preparation Influence the Quality of pK(a) Prediction?. Online. Journal of Chemical Information and Modeling. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, roč. 55, č. 6, s. 1088-1097. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/ci500758w
      URL
      RIV/00216224:14740/15:00082988 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Bendová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Petrusek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Jurka, Zdeněk (203 Česká republika, domácí) -- Abagyan, Ruben A. (840 Spojené státy) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: ELECTRONEGATIVITY EQUALIZATION METHOD; ATOMIC CHARGE SCHEMES; CARBOXYLIC-ACIDS; PHYSICAL-PROPERTIES; PHENOLS; VALUES; VALIDATION; QSAR; DESCRIPTORS; ALGORITHM
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Špillingová, učo 110713. Změněno: 20. 3. 2017 11:00.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1300114/cs
    4. ValidatorDB: database of up-to-date validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank
      SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Lukáš PRAVDA, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Vladimír HORSKÝ, Deepti JAISWAL, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. ValidatorDB: database of up-to-date validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank. Online. Nucleic Acids Research. United Kingdom: Oxford University Press, roč. 43, D1, s. "D369"-"D375", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gku1118
      URL
      RIV/00216224:14310/15:00082165 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Jaiswal, Deepti (356 Indie, domácí) -- Wimmerová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: chemical analysis; chemical structure; chirality; computer program; data analysis; data base; molecular model; process development; Protein Data Bank; systematic error; validation process; ValidatorDB
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 29. 3. 2016 11:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1206145/cs

    2014

    1. Atomic charge based descriptors and their applications in QSAR
      SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Stanislav GEIDL, David SEHNAL, Lukáš PRAVDA, Zdeněk JURKA, Crina-Maria IONESCU a Jaroslav KOČA. Atomic charge based descriptors and their applications in QSAR. Online. In 20th EuroQSAR - Understanding Chemical-Biological Interactions, St. Petersburg, Russia

      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 13. 9. 2014 15:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1197412/cs
    2. Consistency of sugar structures and their annotation in the PDB
      JAISWAL, Deepti, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Lukáš PRAVDA, Vladimír HORSKÝ, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. Consistency of sugar structures and their annotation in the PDB. Online. In 13th European Conference on Computational Biology, Strasbourg, France

      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Lukáš Pravda, Ph.D., učo 256262. Změněno: 16. 11. 2014 12:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1206151/cs
    3. How the methodology of 3D structure preparation influences the quality of pKa prediction?
      GEIDL, Stanislav, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Lukáš PETRUSEK, Crina-Maria IONESCU, David SEHNAL a Jaroslav KOČA. How the methodology of 3D structure preparation influences the quality of pKa prediction?. Online. In 20th EuroQSAR - Understanding Chemical-Biological Interactions, St. Petersburg, Russia

      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 13. 9. 2014 15:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1197413/cs
    4. Jaký vliv na přesnost QSPR modelů má metodika přípravy 3D struktury? Případová studie pro predikci pKa.
      GEIDL, Stanislav, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Lukáš PETRUSEK, David SEHNAL a Jaroslav KOČA. Jaký vliv na přesnost QSPR modelů má metodika přípravy 3D struktury? Případová studie pro predikci pKa. Online. In ENBIK - Národní bioinformatická konference. ISBN 978-80-7080-883-2

      Druh účasti: aktivní účast
      Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 8. 7. 2014 11:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1188322/cs
    5. Ligand structures in the Protein Data Bank – can we trust them?
      SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Lukáš PRAVDA, Deepti JAISWAL, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. Ligand structures in the Protein Data Bank – can we trust them?. Online. In 10th International Conference on Chemical Structures and 10th German Conference on Chemoinformatics, Noordwijkerhout, The Netherlands

