Vámi zvolený výběr obsahuje 169 výsledků. Upravit výběr.
Filtrování publikací

    2025

    1. Visual Support for the Loop Grafting Workflow on Proteins
      OPÁLENÝ, Filip, Pavol ULBRICH, Joan PLANAS IGLESIAS, Jan BYŠKA, Jan ŠTOURAČ, David BEDNÁŘ, Katarína FURMANOVÁ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Visual Support for the Loop Grafting Workflow on Proteins. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. United States: IEEE Computer Society, 2025. ISSN 1077-2626.
      Název anglicky: Visual Support for the Loop Grafting Workflow on Proteins

      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 6. 9. 2024 04:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2419834/cs

    2024

    1. A computational workflow for analysis of missense mutations in precision oncology
      KHAN, Rayyan Tariq, Petra POKORNÁ, Jan DVORSKÝ, Simeon BORKO, Ihor AREFIEV, Joan PLANAS IGLESIAS, Adam DOBIÁŠ, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Veronika SZOTKOWSKÁ, Jaroslav ŠTĚRBA, Ondřej SLABÝ, Jiří DAMBORSKÝ, Stanislav MAZURENKO a David BEDNÁŘ. A computational workflow for analysis of missense mutations in precision oncology. JOURNAL OF CHEMINFORMATICS. ENGLAND: BMC, 2024, roč. 16, č. 1, s. 1-10. ISSN 1758-2946. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13321-024-00876-3.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Khan, Rayyan Tariq (586 Pákistán, domácí) -- Pokorná, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Dvorský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Borko, Simeon (703 Slovensko, domácí) -- Arefiev, Ihor (804 Ukrajina, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Dobiáš, Adam (703 Slovensko, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Szotkowská, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Štěrba, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Slabý, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Bioinformatics; Cancer; Function; High-performance computing; Machine learning; Molecular modelling; Oncology; Personalised medicine; Single nucleotide polymorphism; Stability; Treatment
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 23. 8. 2024 09:52.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2420857/cs
    2. AggreProt: a web server for predicting and engineering aggregation prone regions in proteins
      PLANAS IGLESIAS, Joan, Simeon BORKO, Jan SWIATKOWSKI, Matej ELIAS, Martin HAVLÁSEK, Ondrej SALAMON, Ekaterina GRAKOVA, Antonín KUNKA, Tomas MARTINOVIC, Jiří DAMBORSKÝ, Jan MARTINOVIC a David BEDNÁŘ. AggreProt: a web server for predicting and engineering aggregation prone regions in proteins. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2024, roč. 52, W1, s. "W159"-"W169", 11 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkae420.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Borko, Simeon (703 Slovensko, domácí) -- Havlásek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: SECONDARY STRUCTURE; BETA; DATABASE; DESIGN
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 6. 8. 2024 19:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2421847/cs
    3. Azobenzene-Based Photoswitchable Substrates for Advanced Mechanistic Studies of Model Haloalkane Dehalogenase Enzyme Family
      SLÁNSKÁ, Michaela, Lenka ŠTACKOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, Peter ŠTACKO, Marek MARTÍNEK, Luboš JÍLEK, Martin TOUL, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ, Petr KLÁN a Zbyněk PROKOP. Azobenzene-Based Photoswitchable Substrates for Advanced Mechanistic Studies of Model Haloalkane Dehalogenase Enzyme Family. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2024, roč. 14, č. 15, s. 11635-11645. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.4c03503.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Slánská, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Štacková, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Štacko, Peter (703 Slovensko, domácí) -- Martínek, Marek (203 Česká republika, domácí) -- Jílek, Luboš (203 Česká republika, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Klán, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: photoswitch; azobezene; enzyme; transientkinetics; mechanism; haloalkane dehalogenase; time-resolved spectroscopy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 23. 8. 2024 10:18.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2424817/cs
    4. BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors
      VELECKÝ, Jan, Matej BEREZNÝ, Miloš MUSIL, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Stanislav MAZURENKO. BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors. BIOINFORMATICS. ENGLAND: OXFORD UNIV PRESS, 2024. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btae553.
      Název anglicky: BenchStab: A tool for automated querying of web-based stability predictors
      angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 18. 9. 2024 21:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2434258/cs
    5. Computer-aided engineering of stabilized fibroblast growth factor 21
      DE LA BOURDONNAYE, Gabin, Tereza GHAZALOVÁ, Petr FOJTÍK, Katerina KUTALKOVA, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ, Vladimír ROTREKL, Veronika STEPANKOVA a Radka CHALOUPKOVÁ. Computer-aided engineering of stabilized fibroblast growth factor 21. Computational and Structural Biotechnology Journal. Elsevier, 2024, roč. 23, December 2024, s. 942-951. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2024.02.001.
      URL
      Název anglicky: Computer-aided engineering of stabilized fibroblast growth factor 21
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      de La Bourdonnaye, Gabin (250 Francie, domácí) -- Ghazalová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Fojtík, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Rotrekl, Vladimír (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Fibroblast growth factor 21; Protein engineering; Protein stabilization
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 16. 4. 2024 11:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2383957/cs
    6. CoVAMPnet: Comparative Markov State Analysis for Studying Effects of Drug Candidates on Disordered Biomolecules
      MARQUES, Sérgio Manuel, Petr KOUBA, Anthony Thomas P LEGRAND, Jiri SEDLAR, Lucas DISSON, Joan PLANAS IGLESIAS, Zainab Kemi SANUSI, Antonín KUNKA, Jiří DAMBORSKÝ, Tomas PAJDLA, Zbyněk PROKOP, Stanislav MAZURENKO, Josef SIVIC a David BEDNÁŘ. CoVAMPnet: Comparative Markov State Analysis for Studying Effects of Drug Candidates on Disordered Biomolecules. JACS AU. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2024, roč. 4, č. 6, s. 2228-2245. ISSN 2691-3704. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/jacsau.4c00182.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Kouba, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Legrand, Anthony Thomas P (250 Francie, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Sanusi, Zainab Kemi (566 Nigérie, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: soft Markov state models; intrinsically disordered proteins; adaptive molecular dynamics; Alzheimer's disease; A beta 42 peptide; drug candidates; tramiprosate; 3-sulfopropanoic acid
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 5. 8. 2024 09:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2421650/cs
    7. Exploring new galaxies: Perspectives on the discovery of novel PET-degrading enzymes
      MIČAN, Jan, Da 'san M. M. JARADAT, Weidong LIU, Gert WEBER, Stanislav MAZURENKO, Uwe T. BORNSCHEUER, Jiří DAMBORSKÝ, Ren WEI a David BEDNÁŘ. Exploring new galaxies: Perspectives on the discovery of novel PET-degrading enzymes. Applied Catalysis B: Environment and Energy. Amsterdam: Elsevier, 2024, roč. 342, March 2024, s. 1-16. ISSN 0926-3373. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.apcatb.2023.123404.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: PET recycling; Protein engineering; Enzymatic degradation; Microbial dark matter; AlphaFold; High -throughput screening
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 5. 3. 2024 10:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2367868/cs
    8. FireProt 2.0: web-based platform for the fully automated design of thermostable proteins
      MUSIL, Miloš, Andrej JEZIK, Jana HORÁČKOVÁ, Simeon BORKO, Petr KABOUREK, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. FireProt 2.0: web-based platform for the fully automated design of thermostable proteins. Briefings in Bioinformatics. Oxford University Press, 2024, roč. 25, č. 1, s. 1-10. ISSN 1467-5463. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bib/bbad425.
      URL
      Název anglicky: FireProt 2.0: web-based platform for the fully automated design of thermostable proteins
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Horáčková, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Borko, Simeon (703 Slovensko, domácí) -- Kabourek, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: ancestral; back-to-consensus; B-factor; epistasis; evolution; force-field; multiple-point mutant; protein engineering; saturation mutagenesis; thermostability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 25. 3. 2024 11:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2349701/cs
    9. ChannelsDB 2.0: a comprehensive database of protein tunnels and pores in AlphaFold era
      ŠPAČKOVÁ, Anna, Ondřej VÁVRA, Tomáš RAČEK, Václav BAZGIER, David SEHNAL, Jiří DAMBORSKÝ, Radka SVOBODOVÁ, David BEDNÁŘ a Karel BERKA. ChannelsDB 2.0: a comprehensive database of protein tunnels and pores in AlphaFold era. Nucleic Acids Research. Oxford University Press, 2024, roč. 52, D1, s. "D413"-"D418", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkad1012.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Raček, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Sehnal, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Berka, Karel (garant)
      Klíčová slova anglicky: amino acids; databases; protein; software; biomacromolecules; 3D structure; organelle- and cell-sized models; visualization
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Eva Dubská, učo 77638. Změněno: 8. 3. 2024 10:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2346238/cs
    10. InVADo: Interactive Visual Analysis of Molecular Docking Data
      SCHÄFER, Marco, Nicolas BRICH, Jan BYŠKA, Sérgio Manuel MARQUES, David BEDNÁŘ, Philipp THIEL, Barbora KOZLÍKOVÁ a Michael KRONE. InVADo: Interactive Visual Analysis of Molecular Docking Data. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. IEEE Computer Society, 2024, roč. 30, č. 4, s. 1984-1997. ISSN 1077-2626. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TVCG.2023.3337642.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Schäfer, Marco (276 Německo) -- Brich, Nicolas (276 Německo) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Thiel, Philipp (276 Německo) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Krone, Michael (276 Německo, garant)
      Klíčová slova anglicky: proteins; drugs; visualization; data visualization; three-dimensional displays; receptor (biochemistry); carbon
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 25. 3. 2024 11:40.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2345857/cs
    11. PredictONCO: a web tool supporting decision-making in precision oncology by extending the bioinformatics predictions with advanced computing and machine learning
      ŠTOURAČ, Jan, Simeon BORKO, Rayyan Tariq KHAN, Petra POKORNÁ, Adam DOBIÁŠ, Joan PLANAS IGLESIAS, Stanislav MAZURENKO, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Veronika SZOTKOWSKÁ, Jaroslav ŠTĚRBA, Ondřej SLABÝ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. PredictONCO: a web tool supporting decision-making in precision oncology by extending the bioinformatics predictions with advanced computing and machine learning. Briefings in Bioinformatics. Oxford University Press, 2024, roč. 25, č. 1, s. 1-10. ISSN 1467-5463. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bib/bbad441.
      URL
      RIV: Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Borko, Simeon (703 Slovensko, domácí) -- Khan, Rayyan Tariq (586 Pákistán, domácí) -- Pokorná, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Dobiáš, Adam (703 Slovensko, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Szotkowská, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Štěrba, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Slabý, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: cancer; oncology; personalized medicine; single-nucleotide polymorphism; targeted therapy
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 25. 3. 2024 11:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2349317/cs

    2023

    1. Advancing Enzyme's Stability and Catalytic Efficiency through Synergy of Force-Field Calculations, Evolutionary Analysis, and Machine Learning
      KUNKA, Antonín, Sérgio Manuel MARQUES, Martin HAVLÁSEK, Michal VAŠINA, Nikola VELÁTOVÁ, Lucia CENGELOVÁ, David KOVÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ, Martin MAREK, David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Advancing Enzyme's Stability and Catalytic Efficiency through Synergy of Force-Field Calculations, Evolutionary Analysis, and Machine Learning. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2023, roč. 13, č. 19, s. 12506-12518. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.3c02575.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00132030 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Havlásek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Velátová, Nikola (203 Česká republika, domácí) -- Cengelová, Lucia (703 Slovensko, domácí) -- Kovář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: biocatalysis; computational design; FireProt; machine learning; PROSS; proteinengineering; stabilization; thermostability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 8. 4. 2024 07:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2329981/cs
    2. Atypical homodimerization revealed by the structure of the (S)-enantioselective haloalkane dehalogenase DmmarA from Mycobacterium marinum
      ŠNAJDAROVÁ, Karolína, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Atypical homodimerization revealed by the structure of the (S)-enantioselective haloalkane dehalogenase DmmarA from Mycobacterium marinum. Acta Crystallographica Section D: Structural Biology. Chester: International Union of Crystallography, 2023, roč. 79, November, s. 956-970. ISSN 2059-7983. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1107/S2059798323006642.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00133095 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Šnajdarová, Karolína (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: haloalkane dehalogenases; Mycobacterium marinum; DmmarA; homodimerization; surface loops; enantioselectivity; X-ray crystallography; SAXS
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 19. 1. 2024 09:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2362804/cs
    3. Catalytic mechanism for Renilla-type luciferases
      SMITH, Andrea, Martin TOUL, Daniel PLUSKAL, Racha BAATALLAH, Glwadys GAGNOT, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Vinicius T. T. SANTANA, Markéta STUCHLÁ, Petr NEUGEBAUER, Pimchai CHAIYEN, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ, Yves L. L. JANIN, Zbyněk PROKOP a Martin MAREK. Catalytic mechanism for Renilla-type luciferases. Nature Catalysis. Nature Portfolio, 2023, roč. 6, č. 1, s. 23-38. ISSN 2520-1158. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41929-022-00895-z.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00130829 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Smith, Andrea (703 Slovensko, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Pluskal, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Stuchlá, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CYPRIDINA LUCIFERIN; PROTEIN CRYSTALLIZATION; BIOLUMINESCENCE; RENIFORMIS; LIGHT; CHEMILUMINESCENCE; COELENTERAZINE; STABILITY; LUMINESCENCE; SPECIFICITY
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 8. 4. 2024 07:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2285204/cs
    4. Comparison of Fungal Thermophilic and Mesophilic Catalase-Peroxidases for Their Antioxidative Properties
      POLJOVKA, Andrej, Miloš MUSIL, David BEDNÁŘ, Katarina CHOVANOVA, Vladena BAUEROVA-HLINKOVA, Jana BELLOVA, Lenka KOHUTOVA, Peter BARATH a Marcel ZAMOCKY. Comparison of Fungal Thermophilic and Mesophilic Catalase-Peroxidases for Their Antioxidative Properties. Antioxidants. Basel: MDPI, 2023, roč. 12, č. 7, s. 1-19. ISSN 2076-3921. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/antiox12071382.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00131488 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: peroxidase-catalase superfamily; heme catalase; bifunctional enzyme; reactive oxygen species; oxidative stress
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 23. 8. 2023 21:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2303823/cs
    5. Computer-assisted stabilization of fibroblast growth factor FGF-18
      VILÍM, Jan, Tereza GHAZALOVÁ, Eliška PETULOVÁ, Aneta HORACKOVA, Veronika STEPANKOVA, Radka CHALOUPKOVÁ, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Computer-assisted stabilization of fibroblast growth factor FGF-18. Computational and Structural Biotechnology Journal. AMSTERDAM: Elsevier, 2023, roč. 21, October 2023, s. 5144-5152. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2023.10.009.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00133177 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Vilím, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Ghazalová, Tereza (203 Česká republika) -- Petulová, Eliška (203 Česká republika) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Computer-assisted stabilization; Fibroblast growth factor; Thermostability; Resistance to; Protease; Improved yield; FGF-18
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 30. 1. 2024 10:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2364863/cs
    6. Domino-like effect of C112R mutation on ApoE4 aggregation and its reduction by Alzheimer’s Disease drug candidate
      NEMERGUT, Michal, Sérgio Manuel MARQUES, Lukáš UHRÍK, Tereza VÁŇOVÁ, Markéta NEZVEDOVÁ, Darshak Chandulal GADARA, Durga JHA, Jan TULIS, Veronika NOVÁKOVÁ, Joan PLANAS IGLESIAS, Antonín KUNKA, Anthony Thomas P LEGRAND, Hana HŘÍBKOVÁ, Veronika POSPÍŠILOVÁ, Jiří SEDMÍK, Jan RAŠKA, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ, Dáša BOHAČIAKOVÁ, Zdeněk SPÁČIL, Lenka HERNYCHOVÁ, David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Domino-like effect of C112R mutation on ApoE4 aggregation and its reduction by Alzheimer’s Disease drug candidate. Molecular Neurodegeneration. England: BMC, 2023, roč. 18, č. 1, s. 1-25. ISSN 1750-1326. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s13024-023-00620-9.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00130923 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Nemergut, Michal (703 Slovensko, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Uhrík, Lukáš (703 Slovensko) -- Váňová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Nezvedová, Markéta (203 Česká republika, domácí) -- Gadara, Darshak Chandulal (356 Indie, domácí) -- Jha, Durga (356 Indie, domácí) -- Tulis, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Nováková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Legrand, Anthony Thomas P (250 Francie, domácí) -- Hříbková, Hana (203 Česká republika, domácí) -- Pospíšilová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Sedmík, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Raška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bohačiaková, Dáša (703 Slovensko, domácí) -- Spáčil, Zdeněk (203 Česká republika, domácí) -- Hernychová, Lenka (203 Česká republika) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Apolipoprotein E; Alzheimer’s disease; Neurodegeneration; Aggregation; Cerebral organoids; Molecular dynamics; HDX-MS; Protein crystallography; Proteomics; Lipidomics; Tramiprosate; 3-sulfopropanoic acid
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 7. 2024 20:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2289318/cs
    7. Identification, characterization, and engineering of glycosylation in thrombolytics
      TOUL, Martin, Veronika SLONKOVÁ, Jan MIČAN, Adam Paulin URMINSKÝ, Maria TOMKOVA, Erik SEDLÁK, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ, Lenka HERNYCHOVÁ a Zbyněk PROKOP. Identification, characterization, and engineering of glycosylation in thrombolytics. Biotechnology Advances. OXFORD: Elsevier, 2023, roč. 66, September 2023, s. 1-23. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.biotechadv.2023.108174.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00131494 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Slonková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Urminský, Adam Paulin (703 Slovensko) -- sedlák, Erik (203 Česká republika) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hernychová, Lenka (203 Česká republika) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Alteplase; Biopharmaceutical; Cell-free glycoprotein synthesis; Computational design; Desmoteplase; Glycosylation; Protein engineering; Tenecteplase; Thrombolytic; Urokinase
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 30. 1. 2024 10:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2304028/cs
    8. Illuminating the mechanism and allosteric behavior of NanoLuc luciferase
      NEMERGUT, Michal, Daniel PLUSKAL, Jana HORÁČKOVÁ, Tereza ŠUSTROVÁ, Jan TULIS, Tomáš BÁRTA, Racha BAATALLAH, Glwadys GAGNOT, Veronika NOVÁKOVÁ, Marika MAJEROVÁ, Karolina SEDLÁČKOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, Martin TOUL, Jiří DAMBORSKÝ, Zbyněk PROKOP, David BEDNÁŘ, Yves L. JANIN a Martin MAREK. Illuminating the mechanism and allosteric behavior of NanoLuc luciferase. Nature Communications. Berlin: Nature, 2023, roč. 14, č. 1, s. 1-20. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-023-43403-y.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00133132 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Nemergut, Michal (703 Slovensko, domácí) -- Pluskal, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Horáčková, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Šustrová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Tulis, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bárta, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Nováková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Majerová, Marika (703 Slovensko, domácí) -- Sedláčková, Karolina (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: MOLECULAR-DYNAMICS SIMULATIONS; BIOLOGICAL MACROMOLECULES; CRYSTAL-STRUCTURE; BINDING PROTEIN; CDNA CLONING; BIOLUMINESCENCE; COELENTERAMIDE; INTEGRATION; PREDICTION; SUBSTRATE
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 8. 4. 2024 07:50.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2364223/cs
    9. Machine Learning-Guided Protein Engineering
      KOUBA, Petr, Pavel KOHOUT, Faraneh HADDADI, Anton BUSHUIEV, Raman SAMUSEVICH, Jiri SEDLAR, Jiří DAMBORSKÝ, Tomáš PLUSKAL, Josef SIVIC a Stanislav MAZURENKO. Machine Learning-Guided Protein Engineering. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2023, roč. 13, č. 21, s. 13863-13895. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.3c02743.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00133331 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Kouba, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Kohout, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Haddadi, Faraneh (364 Írán, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Pluskal, Tomáš (203 Česká republika) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: activity; artificial intelligence; biocatalysis; deep learning; protein design
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 5. 4. 2024 16:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2367877/cs
    10. Poměr plazminogen/plazmin jako ukazatel bezpečnosti trombolytické léčby
      BRHELOVÁ, Eliška, Veronika SLONKOVÁ, Martin TOUL, David KOVÁŘ, Sandra THALEROVÁ, Jana HLOŽKOVÁ, Peter SCHEER, Ahmet Davut AKSU, Radka OPATŘILOVÁ, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Robert MIKULÍK. Poměr plazminogen/plazmin jako ukazatel bezpečnosti trombolytické léčby. In 50. pracovní konference "Komise experimentální kardiologie" 4.-6. října 2023, hotel Galant, Mikulov. 2023. ISBN 978-80-11-03840-3.
      Odborný program konference - sborník abstrakt
      Název česky: Poměr plazminogen/plazmin jako ukazatel bezpečnosti trombolytické léčby
      Název anglicky: Plasminogen/plasmin ratio as safety indicator of thrombolytic treatment
      RIV/00216224:14160/23:00134658 Konferenční abstrakt. čeština. Česká republika.
      Brhelová, Eliška (203 Česká republika, garant, domácí) -- Slonková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Kovář, David (203 Česká republika, domácí) -- Thalerová, Sandra (203 Česká republika, domácí) -- Hložková, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Scheer, Peter (203 Česká republika, domácí) -- Aksu, Ahmet Davut (792 Turecko, domácí) -- Opatřilová, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Mikulík, Robert (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: plasminogen; thrombolysis
      Změnil: MVDr. Peter Scheer, Ph.D., učo 245417. Změněno: 12. 10. 2023 11:37.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2323277/cs
    11. pyCaverDock: Python implementation of the popular tool for analysis of ligand transport with advanced caching and batch calculation support
      VÁVRA, Ondřej, Jakub BERANEK, Jan ŠTOURAČ, Martin SURKOVSKY, Jiří FILIPOVIČ, Jiří DAMBORSKÝ, Jan MARTINOVIC a David BEDNÁŘ. pyCaverDock: Python implementation of the popular tool for analysis of ligand transport with advanced caching and batch calculation support. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2023, roč. 39, č. 8, s. 1-3. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btad443.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00131665 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: WEB SERVER
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 30. 11. 2023 12:39.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2309997/cs
    12. sMolBoxes: Dataflow Model for Molecular Dynamics Exploration
      ULBRICH, Pavol, Manuela WALDNER, Katarína FURMANOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, David BEDNÁŘ, Barbora KOZLÍKOVÁ a Jan BYŠKA. sMolBoxes: Dataflow Model for Molecular Dynamics Exploration. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. United States: IEEE Computer Society, 2023, roč. 29, č. 1, s. 581-590. ISSN 1077-2626. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TVCG.2022.3209411.
      URL
      RIV/00216224:14330/23:00130033 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Ulbrich, Pavol (703 Slovensko, garant, domácí) -- Waldner, Manuela (40 Rakousko) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Molecular dynamics;structure;node-based visualization;progressive analytics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 25. 7. 2024 07:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2222179/cs
    13. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof
      DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof. 2023. Patent. Číslo: US11746135B2. Vydavatel: United States Patent and Trademark Office. Místo vydání: Alexandria (Virginie). Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 5. 9. 2023.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00132706 Patent. angličtina. Spojené státy.
      Dvořák, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Krejčí, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bálek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Eiselleová, Lívia (703 Slovensko, domácí) -- Konečná, Žaneta (203 Česká republika, domácí) -- Dvořák, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bosáková, Michaela (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Fibroblast Growth Factor 2; FGF2
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 3. 4. 2024 12:08.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2354741/cs
    14. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof
      DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof. 2023. Patent. Číslo: CA3006388. Vydavatel: Canadian Intellectual Property Office. Místo vydání: Gatineau, Quebec. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 9. 5. 2023.
      URL
      RIV/00216224:14310/23:00130823 Patent. angličtina. Kanada.
      Dvořák, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Krejčí, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bálek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Eiselleová, Lívia (703 Slovensko, domácí) -- Konečná, Žaneta (203 Česká republika, domácí) -- Dvořák, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bosáková, Michaela (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Fibroblast Growth Factor 2; FGF2
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 3. 4. 2024 13:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2285102/cs
    15. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof
      DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof. 2023. Patent. Číslo: IN485239. Vydavatel: Intellectual Property India. Místo vydání: Dwarka, New Delhi. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 19. 12. 2023.
      URL
      Název anglicky: Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof
      RIV/00216224:14310/23:00133874 Patent. hindština. Indie.
      Dvořák, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Krejčí, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bálek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Eiselleová, Lívia (703 Slovensko, domácí) -- Konečná, Žaneta (203 Česká republika, domácí) -- Dvořák, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bosáková, Michaela (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Fibroblast Growth Factor 2; FGF2
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 6. 8. 2024 10:38.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2386677/cs

