Publication Records

SCHWARZEROVÁ, Jana, Martin HURTA, Vojtěch BARTOŇ, Matej LEXA, Dirk WALTHER, Valentine PROVAZNÍK and Wolfram WECKWERTH. A perspective on genetic and polygenic risk scores — advances and limitations and overview of associated tools. Briefings in Bioinformatics. Oxford University Press, 2024, vol. 25, No 3, p. bbae240, 11 pp. ISSN 1467-5463. Available from: https://dx.doi.org/10.1093/bib/bbae240.

ŠKOVRANOVÁ, Gabriela, Lenka MOLČANOVÁ, Blaž JUG, Dina JUG, Anja KLANČNIK, Sonja SMOLE-MOŽINA, Jakub TREML, Magda TUŠEK ŽNIDARIČ and Alice SYCHROVÁ. Perspectives on antimicrobial properties of Paulownia tomentosa Steud. fruit products in the control of Staphylococcus aureus infections. JOURNAL OF ETHNOPHARMACOLOGY. IRELAND: ELSEVIER IRELAND LTD, 2024, vol. 2024, March, p. 117461. ISSN 0378-8741. Available from: https://dx.doi.org/10.1016/j.jep.2023.117461.

MLČŮCHOVÁ, Natálie, Kateřina VYKLICKÁ, Michaela RUČKOVÁ, Sabina ŠEVČÍKOVÁ, Jan BÖHM, Monika VLACHOVÁ, Jiří DOLINA, Lumír KUNOVSKÝ, Radek KROUPA, Zdeněk PAVLOVSKÝ, Tereza DEISSOVÁ, Lydie IZAKOVIČOVÁ HOLLÁ, Ondřej SLABÝ, Zdeněk KALA and Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ. Asociace tkáňové exprese miR-196a s Barrettovým jícnem a adenokarcinomem jícnu (Association of tissue expression of miR-196a with Barrett's esophagus and esophageal adenocarcinoma). In ONCO Prague, 2023. 2023.

VACULOVÁ, Jitka, Lumír KUNOVSKÝ, Zdeněk KALA, Radek KROUPA, Jiří DOLINA, Vladimír PROCHÁZKA, Tomáš GROLICH, Zdeněk PAVLOVSKÝ, Natálie MLČŮCHOVÁ, Terezie SLÁMOVÁ, Petra BRENEROVÁ, Jan BÖHM, Petr ANDRLA, V. NAVRATIL, O. URBAN, T. HARUSTIAK, R. LISCHKE, Tereza DEISSOVÁ, Jan LOCHMAN, Lydie IZAKOVIČOVÁ HOLLÁ, Ondřej SLABÝ and Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ. Association of relative abundance of Helicobacteraceae in the stomach in patients with esophageal adenocarcinoma. In ESGE Days 2023. 2023. ISSN 0013-726X. Available from: https://dx.doi.org/10.1055/s-0043-1765429.

BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ, Petra, Dávid SZÁRAZ, Sabina CERULOVÁ, Lenka BODOKYOVÁ, Ctirad MACHÁČEK, Zdeněk DANĚK, Petra BRENEROVÁ and Eva BUDINSKÁ. Bacteriome analysis of cystic fluids from odontogenic cysts – a pilot study. In 3rd International Conference on Oral Mucosal Immunity and Microbiome. 2023.

VYKLICKÁ, Kateřina, Jan BÖHM, Petra BRENEROVÁ, Břetislav LIPOVÝ and Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ. Bacteriome of bronchoalveolar lavage in patients with inhalation injury during their hospitalization - a pilot study. In World of Microbiome. 2023.

MARINČÁK VRANKOVÁ, Zuzana, Petra BRENEROVÁ, Lenka BODOKYOVÁ, Jan BÖHM and Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ. Bacteriomes of the dorsum of the tongue in children undergoing orthodontic treatment in relation to the mouth breathing. In Targeting Microbiota, Venice. 2023.

