HÁJEK, Michal a Petra HÁJKOVÁ. Hlavní typy rašelinišť ve střední Evropě z botanického hlediska. Zprávy České botanické společnosti. Praha, 2007, roč. 42, Mater. 22, s. 19-28. ISSN 1212-3323.
HÁJEK, Michal, Michal HORSÁK, Petra HÁJKOVÁ a Daniel DÍTĚ. Habitat diversity of central European fens in relation to environmental gradients and an effort to standardise fen terminology in ecological studies. Perspectives in Plant Ecology, Evolution and Systematics. Zürich: Elsevier, 2006, roč. 8, č. 2, s. 97-114. ISSN 1433-8319.
OPRAVILOVÁ, Vera a Michal HÁJEK. The variation of testacean assemblages (Rhizopoda) along the complete base-richness gradient in fens: a case study from the Western Carpathians. Acta Protozoologica. Warszawa: Nencki Institute of Experimental Biology, 2006, roč. 45, č. 2, s. 191-204, 12 s. ISSN 0065-1583.
HÁJEK, Michal, Petra HÁJKOVÁ a Iva APOSTOLOVA. Notes on the Bulgarian wetland flora, including new national and regional records. Phytologia Balcanica. Sofia: Bulgarian Academy of Sciences, 2005, roč. 11, č. 2, s. 173-184. ISSN 1310-7771.
HÁJEK, Michal, Rossen TZONEV, Petra HÁJKOVÁ, Anna GANEVA a Iva APOSTOLOVA. Plant communities of the subalpine mires and springs in the Vitosha Mt. Phytologia Balcanica. Sofia: Bulgarian Academy of Sciences, 2005, roč. 11, č. 2, s. 193-205. ISSN 1310-7771.
HÁJKOVÁ, Petra a Michal HÁJEK. Bryophyte and vascular plant responses to base-richness and water level gradients in Western Carpathian Sphagnum-rich mires. Folia Geobotanica. Průhonice: Institute of Botany, 2004, roč. 39, č. 4, s. 335-351, 16 s. ISSN 1211-9520.
HÁJEK, Michal a Petr HEKERA. Can seasonal variation in fen water chemistry influence the reliability of vegetation-environment analyses? Preslia. 2004, roč. 76, č. 1, s. 1-14. ISSN 0032-7786.
KUČEROVÁ, Andrea, Tomáš KUČERA, Michal HÁJEK a Kamil RYBNÍČEK. Rašelinné lesy. In Katalog biotopů České republiky. Habitat catalogue of the Czech Republic. Praha: Agentura ochrany přírody a krajiny, 2001, s. 223-230. ISBN 80-86064-55-7.
HÁJEK, Michal a Kamil RYBNÍČEK. Vrchoviště. In Katalog biotopů České republiky. Habitat catalogue of the Czech Republic. Praha: Agentura ochrany přírody a krajiny, 2001, s. 71-76. ISBN 80-86064-55-7.