    2022

    1. 熱安定性ＦＧＦ２ポリペプチド及びその使用
      DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. 熱安定性ＦＧＦ２ポリペプチド及びその使用. 2022. Patent. Číslo: JP7131772. Vydavatel: Japan Patent Office (JPO). Místo vydání: Kasumigaseki Chiyoda-ku, Tokyo. Název vlastníka: Masarykova univerzita, Enantis, s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 29. 8. 2022.
      URL
      Název anglicky: Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof
      RIV/00216224:14310/22:00128920 Patent. japonština. Japonsko.
      Dvořák, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Krejčí, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bálek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Eiselleová, Lívia (703 Slovensko, domácí) -- Konečná, Žaneta (203 Česká republika, domácí) -- Dvořák, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Štěpánková, Veronika (203 Česká republika) -- Vaňáček, Pavel (203 Česká republika) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bosáková, Michaela (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: FGF2; Stem cells; Drugs
      CHYBA! Není vyplněn teritoriální rozsah patentové ochrany.
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 22. 3. 2023 14:14.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2269137/cs
    2. A Nonconventional Archaeal Fluorinase Identified by In SilicoMining for Enhanced Fluorine Biocatalysis br
      PARDO, Isabel, David BEDNÁŘ, Patricia CALERO, Daniel C VOLKE, Jiří DAMBORSKÝ a Pablo I. NIKEL. A Nonconventional Archaeal Fluorinase Identified by In SilicoMining for Enhanced Fluorine Biocatalysis br. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2022, roč. 12, č. 11, s. 6570-6577. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.2c01184.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126369 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: fluorinase; fluorine; organofluorine; synthetic biology; biocatalysis; metabolic engineering; synthetic metabolism
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 3. 2023 22:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1883599/cs
    3. Advanced database mining of efficient haloalkane dehalogenases by sequence and structure bioinformatics and microfluidics
      VAŠINA, Michal, Pavel VAŇÁČEK, Jiri HON, David KOVÁŘ, Hana FALDYNOVÁ, Antonín KUNKA, Tomáš BURYŠKA, Christoffel P. S. BADENHORST, Stanislav MAZURENKO, David BEDNÁŘ, Stavros STAVRAKIS, Uwe T. BORNSCHEUER, Andrew DEMELLO, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Advanced database mining of efficient haloalkane dehalogenases by sequence and structure bioinformatics and microfluidics. Chem Catalysis. Elsevier, 2022, roč. 2, č. 10, s. 2704-2725. ISSN 2667-1093. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.checat.2022.09.011.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00128314 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Vaňáček, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Kovář, David (203 Česká republika, domácí) -- Faldynová, Hana (203 Česká republika, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Buryška, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: enzyme mining; enzyme diversity; biocatalysts; microfluidics; bioinformatics; global data analysis; haloalkane dehalogenases; bioprospecting
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 27. 1. 2023 10:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2250027/cs
    4. CalFitter 2.0: Leveraging the power of singular value decomposition to analyse protein thermostability
      KUNKA, Antonín, David LACKO, Jan ŠTOURAČ, Jiří DAMBORSKÝ, Zbyněk PROKOP a Stanislav MAZURENKO. CalFitter 2.0: Leveraging the power of singular value decomposition to analyse protein thermostability. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2022, roč. 50, W1, s. "W145"-"W151", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkac378.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126370 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: FLUORESCENCE; CALORIMETRY; RESOLUTION; STATE
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 3. 2023 22:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1883600/cs
    5. Caver Web 1.2 (software)
      MUSIL, Miloš, Andrej JEŽÍK, Marie HAMŠÍKOVÁ, Jan ŠTOURAČ, Jakub GALGONEK, jiří VONDÁŠEK, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Caver Web 1.2. 2022.
      Caver Web 1.2 je nová verze webového serveru, která spojuje možnost stanovení proteinových tunelů s výpočtem trajektorie ligandů. Nová verze serveru CaverWeb byla rozšířena o možnost využít nové ligandy z Integrované databáze malých molekul (IDSM) a o zc
      Název anglicky: Caver Web 1.2
      RIV/00216224:14310/22:00127433 Software. čeština. Česká republika. obsah podléhá obchodnímu tajemství.
      Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Hamšíková, Marie (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Web serverů; proteins; ligand transport; tunnels and channels in proteins; virtuální skríning
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 13. 12. 2022 13:53.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2239439/cs
    6. Computer-aided engineering of staphylokinase toward enhanced affinity and selectivity for plasmin
      NIKITIN, Dmitri, Jan MIČAN, Martin TOUL, David BEDNÁŘ, Michaela PEŠKOVÁ, Patrícia KITTOVÁ, Sandra THALEROVÁ, Jan VÍTEČEK, Jiří DAMBORSKÝ, Robert MIKULÍK, Sarel J. FLEISHMAN, Zbyněk PROKOP a Martin MAREK. Computer-aided engineering of staphylokinase toward enhanced affinity and selectivity for plasmin. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2022, roč. 20, May 2022, s. 1366-1377. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2022.03.004.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126020 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Nikitin, Dmitri (643 Rusko, domácí) -- Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Pešková, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Kittová, Patrícia (703 Slovensko, domácí) -- Thalerová, Sandra (203 Česká republika, domácí) -- Víteček, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mikulík, Robert (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Acute myocardial infarction; Stroke treatments; Thrombolytics; Plasminogen activators; Staphylokinase; Rational design; Affinity engineering; Enzyme kinetics; AffiLib
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 21. 3. 2023 20:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1860499/cs
    7. Deep Insights into the Specific Evolution of Fungal Hybrid B Heme Peroxidases
      ZÁMOCKÝ, Marcel, Miloš MUSIL, Maksym DANCHENKO, Peter FERIANC, Katarína CHOVANOVÁ, Peter BARÁTH, Andrej POLJOVKA a David BEDNÁŘ. Deep Insights into the Specific Evolution of Fungal Hybrid B Heme Peroxidases. BIOLOGY-BASEL. BASEL: MDPI, 2022, roč. 11, č. 3, s. 1-18. ISSN 2079-7737. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/biology11030459.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126021 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: hybrid B heme peroxidase; peroxidase-catalase superfamily; oxidative stress; enzymatic antioxidant; ancestral sequence reconstruction
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 3. 2023 22:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1860501/cs
    8. DESIGN AND SYNTHESIS OF N-HYDROXY-CINNAMAMIDE DERIVATES AS NOVEL HDAC INHIBITORS: EVALUATION OF BIOLOGICAL ACTIVITY IN CANCER CELLS
      ONUŠČÁKOVÁ, Magdaléna, Hana PÍŽOVÁ, Tereza KAUEROVÁ, Marie HAMŠÍKOVÁ, David BEDNÁŘ, Peter KOLLÁR a Pavel BOBÁĽ. DESIGN AND SYNTHESIS OF N-HYDROXY-CINNAMAMIDE DERIVATES AS NOVEL HDAC INHIBITORS: EVALUATION OF BIOLOGICAL ACTIVITY IN CANCER CELLS. Online. In Radmila Řápková, Martin Fusek, Pavel Drašar. Czech Chemical Society Symposium Series. Pague, Czech republic: Czech Chemical Society, 2022, s. 28-29. ISSN 2336-7202.
      URL
      Název anglicky: DESIGN AND SYNTHESIS OF N-HYDROXY-CINNAMAMIDE DERIVATES AS NOVEL HDAC INHIBITORS: EVALUATION OF BIOLOGICAL ACTIVITY IN CANCER CELLS
      RIV/00216224:14160/22:00126649 Stať ve sborníku. angličtina. Česká republika.
      Onuščáková, Magdaléna (703 Slovensko, garant, domácí) -- Pížová, Hana (203 Česká republika, domácí) -- Kauerová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Hamšíková, Marie (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Kollár, Peter (203 Česká republika, domácí) -- Bobáľ, Pavel (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: HDAC inhibitors_N-Hydroxy-cinnamide_derivates cancer
      Recenzováno: ano
      Změnila: PharmDr. Magdaléna Onuščáková, učo 507453. Změněno: 13. 9. 2022 14:00.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2217368/cs
    9. Fast approximative methods for study of ligand transport and rational design of improved enzymes for biotechnologies
      VÁVRA, Ondřej, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Fast approximative methods for study of ligand transport and rational design of improved enzymes for biotechnologies. Biotechnology Advances. Elsevier, 2022, roč. 60, November, s. 1-12. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.biotechadv.2022.108009.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126323 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: ART-RRT; Binding; Biotechnology; CaverDock; Catalysis; Cytochrome P450 CYP153A; Fe/a-ketoglutarate-dependent hydroxylase; GPathFinder; Channel; Docking; Ligand; MoMA-LigPath; Monoamine oxidase; Nanomotors; Protein engineering; SLITHER
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 3. 4. 2023 09:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1876163/cs
    10. Follistatin-like 1 and its paralogs in heart development and cardiovascular disease
      HOŘÁK, Martin, DeLisa FAIRWEATHER, Piia Pauliina KOKKONEN, David BEDNÁŘ a Julie DOBROVOLNÁ. Follistatin-like 1 and its paralogs in heart development and cardiovascular disease. Heart Failure Reviews. New York: Springer US, 2022, roč. 27, č. 6, s. 2251-2265. ISSN 1382-4147. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10741-022-10262-6.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00127632 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Hořák, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Dobrovolná, Julie (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: FSTL1; FSTL4; FSTL5; Heart failure; Inflammation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 10. 8. 2023 09:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2243097/cs
    11. Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web
      MUSIL, Miloš, Andrej JEŽÍK, Marie HAMŠÍKOVÁ, Jan ŠTOURAČ, Jakub GALGONEK, Saltuk Mustafa EYRILMEZ, Jiri VONDRASEK, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Fully automated virtual screening pipeline of FDA-approved drugs using Caver Web. Computational and Structural Biotechnology Journal. Elsevier, 2022, roč. 20, November 2022, s. 6512-6518. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.031.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00127528 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Hamšíková, Marie (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Galgonek, Jakub (203 Česká republika) -- Eyrilmez, Saltuk Mustafa (792 Turecko, domácí) -- Vondrasek, Jiri (203 Česká republika) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Caver; CaverDock; FDA-approved drug; Channel; Tunnel; Virtual screening; Web
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 5. 4. 2023 08:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2241006/cs
    12. Hidden Potential of Highly Efficient and Widely Accessible Thrombolytic Staphylokinase
      TOUL, Martin, Jan MIČAN, Veronika SLONKOVÁ, Dmitri NIKITIN, Martin MAREK, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Hidden Potential of Highly Efficient and Widely Accessible Thrombolytic Staphylokinase. Stroke. Dallas: Lippincott Williams & Wilkins, 2022, roč. 53, č. 10, s. 3235-3237. ISSN 0039-2499. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1161/STROKEAHA.122.040219.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00127971 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Slonková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Nikitin, Dmitri (643 Rusko, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: alteplase; immunogenicity; kinetics; staphylokinase; stroke; thrombolysis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 25. 1. 2023 12:38.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2246441/cs
    13. IMPACT OF ADMINISTRATION METHOD OF THROMBOLYTICS ON THEIR THROMBOLYTIC EFFECTS
      DAVUT AKSU, Ahmet, Jana HLOŽKOVÁ, Peter SCHEER, Eliška BRHELOVÁ, Jan MIČAN, Martin TOUL, Jiří DAMBORSKÝ, Petr KAŠPÁREK, Jana DOLAŽALOVÁ a Robert MIKULÍK. IMPACT OF ADMINISTRATION METHOD OF THROMBOLYTICS ON THEIR THROMBOLYTIC EFFECTS. In Květinův Den 2022. 2022.
      URL
      Název česky: IMPACT OF ADMINISTRATION METHOD OF THROMBOLYTICS ON THEIR THROMBOLYTIC EFFECTS
      Název anglicky: IMPACT OF ADMINISTRATION METHOD OF THROMBOLYTICS ON THEIR THROMBOLYTIC EFFECTS
      RIV/00216224:14160/22:00134617 Prezentace na konferencích. čeština. Česká republika.
      Davut Aksu, Ahmet (792 Turecko, garant, domácí) -- Hložková, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Scheer, Peter (203 Česká republika, domácí) -- Brhelová, Eliška (203 Česká republika, domácí) -- Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kašpárek, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Mikulík, Robert (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: novel thrombolytics; pharmacodynamics; administration routes
      Druh účasti: aktivní účast
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Ahmet Davut Aksu, MSc, učo 528202. Změněno: 28. 6. 2024 16:18.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2211002/cs
    14. Improving ligand transport trajectory within flexible receptor in CaverDock
      NĚMCOVÁ, Petra, Jana HOZZOVÁ a Jiří FILIPOVIČ. Improving ligand transport trajectory within flexible receptor in CaverDock. Online. In SAC '22: Proceedings of the 37th ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing. USA: Association for Computing Machinery, 2022, s. 619-626. ISBN 978-1-4503-8713-2. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1145/3477314.3506988.
      URL
