Publication Records

REHM, Heidi, Angela PAGE, Lindsay SMITH, Jeremy ADAMS, Gil ALTEROVITZ, Lawrence BABB, Maxmillian BARKLEY, Michael BAUDIS, Miroslav CUPÁK, Robert M DAVIES, Danielle DENISKO, Megan J DOERR, Lena I DOLMAN, Edward S DOVE, L Jonathan DURSI, Stephanie DYKE, James A EDDY, Karen EILBECK, Kyle P ELLROTT, Susan FAIRLEY, Khalid A FAKHRO, Helen V FIRTH, Michael S FITZSIMONS, Marc FIUME, Paul FLICEK, Ian M FORE, Mallory A FREEBERG, Robert R FREIMUTH, Lauren A FROMONT, Jonathan FUERTH, Clara L GAFF, Weiniu GAN, Elena M GHANAIM, David GLAZER, Robert C GREEN, Malachi GRIFFITH, Obi L GRIFFITH, Robert L GROSSMAN, Tudor GROZA, AUVIL, Jaime M GUIDRY, Roderic GUIGO, Dipayan GUPTA, Melissa A HAENDEL, Ada HAMOSH, David P HANSEN, Reece K HART, Dean Mitchell HARTLEY, David HAUSSLER, HENDRICKS-STURRUP, M RACHELE, Calvin HO, Ashley E HOBB, Michael M HOFFMAN, Oliver M HOFMANN, Petr HOLUB, Martin KUBA, Peter GOODHAND, Kathryn NORTH and Ewan BIRNEY. GA4GH: International policies and standards for data sharing across genomic research and healthcare. Cell Genomics. Cell Press, vol. 1, No 2. ISSN 2666-979X. doi:10.1016/j.xgen.2021.100029. 2021.

VOISIN, Craig, Mikael LINDEN, Stephanie DYKE, Sarion BOWERS, Pinar ALPER, Maxmillian BARKLEY, David BERNICK, Jianpeng CHAO, Mélanie COURTOT, Francis JEANSON, Melissa KONOPKO, Martin KUBA, Jonathan LAWSON, Jaakko LEINONEN, Stephanie LI, Vivian WANG, Anthony PHILIPPAKIS, Kathy REINOLD, Gregory RUSHTON, J. Dylan SPALDING, Juha TÖRNROOS, Ilya TULCHINSKY, Jaime M. Guidry AUVIL and Tommi NYRÖNEN. GA4GH Passport standard for digital identity and access permissions. Cell Genomics. Elsevier, vol. 1, No 2, p. "100030", 16 pp. ISSN 2666-979X. doi:10.1016/j.xgen.2021.100030. 2021.

LINDEN, Mikael, Michal PROCHÁZKA, Ilkka LAPPALAINEN, Dominik František BUČÍK, Pavel VYSKOČIL, Martin KUBA, Sami SILÉN, Peter BELMANN, Alexander SCZYRBA, Steven NEWHOUSE, Luděk MATYSKA and Tommi NYRÖNEN. Common ELIXIR Service for Researcher Authentication and Authorisation. F1000Research. F1000 Research Ltd., vol. 7, No 2018, p. 1-16. ISSN 2046-1402. doi:10.12688/f1000research.15161.1. 2018.

KNÍŽEK, Jiří, Lubomír PAVLIŠKA, Václav PROCHÁZKA, Adéla VRTKOVÁ, Ladislav BERÁNEK, Pavel BOUCHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL and Martin KUBA. Computation of Identification of a Gnostical Regression Model, Robust to Both Input and Output Disturbances with the Help of Parallel Computing–Basic Version. International Journal of Mathematics and Computation™. CESER, vol. 29, No 2, p. 29-58. ISSN 0974-5718. 2018.

KNÍŽEK, Jiří, Ladislav BERÁNEK, Pavel BOUCHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL, Martin KUBA, Lubomír PAVLIŠKA and Václav PROCHÁZKA. Computation of Kovanic's Expectedness Distributions with the Help of Parallel Computing - Basic Version (with Special References of Health and Environment). INTERNATIONAL JOURNAL OF ECOLOGICAL ECONOMICS & STATISTICS. UTTARAKHAND: CENTRE ENVIRONMENT SOCIAL & ECONOMIC RESEARCH PUBL-CESER, vol. 38, No 1, p. 96-119. ISSN 0973-1385. 2017.