BARTOŠ, Michal, Milan URÍK, Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ, Lucie BUREŠOVÁ, Pavla HOLOCHOVÁ and eva BUDÍNSKÁ. Bakteriom středního ucha u dětí a mladých dospělých s retrakční kapsou a cholesteatomem (Bacterioma of the middle ear in children and young adults with retraction pocket and cholesteatoma). In Otologické dny. 2023.

MLČŮCHOVÁ, Natálie, Terezie SLÁMOVÁ, Petra BRENEROVÁ, Tereza DEISSOVÁ, Jan BÖHM, Lumír KUNOVSKÝ, Radek KROUPA, Jiří DOLINA, Vladimír PROCHÁZKA, Tomáš GROLICH, Jitka VACULOVÁ, Petr ANDRLA, Vít NAVRÁTIL, Ondřej URBAN, Tomáš HARUŠTIAK, Robert LISCHKE, Lydie IZAKOVIČOVÁ HOLLÁ, Ondřej SLABÝ, Zdeněk KALA, Eva BUDINSKÁ and Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ. Comparison of sequencing analyses targeting the V1/V2 and V3/V4 regions in the 16S rDNA gene – analysis of bacteriome in oral swabs and esophageal tissues. In Biologické dny, 2023. 2023.

BUJŇÁKOVÁ, Dobroslava, Katarína KUCKOVÁ, Zora VÁRADYOVÁ, Iveta PLACHÁ, Viola STROMPFOVÁ, Jan BÖHM, Lenka KOSEČKOVÁ MICENKOVÁ and Klaudia ČOBANOVÁ. Effects of Dietary Zinc and/or an Herbal Mixture on Intestinal Microbiota and Barrier Integrity in Lambs. Agriculture. MDPI, 2023, vol. 13, No 9, p. 1-13. ISSN 2077-0472. Available from: https://dx.doi.org/10.3390/agriculture13091819.

VYDRÁŘ, David, Svatava SNOPKOVÁ, Radek SVAČINKA, Petr HUSA, Lenka KOSEČKOVÁ MICENKOVÁ, Jan BÖHM and Petr HUSA. Gut microbiota changes - dysbiotic senescence pattern in the context of viral suppression. In EACS 2023. 2023.

CERULOVÁ, Sabina, Josef LAVICKÝ, Petra BRENEROVÁ, Filip RŮŽIČKA, Jan KŘIVÁNEK and Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ. Introduction of RNAscope method for detection of selected bacteria associated with apical periodontitis. In Setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2023.

BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ, Petra, Eva KLVAŇOVÁ, Michal BARTOŠ, Milan URÍK, Zuzana MARINČÁK VRANKOVÁ, Pavel HORNÍK, Petra BRENEROVÁ, Lenka BODOKYOVÁ, Pavla HOLOCHOVÁ, Jana VRZALOVÁ, Jan BÖHM, Vojtěch BARTOŇ, Petra RŮŽIČKOVÁ and Jana KLÁNOVÁ. Laboratoře analýzy mikrobiomu - ušní, nasální a orální bakteriom (Laboratories for microbiome analysis - ear, nasal, and oral bacteriome). In Otologický den. 2023.

BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ, Petra, Filip RŮŽIČKA, František JANDA, Pavla HOLOCHOVÁ, Maximilián RADA, Zdeněk POKORNÝ, Eva KUŽELOVÁ KOŠŤÁKOVÁ, Eva BUDINSKÁ, Petra RŮŽIČKOVÁ and Jana KLÁNOVÁ. Laboratoře analýzy mikrobiomu - testování nanomateriálu obsahujícího probiotikum a jeho využití v preventivní medicíně (Microbiome analysis laboratories - testing of a nanomaterial containing a probiotic and its use in preventive medicine). In MATEDAS, 2023. 2023.

SNOPKOVÁ, Svatava, Radek SVAČINKA, Petr HUSA, Lenka KOSEČKOVÁ MICENKOVÁ, Jan BÖHM and Petr HUSA. Luminální mikrobiota u lidí žijících s HIV – deplece producentů SCFA (Luminal microbiota in people living with HIV - depletion of SCFA producers). In KMINE 2023 – IX. Kongres klinické mikrobiologie, infekčních nemocí a epidemiologie. 2023.