      RIV/00216224:14610/22:00125815 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Němcová, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CaverDock; ligand transport; flexible receptor; molecular docking; search heuristic; continuous space search
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 7. 2. 2024 16:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1853582/cs
    15. LoopGrafter: a web tool for transplanting dynamical loops for protein engineering
      PLANAS IGLESIAS, Joan, Filip OPÁLENÝ, Pavol ULBRICH, Jan ŠTOURAČ, Zainab Kemi SANUSI, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Andrea SMITH, Jan BYŠKA, Jiří DAMBORSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ a David BEDNÁŘ. LoopGrafter: a web tool for transplanting dynamical loops for protein engineering. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2022, roč. 50, W1, s. "W465"-"W473", 9 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkac249.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126367 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Opálený, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Ulbrich, Pavol (703 Slovensko, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Sanusi, Zainab Kemi (566 Nigérie, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Smith, Andrea (703 Slovensko, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: EVOLUTION; DESIGN; SIMULATIONS; PREDICTION; MODEL
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 3. 4. 2023 09:43.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1883597/cs
    16. Mechanism-Based Design of Efficient PET Hydrolases
      WEI, Ren, Gerlis VON HAUGWIT, Lara PFAFF, Jan MIČAN, Christoffel P. S. BADENHORST, Weidong LIU, Gert WEBER, Harry P. AUSTIN, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ a Uwe T. BORNSCHEUER. Mechanism-Based Design of Efficient PET Hydrolases. ACS Catalysis. American Chemical Society, 2022, roč. 12, č. 6, s. 3382-3396. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.1c05856.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126169 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Hydrolase; enzymatic degradation; interfacial biocatalysis; plastic recycling; protein engineering; polyethylene terephthalate (PET); product inhibition; thermostability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 3. 2023 22:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1863383/cs
    17. Mechanism-Based Strategy for Optimizing HaloTag Protein Labeling
      MARQUES, Sérgio Manuel, Michaela SLÁNSKÁ, Klaudia CHMELOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Martin MAREK, Spencer CLARK, Jiří DAMBORSKÝ, Eric T. KOOL, David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Mechanism-Based Strategy for Optimizing HaloTag Protein Labeling. JACS AU. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2022, roč. 2, č. 6, s. 1324-1337. ISSN 2691-3704. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/jacsau.2c00002.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126373 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Slánská, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Chmelová, Klaudia (703 Slovensko, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: HaloTag; enzyme kinetics; molecular modeling; reaction mechanism; ligand binding; nucleophilic substitution; protein engineering; access tunnel; numerical integration
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 3. 4. 2023 09:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1883607/cs
    18. Multiple Substrate Binding Mode-Guided Engineering of a Thermophilic PET Hydrolase
      PFAFF, Lara, Jian GAO, Zhishuai LI, Anna JAECKERING, Gert WEBER, Jan MIČAN, Yinping CHEN, Weiliang DONG, Xu HAN, Christian G. FEILER, Yu-Fei AO, Christoffel P. S. BADENHORST, David BEDNÁŘ, Gottfried J. PALM, Michael LAMMERS, Jiří DAMBORSKÝ, Birgit STRODEL, Weidong LIU, Uwe T. BORNSCHEUER a Ren WEI. Multiple Substrate Binding Mode-Guided Engineering of a Thermophilic PET Hydrolase. ACS Catalysis. American Chemical Society, 2022, roč. 12, č. 15, s. 9790-9800. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.2c02275.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00128798 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bornscheuer, Uwe T. (garant)
      Klíčová slova anglicky: polyethylene terephthalate (PET); PET hydrolysis; thermophilic polyester hydrolase; enzyme engineering; crystallization; molecular dynamics; binding modes; kinetics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 3. 4. 2023 12:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2263357/cs
    19. Nástroj LoopGrafter
      PLANAS IGLESIAS, Joan, Filip OPÁLENÝ, Pavol ULBRICH, Jan ŠTOURAČ, Zainab Kemi SANUSI, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, A. SCHENKMAYEROVÁ, Jan BYŠKA, Jiří DAMBORSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ a David BEDNÁŘ. Nástroj LoopGrafter. 2022.
      URL
      Název anglicky: LoopGrafter software tool
      RIV/00216224:14310/22:00129627 Projekty výzkumu a vývoje. čeština. Česká republika.
      Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Opálený, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Ulbrich, Pavol (703 Slovensko, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Sanusi, Zainab Kemi (566 Nigérie, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Schenkmayerová, A. (703 Slovensko) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: EVOLUTION; DESIGN; SIMULATIONS; PREDICTION; MODEL
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 5. 4. 2023 12:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2273367/cs
    20. PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data
      VARADI, Mihaly, Stephen ANYANGO, David ARMSTRONG, John BERRISFORD, Preeti CHOUDHARY, Mandar DESHPANDE, Nurul NADZIRIN, Sreenatha S. NAIR, Lukas PRAVDA, Ahsan TANWEER, Bissan AL-LAZIKANI, Claudia ANDREINI, Geoffrey J. BARTON, David BEDNÁŘ, Karel BERKA, Tom BLUNDELL, Kelly P. BROCK, Jose MARIA CARAZO, Jiří DAMBORSKÝ, Alessia DAVID, Sucharita DEY, Roland DUNBRACK, Fernandez Juan RECIO, Franca FRATERNALI, Toby GIBSON, Manuela HELMER-CITTERICH, David HOKSZA, Thomas HOPF, David JAKUBEC, Natarajan KANNAN, Radoslav KRIVAK, Manjeet KUMAR, Emmanuel D. LEVY, Nir LONDON, Jose Ramon MACIAS, Madhusudhan M. SRIVATSAN, Debora S. MARKS, Lennart MARTENS, Stuart A. MCGOWAN, Jake E. MCGREIG, Vivek MODI, Gonzalo R. PARRA, Gerardo PEPE, Damiano PIOVESAN, Jaime PRILUSKY, Valeria PUTIGNANO, Leandro G. RADUSKY, Pathmanaban RAMASAMY, Atilio O. RAUSCH, Nathalie REUTER, Luis A. RODRIGUEZ, Nathan J. ROLLINS, Antonio ROSATO, Luis SERRANO, Gulzar SINGH, Petr SKODA, Carlos Oscar S. SORZANO, Jan ŠTOURAČ, Joanna I. SULKOWSKA, Radka SVOBODOVÁ, Natalia TICHSHENKO, Silvio C. E. TOSATTO, Wim VRANKEN, Mark N. WASS, Dandan XUE, Daniel ZAIDMAN, Janet THORNTON, Michael STERNBERG, Christine ORENGO a Sameer VELANKAR. PDBe-KB: collaboratively defining the biological context of structural data. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2022, roč. 50, D1, s. "D534"-"D542", 9 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkab988.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00125998 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Svobodová, Radka (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: WEB SERVER; PROTEIN; PREDICT
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 9. 3. 2023 20:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1860103/cs
    21. PredictSNP Onco 1.0 (software)
      ŠTOURAČ, Jan, Rayyan Tariq KHAN, Simeon BORKO, Petra POKORNÁ, Adam DOBIÁŠ, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Jaroslav ŠTĚRBA, Ondřej SLABÝ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. PredictSNP Onco 1.0. 2022.
      URL
      Název anglicky: PredictSNP Onco 1.0
      RIV/00216224:14310/22:00127438 Software. čeština. Česká republika. obsah podléhá obchodnímu tajemství.
      Štourač, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Khan, Rayyan Tariq (586 Pákistán, domácí) -- Borko, Simeon (703 Slovensko, domácí) -- Pokorná, Petra (203 Česká republika) -- Dobiáš, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Štěrba, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Slabý, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Web server; cancer; medicine; mutation; protein; prediction
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 5. 4. 2023 11:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2239494/cs
    22. Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction
      TRAPL, Dalibor, MArtin KRUPIČKA, Vladimír VIŠŇOVSKÝ, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Aleš KŘENEK a Vojtěch SPIWOK. Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction. Journal of Chemical Information and Modeling. American Chemical Society, 2022, roč. 62, č. 3, s. 567-576. ISSN 1549-9596. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.jcim.1c00651.
      URL
      Název česky: Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction
      Název anglicky: Property Map Collective Variable as a Useful Tool for a Force Field Correction
      RIV/00216224:14610/22:00129035 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Trapl, Dalibor (203 Česká republika) -- Krupička, MArtin (203 Česká republika) -- Višňovský, Vladimír (703 Slovensko, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: collective variable; biased potential; force field
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 14. 3. 2023 15:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1839946/cs
    23. SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations
      VELECKÝ, Jan, Marie HAMŠÍKOVÁ, Jan ŠTOURAČ, Miloš MUSIL, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Stanislav MAZURENKO. SoluProtMutDB: A manually curated database of protein solubility changes upon mutations. Computational and Structural Biotechnology Journal. Elsevier, 2022, roč. 20, November 2022, s. 6339-6347. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2022.11.009.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00130114 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Velecký, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Hamšíková, Marie (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Mutational database; Protein engineering; Soluble expression; Protein yield; Machine learning; Protein aggregation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 5. 9. 2023 13:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2241002/cs
    24. Structural Insights into (Tere)phthalate-Ester Hydrolysis by a Carboxylesterase and Its Role in Promoting PET Depolymerization
      VON HAUGWITZ, Gerlis, Xu HAN, Lara PFAFF, Qian LI, Hongli WEI, Jian GAO, Karen METHLING, Yufei AO, Yannik BRACK, Jan MIČAN, Christian G FEILER, Manfred S WEISS, David BEDNÁŘ, Gottfried J. PALM, Michael LALK, Michael LAMMERS, Jiří DAMBORSKÝ, Gert WEBER, Weidong LIU, Uwe T. BORNSCHEUER a Ren WEI. Structural Insights into (Tere)phthalate-Ester Hydrolysis by a Carboxylesterase and Its Role in Promoting PET Depolymerization. ACS Catalysis. American Chemical Society, 2022, roč. 12, č. 24, s. 15259-15270. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.2c03772.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00127611 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Liu, Weidong (garant)
      Klíčová slova anglicky: PET hydrolysis; plastic; dual enzyme system; carboxylesterase; structure; enzyme engineering
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 3. 4. 2023 11:17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2242987/cs
    25. Tools for computational design and high-throughput screening of therapeutic enzymes
      VAŠINA, Michal, Jan VELECKÝ, Joan PLANAS IGLESIAS, Sérgio Manuel MARQUES, Jana ŠKAŘUPOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ, Stanislav MAZURENKO a Zbyněk PROKOP. Tools for computational design and high-throughput screening of therapeutic enzymes. ADVANCED DRUG DELIVERY REVIEWS. NETHERLANDS: ELSEVIER, 2022, roč. 183, April 2022, s. 1-16. ISSN 0169-409X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.addr.2022.114143.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00126167 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Velecký, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Škařupová, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Big data; Bioinformatics; Biopharmaceuticals; Biocatalysts; Enzyme characterization; Enzyme diversity; Machine learning; Microfluidics; Rational design
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 3. 4. 2023 09:28.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1863379/cs
    26. Using hardware performance counters to speed up autotuning convergence on GPUs
      FILIPOVIČ, Jiří, Jana HOZZOVÁ, Amin NEZARAT, Jaroslav OĽHA a Filip PETROVIČ. Using hardware performance counters to speed up autotuning convergence on GPUs. Journal of Parallel and Distributed Computing. Elsevier, 2022, roč. 160, February, s. 16-35. ISSN 0743-7315. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jpdc.2021.10.003.
      URL
      RIV/00216224:14610/22:00125022 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Nezarat, Amin (364 Írán, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Auto-tuning; Search method; Performance counters; CUDA
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 20. 3. 2023 12:40.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1799520/cs
    27. Virtual screening of potential anticancer drugs based on microbial products
      RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, José Gaspar, Natalie M. HENDRIKSE, Jan ŠTOURAČ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Virtual screening of potential anticancer drugs based on microbial products. Seminars in Cancer Biology. London: Academic Press Ltd.-Elsevier Science Ltd., 2022, roč. 86, November 2022, s. 1207-1217. ISSN 1044-579X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.semcancer.2021.07.012.
      URL
      RIV/00216224:14310/22:00127621 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (76 Brazílie, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Databases; Microbial products; Virtual screening; Web tools; PredictSNP Onco
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 9. 3. 2023 19:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2243084/cs