KNÍŽEK, Jiří, Pavel BOUCHAL, Vendula PÁRALOVÁ, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL, Ladislav BERÁNEK and Martin KUBA. Tests of Hypotheses in a Set of LC-MS Profiles. International Journal of Engineering and Future Technology. vol. 2, No 1, p. 45-54. ISSN 2455-6432. 2016.

KNÍŽEK, Jiří, Jiří ŠINDELÁŘ, Pavel BOUCHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL, Ladislav BERÁNEK and Martin KUBA. Tests of Hypotheses in a Set of Spectral Courses Alias Marker Statistics. Int J Stat Econ. vol. 17, No 1, p. 50-72. ISSN 0975-556X. 2016.

KNÍŽEK, Jiří, Pavel BOUCHAL, Bořivoj VOJTĚŠEK, Rudolf NENUTIL, Ladislav BERÁNEK, Martin KUBA and Pavel TOMŠÍK. Regression Algorithm for Identification of Biomarker Areas in SELDI-TOF Mass Spectra. International Journal of Imaging and Robotics. vol. 13, No 2, p. 40-57. ISSN 2231-525X. 2014.

PAUNZEN, Ernst, Martin KUBA, Richard G. WEST and Miloslav ZEJDA. SuperWASP data release 1 public again. INFORMATION BULLETIN ON VARIABLE STARS. vol. 6090, No 6090, p. "nestrankovano", 2 pp. ISSN 1587-2440. 2014.

KUBA, Martin and Marek CHRASTINA. MUNI FITS Photometric Archive. In 44. konference o výzkumu proměnných hvězd. 2012.

KUBA, Martin. Automated trust negotiation in identity federations using OWL-based abduction of missing credentials. In Proceedings of the 6th International Conference forInternet Technology and Secured Transactions (ICITST-2011). Abu Dhabi: IEEE Xplore DigitalLibrary. p. 164-169. ISBN 978-1-908320-00-1. 2011.

ŠPÁNEK, Roman, Daniel KOUŘIL, Martin KUBA and Michal PROCHÁZKA. Reputation Based Trust Management System Supporting Collaboration in a Medical Application. In Proceedings of e-Technologies and Networks for Development (ICeND 2011), Communications in Computer and Information Science, vol. 171. Heidelberg: Springer Berlin. p. 285-297. ISBN 978-3-642-22729-5. 2011.

KMUNÍČEK, Jan, Martin KUBA, Ivana KŘENKOVÁ and David ANTOŠ. MetaCentrum—e-Infrastructure for Computational and Data Challenges. Nové Hrady, 2010.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Robert RAKOWSKI, Michal PROCHÁZKA and Zora SEBESTIANOVÁ. Jak zlepšit využívání dostupných dat a vzorců ? Odpověd zní: MEDIGRID. Diabetologie, metabolismus, endokrinologie, výživa. Praha: Tigis, vol. 12, supplem. 1, p. 62-63, 1 pp. ISSN 1211-9326. 2009.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Rakowski ROBERT, Michal PROCHÁZKA and Zora SEBESTIANOVÁ. MEDIGRID - váš program pro vaše pacienty. Vnitřní lékařství - časopis České internistické společnosti a Slovenskej internistickej spoločnosti. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, vol. 55, No 9, p. 885. ISSN 0042-773X. 2009.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Robert RAKOWSKI and Michal PROCHÁZKA. Videokonference - moderní cesta realizace lékařských konzilií a konzultací. Diabetologie, metabolismus, endokrinologie, výživa. Praha: Tigis, vol. 12, supplem. 1, p. 63. ISSN 1211-9326. 2009.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Robert RAKOWSKI and Michal PROCHÁZKA. Videokonference - prostředek pro vedení lékařských konzilií a konzultací. Cor et Vasa - Časopis České kardiologické společnosti. Brno: Česká kardiologická společnost, vol. 2009, Suppl. 1, 1 pp. ISSN 1803-7712. 2009.

