Masarykova univerzita

Výpis publikací

česky | in English

Filtrování publikací

    2024

    1. AlphaFind (software)
      SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jakub ČILLÍK, Lucie NOVOTNÁ a Adrián ROŠINEC. AlphaFind. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.11085862.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441942/cs
    2. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB
      SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In Elixir All-Hands 2024. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.7490/f1000research.1119872.1.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441940/cs
    3. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB
      GREŠOVÁ, Katarína, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind — discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. In ECCB2024. 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2436357/cs
    4. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome
      PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: Discover structure similarity across the entire known proteome. bioRxiv, 2024.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2375820/cs
    5. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB
      PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jaroslav OĽHA, Adrián ROŠINEC, Katarína GREŠOVÁ, Miriama JÁNOŠOVÁ, Jakub ČILLÍK, Jana PORUBSKÁ, Radka SVOBODOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. AlphaFind: discover structure similarity across the proteome in AlphaFold DB. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, roč. 52, July 5, s. W182-W186, 5 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkae397.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2402219/cs
    6. Fast, structure-based searching in a large-scale protein data repository
      SLANINÁKOVÁ, Terézia, Katarína GREŠOVÁ, David PROCHÁZKA, Viktória SPIŠAKOVÁ, Adrián ROŠINEC, Jakub ČILLÍK, Pavlína ŠPRINGEROVÁ, Aleš KŘENEK, Vlastislav DOHNAL, Radka SVOBODOVÁ a Matej ANTOL. Fast, structure-based searching in a large-scale protein data repository. In ELIXIR CZ Annual Conference. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.13140/RG.2.2.31355.53281.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441958/cs
    7. GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB
      NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. GraSR: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.br8aq-db495.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2439240/cs
    8. Learned Metric Index (software)
      SLANINÁKOVÁ, Terézia a David PROCHÁZKA. Learned Metric Index. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5281/zenodo.13860051.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2438599/cs
    9. LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB
      NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-10: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2439238/cs
    10. LMI-30: Protein structural embeddings of AlphaFold DB
      NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. LMI-30: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.kgb8j-r5f84.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2439241/cs
    11. Scaling Learned Metric Index to 100M Datasets
      PROCHÁZKA, David, Terézia SLANINÁKOVÁ, Jozef ČERŇANSKÝ, Jaroslav OĽHA, Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. Scaling Learned Metric Index to 100M Datasets. In Edgar Chávez, Benjamin Kimia, Jakub Lokoč, Marco Patella, Jan Sedmidubsky. 17th International Conference on Similarity Search and Applications (SISAP 2024). Cham: Springer, 2024, s. 266-273. ISBN 978-3-031-75822-5. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-75823-2_22.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2428378/cs
    12. 3D-af-Surfer: Protein structural embeddings of AlphaFold DB
      NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3D-af-Surfer: Protein structural embeddings of AlphaFold DB. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.tbws0-hj147.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441960/cs
    13. 3DZD: Protein structural embeddings of AlphaFold DB v4
      NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of AlphaFold DB v4. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.t45hr-bcw17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2441959/cs
    14. 3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas
      NOVOTNÁ, Lucie, Terézia SLANINÁKOVÁ, David PROCHÁZKA, Lukáš HEJTMÁNEK, Adrián ROŠINEC, Jaroslav OĽHA, Katarína GREŠOVÁ, Vlastislav DOHNAL a Matej ANTOL. 3DZD: Protein structural embeddings of ESM Atlas. 2024. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48700/datst.cd6zk-k0v44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2436500/cs

    2023

    1. Reproducible experiments with Learned Metric Index Framework
      SLANINÁKOVÁ, Terézia, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA, Vlastislav DOHNAL, Susana LADRA a Miguel A. MARTÍNEZ-PRIETO. Reproducible experiments with Learned Metric Index Framework. Information systems. Elsevier, 2023, roč. 118, č. 1, s. 102255-102270. ISSN 0306-4379. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.is.2023.102255.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2301611/cs
    2. SISAP 2023 Indexing Challenge – Learned Metric Index
      SLANINÁKOVÁ, Terézia, David PROCHÁZKA, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA a Vlastislav DOHNAL. SISAP 2023 Indexing Challenge – Learned Metric Index. In Pedreira, O., Estivill-Castro, V. Similarity Search and Applications. SISAP 2023. Lecture Notes in Computer Science, vol 14289. Cham: Springer, 2023, s. 282-290. ISBN 978-3-031-46993-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-46994-7_24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2330525/cs

    2022

    1. Learned Indexing in Proteins: Extended Work on Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques
      OĽHA, Jaroslav, Terézia SLANINÁKOVÁ, Martin GENDIAR, Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. Learned Indexing in Proteins: Extended Work on Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques. arXiv, 2022. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.48550/ARXIV.2208.08910.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2212035/cs
    2. Learned Indexing in Proteins: Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques
      OĽHA, Jaroslav, Terézia SLANINÁKOVÁ, Martin GENDIAR, Matej ANTOL a Vlastislav DOHNAL. Learned Indexing in Proteins: Substituting Complex Distance Calculations with Embedding and Clustering Techniques. In Tomáš Skopal, Fabrizio Falchi, Jakub Lokoč, Maria Luisa Sapino, Ilaria Bartolini, Marco Patella. Similarity Search and Applications, 15th International Conference, SISAP 2022, Bologna, Italy, October 5–7, 2022, Proceedings. 1. vyd. Cham: Springer Cham, 2022, s. 274-282. ISBN 978-3-031-17848-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-031-17849-8_22.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2212037/cs

    2021

    1. Data-driven Learned Metric Index: an Unsupervised Approach
      SLANINÁKOVÁ, Terézia, Matej ANTOL, Jaroslav OĽHA a Vlastislav DOHNAL. Data-driven Learned Metric Index: an Unsupervised Approach. In 14th International Conference on Similarity Search and Applications (SISAP 2021). Cham: Springer, 2021, s. 81-94. ISBN 978-3-030-89656-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-89657-7_7.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1790340/cs
    2. Learned metric index - proposition of learned indexing for unstructured data
      ANTOL, Matej, Jaroslav OĽHA, Terézia SLANINÁKOVÁ a Vlastislav DOHNAL. Learned metric index - proposition of learned indexing for unstructured data. Information Systems. Elsevier, 2021, roč. 100, č. 101774, s. 1-12. ISSN 0306-4379. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.is.2021.101774.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1757938/cs
    3. Metric hull as similarity-aware operator for representing unstructured data
      ANTOL, Matej, Miriama JÁNOŠOVÁ a Vlastislav DOHNAL. Metric hull as similarity-aware operator for representing unstructured data. Pattern Recognition Letters. Amsterdam: Elsevier, 2021, roč. 149, September 2021, s. 91-98. ISSN 0167-8655. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.patrec.2021.05.011.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1780258/cs
    4. Organizing Similarity Spaces using Metric Hulls
      JÁNOŠOVÁ, Miriama, David PROCHÁZKA a Vlastislav DOHNAL. Organizing Similarity Spaces using Metric Hulls. In 14th International Conference on Similarity Search and Applications (SISAP 2021). Cham: Springer, 2021, s. 3-16. ISBN 978-3-030-89656-0. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-030-89657-7_1.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1790341/cs
Zobrazit podrobně
Zobrazeno: 3. 11. 2024 00:29