    2021

    1. Complex simulation workflows in containerized high-performance environment
      VIŠŇOVSKÝ, Vladimír, Viktória SPIŠAKOVÁ, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Dalibor TRAPL, Vojtěch SPIWOK, Lukáš HEJTMÁNEK a Aleš KŘENEK. Complex simulation workflows in containerized high-performance environment. In Armenia S., Geril P. Proc. ESM 2021. Brusel: EUROSIS, 2021, s. 42-45. ISBN 978-94-92859-18-1.
      Název anglicky: Complex simulation workflows in containerized high-performance environment
      RIV/00216224:14610/21:00119698 Stať ve sborníku. angličtina. Belgie.
      Višňovský, Vladimír (703 Slovensko, domácí) -- Spišaková, Viktória (703 Slovensko, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Trapl, Dalibor (203 Česká republika) -- Spiwok, Vojtěch (203 Česká republika) -- Hejtmánek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Docker; Jupyter notebook; Kubernetes; Molecular force field; Protein folding; Reproducibility; Workflow
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 30. 3. 2023 14:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1839944/cs
    2. Computational design of enzymes for biotechnological applications
      PLANAS IGLESIAS, Joan, Sérgio Manuel MARQUES, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Miloš MUSIL, Jan ŠTOURAČ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Computational design of enzymes for biotechnological applications. Biotechnology Advances. OXFORD: Elsevier, 2021, roč. 47, March–April, s. 1-22. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.biotechadv.2021.107696.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00119844 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biocatalyst; Catalytic efficiency; Computational enzyme design; Enzyme biotechnologies; Protein engineering; Protein dynamics; Software; Solubility; Stability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:22.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1790209/cs
    3. Computational enzyme design for metabolic engineering
      DAMBORSKÝ, Jiří, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Martin MAREK, Stanislav MAZURENKO, Jan ŠTOURAČ, Sérgio Manuel MARQUES, Gabriela Filipa FONSECA PINTO, Joan PLANAS IGLESIAS, Miloš MUSIL, Jiří HON, Ondřej VÁVRA, Rayyan Tariq KHAN, Jiří FILIPOVIČ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Computational enzyme design for metabolic engineering. In The 45th FEBS Congress. 2021. ISSN 2211-5463.
      URL
      angličtina.
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 26. 7. 2022 11:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1876012/cs
    4. Computational Enzyme Stabilization Can Affect Folding Energy Landscapes and Lead to Catalytically Enhanced Domain-Swapped Dimers
      MARKOVÁ, Klára, Antonín KUNKA, Klaudia CHMELOVÁ, Martin HAVLÁSEK, Petra BABKOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, Michal VAŠINA, Joan PLANAS IGLESIAS, Radka CHALOUPKOVÁ, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Martin MAREK. Computational Enzyme Stabilization Can Affect Folding Energy Landscapes and Lead to Catalytically Enhanced Domain-Swapped Dimers. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2021, roč. 11, č. 21, s. 12864-12885. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.1c03343.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00124052 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Marková, Klára (203 Česká republika, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Chmelová, Klaudia (703 Slovensko, domácí) -- Havlásek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Babková, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein folding; protein design; alpha/beta-hydrolase; haloalkane dehalogenase; domain swapping; energy landscape; oligonicrization; catalytic efficiency; substrate inhibition
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:13.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1831417/cs
    5. Designované a syntetizované geny kódující nově zkonstruované proteinové katalyzátory (luciferázy) s ověřenými vlastnostmi
      MAREK, Martin, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ, Daniel PLUSKAL, Marika MAJEROVÁ a Joan PLANAS IGLESIAS. Designované a syntetizované geny kódující nově zkonstruované proteinové katalyzátory (luciferázy) s ověřenými vlastnostmi. 2021.
      Název anglicky: Designed and synthesized genes coding for new luciferase enzymes with confirmed properties
      RIV/00216224:14310/21:00120030 Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek). čeština. Česká republika.
      Marek, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Pluskal, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Majerová, Marika (703 Slovensko, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Bioluminescence; luciferase; optical assay; enzyme; catalysis
      Změnil: Ing. RNDr. Martin Marek, Ph.D., MBA, učo 241182. Změněno: 7. 4. 2022 10:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1845522/cs
    6. Development and Testing of Thrombolytics in Stroke
      NIKITIN, Dmitri, Seungbum CHOI, Jan MIČAN, Martin TOUL, Wi-Sun RYU, Jiří DAMBORSKÝ, Robert MIKULÍK a Dong-Eog KIM. Development and Testing of Thrombolytics in Stroke. JOURNAL OF STROKE. SEOUL: KOREAN STROKE SOC, 2021, roč. 23, č. 1, s. 12-36. ISSN 2287-6391. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.5853/jos.2020.03349.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00121798 Článek v odborném periodiku. angličtina. Korejská republika.
      Nikitin, Dmitri (643 Rusko, domácí) -- Choi, Seungbum (410 Korejská republika) -- Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Ryu, Wi-Sun (410 Korejská republika) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mikulík, Robert (203 Česká republika, domácí) -- Kim, Dong-Eog (410 Korejská republika)
      Klíčová slova anglicky: Stroke; Thrombolytic therapy; Tissue plasminogen activator; Protein engineering
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:40.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1776761/cs
    7. Engineering protein dynamics for the understanding of divergent evolution of the Renilla luciferase
      TOUL, Martin, Andrea SMITH, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Martin MAREK, Lenka HERNYCHOVÁ, Veronika LIŠKOVÁ, Daniel PLUSKAL, Stephane EMOND, Mark DÖRR, Joan PLANAS IGLESIAS, Radka CHALOUPKOVÁ, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Uwe T. BORNSCHEUER, Florian HOLLFELDER a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering protein dynamics for the understanding of divergent evolution of the Renilla luciferase. In The 45th FEBS Congress. 2021. ISSN 2211-5463.
      URL
      angličtina.
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 26. 7. 2022 10:59.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1876006/cs
    8. Engineering the protein dynamics of an ancestral luciferase
      SCHENKMAYEROVÁ, Andrea, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Martin TOUL, Martin MAREK, Lenka HERNYCHOVÁ, Joan PLANAS IGLESIAS, Veronika LIŠKOVÁ, Daniel PLUSKAL, Michal VAŠINA, Stephane EMOND, Mark DÖRR, Radka CHALOUPKOVÁ, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Florian HOLLFELDER, Uwe T. BORNSCHEUER a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering the protein dynamics of an ancestral luciferase. Nature Communications. London: Nature Publishing Group, 2021, roč. 12, č. 1, s. 3616-3631. ISSN 2041-1723. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1038/s41467-021-23450-z.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00119329 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Schenkmayerová, Andrea (703 Slovensko, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Hernychová, Lenka (203 Česká republika) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Lišková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Pluskal, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Enzymes; Hydrolases; Protein design; X-ray crystallography
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:35.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1802217/cs
    9. Exploring mechanism of enzyme catalysis by on-chip transient kinetics coupled with global data analysis and molecular modeling
      HESS, David, Veronika DOČKALOVÁ, Piia Pauliina KOKKONEN, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ, Andrew DEMELLO, Zbyněk PROKOP a Stavros STAVRAKIS. Exploring mechanism of enzyme catalysis by on-chip transient kinetics coupled with global data analysis and molecular modeling. Chem. Cambridge: Cell Press, 2021, roč. 7, č. 4, s. 1066-1079. ISSN 2451-9294. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.chempr.2021.02.011.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00122285 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Hess, David (756 Švýcarsko) -- Dočkalová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- DeMello, Andrew (756 Švýcarsko) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Stavrakis, Stavros (300 Řecko)
      Klíčová slova anglicky: HALOALKANE DEHALOGENASES; MICROFLUIDIC DEVICES; WATER; BIOCATALYSIS; DROPLETS; ENTROPY; BINDING
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1790417/cs
    10. FireProt(ASR): A Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction
      MUSIL, Miloš, Rayyan Tariq KHAN, Andy BEIER, Jan ŠTOURAČ, Hannes KONEGGER, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. FireProt(ASR): A Web Server for Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction. Briefings in Bioinformatics. OXFORD: Oxford University Press, 2021, roč. 22, č. 4, s. 1-11. ISSN 1467-5463. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bib/bbaa337.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00119693 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Khan, Rayyan Tariq (586 Pákistán, domácí) -- Beier, Andy (276 Německo, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Konegger, Hannes (40 Rakousko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: ancestral sequence reconstruction; ancestral enzymes; evolution; phylogeny-based analysis; protein stability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1839328/cs
    11. FireProt(DB): database of manually curated protein stability data
      ŠTOURAČ, Jan, Juraj DUBRAVA, Miloš MUSIL, Jana HORÁČKOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, Stanislav MAZURENKO a David BEDNÁŘ. FireProt(DB): database of manually curated protein stability data. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2021, roč. 49, D1, s. "D319"-"D324", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkaa981.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00119185 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Dubrava, Juraj (203 Česká republika) -- Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Horáčková, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: SEQUENCE; PREDICTION; VARIANTS
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1790157/cs
    12. Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR
      KHAN, Rayyan Tariq, Miloš MUSIL, Jan DVORSKÝ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Fully Automated Ancestral Sequence Reconstruction using FireProtASR. Current Protocols. Wiley, 2021, roč. 1, č. 2. ISSN 2691-1299. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cpz1.30.
      URL
      angličtina. Spojené státy.
      Klíčová slova anglicky: ancestral sequence reconstruction; automation; protein engineering; protein evolution; thermostability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 23. 2. 2024 10:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/2377419/cs
    13. ChemVA: Interactive Visual Analysis of Chemical Compound Similarity in Virtual Screening
      SABANDO, María Virginia, Pavol ULBRICH, Matías SELZER, Jan BYŠKA, Jan MIČAN, Ignacio PONZONI, Axel J. SOTO, María Luján GANUZA a Barbora KOZLÍKOVÁ. ChemVA: Interactive Visual Analysis of Chemical Compound Similarity in Virtual Screening. IEEE Transactions on Visualization and Computer Graphics. IEEE, 2021, roč. 27, č. 2, s. 891-901. ISSN 1077-2626. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TVCG.2020.3030438.
      URL
      Název anglicky: ChemVA: Interactive Visual Analysis of Chemical Compound Similarity in Virtual Screening
      RIV/00216224:14330/21:00118764 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Sabando, María Virginia (32 Argentina) -- Ulbrich, Pavol (703 Slovensko, domácí) -- Selzer, Matías (32 Argentina) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Ponzoni, Ignacio (32 Argentina) -- Soto, Axel J. (32 Argentina) -- Ganuza, María Luján (32 Argentina) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Virtual screening;visual analysis;dimensionality reduction;coordinated views;cheminformatics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 24. 7. 2023 09:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1681816/cs
    14. Kernel Tuning Toolkit 2.0 (software)
      PETROVIČ, Filip, Jiří FILIPOVIČ, David STŘELÁK, Jana HOZZOVÁ a Richard TREMBECKÝ. Kernel Tuning Toolkit 2.0. 2021.
      Kernel Tuning Toolkit
      RIV/00216224:14610/21:00122282 Software. angličtina. Česká republika.
      Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Trembecký, Richard (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: autotuning; OpenCL; CUDA; global optimization
      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 7. 9. 2021 14:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1790347/cs
    15. Promiscuous Dehalogenase Activity of the Epoxide Hydrolase CorEH from Corynebacterium sp. C12
      SCHUITEN, Eva D., Christoffel P. S. BADENHORST, Gottfried J. PALM, Leona BERNDT, Michael LAMMERS, Jan MIČAN, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ a Uwe T. BORNSCHEUER. Promiscuous Dehalogenase Activity of the Epoxide Hydrolase CorEH from Corynebacterium sp. C12. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2021, roč. 11, č. 10, s. 6113-6120. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.1c00851.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00121799 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Schuiten, Eva D. (276 Německo) -- Badenhorst, Christoffel P. S. (276 Německo) -- Palm, Gottfried J. (276 Německo) -- Berndt, Leona (276 Německo) -- Lammers, Michael (276 Německo) -- Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bornscheuer, Uwe T. (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: catalytic promiscuity; Corynebacterium; epoxide hydrolase; haloalkane dehalogenase; dual activity
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 21. 2. 2023 14:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1776763/cs
    16. Screening of Natural Compounds as P-Glycoprotein Inhibitors against Multidrug Resistance
      MARQUES, Sérgio Manuel, Lucie ŠUPOLÍKOVÁ, Lenka MOLČANOVÁ, Karel ŠMEJKAL, David BEDNÁŘ a Iva SLANINOVÁ. Screening of Natural Compounds as P-Glycoprotein Inhibitors against Multidrug Resistance. BIOMEDICINES. BASEL: MDPI, 2021, roč. 9, č. 4, s. 1-22. ISSN 2227-9059. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/biomedicines9040357.
      URL
      RIV/00216224:14110/21:00121577 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Šupolíková, Lucie (203 Česká republika, domácí) -- Molčanová, Lenka (703 Slovensko, domácí) -- Šmejkal, Karel (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Slaninová, Iva (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: flavonoids; molecular dynamics; molecular docking; multidrug resistance; natural compounds; P-glycoprotein; structure-based virtual screening
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1768219/cs
    17. Screening of world approved drugs against highly dynamical spike glycoprotein of SARS-CoV-2 using CaverDock and machine learning
      RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, José Gaspar, Ondřej VÁVRA, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří FILIPOVIČ, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Screening of world approved drugs against highly dynamical spike glycoprotein of SARS-CoV-2 using CaverDock and machine learning. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2021, roč. 19, May, s. 3187-3197. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2021.05.043.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00119270 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CaverDock; CaverWeb; Protein dynamics; Machine learning; Tunnel; Virtual screening
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1797399/cs
    18. Searching CUDA code autotuning spaces with hardware performance counters: data from benchmarks running on various GPU architectures
      HOZZOVÁ, Jana, Jiří FILIPOVIČ, Amin NEZARAT, Jaroslav OĽHA a Filip PETROVIČ. Searching CUDA code autotuning spaces with hardware performance counters: data from benchmarks running on various GPU architectures. Data in Brief. Elsevier, 2021, roč. 39, December, s. 1-12. ISSN 2352-3409. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.dib.2021.107631.
      URL
      RIV/00216224:14610/21:00123013 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Nezarat, Amin (364 Írán, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Auto-tuning; Tuning spaces; Performance counters; CUDA
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 2. 2. 2022 14:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1805266/cs
    19. Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock
      HOZZOVÁ, Jana, Ondřej VÁVRA, David BEDNÁŘ a Jiří FILIPOVIČ. Simulation of Ligand Transport in Receptors Using CaverDock. In Flavio Ballante. Protein-Ligand Interactions and Drug Design. New York: Humana, New York, NY, 2021, s. 105-124. Methods in Molecular Biology, vol 2266. ISBN 978-1-0716-1208-8. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-1-0716-1209-5_6.
      URL
      RIV/00216224:14610/21:00118914 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Spojené státy.
      Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Tunnel analysis; Ligand transport; Molecular docking; Drug design; Enzyme engineering; Ligand screening
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 9. 9. 2021 15:31.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1757928/cs
    20. SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli
      HON, Jiří, Martin MARUSIAK, Tomas MARTINEK, Antonín KUNKA, Jaroslav ZENDULKA, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. SoluProt: prediction of soluble protein expression in Escherichia coli. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2021, roč. 37, č. 1, s. 23-28. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btaa1102.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00119188 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Hon, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Marusiak, Martin (203 Česká republika) -- Martinek, Tomas (203 Česká republika) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Zendulka, Jaroslav (203 Česká republika) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: SOLUBILITY; WEBSERVER; TOPOLOGY; ACCURATE
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 15. 2. 2024 09:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1790211/cs
    21. Substrate inhibition by the blockage of product release and its control by tunnel engineering
      KOKKONEN, Piia Pauliina, Andy BEIER, Stanislav MAZURENKO, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Zbyněk PROKOP. Substrate inhibition by the blockage of product release and its control by tunnel engineering. RSC Chemical Biology. Cambridge: Royal Society of Chemistry, 2021, roč. 2, č. 2, s. 645-655. ISSN 2633-0679. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1039/d0cb00171f.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00122273 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Beier, Andy (276 Německo, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: MOLECULAR-DYNAMICS; CATALYTIC MECHANISM; DEHYDROGENASE; KINETICS; VALIDATION
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 11. 1. 2022 10:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1790207/cs
    22. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof
      DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 polypeptide, use thereof. 2021. Patent. Číslo: AU2016359722. Vydavatel: Australian Patent Office. Místo vydání: Australia. Název vlastníka: Masarykova Univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 7. 1. 2021.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00124498 Patent. angličtina. Austrálie.
      Dvořák, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Krejčí, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bálek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Eiselleová, Lívia (703 Slovensko, domácí) -- Konečná, Žaneta (203 Česká republika, domácí) -- Dvořák, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bosáková, Michaela (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: FGF2; Stem cells; Drugs
      Mezinárodní význam: ano
      CHYBA! Není vyplněn teritoriální rozsah patentové ochrany.
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 7. 4. 2022 14:09.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1845598/cs
    23. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof
      DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof. 2021. Patent. Číslo: SG11201804402W. Vydavatel: Intellectual Property Office of Singapore (IPOS). Místo vydání: Singapur. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 5. 4. 2021.
      URL
      RIV/00216224:14310/21:00121632 Patent. angličtina. Singapur.
      Dvořák, Petr (203 Česká republika, garant, domácí) -- Krejčí, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bálek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Eiselleová, Lívia (703 Slovensko, domácí) -- Konečná, Žaneta (203 Česká republika, domácí) -- Dvořák, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bosáková, Michaela (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Fibroblast Growth Factor 2; FGF2
      CHYBA! Není vyplněn teritoriální rozsah patentové ochrany.
      Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 31. 5. 2022 17:00.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1770461/cs
    24. VRdeo: Creating engaging educational material for asynchronous student-teacher exchange using virtual reality
      BRŮŽA, Vojtěch, Jan BYŠKA, Jan MIČAN a Barbora KOZLÍKOVÁ. VRdeo: Creating engaging educational material for asynchronous student-teacher exchange using virtual reality. COMPUTERS & GRAPHICS-UK. OXFORD: PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD, 2021, roč. 98, August 2021, s. 280-292. ISSN 0097-8493. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.cag.2021.06.009.
      URL
      RIV/00216224:14330/21:00122288 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Brůža, Vojtěch (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Virtual reality; Video authoring; Educational material
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 24. 7. 2023 09:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1790442/cs
    25. 4D-GRAPHS (software)
      BRÁZDIL, Tomáš, David PORTEŠ, Jiří FILIPOVIČ, Jana HOZZOVÁ, Thomas EVANGELIDIS a Konstantinos TRIPSIANES. 4D-GRAPHS. 2021.
      URL
      Název česky: 4D-GRAPHS
      RIV/00216224:14330/21:00121312 Software. angličtina. Česká republika.
      Brázdil, Tomáš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Porteš, David (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Evangelidis, Thomas (300 Řecko, domácí) -- Tripsianes, Konstantinos (300 Řecko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: NMR; NOESY; assignment
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: doc. RNDr. Jiří Filipovič, Ph.D., učo 72898. Změněno: 8. 6. 2021 15:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1756437/cs