PLŠEK, Vítězslav, Jan KMUNÍČEK and Martin KUBA. A Graphical Frontend to Key Services for Utilization of Grid Environments: A CharonGUI Use Case. In 4th International Workshop on Grid Computing for Complex Problems (GCCP 2008). Bratislava, Slovakia: Institute of Informatics, Slovak Academy of Sciences. p. 28-35. ISBN 978-80-969202-9-7. 2008.

KMUNÍČEK, Jan, Martin KUBA, Vítězslav PLŠEK and Luděk MATYSKA. Charon GUI: Feature Rich Interface to Distinct Grid Niches. In 3rd EGEE User Forum, Clermont-Ferrand, France. 2008.

KUBA, Martin and Jana SMRŽOVÁ. Identity Federation for Expert Only Access in a Large Virtual Community: Drug Interactions Use Case. In HealhGrid 2008, Chicago. 2008.

KUBA, Martin and Jana SMRŽOVÁ. Lékové interakce: program k jejich vyhledávání s možností doplňování dalších pozorovaných interakcí. Vnitřní lékařství - časopis České internistické společnosti a Slovenskej internistickej spoločnosti. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, vol. 54, No 9, p. 897. ISSN 0042-773X. 2008.

KUBA, Martin and Jana SMRŽOVÁ. Lékové interakce: program k jejich vyhledávání s možností doplňování dalších pozorovaných interakcí. Aktuality v nefrologii. TIGIS, 14/2008, No 2, p. 80-80. ISSN 1210-955X. 2008.

KUBA, Martin and Jana SMRŽOVÁ. Nový bezplatný program pro zobrazení známých i zachycení nových lékových interakcí. In XVI. výroční sjezd České kardiologické společnosti, Brno. Praha: Medical Tribune CZ. p. 58. 2008.

KUBA, Martin and Jana SMRŽOVÁ. Optimalizace využití biometrických údajů pacientů pomocí programu Medigrid. In XVI. výroční sjezd České kardiologické společnosti, Brno. Praha. Medical Tribune CZ. p. 58. 2008.

KUBA, Martin and Jana SMRŽOVÁ. Program zobrazující lékové interakce s možností připsání dalších pozorovaných interakcí. Diabetologie Metabolismus Endokrinologie Výživa. Praha: Tigis s.r.o., Ročník 11, Suplem. 1, p. 54. ISSN 1211-9326. 2008.

SMRŽOVÁ, Jana, Martin KUBA, Dagmar HRŮZOVÁ, Michal PROCHÁZKA and Zora SEBESTIANOVÁ. Videokonference jako nástroj pro vedení lékařských konzilií a konzultací. Vnitřní lékařství - časopis České internistické společnosti a Slovenskej internistickej spoločnosti. Praha: Česká lékařská společnost J. E. Purkyně, vol. 54, No 9, p. 911-912. ISSN 0042-773X. 2008.

KOUŘIL, Daniel, Martin KUBA, Martin OSOVSKÝ, Radim PEŠA and Michal PROCHÁZKA. Federace identit aneb spolčení totožností (Introduction to Identity Federations). Zpravodaj ÚVT MU. Brno: Masarykova univerzita, vol. 18, No 2, p. 1-7, 8 pp. ISSN 1212-0901. 2007.

KMUNÍČEK, Jan, Vítězslav PLŠEK and Martin KUBA. Graphical User Interface for Charon Extension Layer System and Application Dashboards. In Computational Chemistry Workshop, d'Orsay, Paris, France. 2007.

KUBA, Martin, Zora SEBESTIANOVÁ, Luděk MATYSKA, Jan VEJVALKA, Petr LESNÝ and Tomáš HOLEČEK. MediGrid jako prostředek sdílení biomedicínských zdrojů. In Širokopásmové sítě a jejich aplikace, sborník příspěvků. Olomouc: Univerzita Palackého v Olomouci. p. 79-82. ISBN 978-80-244-1687-8. 2007.

KOUŘIL, Daniel, Ondřej KRAJÍČEK, Martin KUBA and Michal PROCHÁZKA. Message Level Security For Grid Services Using S/MIME. In Distributed and Parallel Systems (DAPSYS). Springer US. p. 123-131. ISBN 978-0-387-69857-1. 2007.