      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. David Sehnal, Ph.D., učo 140435. Změněno: 16. 11. 2014 17:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1206124/cs
    6. MotiveValidator: interactive web-based validation of ligand and residue structure in biomolecular complexes
      SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Deepti JAISWAL, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Lukáš PRAVDA, Vladimír HORSKÝ, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. MotiveValidator: interactive web-based validation of ligand and residue structure in biomolecular complexes. Online. Nucleic Acids Research. Oxford, UK: Oxford University Press, roč. 42, W1, s. "W227"-"W233", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gku426
      URL
      RIV/00216224:14740/14:00075598 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Jaiswal, Deepti (356 Indie, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Wimmerová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: PROTEIN DATA-BANK; CRYSTAL-STRUCTURES; CRYSTALLOGRAPHY; INFORMATION; REFINEMENT; BIOLOGY; ARCHIVE; SERVER
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Martina Prášilová, učo 342282. Změněno: 25. 11. 2014 10:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1184600/cs
    7. MotiveValidator: software for validation of ligand and residue structures in biomolecular complexes (software)
      SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Deepti JAISWAL, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Lukáš PRAVDA, Vladimír HORSKÝ, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. MotiveValidator: software for validation of ligand and residue structures in biomolecular complexes. Online
      URL
      RIV/00216224:14740/14:00077886 Software. Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Jaiswal, Deepti (356 Indie, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Wimmerová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: PROTEIN DATA-BANK; CRYSTAL-STRUCTURES; CRYSTALLOGRAPHY; INFORMATION; REFINEMENT; BIOLOGY; ARCHIVE; SERVER
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 10. 4. 2015 10:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1214255/cs
    8. ValidatorDB: database of validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank (software)
      SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Deepti JAISWAL, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Lukáš PRAVDA, Vladimír HORSKÝ, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. ValidatorDB: database of validation results for ligands and non-standard residues from the Protein Data Bank. Online
      URL
      RIV/00216224:14740/14:00077887 Software. Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Jaiswal, Deepti (356 Indie, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Pravda, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Horský, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Wimmerová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: PROTEIN DATA-BANK; CRYSTAL-STRUCTURES; CRYSTALLOGRAPHY; INFORMATION; REFINEMENT; BIOLOGY; ARCHIVE; SERVER
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Olga Křížová, učo 56639. Změněno: 8. 7. 2015 13:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1214256/cs
    9. Web server for the rapid calculation of empirical atomic charges with QM accuracy
      GEIDL, Stanislav, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Purbaj PANT a Jaroslav KOČA. Web server for the rapid calculation of empirical atomic charges with QM accuracy. Online. In 10th International Conference on Chemical Structures and the 10th German Conference on Chemoinformatics

      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 27. 7. 2014 19:01.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1188331/cs

    2013

    1. Empirical charges for chemoinformatics applications
      BOUCHAL, Tomáš, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Tomáš RAČEK, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL, Aleš KŘENEK a Jaroslav KOČA. Empirical charges for chemoinformatics applications. Online. In GCC 2013 - 9th German Conference on Chemoinformatics. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-P60
      URL
      Změnil: RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., učo 324965. Změněno: 11. 1. 2016 10:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1188329/cs
    2. Predicting pKa values from EEM atomic charges
      SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Stanislav GEIDL, Crina-Maria IONESCU, Ondřej SKŘEHOTA, Tomáš BOUCHAL, David SEHNAL, Ruben A. ABAGYAN a Jaroslav KOČA. Predicting pKa values from EEM atomic charges. Online. Journal of Cheminformatics. London: BIOMED CENTRAL LTD, roč. 5, č. 18, s. "nestránkováno", 15 s. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1758-2946-5-18
      URL
      RIV/00216224:14310/13:00068473 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Skřehota, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Bouchal, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Abagyan, Ruben A. (840 Spojené státy) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Dissociation constant; Quantitative structure-property relationship; QSPR; Partial atomic charges; Electronegativity equalization method; EEM; Quantum mechanics; QM
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 27. 7. 2014 18:59.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1110036/cs
    3. QM quality atomic charges for proteins
      GEIDL, Stanislav, Crina-Maria IONESCU, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. QM quality atomic charges for proteins. Online. In GCC 2013 - 9th German Conference on Chemoinformatics. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/1758-2946-6-S1-P61
      URL
      Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 8. 7. 2014 12:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1188328/cs
    4. Rapid Calculation of Accurate Atomic Charges for Proteins via the Electronegativity Equalization Method
      IONESCU, Crina-Maria, Stanislav GEIDL, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ a Jaroslav KOČA. Rapid Calculation of Accurate Atomic Charges for Proteins via the Electronegativity Equalization Method. Online. Journal of Chemichal Information a Modeling. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, roč. 53, č. 10, s. 2548-2558. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/ci400448n
      URL
      RIV/00216224:14740/13:00074747 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: MOLECULAR ELECTROSTATIC POTENTIALS; PREDICTING PK(A) VALUES; DYNAMICS SIMULATIONS; POPULATION ANALYSIS; ORGANIC-MOLECULES; DIPOLE-MOMENTS; METHOD EEM; BASIS-SET; VALIDATION; SCHEMES
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 28. 1. 2017 19:35.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1122680/cs