    2020

    1. A benchmark set of highly-efficient CUDA and OpenCL kernels and its dynamic autotuning with Kernel Tuning Toolkit
      PETROVIČ, Filip, David STŘELÁK, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Richard TREMBECKÝ, Siegfried BENKNER a Jiří FILIPOVIČ. A benchmark set of highly-efficient CUDA and OpenCL kernels and its dynamic autotuning with Kernel Tuning Toolkit. Future Generation Computer Systems. Elsevier, 2020, roč. 108, July, s. 161-177. ISSN 0167-739X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.future.2020.02.069.
      URL
      Název česky: Sada benchmarků vysoce efektivních CUDA a OpenCL kernelů a její dynamický autotuning za pomocí Kernel Tuning Toolkit
      RIV/00216224:14610/20:00115375 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Petrovič, Filip (703 Slovensko, domácí) -- Střelák, David (203 Česká republika, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí) -- Trembecký, Richard (703 Slovensko, domácí) -- Benkner, Siegfried (40 Rakousko) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Dynamic autotuning; OpenCL; CUDA; Performance optimization; Autotuning benchmark set
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 25. 3. 2021 10:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1630456/cs
    2. A Haloalkane Dehalogenase from Saccharomonospora viridis Strain DSM 43017, a Compost Bacterium with Unusual Catalytic Residues, Unique (S)-Enantiopreference, and High Thermostability
      CHMELOVÁ, Klaudia, Eva ŠEBESTOVÁ, Veronika LIŠKOVÁ, Andy BEIER, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. A Haloalkane Dehalogenase from Saccharomonospora viridis Strain DSM 43017, a Compost Bacterium with Unusual Catalytic Residues, Unique (S)-Enantiopreference, and High Thermostability. Applied and Environmental Microbiology. Washington, D.C.: American Society for Microbiology, 2020, roč. 86, č. 17, s. 1-12. ISSN 0099-2240. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1128/AEM.02820-19.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00114589 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Chmelová, Klaudia (703 Slovensko, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Lišková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Beier, Andy (276 Německo, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: haloalkane dehalogenase; (S)-enantiopreference; thermophilic bacterium; catalytic residues; halide-stabilizing residues; dehalogenase; enantioselectivity; haloalkane; kinetics; mutagenesis; structure; substrate specificity; thermostability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1711938/cs
    3. An Ultrasensitive Fluorescence Assay for the Detection of Halides and Enzymatic Dehalogenation
      ASLAN-UZEL, Askin S., Andy BEIER, David KOVÁŘ, Clemens CZIEGLER, Santosh K. PADHI, Eva D. SCHUITEN, Mark DORR, Dominique BOTTCHER, Frank HOLLMANN, Florian RUDROFF, Marko D. MIHOVILOVIC, Tomáš BURYŠKA, Jiří DAMBORSKÝ, Zbyněk PROKOP, Christoffel P. S. BADENHORST a Uwe T. BORNSCHEUER. An Ultrasensitive Fluorescence Assay for the Detection of Halides and Enzymatic Dehalogenation. ChemCatChem. WEINHEIM: WILEY-V C H VERLAG GMBH, 2020, roč. 12, č. 7, s. 2032-2039. ISSN 1867-3880. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cctc.201901891.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00115467 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Aslan-Uzel, Askin S. (276 Německo) -- Beier, Andy (276 Německo, domácí) -- Kovář, David (203 Česká republika, domácí) -- Cziegler, Clemens (40 Rakousko) -- Padhi, Santosh K. (356 Indie) -- Schuiten, Eva D. (276 Německo) -- Dorr, Mark (276 Německo) -- Bottcher, Dominique (276 Německo) -- Hollmann, Frank (528 Nizozemské království) -- Rudroff, Florian (40 Rakousko) -- Mihovilovic, Marko D. (40 Rakousko) -- Buryška, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Badenhorst, Christoffel P. S. (276 Německo) -- Bornscheuer, Uwe T. (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: dehalogenase; fluorescence; halides; haloalkane; haloperoxidase
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 16. 2. 2023 12:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1640717/cs
    4. CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport
      FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: A Novel Method for the Fast Analysis of Ligand Transport. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics. Los Alamitos: IEEE Computer Society, 2020, roč. 17, č. 5, s. 1625-1638. ISSN 1545-5963. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2019.2907492.
      URL
      Název česky: CaverDock: nová metoda pro rychlou analýzu transportu ligandu
      RIV/00216224:14610/20:00115044 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Plhák, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: molecular docking; tunnel analysis; ligand transport; drug design; numerical optimization; restrained force field; volume discretization
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 17. 2. 2023 20:52.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1514116/cs
    5. Deaf learners' processing of English textbook material : An eye-tracking study
      SEDLÁČKOVÁ, Jitka a Kenneth HOLMQVIST. Deaf learners' processing of English textbook material : An eye-tracking study. In 11th Brno International Conference of English, American and Canadian Studies : "Breaking the Boundaries : In Between Texts, Cultures and Conventions", 12–14 February, 2020, Brno, Faculty of Arts, Masaryk University. 2020.
      URL
      Název anglicky: Deaf learners' processing of English textbook material : An eye-tracking study
      angličtina. Česká republika.
      Klíčová slova anglicky: ELT; deaf and hard of hearing learners; eye tracking; reading
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Mgr. Jana Pelclová, Ph.D., učo 39970. Změněno: 22. 2. 2021 17:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1626116/cs
    6. Decoding the intricate network of molecular interactions of a hyperstable engineered biocatalyst
      MARKOVÁ, Klára, Klaudia CHMELOVÁ, Sérgio Manuel MARQUES, Philippe CARPENTIER, David BEDNÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ a Martin MAREK. Decoding the intricate network of molecular interactions of a hyperstable engineered biocatalyst. Chemical Science. Cambridge: Royal Society of Chemistry, 2020, roč. 11, č. 41, s. 11162-11178. ISSN 2041-6520. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1039/d0sc03367g.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00117258 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Marková, Klára (203 Česká republika, domácí) -- Chmelová, Klaudia (703 Slovensko, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Carpentier, Philippe (250 Francie) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Small-angle scattering; Candida antarctica lipase B
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1705576/cs
    7. DockVis: Visual Analysis of Molecular Docking Trajectories
      FURMANOVÁ, Katarína, Ondřej VÁVRA, Barbora KOZLÍKOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, Vojtěch VONÁSEK, David BEDNÁŘ a Jan BYŠKA. DockVis: Visual Analysis of Molecular Docking Trajectories. Computer Graphics Forum. Wiley-Blackwell, 2020, roč. 39, č. 6, s. 452-464. ISSN 0167-7055. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/cgf.14048.
      URL
      RIV/00216224:14330/20:00114201 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Vonásek, Vojtěch (203 Česká republika) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: visual analysis; molecular docking; trajectory; ligand
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 17. 2. 2023 20:54.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1664236/cs
    8. EnzymeMiner: automated mining of soluble enzymes with diverse structures, catalytic properties and stabilities
      HON, Jiří, Simeon BORKO, Jan ŠTOURAČ, Zbyněk PROKOP, Jaroslav ZENDULKA, David BEDNÁŘ, Tomas MARTINEK a Jiří DAMBORSKÝ. EnzymeMiner: automated mining of soluble enzymes with diverse structures, catalytic properties and stabilities. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2020, roč. 48, W1, s. "W104"-"W109", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkaa372.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00117412 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Hon, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Borko, Simeon (203 Česká republika) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Zendulka, Jaroslav (203 Česká republika) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Martinek, Tomas (203 Česká republika) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: PROTEIN; SEARCH
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1711916/cs
    9. Exploiting historical data: Pruning autotuning spaces and estimating the number of tuning steps
      OĽHA, Jaroslav, Jana HOZZOVÁ, Jan FOUSEK a Jiří FILIPOVIČ. Exploiting historical data: Pruning autotuning spaces and estimating the number of tuning steps. CONCURRENCY AND COMPUTATION-PRACTICE & EXPERIENCE. HOBOKEN: WILEY, 2020, roč. 32, č. 21, s. 1-15. ISSN 1532-0626. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cpe.5962.
      URL
      RIV/00216224:14610/20:00116267 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, garant, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Fousek, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: autotuning; prediction of tuning cost; sensitivity analysis; tuning space pruning
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 30. 8. 2022 14:20.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1675386/cs
    10. Exploration of enzyme diversity: High-throughput techniques for protein production and microscale biochemical characterization
      VAŠINA, Michal, Pavel VAŇÁČEK, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Exploration of enzyme diversity: High-throughput techniques for protein production and microscale biochemical characterization. Online. In Dan S. Tawfik. Methods in Enzymology - Enzyme Engineering and Evolution: General Methods. Neuveden: Elsevier Inc, 2020, s. 51-85. ISBN 978-0-12-821149-6. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/bs.mie.2020.05.004.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00117531 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Nizozemské království.
      Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Vaňáček, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Enzyme diversity Genomic databases Metagenomics Directed evolution High-throughput protein production Microscale characterization Microfluidics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:02.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1717557/cs
    11. Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations
      KŘENEK, Aleš, Jana HOZZOVÁ, Jaroslav OĽHA, Dalibor TRAPL a Vojtěch SPIWOK. Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations. In Alexandre Nketsa. MODELLING AND SIMULATION 2020. Brusel: EUROSIS-ETI, 2020, s. 305-309. ISBN 978-94-92859-12-9.
      program konference
      Název česky: Prohledávání prostoru foldování proteinů simulacemí řízenými neuronovou sítí
      Název anglicky: Exploring Protein Folding Space with Neural Network Guided Simulations
      RIV/00216224:14610/20:00114384 Stať ve sborníku. angličtina. Belgie.
      Křenek, Aleš (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hozzová, Jana (703 Slovensko, domácí) -- Oľha, Jaroslav (703 Slovensko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: metadyamic; protein folding; netural network
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Alena Mokrá, učo 362754. Změněno: 29. 4. 2021 10:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1686702/cs
    12. Fluorescent substrates for haloalkane dehalogenases: Novel probes for mechanistic studies and protein labeling
      DOČKALOVÁ, Veronika, Esther Maria MARQUEZ SANCHEZ - CARNERERO, Zuzana DUNAJOVÁ, Eduardo PALAO UTIEL, Michaela SLÁNSKÁ, Tomáš BURYŠKA, Jiří DAMBORSKÝ, Petr KLÁN a Zbyněk PROKOP. Fluorescent substrates for haloalkane dehalogenases: Novel probes for mechanistic studies and protein labeling. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2020, roč. 18, č. 2020, s. 922-932. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2020.03.029.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00114731 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Dočkalová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Marquez Sanchez - Carnerero, Esther Maria (724 Španělsko, domácí) -- Dunajová, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Palao Utiel, Eduardo (724 Španělsko, domácí) -- Slánská, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Buryška, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Klán, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Haloalkane dehalogenase; Fluorescent substrate; Enzyme kinetics; Mechanism; Protein labeling
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:04.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1735017/cs
    13. Fostering autonomy in learners with special needs: a specialized e-learning course
      TÓTHOVÁ, Lenka a Jitka SEDLÁČKOVÁ. Fostering autonomy in learners with special needs: a specialized e-learning course. In CercleS 2020. Language Centres at a Crossroads: Open Directions for New Generations of Learners. 2020.
      URL
      Název anglicky: Fostering autonomy in learners with special needs: a specialized e-learning course
      RIV/00216224:14750/20:00117738 Prezentace na konferencích. angličtina. Česká republika.
      Tóthová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Sedláčková, Jitka (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: e-learning; higher education students with special needs; deaf; hard of hearing; mobilities; autonomy; feedback provision; social interaction;
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Mgr. et Mgr. Lenka Tóthová, Ph.D., učo 133415. Změněno: 13. 1. 2021 15:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1727670/cs
    14. Machine Learning in Enzyme Engineering
      MAZURENKO, Stanislav, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Machine Learning in Enzyme Engineering. ACS Catalysis. Washington, D.C.: American Chemical Society, 2020, roč. 10, č. 2, s. 1210-1223. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.9b04321.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00114835 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, garant, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: artificial intelligence; enantioselectivity; function; mechanism; protein engineering; structure-function; solubility; stability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:01.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1640721/cs
    15. Online English for International Mobilities: A course for students
      TÓTHOVÁ, Lenka, Jitka SEDLÁČKOVÁ a Eva BARNOVÁ. Online English for International Mobilities: A course for students. In The LangSkills project closing conference. 2020.
      A conference presentation delivered at the LangSkills project closing conference held online.
      Název anglicky: Online English for International Mobilities: A course for students
      RIV/00216224:14750/20:00117735 Prezentace na konferencích. angličtina. Česká republika.
      Tóthová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Sedláčková, Jitka (203 Česká republika, domácí) -- Barnová, Eva (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: e-learning; higher education students with special needs; deaf; hard of hearing; studying abroad; reading comprehension; writing; teacher feedback;
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Mgr. et Mgr. Lenka Tóthová, Ph.D., učo 133415. Změněno: 13. 1. 2021 14:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1727656/cs
    16. Seminář pro učitele angličtiny pracující s neslyšícími a nedoslýchavými studenty
      TÓTHOVÁ, Lenka, Jitka SEDLÁČKOVÁ a Eva BARNOVÁ. Seminář pro učitele angličtiny pracující s neslyšícími a nedoslýchavými studenty. 2020.
      URL
      Název česky: Seminář pro učitele angličtiny pracující s neslyšícími a nedoslýchavými studenty
      Název anglicky: Seminar for English teachers working with Deaf, deaf and hard of hearing students
      RIV/00216224:14750/20:00117740 Uspořádání workshopu. čeština. Česká republika.
      Tóthová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Sedláčková, Jitka (203 Česká republika, domácí) -- Barnová, Eva (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Deaf; hard of hearing; English teachers; EFl learners; motivation; e-learning
      Změnila: Mgr. et Mgr. Lenka Tóthová, Ph.D., učo 133415. Změněno: 15. 2. 2021 10:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1727677/cs
    17. Structural and catalytic effects of surface loop-helix transplantation within haloalkane dehalogenase family
      MAREK, Martin, Radka CHALOUPKOVÁ, Tanyana PRUDNIKOVA, Yukari SATO, Pavlina REZACOVA, Yuji NAGATA, Ivana SMATANOVA KUTA a Jiří DAMBORSKÝ. Structural and catalytic effects of surface loop-helix transplantation within haloalkane dehalogenase family. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2020, roč. 18, December 2020, s. 1352-1362. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2020.05.019.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00114750 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Marek, Martin (203 Česká republika, garant, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Prudnikova, Tanyana (112 Bělorusko) -- Sato, Yukari (392 Japonsko) -- Rezacova, Pavlina (203 Česká republika) -- Nagata, Yuji (392 Japonsko) -- Smatanova Kuta, Ivana (203 Česká republika) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Haloalkane dehalogenase (HLD); Biocatalysis; Loop-helix transplantation; X-ray crystallography; Enantioselectivity; Access tunnel; Enzyme engineering; Protein design
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 23:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1746098/cs
    18. Structures of hyperstable ancestral haloalkane dehalogenases show restricted conformational dynamics
      BABKOVÁ, Petra, Zuzana DUNAJOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, David BEDNÁŘ a Martin MAREK. Structures of hyperstable ancestral haloalkane dehalogenases show restricted conformational dynamics. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2020, roč. 18, č. 2020, s. 1497-1508. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2020.06.021.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00114742 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Babková, Petra (203 Česká republika, domácí) -- Dunajová, Zuzana (703 Slovensko, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marek, Martin (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Enzyme; Haloalkane dehalogenase; Ancestral sequence reconstruction; Thermostability; X-ray crystallography; Protein simulations; Conformational flexibility; Protein design
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:53.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1742376/cs
    19. The impact of tunnel mutations on enzymatic catalysis depends on the tunnel-substrate complementarity and the rate-limiting step
      KOKKONEN, Piia Pauliina, Michaela SLÁNSKÁ, Veronika DOČKALOVÁ, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Esther Maria MARQUEZ SANCHEZ - CARNERERO, Jiří DAMBORSKÝ, Petr KLÁN, Zbyněk PROKOP a David BEDNÁŘ. The impact of tunnel mutations on enzymatic catalysis depends on the tunnel-substrate complementarity and the rate-limiting step. Computational and Structural Biotechnology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2020, roč. 18, č. 2020, s. 805-813. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2020.03.017.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00118046 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Slánská, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Dočkalová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Marquez Sanchez - Carnerero, Esther Maria (724 Španělsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Klán, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Enzyme kinetics; Enzyme mutation; Substrate specificity
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:59.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1734897/cs
    20. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof
      DVOŘÁK, Petr, Pavel KREJČÍ, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Pavel DVOŘÁK, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Eva ŠEBESTOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Pavel VAŇÁČEK, Zbyněk PROKOP, Jiří DAMBORSKÝ a Michaela BOSÁKOVÁ. Thermostable FGF2 Polypeptide, Use Thereof. 2020. Patent. Číslo: EP3380508. Vydavatel: European Patent Office. Místo vydání: Munich. Název vlastníka: Masarykova univerzita; Enantis s.r.o. Datum registrace: 3. 10. 2016. Datum přijetí: 22. 7. 2020.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00114963 Patent. Biochemie. angličtina. Německo.
      Dvořák, Petr (203 Česká republika, garant, domácí) -- Krejčí, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bálek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Eiselleová, Lívia (203 Česká republika, domácí) -- Konečná, Žaneta (203 Česká republika, domácí) -- Dvořák, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Štěpánková, Veronika (203 Česká republika) -- Vaňáček, Pavel (203 Česká republika) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bosáková, Michaela (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Fibroblast Growth Factor 2; FGF2
      CHYBA! Není vyplněn teritoriální rozsah patentové ochrany.
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 8. 4. 2021 18:16.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1339462/cs
    21. Transcription and Translation Inhibitors in Cancer Treatment
      LAHAM-KARAM, Nihay, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Antti POSO a Piia Pauliina KOKKONEN. Transcription and Translation Inhibitors in Cancer Treatment. Frontiers in Chemistry. Lausanne: Frontiers Media SA, 2020, roč. 8, April 2020, s. 1-24. ISSN 2296-2646. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3389/fchem.2020.00276.
      URL
      RIV/00216224:14310/20:00116116 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Laham-Karam, Nihay (246 Finsko) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, garant, domácí) -- Poso, Antti (246 Finsko) -- Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko)
      Klíčová slova anglicky: cancer; drug; inhibitor; translation; transcription
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 16. 2. 2023 13:40.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1672938/cs
    22. Úskalí laboratorních metod v ovariálním skríninku - doba "-omická"?
      NÁLEŽINSKÁ, Monika, DUBSKÁ L ZDRAŽILOVÁ, Dalibor VALÍK, Lenka HERNYCHOVÁ, T PAVLÍK, M MAZALOVÁ, Josef CHOVANEC a Vuk FAIT. Úskalí laboratorních metod v ovariálním skríninku - doba "-omická"? Czech Yearbook of Public & Private International Law (Vol.11) - 2020 Read more: https://www.cyil.eu/contents-cyil-2020/. Praha: Czech Society of International Law, 2020.
      Změnila: MUDr. Monika Náležinská, učo 465704. Změněno: 16. 1. 2022 07:17.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1822082/cs

    2019

    1. ACCELERATION AND GLOBAL CONVERGENCE OF A FIRST-ORDER PRIMAL-DUAL METHOD FOR NONCONVEX PROBLEMS
      CLASON, Christian, Stanislav MAZURENKO a Tuomo VALKONEN. ACCELERATION AND GLOBAL CONVERGENCE OF A FIRST-ORDER PRIMAL-DUAL METHOD FOR NONCONVEX PROBLEMS. SIAM JOURNAL ON OPTIMIZATION. PHILADELPHIA: SIAM PUBLICATIONS, 2019, roč. 29, č. 1, s. 933-963. ISSN 1052-6234. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1137/18M1170194.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00113487 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Clason, Christian (garant) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí)
      Klíčová slova anglicky: acceleration; convergence; global; primal-dual; first order; nonconvex
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 1. 4. 2020 22:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1641978/cs
    2. Analysis of Long Molecular Dynamics Simulations Using Interactive Focus+Context Visualization
      BYŠKA, Jan, Thomas TRAUTNER, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří DAMBORSKÝ, Barbora KOZLÍKOVÁ a Manuela WALDNER. Analysis of Long Molecular Dynamics Simulations Using Interactive Focus+Context Visualization. Computer Graphics Forum. Wiley-Blackwell, 2019, roč. 38, č. 3, s. 441-453. ISSN 0167-7055. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1111/cgf.13701.
      URL
      Název anglicky: Analysis of Long Molecular Dynamics Simulations Using Interactive Focus+Context Visualization
      RIV/00216224:14330/19:00107361 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Byška, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Trautner, Thomas (40 Rakousko) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Waldner, Manuela (40 Rakousko)
      Klíčová slova anglicky: Molecular Visualization;Design Studies;Focus + Context Techniques
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 17. 2. 2023 20:49.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1521596/cs
    3. Bilaminární kožní dermální náhrada: Vliv stabilního FGF2 na kapilární denzitu sledovanou pomocí modelů ex-ovo a in vivo
      KNOZ, Martin, Břetislav LIPOVÝ, Jakub HOLOUBEK, Jan ŽÍDEK, Johana BABRNÁKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Zdeněk PAVLOVSKÝ, Martin FALDYNA, Eduard GÖPFERT, Jiří DAMBORSKÝ, Vanessa HEARNDEN a Lucy VOJTOVÁ. Bilaminární kožní dermální náhrada: Vliv stabilního FGF2 na kapilární denzitu sledovanou pomocí modelů ex-ovo a in vivo. In Bioimplantologie 2019. 2019.
      Název česky: Bilaminární kožní dermální náhrada: Vliv stabilního FGF2 na kapilární denzitu sledovanou pomocí modelů ex-ovo a in vivo