KOUŘIL, Daniel, Martin KUBA and Michal PROCHÁZKA. Nasazení federací ve velkém distribuovaném prostředí: systém pro správu interakcí léků (Federation deployment in large distributed environment: a system for medical drug interactions administration). In DATAKON 2007 - Proceedings of the Annual Database Conference. 1st ed. Brno: Masarykova Univerzita. p. 132-141. ISBN 978-80-7355-076-9. 2007.

KUBA, Martin, Daniel KOUŘIL and Michal PROCHÁZKA. Sealed Grid with Downloadable Services. In CoreGRID Symposium. Rennes, France: Springer. p. 83-91. ISBN 978-0-387-72497-3. 2007.

KUBA, Martin and Zora SEBESTIANOVÁ. Web Deployed Interface for a Medical Knowledge Grid. In The Second International Conference on Internet and Web Applications and Services (ICIW 2007). IEEE Digital Library: IEEE Computer Society Press. 5 pp. ISBN 0-7695-2844-9. 2007.

KUBA, Martin, Ondřej KRAJÍČEK, Petr LESNÝ, Jan VEJVALKA and Tomáš HOLEČEK. Grid Empowered Sharing of Medical Expertise. In Challenges and Opportunities of HealthGrids, Proceedings of HealthGrid 2006. Amsterdam (Netherlands): IOS Press. p. 273-282. ISBN 1-58603-617-3. 2006.

KRAJÍČEK, Ondřej, Václav LORENC and Martin KUBA. Secure References for Reliable Knowledge Sharing on the Biomedical Grid (Bezpečné reference pro spolehlivé sdílení znalostí v biomedicinském gridu). In Proceedings of the Second Workshop on Mathematical and Engineering Methods in Computer Science. 2006th ed. Brno: Vysoké učení technické v Brně. p. 83-90. ISBN 80-214-3287-X. 2006.

KUBA, Martin and Miloš LIŠKA. Web Service Based Knowledge Grid for Biomedicine. In Proceedings of MIPRO 2006 / Hypermedia and Grid Systems. Opatija (Croatia): Croatian Society for Information and Communication Technology, Electronics and Microelectronics. p. 191-193. ISBN 953-233-018-6. 2006.

KUBA, Martin. Web Services. In DATAKON 2006, Proceedings of the Annual Database Conference. Brno. p. 93-112. ISBN 80-210-4102-1. 2006.

BOCCHI, Laura, Ondřej KRAJÍČEK and Martin KUBA. Infrastructure for Adaptive Workflows in Semantic Grids. In Proceedings of the first CoreGRID Integration Workshop. Pisa: University of Pisa. p. 327-336. 2005.

KUBA, Martin. Integration of Medical Services Using Semantic Grid Techniques. Technology and Health Care. Amsterdam (The Netherlands): IOS Press, vol. 13, No 5, p. 410-411. ISSN 0928-7329. 2005.

KUBA, Martin, Ondřej KRAJÍČEK, Petr LESNÝ and Tomáš HOLEČEK. Semantic Grid Infrastructure for Applications in Biomedicine. In DATAKON 2005 - Proceedings of the Annual Database Conference. 1st ed. Brno. p. 335-344. ISBN 80-210-3813-6. 2005.

KUBA, Martin. Tutoriál Web Services (Web Services Tutorial). XXVI. konference EurOpen.CZ. Monínec, 2005.

HOLUB, Petr, Martin KUBA, Luděk MATYSKA and Miroslav RUDA. Grid Infrastructure Monitoring as Reliable Information Service. In Grid Computing, Second European AcrossGrids Conference, AxGrids 2004, Lecture Notes in Computer Science 3165. Berlin / Heidelberg: Springer-Verlag. p. 220-229. ISBN 3-540-22888-8. 2004.

KUBA, Martin. Uživatelský portál METACentra. CESNET z.s.p.o. technická zpráva. 2004.

KUBA, Martin. Web Services. Zpravodaj Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity v Brně. roč. 13, č. 3, p. 9-14. ISSN 1212-0901. 2003.

KUBA, Martin. XML snadno a rychle. Zpravodaj Ústavu výpočetní techniky Masarykovy univerzity v Brně. roč. 13, č. 3, p. 4-9. ISSN 1212-0901. 2003.

KUBA, Martin. Neural networks brick-box. Brno. 59 s. 1995.