ŠKOVRANOVÁ, Gabriela, Lenka MOLČANOVÁ, Anja KLANČNIK, Blaž JUG, Sonja SMOLE-MOŽINA and Alice SYCHROVÁ. Paulownia tomentosa extracts fighting against staphylococcal biofilm formation. In 18th Warsaw International Medical Congress, 21st - 23rd April 2023. 2023.

ŠKOVRANOVÁ, Gabriela, Lenka MOLČANOVÁ, Anja KLANČNIK, Blaž JUG, Sonja SMOLE-MOŽINA and Alice SYCHROVÁ. Paulownia tomentosa fruit extracts activity in eradication of Staphylococcus aureus. In PSE Young Scientists’ Meeting 28th – 30th June 2023, Paris, France. 2023.

HUSA, Petr, Petr HUSA, Svatava SNOPKOVÁ, David VYDRÁŘ, Lenka KOSEČKOVÁ MICENKOVÁ and Jan BÖHM. Střevní mikrobiota u splenektomovaných pacientů (Intestinal microbiota after splenectomy). In Kongres klinické mikrobiologie, infekčního lékařství a epidemiologie (KMINE). 2023.

FARNÍKOVÁ, Simona, Kateřina VYKLICKÁ, Petra BRENEROVÁ and Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ. The design of internal standard for mycobiome analysis of clinical samples. In Setkání biochemiků a molekulárních biologů. 2023.

BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ, Petra, Natálie MLČŮCHOVÁ, Jan BÖHM, Petra BRENEROVÁ, Vojtěch BARTOŇ, Adam MAJER, Zdeněk PAVLOVSKÝ, Lumír KUNOVSKÝ, Radek KROUPA, Jiří DOLINA, Ondřej URBAN, Vít NAVRÁTIL, Tomáš HARUŠTIAK, Robert LISCHKE, Tomáš GROLICH, Vladimír PROCHÁZKA, Lydie IZAKOVIČOVÁ HOLLÁ, Martina ZAPLETALOVÁ, Jan LOCHMAN, Ondřej SLABÝ, Eva BUDINSKÁ and Zdeněk KALA. Transcriptomic analysis of esophageal tissues and potential biomarkers for differential diagnostics of Barrett´s mucosa and esophageal adenocarcinoma. In Cancer Science, 2023. 2023.

BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ, Petra, Petra BRENEROVÁ, Pavla HOLOCHOVÁ, Jana VRZALOVÁ, Vojtěch BARTOŇ, Jan BÖHM, Eva BUDINSKÁ, Petra PŘIBYLOVÁ, Petra RŮŽIČKOVÁ, Jana KLÁNOVÁ and Břetislav LIPOVÝ. Výzkumná infrastruktura RECETOX – metagenomické analýzy a hojení ran (Research infrastructure RECETOX - metagenomic analyses and wound healing). In III. Česko - Slovenský kongres mezioborové přístupy hojení ran. 2023.

VYKLICKÁ, Kateřina, Jan BÖHM, Petr ANDRLA, Eva BUDINSKÁ, Břetislav LIPOVÝ and Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ. 16S rDNA sequencing analysis of low-abundance samples spiked with bacterial mock community. In III. ČESKO-SLOVENSKÝ KONGRES MEZIOBOROVÉ PŘÍSTUPY V HOJENÍ RAN. 2023.

DOLINA, Jiří, Lumír KUNOVSKÝ, Radek KROUPA, Karel STARÝ, Petr JABANDŽIEV, Tereza NEŠPOROVÁ, Karel MÁCA, Tomáš ANDRAŠINA, Filip MAREK, Zdeněk KALA, Jitka VACULOVÁ, Dávid SAID, Martina ZAPLETALOVÁ, Jan LOCHMAN, Hana PÁLOVÁ, Ondřej SLABÝ, Lydie IZAKOVIČOVÁ HOLLÁ and Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ. Achalasia and acromegaly: co-incidence of these diseases or a new syndrome? Biomedical Papers. Olomouc: Palacký University Olomouc, Faculty of Medicine and Dentistry, 2022, vol. 166, No 2, p. 228-235. ISSN 1213-8118. Available from: https://dx.doi.org/10.5507/bp.2021.040.

BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ, Petra, Iva KOTÁSKOVÁ, Petra ŠPLÍCHALOVÁ, Daniela GACHOVÁ, Dávid SZÁRAZ, Sabina CERULOVÁ, Ctirad MACHÁČEK, Petr ANDRLA, Jan LOCHMAN, Danuše FRIDRICHOVÁ, Zbyněk ZDRÁHAL, Petra VÍDEŇSKÁ and Zdeněk DANĚK. Comparative bacteriome analysis of tooth and cystic fluid in patients with apical periodontitis and radicular cyst – pilot study. In FEBS, 2022. 2022. Available from: https://dx.doi.org/10.1002/2211-5463.13440.

BARTOŇ, Vojtěch and Helena SKUTKOVA. Data Transformation for Clustering Utilization for Feature Detection in Mass Spectrometry. In Rojas I., Valenzuela O., Rojas F., Herrera L.J., Ortuño F. Bioinformatics and Biomedical Engineering (IWBBIO 2022) : Lecture Notes in Computer Science, vol 13347. Cham: Springer, 2022, p. 288-299. ISBN 978-3-031-07801-9. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-07802-6_24.

PIVRNCOVÁ, Eliška, Iva KOTÁSKOVÁ, Lucie BUREŠOVÁ, Hana VESPALCOVÁ, Petr ANDRLA, Stanislav SMATANA, Lenka ANDRÝSKOVÁ, Pavel PILER, Petr JANKŮ, Ivo BOREK, Jana KLÁNOVÁ, Tomáš FREIBERGER, Petra VÍDEŇSKÁ, Eva BUDINSKÁ and Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ. Effect of mode of delivery and intrapartum antibiotic prophylaxis on gut bacteriome of newborns in the first days of their life: a case-control study. In Setkání biochemiků a molekulárních biologů, 2022. 2022.

SLÁMOVÁ, Terezie, Natálie MLČŮCHOVÁ, Zdeněk KALA, Zdeněk PAVLOVSKÝ, Jan BÖHM, Radek KROUPA, Jiří DOLINA, Vladimír PROCHÁZKA, Tomáš GROLICH, Jitka VACULOVÁ, Lumír KUNOVSKÝ, Petra BRENEROVÁ, Petr ANDRLA, Ondřej URBAN, Vít NAVRÁTIL, Tomáš HARUSTIAK, Robert LISCHKE, Tereza DEISSOVÁ, Jan LOCHMAN, Lydie IZAKOVIČOVÁ HOLLÁ, Ondřej SLABÝ, Eva BUDINSKÁ and Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ. Helicobacter analysis in gastric mucosa samples – comparison of two methodical approaches. In Setkání biochemiků a molekulárních biologů, 2022. 2022.

SEDLÁČEK, Ivo, Pavla HOLOCHOVÁ, Hans-Jürgen BUSSE, Vendula KOUBLOVÁ, Stanislava KRÁLOVÁ, Pavel ŠVEC, Roman SOBOTKA, Eva STAŇKOVÁ, Jan PILNÝ, Ondrej ŠEDO, Jana SMOLÍKOVÁ and Karel SEDLÁŘ. Characterisation of Waterborne Psychrophilic Massilia Isolates with Violacein Production and Description of Massilia antarctica sp. nov. Microorganisms. MDPI, 2022, vol. 10, No 4, p. 1-14. ISSN 2076-2607. Available from: https://dx.doi.org/10.3390/microorganisms10040704.

KLÁSKOVÁ, Eva, Jan JUŘICA, Tomáš HAMMER, Alena MÁCHALOVÁ, Natálie MLČŮCHOVÁ, Kateřina VYKLICKÁ, Petra BRENEROVÁ, Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ and Ondřej ZENDULKA. In vivo and in vitro effects of salidroside on liver cytochrome P450. In 19th International Medical Postgraduate Conference, From Bench to Bedside in PhD Research Projects. 2022.