      Změnil: MUDr. Martin Knoz, Ph.D., učo 177146. Změněno: 14. 4. 2019 17:52.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1520158/cs
    4. Caver web: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport
      ŠTOURAČ, Jan, O. VAVRA, Piia Pauliina KOKKONEN, Jiří FILIPOVIČ, Gabriela Filipa FONSECA PINTO, Andrea SCHENKMAYEROVÁ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Caver web: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport. In European Biotechnology Congress. 2019. ISSN 0168-1656. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2019.05.251.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00113698 Konferenční abstrakt. angličtina. Nizozemské království.
      Štourač, Jan (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Fonseca Pinto, Gabriela Filipa (620 Portugalsko) -- Schenkmayerová, Andrea (703 Slovensko) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Caver web
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 20. 4. 2020 19:44.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1647656/cs
    5. Caver Web 1.0: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport
      ŠTOURAČ, Jan, Ondřej VÁVRA, Piia Pauliina KOKKONEN, Jiří FILIPOVIČ, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Jan BREZOVSKÝ, Jiří DAMBORSKÝ a David BEDNÁŘ. Caver Web 1.0: identification of tunnels and channels in proteins and analysis of ligand transport. Nucleic acids research. Oxford: Oxford University Press, 2019, roč. 47, W1, s. 414-422. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkz378.
      Full Text
      Název česky: Caver Web 1.0: identifikace tunelů a kanálů v proteinech a analýza transportu ligandu
      RIV/00216224:14310/19:00110115 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: BINDING; STABILITY; MECHANISM; MYOGLOBIN; MIGRATION; DYNAMICS; KINETICS; PATHWAY; ENZYMES; SERVER
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:14.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1544938/cs
    6. CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels
      VÁVRA, Ondřej, Jiří FILIPOVIČ, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Jan ŠTOURAČ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock: a molecular docking-based tool to analyse ligand transport through protein tunnels and channels. Bioinformatics. Oxford: Oxford University Press, 2019, roč. 35, č. 23, s. 4986-4993. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btz386.
      Full Text
      Název česky: CaverDock: na molekulovém dokingu založený nástroj k analýze transportu ligandu skrz tunely a kanály v proteinech
      RIV/00216224:14310/19:00110114 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Plhák, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: HALOALKANE DEHALOGENASE LINB; ENERGY LANDSCAPE; ACTIVE-SITE; DYNAMICS; MECHANISM; BINDING; RECOGNITION; KINETICS
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1544936/cs
    7. Collagen-based dermal substitute with stable fibroblast growth factor 2 (FGF2): ex ovo and in vivo impact on neovascularization
      LIPOVÝ, Břetislav, Lucy VOJTOVÁ, Jakub HOLOUBEK, Jana ZÍDEK, Martin KNOZ, Johana BABRNAKOVA, Veronika PAVLIŇÁKOVÁ, Lucie VIŠTĚJNOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Eva FILOVÁ, Zdeněk PAVLOVSKÝ, Martin FALDYNA, Eduard GÖPFERT, Jiří DAMBORSKÝ a Vanessa HEARNDEN. Collagen-based dermal substitute with stable fibroblast growth factor 2 (FGF2): ex ovo and in vivo impact on neovascularization. In 12th Asia Pacific Burn Congress. 2019. ISSN 2321-3876. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s41038-019-0164-1.
      čeština. Česká republika.
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnil: prof. MUDr. Břetislav Lipový, Ph.D., MBA, LL.M., učo 60248. Změněno: 19. 8. 2019 11:19.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1549689/cs
    8. Computational Design of Stable and Soluble Biocatalysts
      MUSIL, Miloš, Hannes KONEGGER, Jiří HON, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Computational Design of Stable and Soluble Biocatalysts. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2019, roč. 9, č. 2, s. 1033-1054. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.8b03613.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00113346 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Konegger, Hannes (40 Rakousko, domácí) -- Hon, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: aggregation; computational design; force field; expressibility; machine learning; phylogenetic analysis; enzyme stability; enzyme solubility
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1638956/cs
    9. Computational Modelling of Metabolic Burden and Substrate Toxicity in Escherichia coli Carrying a Synthetic Metabolic Pathway
      DEMKO, Martin, Lukáš CHRÁST, Pavel DVOŘÁK, Jiří DAMBORSKÝ a David ŠAFRÁNEK. Computational Modelling of Metabolic Burden and Substrate Toxicity in Escherichia coli Carrying a Synthetic Metabolic Pathway. Microorganisms. Basel: MDPI, 2019, roč. 7, č. 11, s. 553-581. ISSN 2076-2607. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/microorganisms7110553.
      Full Text
      Název anglicky: Computational Modelling of Metabolic Burden and Substrate Toxicity in Escherichia coli Carrying a Synthetic Metabolic Pathway
      RIV/00216224:14310/19:00107775 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Demko, Martin (703 Slovensko, garant, domácí) -- Chrást, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Dvořák, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Šafránek, David (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: biodegradation; computational modelling; population growth; metabolic burden; environmental pollutants
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1577678/cs
    10. Computational Study of Protein-Ligand Unbinding for Enzyme Engineering
      MARQUES, Sérgio Manuel, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Computational Study of Protein-Ligand Unbinding for Enzyme Engineering. FRONTIERS IN CHEMISTRY. LAUSANNE: FRONTIERS MEDIA SA, 2019, roč. 6, JAN 2019, s. 1-15. ISSN 2296-2646. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3389/fchem.2018.00650.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00113203 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: unbinding kinetics; protein engineering; molecular dynamics; metadynamics; adaptive sampling; CaverDock
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:27.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1632601/cs
    11. Controlled Oil/Water Partitioning of Hydrophobic Substrates Extending the Bioanalytical Applications of Droplet-Based Microfluidics
      BURYŠKA, Tomáš, Michal VAŠINA, Fabrice GIELEN, Pavel VAŇÁČEK, Liisa VAN VLIET, Jan JEZEK, Zdenek PILAT, Pavel ZEMÁNEK, Jiří DAMBORSKÝ, Florian HOLLFELDER a Zbyněk PROKOP. Controlled Oil/Water Partitioning of Hydrophobic Substrates Extending the Bioanalytical Applications of Droplet-Based Microfluidics. Analytical Chemistry. Washington, D.C.: AMER CHEMICAL SOC, 2019, roč. 91, č. 15, s. 10008-10015. ISSN 0003-2700. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acs.analchem.9b01839.
      Full Text
      RIV/00216224:14310/19:00110640 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Buryška, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Vašina, Michal (203 Česká republika, domácí) -- Vaňáček, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Zemánek, Pavel (203 Česká republika) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: ENZYME-KINETICS; PLATFORM; CHIP; COMPARTMENTS; SENSITIVITY; ABSORBENCY; EVOLUTION; TRANSPORT; ASSAYS; SPACE
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:45.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1555283/cs
    12. Crystal structure of the cold-adapted haloalkane dehalogenase DpcA from Psychrobacter cryohalolentis K5
      TRATSIAK, K., Tanyana PRUDNIKOVA, Ivana DRIENOVSKÁ, Jiří DAMBORSKÝ, Jiří BRYNDA, Petr PACHL, Michal KUTÝ, Radka CHALOUPKOVÁ, P. REZACOVA a I.K. SMATANOVA. Crystal structure of the cold-adapted haloalkane dehalogenase DpcA from Psychrobacter cryohalolentis K5. ACTA CRYSTALLOGRAPHICA SECTION F-STRUCTURAL BIOLOGY COMMUNICATIONS. CHESTER: INT UNION CRYSTALLOGRAPHY, 2019, roč. 75, MAY 2019, s. 324-331. ISSN 2053-230X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1107/S2053230X19002796.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00108194 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Prudnikova, Tanyana (112 Bělorusko) -- Drienovská, Ivana (703 Slovensko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Brynda, Jiří (203 Česká republika) -- Pachl, Petr (203 Česká republika) -- Kutý, Michal (203 Česká republika) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: haloalkane dehalogenase; alpha/beta-hydrolase; X-ray diffraction; psychrophiles; structural analysis; Psychrobacter cryohalolentis
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 16. 2. 2023 12:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1638976/cs
    13. Crystallization and Crystallographic Analysis of a Bradyrhizobium Elkanii USDA94 Haloalkane Dehalogenase Variant with an Eliminated Halide-Binding Site
      PRUDNIKOVA, T., B. KASCAKOVA, J.R. MESTERS, P. GRINKEVICH, P. HAVLICKOVA, A. MAZUR, A. SHAPOSHNIKOVA, Radka CHALOUPKOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ, M. KUTY a I.K. SMATANOVA. Crystallization and Crystallographic Analysis of a Bradyrhizobium Elkanii USDA94 Haloalkane Dehalogenase Variant with an Eliminated Halide-Binding Site. CRYSTALS. BASEL: MDPI, 2019, roč. 9, č. 7, s. 1-12. ISSN 2073-4352. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/cryst9070375.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00108205 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Haloalkane dehalogenase; halide-binding site; random microseeding
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 16. 2. 2023 12:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1639538/cs
    14. Deciphering the Structural Basis of High Thermostability of Dehalogenase from Psychrophilic Bacterium Marinobacter sp. ELB17
      CHRÁST, Lukáš, K. TRATSIAK, Joan PLANAS IGLESIAS, Lukáš DANIEL, T. PRUDNIKOVA, Jan BREZOVSKÝ, David BEDNÁŘ, I.K. SMATANOVA, Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Deciphering the Structural Basis of High Thermostability of Dehalogenase from Psychrophilic Bacterium Marinobacter sp. ELB17. Microorganisms. Basel: MDPI, 2019, roč. 7, č. 11, s. 1-20. ISSN 2076-2607. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3390/microorganisms7110498.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00108215 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Chrást, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Planas Iglesias, Joan (724 Španělsko, domácí) -- Daniel, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: haloalkane dehalogenase; thermostability; psychrophile; access tunnel; dimer; catalytic pentad; enantiselectivity
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:39.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1640679/cs
    15. Development of an innovative nanostructured dermal matrix in combination with a hyperstable form of growth factor for fibroblasts (FGF2): Ex ovo and in vivo study
      HOLOUBEK, Jakub, Břetislav LIPOVÝ, Martin KNOZ, Lucy VOJTOVÁ, Johana BABRNÁKOVÁ, Veronika PAVLINAKOVA, Lucie VISTEJNOVA, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Eva FILOVA, Zdeněk PAVLOVSKÝ, Martin FALDYNA, Eduard GÖPFERT, Jiří DAMBORSKÝ a Vanessa HEARNDEN. Development of an innovative nanostructured dermal matrix in combination with a hyperstable form of growth factor for fibroblasts (FGF2): Ex ovo and in vivo study. In 10th Congress of World Society for Reconstructive Microsurgery, Bologna, Italy. 2019.
      Změnil: MUDr. Jakub Holoubek, Ph.D., učo 356980. Změněno: 5. 7. 2019 18:57.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1544363/cs
    16. Development of Fluorescent Assay for Monitoring of Dehalogenase Activity
      NEVOLOVÁ, Šárka, Elisabet MAŇÁSKOVÁ, Stanislav MAZURENKO, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Development of Fluorescent Assay for Monitoring of Dehalogenase Activity. Biotechnology Journal. WEINHEIM: WILEY-V C H VERLAG GMBH, 2019, roč. 14, č. 3, s. 1-6. ISSN 1860-6768. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/biot.201800144.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00108192 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Nevolová, Šárka (203 Česká republika, domácí) -- Maňásková, Elisabet (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: activity screening; enzyme assay; fluorescence; haloalkane dehalogenase; sulfur mustard
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1638600/cs
    17. Engineering enzyme access tunnels
      KOKKONEN, Piia Pauliina, David BEDNÁŘ, G. PINTO, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering enzyme access tunnels. BIOTECHNOLOGY ADVANCES. OXFORD: PERGAMON-ELSEVIER SCIENCE LTD, 2019, roč. 37, č. 6, s. 1-13. ISSN 0734-9750. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.biotechadv.2019.04.008.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00113351 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Tunnel; Channel; Ligand binding; Pathway; Pore; Product release; Protein design; Protein engineering; Substrate entry; Dynamics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:37.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1639257/cs
    18. Exploring the challenges of computational enzyme design by rebuilding the active site of a dehalogenase
      JINDAL, Garima, Kateřina SLÁNSKÁ, Veselin KOLEV, Jiří DAMBORSKÝ, Zbyněk PROKOP a Arieh WARSHEL. Exploring the challenges of computational enzyme design by rebuilding the active site of a dehalogenase. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. WASHINGTON: NATL ACAD SCIENCES, 2019, roč. 116, č. 2, s. 389-394. ISSN 0027-8424. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1073/pnas.1804979115.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00108175 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Jindal, Garima (356 Indie) -- Slánská, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Kolev, Veselin (840 Spojené státy) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Warshel, Arieh (840 Spojené státy)
      Klíčová slova anglicky: enzyme design; EVB; transient kinetics; dehalogenase; nucleophilic substitution
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 16. 2. 2023 12:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1632620/cs
    19. Fast Screening of Inhibitor Binding/Unbinding using Novel Software Tool CaverDock
      RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, José Gaspar, Ondřej VÁVRA, Jiří FILIPOVIČ, Jan ŠTOURAČ, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Fast Screening of Inhibitor Binding/Unbinding using Novel Software Tool CaverDock. FRONTIERS IN CHEMISTRY. LAUSANNE: FRONTIERS MEDIA SA, 2019, roč. 7, OCT 29 2019, s. 1-14. ISSN 2296-2646. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3389/fchem.2019.00709.
      Full Text
      RIV/00216224:14310/19:00111903 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: binding; docking; channel; unbinding; virtual screening; inhibitors; substrates; tunnel
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1596878/cs
    20. Fibroblast Growth Factor 2 Protein Stability Provides Decreased Dependence on Heparin for Induction of FGFR Signaling and Alters ERK Signaling Dynamics
      KOLEDOVÁ, Zuzana, Jakub SUMBAL, Anas RABATA, Gabin DE LA BOURDONNAYE, Radka CHALOUPKOVÁ, Barbara HRDLIČKOVÁ, Jiří DAMBORSKÝ a Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ. Fibroblast Growth Factor 2 Protein Stability Provides Decreased Dependence on Heparin for Induction of FGFR Signaling and Alters ERK Signaling Dynamics. Frontiers in Cell and Developmental Biology. Lausanne: Frontiers Media S.A., 2019, roč. 7, č. 331, s. 1-15. ISSN 2296-634X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.3389/fcell.2019.00331.
      URL
      RIV/00216224:14110/19:00108169 Článek v odborném periodiku. angličtina. Švýcarsko.
      Koledová, Zuzana (703 Slovensko, garant, domácí) -- Sumbal, Jakub (203 Česká republika, domácí) -- Rabata, Anas (760 Sýrie, domácí) -- de La Bourdonnaye, Gabin (250 Francie, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Hrdličková, Barbara (203 Česká republika) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Štěpánková, Veronika (203 Česká republika)
      Klíčová slova anglicky: extracellular-signal-regulated kinase (ERK); fibroblasts; fibroblast growth factor; fibroblast growth factor receptor; heparin; primary fibroblasts; signaling
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 17. 2. 2023 20:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1628497/cs
    21. Fluorescent pH Indicators for Neutral to Near-Alkaline Conditions Based on 9-Iminopyronin Derivatives
      HORVÁTH, Peter, Peter ŠEBEJ, David KOVÁŘ, Jiří DAMBORSKÝ, Zbyněk PROKOP a Petr KLÁN. Fluorescent pH Indicators for Neutral to Near-Alkaline Conditions Based on 9-Iminopyronin Derivatives. ACS Omega. WASHINGTON: American Chemical Society, 2019, roč. 4, č. 3, s. 5479-5485. ISSN 2470-1343. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acsomega.9b00362.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00107543 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Horváth, Peter (703 Slovensko, domácí) -- Šebej, Peter (703 Slovensko, domácí) -- Kovář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Klán, Petr (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: HALOALKANE DEHALOGENASES; PROBE; FLUOROPHORES; ANALOGS; DYES; QUANTITATION; CELL
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 17. 2. 2023 20:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1548608/cs
    22. Foreign Language Learning Experiences of Deaf and Severely Hard-of-Hearing Czech University Students
      SEDLÁČKOVÁ, Jitka a Edit H. KONTRA. Foreign Language Learning Experiences of Deaf and Severely Hard-of-Hearing Czech University Students. Pedagogická orientace. Česká pedagogická společnost o.s., 2019, roč. 29, č. 3, s. 336-358. ISSN 1211-4669.
      URL
      Název česky: Zkušenosti neslyšících a těžce sluchově postižených českých univerzitních studentů s učením se cizím jazykům
      Název anglicky: Foreign Language Learning Experiences of Deaf and Severely Hard-of-Hearing Czech University Students
      RIV/00216224:14750/19:00115551 Článek v odborném periodiku. angličtina. Česká republika.
      Sedláčková, Jitka (203 Česká republika, garant, domácí) -- Kontra, Edit H. (348 Maďarsko)
      Klíčová slova anglicky: deaf; foreign language learning and teaching; motivation; learner autonomy; teacher education
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Jitka Sedláčková, Ph.D., učo 40134. Změněno: 15. 8. 2020 23:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1647356/cs
    23. Functional switching based on altered enzyme flexibility via InDel mutagenesis of a reconstructed ancestor
      SCHENKMAYEROVA, A., G. PINTO, Martin MAREK, Martin TOUL, Lenka HERNYCHOVÁ, Veronika LIŠKOVÁ, S. EMOND, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP, Radka CHALOUPKOVÁ, F. HOLLFELDER a U.T. BORNSCHEUER. Functional switching based on altered enzyme flexibility via InDel mutagenesis of a reconstructed ancestor. In European Biotechnology Congress. 2019. ISSN 0168-1656. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.jbiotec.2019.05.118.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00113697 Konferenční abstrakt. angličtina. Nizozemské království.
      Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Hernychová, Lenka (203 Česká republika) -- Lišková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: enzyme
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 20. 4. 2020 19:25.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1647638/cs
    24. Light-Emitting Dehalogenases: Reconstruction of Multifunctional Biocatalysts
      CHALOUPKOVÁ, Radka, Veronika LIŠKOVÁ, Martin TOUL, Klára MARKOVÁ, Eva ŠEBESTOVÁ, Lenka HERNYCHOVÁ, Martin MAREK, José Gaspar RANGEL PAMPLONA PIZARRO PINTO, Daniel PLUSKAL, Jitka WATERMAN, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Light-Emitting Dehalogenases: Reconstruction of Multifunctional Biocatalysts. ACS Catalysis. Washington, D.C.: AMER CHEMICAL SOC, 2019, roč. 9, č. 6, s. 4810-4823. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.9b01031.
      Full Text
      RIV/00216224:14310/19:00107511 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Lišková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Marková, Klára (203 Česká republika, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Hernychová, Lenka (203 Česká republika) -- Marek, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Rangel Pamplona Pizarro Pinto, José Gaspar (620 Portugalsko, domácí) -- Pluskal, Daniel (203 Česká republika, domácí) -- Waterman, Jitka (203 Česká republika) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, garant, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: catalytic promiscuity; ancestral reconstruction; haloalkane dehalogenase; monooxygenase; luciferase; emergence of biological function
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:42.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1545949/cs
    25. Nanopatterning Glass Surface For Localization Of Embryonic Stem Cells
      HOVÁDKOVÁ, Zuzana, Milos HRABOVSKÝ, Rostislav VÁŇA, Jakub POSPÍŠIL, Josef JAROŠ, Jiří DAMBORSKÝ, Kamil PARUCH a Aleš HAMPL. Nanopatterning Glass Surface For Localization Of Embryonic Stem Cells. In Microscopy Conference, 1-5.9.2019, Berlin, Germany. 2019.
      angličtina. Německo.
      Klíčová slova anglicky: nanopattern, surface modification, EBL, electron microscopy
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: Ing. Josef Jaroš, Ph.D., učo 100474. Změněno: 31. 1. 2020 11:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1615296/cs
    26. New collagen foam with nanotechnological modification as bi-layer dermal substitute: Influence of stable FGF2 on capillary density in different animal models
      LIPOVÝ, Břetislav, Lucy VOJTOVÁ, Jakub HOLOUBEK, Martin KNOZ, Jan ZÍDEK, Johana BABRŇAKOVA, Veronika PAVLIŇÁKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Zdeněk PAVLOVSKÝ, Martin FALDYNA, Eduard GÖPFERT, Jiří DAMBORSKÝ a Vanessa HEARNDEN. New collagen foam with nanotechnological modification as bi-layer dermal substitute: Influence of stable FGF2 on capillary density in different animal models. In The 8th International Conference on Biomedical Engineering and Biotechnology (ICBEB). 2019.
      čeština. Česká republika.
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnil: prof. MUDr. Břetislav Lipový, Ph.D., MBA, LL.M., učo 60248. Změněno: 24. 10. 2019 19:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1572996/cs
    27. Sampling-based Motion Planning for Tracking Evolution of Dynamic Tunnels in Molecular Dynamics Simulations
      VONÁSEK, Vojtěch, Adam JURČÍK, Katarína FURMANOVÁ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Sampling-based Motion Planning for Tracking Evolution of Dynamic Tunnels in Molecular Dynamics Simulations. Journal of Intelligent & Robotic Systems. 2019, roč. 93, 3-4, s. 763-785. ISSN 0921-0296. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/s10846-018-0877-6.
      URL
      Název anglicky: Sampling-based Motion Planning for Tracking Evolution of Dynamic Tunnels in Molecular Dynamics Simulations
      RIV/00216224:14330/19:00107165 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Vonásek, Vojtěch (203 Česká republika, garant) -- Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Sampling-based motion planning;Rapidly exploring random tree;Protein tunnel detection
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 29. 4. 2019 17:20.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1418319/cs
    28. Structural Biology and Protein Engineering of Thrombolytics
      MIČAN, Jan, Martin TOUL, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Structural Biology and Protein Engineering of Thrombolytics. Computational and Structural Biology Journal. Amsterdam: Elsevier, 2019, roč. 17, č. 2019, s. 917-938. ISSN 2001-0370. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1016/j.csbj.2019.06.023.
      Full Text
      Název česky: Strukturní biologie a proteinové inženýrství trombolytik
      RIV/00216224:14310/19:00108351 Článek v odborném periodiku. angličtina. Nizozemské království.
      Mičan, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Toul, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, garant, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Fibrinolysis; Staphylokinase; Streptokinase; Thrombolysis; Tissue plasminogen activator; Urokinase
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:19.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1545297/cs
    29. Structure-Function Relationships and Engineering of Haloalkane Dehalogenases
      KOKKONEN, Piia Pauliina, Táňa KOUDELÁKOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Lukáš DANIEL, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Structure-Function Relationships and Engineering of Haloalkane Dehalogenases. In Aerobic Utilization of Hydrocarbons, Oils, and Lipids. Cham: Springer, 2019, s. 367-387. 1. ISBN 978-3-319-50417-9. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-50418-6_15.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00119131 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Švýcarsko.
      Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, garant, domácí) -- Koudeláková, Táňa (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Daniel, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: haloalkane dehalogenase; protein engineering
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 16. 8. 2021 13:12.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1786517/cs
    30. Surface-enhanced Raman Spectroscopy in Microfluidic Chips for Directed Evolution of Enzymes and Environmental Monitoring
      PILAT, Zdenek, Jan JEZEK, Martin KIZOVSKY, Tereza KLEMENTOVA, Stanislav KRATKY, Jaroslav SOBOTA, Ota SAMEK, Pavel ZEMANEK, Tomáš BURYŠKA, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Surface-enhanced Raman Spectroscopy in Microfluidic Chips for Directed Evolution of Enzymes and Environmental Monitoring. In 2019 PHOTONICS & ELECTROMAGNETICS RESEARCH SYMPOSIUM - SPRING (PIERS-SPRING). New York: IEEE, 2019, s. 1301-1309. ISBN 978-1-7281-3403-1. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/PIERS-Spring46901.2019.9017521.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00114704 Stať ve sborníku. angličtina. Spojené státy.
      Buryška, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Raman Spectroscopy; 4-Aminothiophenol; Plasmonics
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 29. 4. 2021 13:07.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1731040/cs
    31. Testování bilaminární kožní náhrady obohacené stabilním FGF2 na ex ovo a in vivo modelech
      KNOZ, Martin, Břetislav LIPOVÝ, Jakub HOLOUBEK, Zdeněk PAVLOVSKÝ, Johana BABRNÁKOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Martin FALDYNA, Jiří DAMBORSKÝ a Lucy VOJTOVÁ. Testování bilaminární kožní náhrady obohacené stabilním FGF2 na ex ovo a in vivo modelech. In Mezioborové přístupy v hojení ran, Lednice na Moravě. 2019.
      Název česky: Testování bilaminární kožní náhrady obohacené stabilním FGF2 na ex ovo a in vivo modelech