    2012

    1. Predicting pKa values of substituted phenols by QSPR models which employ EEM atomic charges
      GEIDL, Stanislav, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Crina-Maria IONESCU, Ondřej SKŘEHOTA, Tomáš BOUCHAL, Michal KUDERA, David SEHNAL, Abagyan RUBEN a Jaroslav KOČA. Predicting pKa values of substituted phenols by QSPR models which employ EEM atomic charges. Online. In 3rd Strasbourg Summer School in Chemoinformatics
      Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 27. 7. 2014 19:01.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1188330/cs
    2. Predikce pKa pro nově navržené molekuly léků
      GEIDL, Stanislav, Roman BERÁNEK, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Tomáš BOUCHAL a Jaroslav KOČA. Predikce pKa pro nově navržené molekuly léků. Online. In ENBIK - Národní bioinformatická konference. ISBN 978-80-7080-818-4

      Druh účasti: aktivní účast
      Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 8. 7. 2014 11:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1188321/cs
    3. SiteBinder: An improved approach for comparing multiple protein structural motifs
      SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Heinrich J. HUBER, Stanislav GEIDL, Crina-Maria IONESCU, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. SiteBinder: An improved approach for comparing multiple protein structural motifs. Online. Journal of Chemical Information and Modeling. roč. 52, č. 2, s. 343–359. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/ci200444d
      RIV/00216224:14310/12:00057316 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Spojené státy.
      Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Huber, Heinrich J. (40 Rakousko) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Wimmerová, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein structural motifs; superimposition; comparison; lectins; apoptosis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Stanislav Geidl, Ph.D., učo 327887. Změněno: 27. 7. 2014 18:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/976927/cs

    2011

    1. Comparison of protein structural motifs – challenges and algorithms. Improved approach and case studies
      SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, David SEHNAL, Lukáš PRAVDA, Jan OPPELT, Crina-Maria IONESCU, Stanislav GEIDL a Jaroslav KOČA. Comparison of protein structural motifs – challenges and algorithms. Improved approach and case studies. Online. In 9th International Conference on Chemical Structures, Noordwijkerhout, The Netherlands
      Název anglicky: Comparison of protein structural motifs – challenges and algorithms. Improved approach and case studies

      Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 28. 3. 2011 21:35.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/932288/cs
    2. How the methodology of 3D structure preparation influences the quality of QSPR models?
      GEIDL, Stanislav, Roman BERÁNEK, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Tomáš BOUCHAL, Miroslav BRUMOVSKÝ, Michal KUDERA, Ondřej SKŘEHOTA a Jaroslav KOČA. How the methodology of 3D structure preparation influences the quality of QSPR models?. Online. In 7th German Conference on Chemoinformatics
      Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 24. 12. 2011 01:23.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/963799/cs
    3. Predicting pKa values of substituted phenols from atomic charges.
      GEIDL, Stanislav, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Ondřej SKŘEHOTA, Michal KUDERA, Crina-Maria IONESCU, David SEHNAL, Tomáš BOUCHAL a Jaroslav KOČA. Predicting pKa values of substituted phenols from atomic charges. Online. In 9th Discussions in Structural Molecular Biology, Nové Hrady, Czech Republic
      Název anglicky: Predicting pKa values of substituted phenols from atomic charges.

      Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 28. 3. 2011 20:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/932285/cs
    4. Predicting pK(a) values of substituted phenols from atomic charges: Comparison of different quantum mechanical methods and charge distribution schemes
      SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Radka, Stanislav GEIDL, Crina-Maria IONESCU, Ondřej SKŘEHOTA, Michal KUDERA, David SEHNAL, Tomáš BOUCHAL, Ruben A. ABAGYAN, Heinrich J. HUBER a Jaroslav KOČA. Predicting pK(a) values of substituted phenols from atomic charges: Comparison of different quantum mechanical methods and charge distribution schemes. Online. Journal of Chemical Information and Modeling. roč. 51, č. 8, s. 1795-1806. ISSN 1549-9596
      RIV/00216224:14310/11:00049975 Článek v odborném periodiku. Fyzikální chemie a teoretická chemie. angličtina. Spojené státy.
      Svobodová Vařeková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Geidl, Stanislav (203 Česká republika, domácí) -- Ionescu, Crina-Maria (642 Rumunsko, domácí) -- Skřehota, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Kudera, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Bouchal, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Abagyan, Ruben A. (840 Spojené státy) -- Huber, Heinrich J. (40 Rakousko) -- Koča, Jaroslav (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: pka; pka prediction; charge; QSPR; population analysis; quantum meechanics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. RNDr. Jaroslav Koča, DrSc., učo 610. Změněno: 28. 1. 2017 18:43.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/950090/cs
    5. QSPR Designer – Employ your own descriptors in the automated QSAR modeling process
      SKŘEHOTA, Ondřej, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Stanislav GEIDL, Crina-Maria IONESCU, Žídek JAN a Jaroslav KOČA. QSPR Designer – Employ your own descriptors in the automated QSAR modeling process. Online. In 7th German Conference on Chemoinformatics
      Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 24. 12. 2011 01:52.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/963802/cs
    6. QSPR modeling – algorithms, challenges and IT solutions
      SKŘEHOTA, Ondřej, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Stanislav GEIDL, Michal KUDERA, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU, Tomáš BOUCHAL a Jaroslav KOČA. QSPR modeling – algorithms, challenges and IT solutions. Online. In 9th Discussions in Structural Molecular Biology, Nové Hrady, Czech Republic
      Název anglicky: QSPR modeling – algorithms, challenges and IT solutions

      Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 28. 3. 2011 20:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/932286/cs
    7. SiteBinder – an improved approach for comparing multiple protein structural motifs. Case studies on biologically important motifs
      SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Heinrich J. HUBER, Stanislav GEIDL, Crina-Maria IONESCU, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. SiteBinder – an improved approach for comparing multiple protein structural motifs. Case studies on biologically important motifs. Online. In 7th German Conference on Chemoinformatics
      Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 24. 12. 2011 01:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/963801/cs
    8. SiteBinder – an improved software superimposing multiple protein structural motifs and its applications
      SEHNAL, David, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Heinrich J. HUBER, Stanislav GEIDL, Crina-Maria IONESCU, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. SiteBinder – an improved software superimposing multiple protein structural motifs and its applications. Online. In XV. Meeting of Biochemists and Molecular Biologists. ISBN 978-80-210-5594-0
      Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Změnila: doc. RNDr. Radka Svobodová, Ph.D., učo 4056. Změněno: 14. 1. 2012 00:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/963803/cs

    2010

    1. QSPR Designer - a program to design and evaluate QSPR models. Case study on pKa prediction
      SKŘEHOTA, Ondřej, Radka SVOBODOVÁ VAŘEKOVÁ, Stanislav GEIDL, Michal KUDERA, David SEHNAL, Crina-Maria IONESCU a Jaroslav KOČA. QSPR Designer - a program to design and evaluate QSPR models. Case study on pKa prediction. Online. In 6th German Conference on Chemoinformatics
      URL
      Informatika. angličtina.
      Klíčová slova anglicky: QSPR, model design, descriptors, pKa, atomic charges, phenols
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Mgr. Ing. Crina-Maria Ionescu, Ph.D., učo 336141. Změněno: 20. 10. 2010 18:39.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/903471/cs
Zobrazeno: 24. 4. 2024 13:28