ZUKALOVÁ, Kateřina, Terezie SLÁMOVÁ, Břetislav LIPOVÝ and Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ. Inhalation injury - infectious complications and microbiome of airways. In RECETOX PhD Conference 2022. 2022.

JANOTÍK, Adam, Kateřina DADÁKOVÁ, Jan LOCHMAN and Martina ZAPLETALOVÁ. L-Aspartate and L-Glutamine Inhibit Beta-Aminobutyric Acid-Induced Resistance in Tomatoes. Plants. MDPI, 2022, vol. 11, No 21, p. 1-12. ISSN 2223-7747. Available from: https://dx.doi.org/10.3390/plants11212908.

ŠVEC, Pavel, Stanislava KRÁLOVÁ, Eva STAŇKOVÁ, Pavla HOLOCHOVÁ, Karel SEDLÁŘ, Sylva KOUDELKOVÁ, Daniel KRSEK, Jakub GRZESIAK, Ondrej ŠEDO, Peter VÁCZI, Urvashi SAH, Vipin GUPTA, Utkarsh SOOD, Rup LAL, Suresh KORPOLE and Ivo SEDLÁČEK. Pedobacter fastidiosus sp. nov., isolated from glacial habitats of maritime Antarctica. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. Microbiology Society, 2022, vol. 72, No 4, p. 1-9. ISSN 1466-5026. Available from: https://dx.doi.org/10.1099/ijsem.0.005309.

MLČŮCHOVÁ, Natálie, Břetislav LIPOVÝ, Zdeněk DANĚK, Lumír KUNOVSKÝ, Ondřej ZENDULKA, Ondřej PEŠ, Jan BÖHM, Radek KROUPA, Jitka VACULOVÁ, Tomáš GROLICH, Vladimír PROCHÁZKA, Vít NAVRÁTIL, Ondřej URBAN, Tomáš HARUŠTIAK, Robert LISCHKE, Lydie IZAKOVIČOVÁ HOLLÁ, Zdeněk KALA and Petra BOŘILOVÁ LINHARTOVÁ. Pharmacogenetics of proton pump inhibitors and prevalence of the CYP2C19*2 and *17 variants in the Central European population. In Setkání biochemiků a molekulárních biologů, 2022. 2022.

ŠKOVRANOVÁ, Gabriela, Fabian ALPERTH, Franz BUCAR and Alice SYCHROVÁ. Prenylated flavonoids – potent antimicrobial agents against tuberculosis. In Student Scientific Conference PHARM MUNI 2022. 2022. ISBN 978-80-280-0105-6.

ŠKOVRANOVÁ, Gabriela, Marie ČULENOVÁ, Jakub TREML, Lucia DZURICKA, Ivana MAROVA and Alice SYCHROVÁ. Prenylated phenolics from Morus alba against MRSA infections as a strategy for wound healing. Frontiers in Pharmacology. Lausanne: Frontiers Media SA, 2022, vol. 13, November, p. 1-13. ISSN 1663-9812. Available from: https://dx.doi.org/10.3389/fphar.2022.1068371.

ŠKOVRANOVÁ, Gabriela, Marie ČULENOVÁ and Alice SYCHROVÁ. Synergistic activity of mulberry tree natural compounds against MRSA. In Trends in Natural Products Research: A PSE Young Scientists’ Meeting May 23–26, 2022, Kolymbari, Crete, Greece. 2022.

KOTÁSKOVÁ, Iva, Vít SYROVÁTKA, Hana OBRUČOVÁ, Petra VÍDEŇSKÁ, Barbora ZWINSOVÁ, Veronika HOLÁ, Eva BLAŠTÍKOVÁ, Filip RŮŽIČKA and Tomáš FREIBERGER. Actinotignum schaalii: Relation to Concomitants and Connection to Patients’ Conditions in Polymicrobial Biofilms of Urinary Tract Catheters and Urines. Microorganisms. Basel: MDPI, 2021, vol. 9, No 3, p. 1-23. ISSN 2076-2607. Available from: https://dx.doi.org/10.3390/microorganisms9030669.