      Druh účasti: aktivní účast
      Změnil: MUDr. Martin Knoz, Ph.D., učo 177146. Změněno: 4. 12. 2019 19:30.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1587936/cs
    32. Transhalogenation Catalysed by Haloalkane Dehalogenases Engineered to Stop Natural Pathway at Intermediate
      BEIER, Andy, Jiří DAMBORSKÝ a Zbyněk PROKOP. Transhalogenation Catalysed by Haloalkane Dehalogenases Engineered to Stop Natural Pathway at Intermediate. ADVANCED SYNTHESIS & CATALYSIS. WEINHEIM: WILEY-V C H VERLAG GMBH, 2019, roč. 361, č. 11, s. 2438-2442. ISSN 1615-4150. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/adsc.201900132.
      URL
      RIV/00216224:14310/19:00113347 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Beier, Andy (276 Německo, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: enzyme catalysis; halide exchange; haloalkane dehalogenase; nucleophilic substitution; redirection of reaction; transhalogenation
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Michaela Hylsová, Ph.D., učo 211937. Změněno: 15. 2. 2023 22:41.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1638979/cs
    33. Visual Analysis of Ligand Trajectories in Molecular Dynamics
      JURČÍK, Adam, Katarína FURMANOVÁ, Jan BYŠKA, Vojtěch VONÁSEK, Ondřej VÁVRA, Pavol ULBRICH, Helwig HAUSER a Barbora KOZLÍKOVÁ. Visual Analysis of Ligand Trajectories in Molecular Dynamics. Online. In IEEE Pacific Visualization Symposium 2019. Bangkok, Thailand: IEEE, 2019, s. 212-221. ISBN 978-1-5386-9226-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/PacificVis.2019.00032.
      RIV/00216224:14330/19:00107231 Stať ve sborníku. angličtina. Thajsko.
      Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Vonásek, Vojtěch (203 Česká republika) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Ulbrich, Pavol (703 Slovensko, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: trajectory;ligand;protein;molecular dynamics;visualization;visual analysis
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 27. 4. 2020 22:32.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1486438/cs

    2018

    1. Academic mobilities of students with hearing impairment: Welcoming the challenges with specialized online course of written English
      TÓTHOVÁ, Lenka a Jitka SEDLÁČKOVÁ. Academic mobilities of students with hearing impairment: Welcoming the challenges with specialized online course of written English. In 14th ESSE Conference. 2018.
      URL
      Název anglicky: Academic mobilities of students with hearing impairment: Welcoming the challenges with specialized online course of written English
      RIV/00216224:14750/18:00104462 Prezentace na konferencích. angličtina. Česká republika.
      Tóthová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Sedláčková, Jitka (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: literacy skills; mobilities; higher education students with special needs; teacher feedback
      Druh účasti: aktivní účast
      Mezinárodní význam: ano
      Změnila: Mgr. Jitka Sedláčková, Ph.D., učo 40134. Změněno: 10. 1. 2019 12:09.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1467798/cs
    2. CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data
      MAZURENKO, Stanislav, Jan ŠTOURAČ, Antonín KUNKA, S. NEDELJKOVIC, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. CalFitter: a web server for analysis of protein thermal denaturation data. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2018, roč. 46, W1, s. "W344"-"W349", 6 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gky358.
      URL
      RIV/00216224:14310/18:00101753 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Nedeljkovic, S. (643 Rusko) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: DIFFERENTIAL SCANNING CALORIMETRY; THEORETICAL-ANALYSIS; STABILITY; STATE; TEMPERATURE; 3-STATE; ENZYME; RATES
      Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 23. 4. 2024 14:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1503349/cs
    3. CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories
      JURČÍK, Adam, David BEDNÁŘ, Jan BYŠKA, Sérgio Manuel MARQUES, Katarína FURMANOVÁ, Lukáš DANIEL, Piia Pauliina KOKKONEN, Jan BREZOVSKÝ, Ondřej STRNAD, Jan ŠTOURAČ, Antonín PAVELKA, Martin MANAK, Jiří DAMBORSKÝ a Barbora KOZLÍKOVÁ. CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories. Bioinformatics. 2018, roč. 34, č. 20, s. 3586-3588. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/bty386.
      URL
      Název anglicky: CAVER Analyst 2.0: Analysis and Visualization of Channels and Tunnels in Protein Structures and Molecular Dynamics Trajectories
      RIV/00216224:14330/18:00100952 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Daniel, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Strnad, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Pavelka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Manak, Martin (203 Česká republika) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein;tunnel;software;visualization
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 31. 5. 2022 17:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1418320/cs
    4. Computational Enzyme Design of Haloalkane Dehalogenases for Yperite Degradation
      MIČAN, Jan, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. Computational Enzyme Design of Haloalkane Dehalogenases for Yperite Degradation. In XV Discussions in Structural Molecular Biology. 2018. ISSN 1805-4382.
      Název česky: Výpočetní design haloalkan dehalogenas pro detoxikaci yperitu
      Název anglicky: Computational Enzyme Design of Haloalkane Dehalogenases for Yperite Degradation

      Druh účasti: aktivní účast
      Recenzováno: ano
      Změnil: MUDr. Jan Mičan, učo 459597. Změněno: 24. 3. 2018 15:08.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1412216/cs
    5. Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2
      DVOŘÁK, Pavel, David BEDNÁŘ, Pavel VAŇÁČEK, Lukáš BÁLEK, Lívia EISELLEOVÁ, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, Eva ŠEBESTOVÁ, Michaela BOSÁKOVÁ, Žaneta KONEČNÁ, Stanislav MAZURENKO, Antonín KUNKA, Tereza VÁŇOVÁ, Karolína ZOUFALOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Jan BREZOVSKÝ, Pavel KREJČÍ, Zbyněk PROKOP, Petr DVOŘÁK a Jiří DAMBORSKÝ. Computer-assisted engineering of hyperstable fibroblast growth factor 2. Biotechnology and Bioengineering. New York: Wiley, 2018, roč. 115, č. 4, s. 850-862. ISSN 0006-3592. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/bit.26531.
      One Library Wiley
      RIV/00216224:14310/18:00100936 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Dvořák, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Vaňáček, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Bálek, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Eiselleová, Lívia (703 Slovensko, domácí) -- Štěpánková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Bosáková, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Konečná, Žaneta (203 Česká republika, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Váňová, Tereza (203 Česká republika, domácí) -- Zoufalová, Karolína (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Krejčí, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Dvořák, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: computational design; embryonic stem cells; fibroblast growth factor; focused directed evolution; protein engineering; protein stability
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Tereza Miškechová, učo 341652. Změněno: 30. 4. 2019 08:58.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1417222/cs
    6. Conformational changes allow processing of bulky substrates by a haloalkane dehalogenase with a small and buried active site
      KOKKONEN, Piia Pauliina, David BEDNÁŘ, Veronika DOČKALOVÁ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Conformational changes allow processing of bulky substrates by a haloalkane dehalogenase with a small and buried active site. Journal of Biological Chemistry. Bethesda, USA: Amer. Soc. Biochem. Mol. Biol., 2018, roč. 293, č. 29, s. 11505-11512. ISSN 0021-9258. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1074/jbc.RA117.000328.
      URL
      RIV/00216224:14310/18:00106486 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Dočkalová, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: enzyme kinetics; enzyme mechanism; protein conformation; molecular dynamics; molecular evolution; active site; conformational change; enzyme catalysis; haloalkane dehalogenase; dichloroethane degradation; ethylene dichloride;
      Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 23. 4. 2024 14:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1503344/cs
    7. Engineering of enzyme gating driven by molecular dynamics, transient kinetics, and single molecule spectroscopy
      PROKOP, Zbyněk, A. GHOSE, Piia Pauliina KOKKONEN, J. SYKORA, David BEDNÁŘ, M. AMARO, Šárka NEVOLOVÁ, M. HOF a Jiří DAMBORSKÝ. Engineering of enzyme gating driven by molecular dynamics, transient kinetics, and single molecule spectroscopy. In The 43rd FEBS Congress. 2018. ISSN 2211-5463.
      URL
      angličtina. Spojené státy.
      Změnila: Mgr. Marie Šípková, DiS., učo 437722. Změněno: 27. 7. 2020 15:48.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1672018/cs
    8. Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization
      BEERENS, Koen, Stanislav MAZURENKO, Antonín KUNKA, Sérgio Manuel MARQUES, N. HANSEN, Miloš MUSIL, Radka CHALOUPKOVÁ, Jitka WATERMAN, Jan BREZOVSKÝ, David BEDNÁŘ, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Evolutionary Analysis As a Powerful Complement to Energy Calculations for Protein Stabilization. ACS Catalysis. WASHINGTON: AMER CHEMICAL SOC, 2018, roč. 8, č. 10, s. 9420-9428. ISSN 2155-5435. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/acscatal.8b01677.
      URL
      RIV/00216224:14310/18:00101752 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Beerens, Koen (56 Belgie, domácí) -- Mazurenko, Stanislav (643 Rusko, domácí) -- Kunka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Hansen, N. (276 Německo) -- Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Waterman, Jitka (203 Česká republika) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein stabilization; thermostability; evolutionary analysis; force-field calculations; computational tools; entropy; enthalpy; thermodynamic integration
      Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 23. 4. 2024 14:20.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1503342/cs
    9. HotSpot Wizard 3.0: web server for automated design of mutations and smart libraries based on sequence input information
      SUMBALOVÁ, Lenka, Jan ŠTOURAČ, Tomáš MARTÍNEK, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. HotSpot Wizard 3.0: web server for automated design of mutations and smart libraries based on sequence input information. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2018, roč. 46, W1, s. "W356"-"W362", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gky417.
      URL
      RIV/00216224:14310/18:00101754 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Sumbalová, Lenka (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Martínek, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: PROTEIN-STRUCTURE PREDICTION; DIRECTED EVOLUTION; HALOALKANE DEHALOGENASE
      Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 23. 4. 2024 14:21.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1503351/cs
    10. Molecular Gating of an Engineered Enzyme Captured in Real Time
      KOKKONEN, Piia Pauliina, J. SYKORA, Zbyněk PROKOP, A. GHOSE, David BEDNÁŘ, M. AMARO, Koen BEERENS, Šárka NEVOLOVÁ, Michaela SLÁNSKÁ, Jan BREZOVSKÝ, Jiří DAMBORSKÝ a M. HOF. Molecular Gating of an Engineered Enzyme Captured in Real Time. Journal of the American Chemical Society. Washington: American Chemical Society, 2018, roč. 140, č. 51, s. 17999-18008. ISSN 0002-7863. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/jacs.8b09848.
      URL
      RIV/00216224:14310/18:00101750 Článek v odborném periodiku. angličtina. Spojené státy.
      Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Sykora, J. (203 Česká republika) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Ghose, A. (356 Indie) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Amaro, M. (620 Portugalsko) -- Beerens, Koen (56 Belgie, domácí) -- Nevolová, Šárka (203 Česká republika, domácí) -- Slánská, Michaela (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Hof, M. (276 Německo)
      Klíčová slova anglicky: PHOTOINDUCED ELECTRON-TRANSFER; CONFORMATIONAL DYNAMICS; CATALYTIC MECHANISM; PROTEIN DYNAMICS; NUCLEIC-ACIDS; ACTIVE-SITE; FORCE-FIELD; EVOLUTION; MOTIONS; SIMULATION
      Změnil: Mgr. Michal Petr, učo 65024. Změněno: 23. 4. 2024 14:18.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1503337/cs
    11. 14th ESSE Conference
      CHAMONIKOLASOVÁ, Jana, Ivona SCHÖFROVÁ, Jiří RAMBOUSEK, Kateřina BLAŽKOVÁ, Michael Matthew KAYLOR, Filip KRAJNÍK, Jiří LUKL, Jana PELCLOVÁ, Jitka SEDLÁČKOVÁ a Thomas Donaldson SPARLING. 14th ESSE Conference. 2018.
      Mezinárodní konference Evropské asociace anglistů uspořádaná Katedrou anglistiky a amerikanistiky FF MU a Českou asociací anglistů
      Název česky: 14. konference ESSE
      RIV/00216224:14210/18:00105892 Uspořádání konference. angličtina. Česká republika.
      Chamonikolasová, Jana (203 Česká republika, garant, domácí) -- Schöfrová, Ivona (203 Česká republika, domácí) -- Rambousek, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Blažková, Kateřina (203 Česká republika, domácí) -- Kaylor, Michael Matthew (840 Spojené státy, domácí) -- Krajník, Filip (203 Česká republika, domácí) -- Lukl, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Pelclová, Jana (203 Česká republika, domácí) -- Sedláčková, Jitka (203 Česká republika, domácí) -- Sparling, Thomas Donaldson (124 Kanada, domácí)
      Klíčová slova anglicky: English Studies; European Society for the Study of English; ESSE; Czech Association for the Study of English; CZASE
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: Mgr. Jana Pelclová, Ph.D., učo 39970. Změněno: 2. 7. 2019 14:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1490559/cs

    2017

    1. CaverDock 1.0 (software)
      FILIPOVIČ, Jiří, Ondřej VÁVRA, Jan PLHÁK, David BEDNÁŘ, Sérgio Manuel MARQUES, Jan BREZOVSKÝ, Luděk MATYSKA a Jiří DAMBORSKÝ. CaverDock 1.0. 2017.
      URL
      Název česky: CaverDock 1.0
      Název anglicky: CaverDock 1.0
      RIV/00216224:14610/17:00098438 Software. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Filipovič, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Vávra, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Plhák, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Matyska, Luděk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: CaverDock;transport processes in proteins
      Mezinárodní význam: ano
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 1. 3. 2019 11:24.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1396336/cs
    2. Different Structural Origins of the Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases toward Linear beta-Haloalkanes: Open–Solvated versus Occluded–Desolvated Active Sites
      LIŠKOVÁ, Veronika, Veronika ŠTĚPÁNKOVÁ, David BEDNÁŘ, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP, Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Different Structural Origins of the Enantioselectivity of Haloalkane Dehalogenases toward Linear beta-Haloalkanes: Open–Solvated versus Occluded–Desolvated Active Sites. Angewandte Chemie International Edition. WEINHEIM, GERMANY: WILEY-V C H VERLAG, 2017, roč. 56, č. 17, s. 4719-4723. ISSN 1433-7851. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/anie.201611193.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00095409 Článek v odborném periodiku. angličtina. Německo.
      Lišková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Štěpánková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: enantioselectivity; enzyme catalysis; enzymes; molecular modeling; protein engineering
      Změnila: Ing. Nicole Zrilić, učo 240776. Změněno: 1. 4. 2018 09:39.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1403848/cs
    3. FireProt: Web Server for Automated Design of Thermostable Proteins
      MUSIL, Miloš, Jan ŠTOURAČ, Jaroslav BENDL, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP, Jaroslav ZENDULKA, Tomáš MARTÍNEK, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. FireProt: Web Server for Automated Design of Thermostable Proteins. Nucleic Acids Research. Oxford: Oxford University Press, 2017, roč. 45, W1, s. "W393"-"W399", 7 s. ISSN 0305-1048. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/nar/gkx285.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00095410 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bendl, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Zendulka, Jaroslav (203 Česká republika) -- Martínek, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: MULTIPLE SEQUENCE ALIGNMENTS; CORRELATED MUTATIONS; STABILITY CHANGES; EVOLUTIONARY CONSERVATION; HALOALKANE DEHALOGENASE; STATISTICAL POTENTIALS; PATHWAYS; BIOCATALYSTS; PREDICTION; FAMILIES
      Změnila: Ing. Nicole Zrilić, učo 240776. Změněno: 3. 4. 2018 16:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1403851/cs
    4. FireProt 1.0 (software)
      MUSIL, Miloš, Jan ŠTOURAČ, Jaroslav BENDL, Jan BREZOVSKÝ, Zbyněk PROKOP, J. ZENDULKA, Tomáš MARTÍNEK, David BEDNÁŘ a Jiří DAMBORSKÝ. FireProt 1.0. 2017.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00100360 Software. angličtina. Česká republika.
      Musil, Miloš (203 Česká republika, domácí) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bendl, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Zendulka, J. (203 Česká republika) -- Martínek, Tomáš (203 Česká republika) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein engineering; thermostable proteins; multiple-point mutant prediction; protein stability
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 14. 3. 2018 11:06.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1411131/cs
    5. HTS 1.0 (software)
      HON, Jiří, David BEDNÁŘ, Tomáš MARTÍNEK a Jiří DAMBORSKÝ. HTS 1.0. 2017.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00094400 Software. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Hon, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Martínek, Tomáš (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: sequences for gene synthesis
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 14. 12. 2017 08:56.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1399155/cs
    6. Individuální rozdíly v učení se cizím jazykům: specifická situace neslyšících
      SEDLÁČKOVÁ, Jitka. Individuální rozdíly v učení se cizím jazykům: specifická situace neslyšících. Komenský. Masarykova univerzita, 2017, roč. 141, č. 3, s. 38-42. ISSN 0323-0449.
      Název anglicky: Individual differences in foreign language learning: the specific situation of the deaf

