Výpis publikací

ADAM, Jan, Zdeněk KŘÍŽ, Martin PROKOP, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. In silico mutagenesis and docking studies of Pseudomonas aeruginosa lectin PA-IIL - predicting binding modes and energies. Journal of Chemical Information and Modeling. 2008, roč. 48, č. 11, s. 2234-2242, 8 s. ISSN 1549-9596.

ADAM, Jan, Zdeněk KŘÍŽ, Lenka MALINOVSKÁ, Emily LAMEIGNERE, Anne IMBERTY, Jaroslav KOČA a Michaela WIMMEROVÁ. Studying the binding properties of BclA lectin - experiment and modeling. In FEBS Journal. OXFORD: BLACKWELL PUBLISHING, 2008, s. 175-175. ISSN 1742-464X.

ADAM, Jan, Martina POKORNÁ, Zdeněk KŘÍŽ, Anne IMBERTY, Charles SABIN, Jaroslav KOČA a Michaela WIMMEROVÁ. Computational chemistry as a helpful tool for biochemist - structure-functional study and correlation en route to protein engineering. In Materials Structure, vol. 14, no. 1 (2007), 6th Discussions in Structural Molecular Biology. Prague: Czech and Slovak Crystallographic Association, 2007, 1 s. ISSN 1211-5894.

ADAM, Jan, Martina POKORNÁ, Nikola KOSTLÁNOVÁ, Ondřej ŠULÁK, Zdeněk KŘÍŽ, Anne IMBERTY, Jaroslav KOČA a Michaela WIMMEROVÁ. Molecular modeling as a biochemist's best friend - structure-functional and computational analysis of lectin-saccharide interaction on the way to protein enginneering. In Cukrblik 2007 : Current Chemistry and Biochemistry of Saccharides. Prague: Institute of Chemical Technology, 2007, s. 6-6. ISBN 978-80-7080-006-5.

ADAM, Jan, Martina POKORNÁ, Charles SABIN, Martin PROKOP, Zdeněk KŘÍŽ, Anne IMBERTY, Jaroslav KOČA a Michaela WIMMEROVÁ. Molecular modeling in hands of protein engineers - the lectin-saccharide interaction study. In FEBS Journal 274 (suppl. 1), 32th FEBS Congress "Molecular Machines". Cambridge: Blackwell Publishing, 2007, s. 263-263. ISSN 1742-464X.

ADAM, Jan, Martina POKORNÁ, Martin PROKOP, Zdeněk KŘÍŽ, Anne IMBERTY, Jaroslav KOČA a Michaela WIMMEROVÁ. Mutagenesis of PA-IIL and related affinity changes - structure-functional, computational and thermodynamic study. In Young Scientist Forum 'Molecular Networks'. 2007.

ADAM, Jan, Martina POKORNÁ, Charles SABIN, Martin PROKOP, Zdeněk KŘÍŽ, Anne IMBERTY, Jaroslav KOČA a Michaela WIMMEROVÁ. Mutagenesis of PA-IIL and related affinity changes - molecular modeling in service of protein engineering. In Konference Grantové Agentury České republiky - Strukturní biofyzika makromolekul II. Brno: Biofyzikální ústav AV ČR a Masarykova univerzita, 2007, s. 25.

ADAM, Jan, Martina POKORNÁ, Charles SABIN, Zdeněk KŘÍŽ, Anne IMBERTY, Jaroslav KOČA a Michaela WIMMEROVÁ. Protein Engineering and Molecular Modeling 'IN CAPSULE' - Computer-Assisted Prediction of SUgar-LEctin INteractions. Structure-functional and computational study of bacterial lectin PA-IIL. In International Congress of Young Chemists YoungChem 2007. Warsaw: Chemical Scientific Society Flogiston, 2007, s. 68. ISBN 978-83-61037-16-3.