DASKOVA, Nikola, Marie HECZKOVA, Istvan MODOS, Petra VÍDEŇSKÁ, Petra ŠPLÍCHALOVÁ, Helena PELANTOVA, Marek KUZMA, Jan GOJDA and Monika CAHOVA. Determination of Butyrate Synthesis Capacity in Gut Microbiota: Quantification of but Gene Abundance by qPCR in Fecal Samples. Biomolecules. BASEL: MDPI, 2021, vol. 11, No 9, p. 1-17. ISSN 2218-273X. Available from: https://dx.doi.org/10.3390/biom11091303.

BOSÁK, Juraj, Matěj HRALA, Lenka MICENKOVÁ and David ŠMAJS. Non-antibiotic antibacterial peptides and proteins ofEscherichia coli: efficacy and potency of bacteriocins. EXPERT REVIEW OF ANTI-INFECTIVE THERAPY. ABINGDON: TAYLOR & FRANCIS LTD, 2021, vol. 19, No 3, p. 309-322. ISSN 1478-7210. Available from: https://dx.doi.org/10.1080/14787210.2020.1816824.

BOSÁK, Juraj, Matej LEXA, Kristýna FIEDOROVÁ, Darshak Chandulal GADARA, Lenka MICENKOVÁ, Zdeněk SPÁČIL, Jiří LITZMAN, Tomáš FREIBERGER and David ŠMAJS. Patients With Common Variable Immunodeficiency (CVID) Show Higher Gut Bacterial Diversity and Levels of Low-Abundance Genes Than the Healthy Housemates. Frontiers in Immunology. LAUSANNE: FRONTIERS MEDIA SA, 2021, vol. 12, May 2021, p. 1-13. ISSN 1664-3224. Available from: https://dx.doi.org/10.3389/fimmu.2021.671239.

KOTÁSKOVÁ, Iva, Hana OBRUČOVÁ, Vít SYROVÁTKA, Barbora MALIŠOVÁ, Veronika HOLÁ, Filip RŮŽIČKA and Tomáš FREIBERGER. Actinotignum schaalii as a part of urinary catheter associated microbiota. In 29th ECCMID 2019, Amsterdam. 2019.

FIEDOROVÁ, Kristýna, Matěj RADVANSKÝ, Juraj BOSÁK, Hana GROMBIŘÍKOVÁ, Eva NĚMCOVÁ, Pavlína KRÁLÍČKOVÁ, Michaela ČERNOCHOVÁ, Iva KOTÁSKOVÁ, Matej LEXA, Jiří LITZMAN, David ŠMAJS and Tomáš FREIBERGER. Bacterial and fungal gut microbiota analysis in common variable immunodeficiency (CVID) disorders: paired case-control study. In 2nd ESID Focused Meeting, Brussels. 2019.

KOTÁSKOVÁ, Iva, Hana OBRUČOVÁ, V LYČKOVÁ, Filip RŮŽIČKA and Tomáš FREIBERGER. Fluorescent Capillary Electrophoresis Applied to Distinguish Species of Candida parapsilosis Complex. In ASM Microbe 2019, San Francisco. 2019.

MALIŠOVÁ, Barbora, Petr ŠANTAVÝ, Yvona LOVEČKOVÁ, Bořivoj HLADKÝ, Iva KOTÁSKOVÁ, Jiří POL, Vladimír LONSKÝ, Petr NĚMEC and Tomáš FREIBERGER. Human native endocarditis caused by Streptococcus canis-a case report. Journal of Pathology, Microbiology and Immunology, APMIS. Hoboken: Wiley, 2019, vol. 127, No 1, p. 41-44. ISSN 0903-4641. Available from: https://dx.doi.org/10.1111/apm.12905.