      Klíčová slova anglicky: deaf, English as a foreign language, individual differences in foreign language learning
      Změnila: Mgr. Jitka Sedláčková, Ph.D., učo 40134. Změněno: 10. 4. 2017 18:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1378096/cs
    7. Interactive Exploration of Ligand Transportation through Protein Tunnels
      FURMANOVÁ, Katarína, Miroslava JAREŠOVÁ, Jan BYŠKA, Adam JURČÍK, Julius PARULEK, Helwig HAUSER a Barbora KOZLÍKOVÁ. Interactive Exploration of Ligand Transportation through Protein Tunnels. BMC Bioinformatics. BioMed Central, 2017, roč. 18, č. 22, s. 1-16. ISSN 1471-2105. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1186/s12859-016-1448-0.
      URL
      RIV/00216224:14330/17:00095871 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Furmanová, Katarína (703 Slovensko, domácí) -- Jarešová, Miroslava (203 Česká republika, domácí) -- Byška, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Parulek, Julius (703 Slovensko) -- Hauser, Helwig (40 Rakousko) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: ligand transportation;protein;visualization;visual analysis
      Změnil: RNDr. Jan Byška, Ph.D., učo 207879. Změněno: 26. 10. 2020 18:11.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1352180/cs
    8. NewProt – a Protein Engineering Portal
      SCHWARTE, Andreas, Maika GENZ, Lilly SKALDEN, Alberto NOBILI, Clare VICKERS, Okke MELSE, Remko KUIPERS, Henk_jan JOOSTEN, Jan ŠTOURAČ, Jaroslav BENDL, Jon BLACK, Peter HAASE, Coos BAAKMAN, Jiří DAMBORSKÝ, Uwe BORNSCHEUER, Gert VRIEND a Hanka VENSELAAR. NewProt – a Protein Engineering Portal. PROTEIN ENGINEERING, DESIGN & SELECTION. Oxford: OXFORD UNIV PRESS, 2017, roč. 30, č. 6, s. 441-447. ISSN 1741-0126. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/protein/gzx024.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00099438 Článek v odborném periodiku. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Schwarte, Andreas (276 Německo) -- Genz, Maika (276 Německo) -- Skalden, Lilly (276 Německo) -- Nobili, Alberto (276 Německo) -- Vickers, Clare (276 Německo) -- Melse, Okke (276 Německo) -- Kuipers, Remko (528 Nizozemské království) -- Joosten, Henk_jan (528 Nizozemské království) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bendl, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Black, Jon (528 Nizozemské království) -- Haase, Peter (276 Německo) -- Baakman, Coos (528 Nizozemské království) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bornscheuer, Uwe (276 Německo) -- Vriend, Gert (528 Nizozemské království) -- Venselaar, Hanka (528 Nizozemské království)
      Klíčová slova anglicky: mutant analysis; portal; protein design; protein engineering; web server
      Změnila: Ing. Nicole Zrilić, učo 240776. Změněno: 9. 4. 2018 16:36.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1403839/cs
    9. NewProt 1.0 (software)
      SCHWARTE, A., M. GENZ, L. SKALDEN, A. NOBILI, C. VICKERS, O. MELSE, R. KUIPERS, H. JOOSTEN, Jan ŠTOURAČ, Jaroslav BENDL, J. BLACK, P. HAASE, C. BAAKMAN, Jiří DAMBORSKÝ, Uwe BORNSCHEUER, G. VRIEND a H. VENSELAAR. NewProt 1.0. 2017.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00100413 Software. angličtina. Česká republika.
      Schwarte, A. (276 Německo) -- Genz, M. (276 Německo) -- Skalden, L. (276 Německo) -- Nobili, A. (276 Německo) -- Vickers, C. (276 Německo) -- Melse, O. (276 Německo) -- Kuipers, R. (528 Nizozemské království) -- Joosten, H. (528 Nizozemské království) -- Štourač, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bendl, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Black, J. (528 Nizozemské království) -- Haase, P. (276 Německo) -- Baakman, C. (528 Nizozemské království) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí) -- Bornscheuer, Uwe (276 Německo) -- Vriend, G. (528 Nizozemské království) -- Venselaar, H. (528 Nizozemské království)
      Klíčová slova anglicky: mutant analysis; portal; protein design; protein engineering; web server
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 19. 3. 2018 12:27.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1411773/cs
    10. Recombinant enzyme gamma-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA01 carrying thermostabilizing mutations by energy-based approach
      BEDNÁŘ, David, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme gamma-hexachlorocyclohexane dehydrochlorinase LinA01 carrying thermostabilizing mutations by energy-based approach. 2017.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00094391 Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek). Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: enzyme haloalkane dehalogenase
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 14. 12. 2017 08:18.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1399146/cs
    11. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA101 carrying thermostabilizing mutations by evolution-based approach
      BEDNÁŘ, David, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA101 carrying thermostabilizing mutations by evolution-based approach. 2017.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00094392 Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek). Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: haloalkane dehalogenase DhaA101
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 14. 12. 2017 08:22.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1399147/cs
    12. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA112 carrying thermostabilizing mutations by energy-based approach
      BEDNÁŘ, David, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA112 carrying thermostabilizing mutations by energy-based approach. 2017.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00094393 Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek). Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: haloalkane dehalogenase DhaA112
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 14. 12. 2017 08:26.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1399148/cs
    13. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA115 carrying thermostabilizing mutations by combine approach
      BEDNÁŘ, David, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme haloalkane dehalogenase DhaA115 carrying thermostabilizing mutations by combine approach. 2017.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00094394 Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek). Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: haloalkane dehalogenase DhaA115
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 14. 12. 2017 08:29.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1399149/cs
    14. Recombinant enzyme halohydrin dehalogenase HheC-DJ carrying thermostabilizing mutations.
      BEDNÁŘ, David, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme halohydrin dehalogenase HheC-DJ carrying thermostabilizing mutations. 2017.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00094401 Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek). Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: enzyme halohydrin dehalogenase HheC-DJ
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 14. 12. 2017 15:34.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1399228/cs
    15. Recombinant enzyme halohydrin dehalogenase HheC-LT02 carrying thermostabilizing mutations.
      BEDNÁŘ, David, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Recombinant enzyme halohydrin dehalogenase HheC-LT02 carrying thermostabilizing mutations. 2017.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00094397 Technicky realizované výsledky (prototyp, funkční vzorek). Biochemie. angličtina. Česká republika.
      Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: halohydrin dehalogenase HheC-LT02
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 14. 12. 2017 15:27.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1399152/cs
    16. Structure-function Relationships and Engineering of Haloalkane Dehalogenases.
      KOKKONEN, Piia Pauliina, Táňa KOUDELÁKOVÁ, Radka CHALOUPKOVÁ, Lukáš DANIEL, Zbyněk PROKOP a Jiří DAMBORSKÝ. Structure-function Relationships and Engineering of Haloalkane Dehalogenases. Online. In Rojo, Fernando. HANDBOOK OF HYDROCARBON AND LIPID MICROBIOLOGY SERIES. AEROBIC UTILIZATION OF HYDROCARBONS, OILS, AND LIPIDS. Heidelberg: Springer, Cham, 2017, s. 1-21. ISBN 978-3-319-50419-3. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-39782-5.
      URL
      RIV/00216224:14310/17:00100792 Kapitola resp. kapitoly v odborné knize. angličtina. Švýcarsko.
      Kokkonen, Piia Pauliina (246 Finsko, domácí) -- Koudeláková, Táňa (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Daniel, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Biodegradation Hydrocarbons Bacteria Yeasts Alkanes Gasoline Aromatic hydrocarbons Degradation of lipids Fatty acids
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 5. 3. 2019 13:15.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1403855/cs
    17. Watergate: Visual Exploration of Water Trajectories in Protein Dynamics
      VAD, Viktor, Jan BYŠKA, Adam JURČÍK, Ivan VIOLA, Eduard M. GRÖLLER, Helwig HAUSER, Sérgio Manuel MARQUES, Jiří DAMBORSKÝ a Barbora KOZLÍKOVÁ. Watergate: Visual Exploration of Water Trajectories in Protein Dynamics. Online. In S. Bruckner, A. Hennemuth, and B. Kainz. Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine. Bremen, Germany: Eurographics Workshop on Visual Computing for Biology and Medicine, 2017, s. 33-42. ISBN 978-3-03868-036-9.
      RIV/00216224:14330/17:00094923 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina.
      Vad, Viktor (348 Maďarsko) -- Byška, Jan (203 Česká republika) -- Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Viola, Ivan (703 Slovensko) -- Gröller, Eduard M. (40 Rakousko) -- Hauser, Helwig (40 Rakousko) -- Marques, Sérgio Manuel (620 Portugalsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Protein;water molecule;trajectory;visualization
      Druh sborníku: postkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnila: doc. RNDr. Barbora Kozlíková, Ph.D., učo 60850. Změněno: 26. 4. 2018 12:43.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1389119/cs

    2016

    1. Accelerated Visualization of Transparent Molecular Surfaces in Molecular Dynamics
      JURČÍK, Adam, Julius PARULEK, Jiří SOCHOR a Barbora KOZLÍKOVÁ. Accelerated Visualization of Transparent Molecular Surfaces in Molecular Dynamics. In IEEE Pacific Visualization Symposium 2016. Taipei, Taiwan: IEEE, 2016, s. 112-119. ISBN 978-1-5090-1451-4. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1109/PACIFICVIS.2016.7465258.
      RIV/00216224:14330/16:00089793 Stať ve sborníku. Informatika. angličtina. Tchaj-wan.
      Jurčík, Adam (203 Česká republika, domácí) -- Parulek, Julius (703 Slovensko) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Computational Geometry and Object Modeling;Boundary representations; Three-Dimensional Graphics and Realism;Visible line/surface algorithms
      Druh sborníku: předkonferenční sborník
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: RNDr. Pavel Šmerk, Ph.D., učo 3880. Změněno: 14. 5. 2020 15:20.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1343724/cs

    2015

    1. Balancing the Stability-Activity Trade-off by Fine-Tuning Dehalogenase Access Tunnels.
      LIŠKOVÁ, Veronika, David BEDNÁŘ, T. PRUDNIKOVA, P. REZACOVA, Táňa KOUDELÁKOVÁ, Eva ŠEBESTOVÁ, I., KUTA- SMATANOVÁ, Jan BREZOVSKÝ, Radka CHALOUPKOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. Balancing the Stability-Activity Trade-off by Fine-Tuning Dehalogenase Access Tunnels. ChemCatChem. 2015, roč. 7, č. 4, s. 648-659. ISSN 1867-3880. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1002/cctc.201402792.
      URL
      RIV/00216224:14310/15:00080815 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Německo.
      Lišková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Prudnikova, T. (112 Bělorusko) -- Rezacova, P. (203 Česká republika) -- Koudeláková, Táňa (203 Česká republika, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Kuta- Smatanová, I., (203 Česká republika) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: haloalkane dehalogenase DhaA;access tunnel
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 21. 3. 2017 07:51.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1300087/cs
    2. FireProt: Energy- and Evolution-Based Computational Design of Thermostable Multiple-Point Mutants
      BEDNÁŘ, David, Koen BEERENS, Eva ŠEBESTOVÁ, Jaroslav BENDL, S. KHARE, Radka CHALOUPKOVÁ, Zbyněk PROKOP, Jan BREZOVSKÝ, D. BAKER a Jiří DAMBORSKÝ. FireProt: Energy- and Evolution-Based Computational Design of Thermostable Multiple-Point Mutants. PLOS COMPUTATIONAL BIOLOGY. 2015, roč. 11, č. 11, s. "nestrankovano", 20 s. ISSN 1553-734X. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1371/journal.pcbi.1004556.
      URL
      RIV/00216224:14310/15:00081399 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Beerens, Koen (56 Belgie, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Bendl, Jaroslav (203 Česká republika, domácí) -- Khare, S. (364 Írán) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Baker, D. (840 Spojené státy) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: FireProt;haloalkane dehalogenase
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 21. 3. 2017 07:46.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1322952/cs
    3. Site-specific Analysis of Protein Hydration Based on Unnatural Amino Acid Fluorescence.
      AMARO, M., Jan BREZOVSKÝ, Silvia KOVÁČOVÁ, J. SYKORA, David BEDNÁŘ, Václav NĚMEC, Veronika LIŠKOVÁ, Nagendra Prasad KURUMBANG, Koen BEERENS, Radka CHALOUPKOVÁ, Kamil PARUCH, Martina HOF a Jiří DAMBORSKÝ. Site-specific Analysis of Protein Hydration Based on Unnatural Amino Acid Fluorescence. Journal of the American Chemical Society. 2015, roč. 137, č. 15, s. 4988-4992. ISSN 0002-7863. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1021/jacs.5b01681.
      URL
      RIV/00216224:14310/15:00080814 Článek v odborném periodiku. Biochemie. angličtina. Spojené státy.
      Amaro, M. (620 Portugalsko) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Kováčová, Silvia (703 Slovensko, domácí) -- Sykora, J. (203 Česká republika) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Němec, Václav (203 Česká republika, domácí) -- Lišková, Veronika (203 Česká republika, domácí) -- Kurumbang, Nagendra Prasad (524 Nepál, domácí) -- Beerens, Koen (56 Belgie, domácí) -- Chaloupková, Radka (203 Česká republika, domácí) -- Paruch, Kamil (203 Česká republika, domácí) -- Hof, Martina (276 Německo) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: dehalogenases;fluorescence spectroscopy;molecular dynamics simulations
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 21. 3. 2017 07:53.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1300082/cs

    2014

    1. Caver Analyst 1.0 (software)
      KOZLÍKOVÁ, Barbora, Eva ŠEBESTOVÁ, Vilém ŠUSTR, Jan BREZOVSKÝ, Ondřej STRNAD, Lukáš DANIEL, David BEDNÁŘ, Antonín PAVELKA, Martin MAŇÁK, Martin BEZDĚKA, Petr BENEŠ, Matúš KOTRY, Artur Wiktor GORA, Jiří DAMBORSKÝ a Jiří SOCHOR. Caver Analyst 1.0. 2014.
      URL
      Název anglicky: Caver Analyst 1.0
      RIV/00216224:14330/14:00074483 Software. Informatika. angličtina. Česká republika.
      Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, garant, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Šustr, Vilém (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika) -- Strnad, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Daniel, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika) -- Pavelka, Antonín (203 Česká republika) -- Maňák, Martin (703 Slovensko, domácí) -- Bezděka, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Beneš, Petr (203 Česká republika) -- Kotry, Matúš (703 Slovensko, domácí) -- Gora, Artur Wiktor (616 Polsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, domácí)
      Klíčová slova anglicky: Software; interactive visualization; tunnels; channels; cavities; protein structures.
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 13. 1. 2022 11:14.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1231908/cs
    2. CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures
      KOZLÍKOVÁ, Barbora, Eva ŠEBESTOVÁ, Vilém ŠUSTR, Jan BREZOVSKÝ, Ondřej STRNAD, Lukáš DANIEL, David BEDNÁŘ, Antonín PAVELKA, Martin MANAK, Martin BEZDĚKA, Petr BENEŠ, Matúš KOTRY, Artur Wiktor GORA, Jiří DAMBORSKÝ a Jiří SOCHOR. CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures. Bioinformatics. Oxford University Press, 2014, roč. 30, č. 18, s. 2684-2685. ISSN 1367-4803. Dostupné z: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu364.
      Název česky: CAVER Analyst 1.0: Grafický nástroj pro interaktivní vizualizaci a analýzu tunelů a kanálů v proteinech
      Název anglicky: CAVER Analyst 1.0: Graphic tool for interactive visualization and analysis of tunnels and channels in protein structures
      RIV/00216224:14330/14:00073649 Článek v odborném periodiku. Informatika. angličtina. Velká Británie a Severní Irsko.
      Kozlíková, Barbora (203 Česká republika, domácí) -- Šebestová, Eva (203 Česká republika, domácí) -- Šustr, Vilém (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Strnad, Ondřej (203 Česká republika, domácí) -- Daniel, Lukáš (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Pavelka, Antonín (203 Česká republika, domácí) -- Manak, Martin (203 Česká republika) -- Bezděka, Martin (203 Česká republika, domácí) -- Beneš, Petr (203 Česká republika, domácí) -- Kotry, Matúš (703 Slovensko, domácí) -- Gora, Artur Wiktor (616 Polsko, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, domácí) -- Sochor, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein; visualization; tunnel; cavity
      Mezinárodní význam: ano
      Recenzováno: ano
      Změnil: prof. Ing. Jiří Sochor, CSc., učo 2446. Změněno: 21. 6. 2015 20:05.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/1184047/cs

    2011

    1. In vitro protein and metabolic engineering of a biodegradation pathway
      DVOŘÁK, Pavel, Zbyněk PROKOP, Jan BREZOVSKÝ, David BEDNÁŘ, Šárka BIDMANOVÁ a Jiří DAMBORSKÝ. In vitro protein and metabolic engineering of a biodegradation pathway. In Biotrans 2011. 2011.
      RIV/00216224:14310/11:00049445 Prezentace na konferencích. Biochemie. angličtina. Itálie.
      Dvořák, Pavel (203 Česká republika, domácí) -- Prokop, Zbyněk (203 Česká republika, domácí) -- Brezovský, Jan (203 Česká republika, domácí) -- Bednář, David (203 Česká republika, domácí) -- Bidmanová, Šárka (203 Česká republika, domácí) -- Damborský, Jiří (203 Česká republika, garant, domácí)
      Klíčová slova anglicky: protein; metabolic engineering; haloakan dehalogenases
      Druh účasti: aktivní účast
      Změnil: prof. Mgr. Jiří Damborský, Dr., učo 1441. Změněno: 4. 1. 2012 14:40.
      Podrobněji: https://is.muni.cz/publication/947505/cs
Zobrazeno: 1. 10. 2024 06:55