ADAM, Jan, Martina POKORNÁ, Charles SABIN, Zdeněk KŘÍŽ, Anne IMBERTY, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. Structure as a key to function: protein engineering and molecular modeling of lectin-saccharide interactions. In Synchrotron Facilities for the Development of Science and Technology in Central and Eastern Europe. Brno: Biofyzikální ústav AV ČR, 2007, s. 8-9.

ADAM, Jan, Martina POKORNÁ, Charles SABIN, Zdeněk KŘÍŽ, Anne IMBERTY, Jaroslav KOČA a Michaela WIMMEROVÁ. Strukturně funkční studie afinitních změn v lektin sacharidových systémech: počítačová chemie ve službách proteinového inženýrství. In Chem. Listy 101, 425–465 (2007) - VII. Mezioborové setkání mladých biologů, biochemiků a chemiků. Praha: Česká společnost chemická, 2007, s. 427-427. ISSN 0009-2770.

KŘÍŽ, Zdeněk, Jan ADAM, Ondřej ŠULÁK, Michaela WIMMEROVÁ a Jaroslav KOČA. UNRAVELING THE PROBLEMS OF PROTEIN - SACCHARIDE INTERACTIONS VIA COMPUTATIONAL CHEMISTRY. Materials structure. Czech Republic: Czech and Slovak Crystallographic Associ, 2007, roč. 14, č. 1, s. 38. ISSN 1211-5894.

ADAM, Jan, Martina POKORNÁ, Charles SABIN, Zdeněk KŘÍŽ, Anne IMBERTY, Jaroslav KOČA a Michaela WIMMEROVÁ. Utilizing Computational Chemistry for protein engineering - study of lectin-saccharide interactions. In European Biophysics Journal 36 (suppl. 1), 6th EBSA Biophysics Congress. London: Springer, 2007, s. 111-111. ISSN 0175-7571.

WIESNER, Jiří, Zdeněk KŘÍŽ, Kamil KUČA, Daniel JUN a Jaroslav KOČA. Počítačové modelování a simulace - nové technologie při vývoji prostředkůproti chemickým bojovým látkám. Voj. zdrav. listy. Hradec Králové: Univerzita obrany, 2005, roč. 74, 5/6, s. 171-177. ISSN 0372-7025.

ADAM, Jan, Zdeněk KŘÍŽ, Anne IMBERTY, Jaroslav KOCA a Michaela WIMMEROVÁ. The study of lectin-saccharide interactions by means of computational chemistry. In Modelling Interactions in Biomolecules II. Praha: Univerzita Karlova, Praha, 2005, s. 1.

KOČA, Jaroslav. Exploring multidimensional energy surfaces related to conformational search and molecular docking. In Modelling and Design of Molecular Materials Workshop. Wroclaw: University of Wroclaw, 2004, s. 10-10.

KOČA, Jaroslav, Zdeněk KŘÍŽ, Martin LUDIN a Anne IMBERTY. Pokroky v počítačovém modelování interakcí dvou a více molekul. Příklady z oblasti cyklodextrinu. In Chemické listy. Praha: Česká společnost chemická, 2003, s. 1113-1114.

DAMBORSKÝ, Jiří, Jan KMUNÍČEK, Tomáš JEDLIČKA, Santos LUENGO, Federico GAGO, Angel R. ORTIZ a Rebecca C. WADE. Rational re-design of haloalkane dehalogenases guided by comparative binding energy analysis. In Enzyme Functionality: Design, Engineering and Screening. New York, USA: Marcel Decker, 2003, s. 79-96. Protein Structure.

BOSMA, Tjibbe, Jiří DAMBORSKÝ, Gerhard STUCKI a Dick JANSSEN. Biodegradation of 1,2,3-trichloropropane through directed evolution and heterologous expression of a haloalkane dehalogenase gene. Applied and Environmental Microbiology. 2002, roč. 68, č. 7, s. 3582-3587. ISSN 1098-5336.