Publication Records

ŠIMARA, Pavel, Irena KOUTNÁ, Stanislav STEJSKAL, Petr KRONTORÁD, Zdeněk RUČKA, Martina PETERKOVÁ and Michal KOZUBEK. Combination of mRNA and protein microarray analysis in complex cell profiling. Neoplasma. Bratislava, Slovensko: AEPress, s.r.o., 2/2009, No 56, p. 141-149. ISSN 0028-2685. 2009.

BUDINSKÁ, Eva, Eva GELNAROVÁ and Michael G. SCHIMEK. MSMAD: a computationally efficient method for the analysis of noisy array CGH data. Bioinformatics. Oxford University Press, vol. 25, No 6, p. 703-713. ISSN 1367-4803. 2009.

STEJSKAL, Stanislav, Pavel MATULA, Irena KOUTNÁ, Ondřej DANĚK, Martin MAŠKA and Michal KOZUBEK. The Use of RNA Polymerase II in Epigenetic Analysis. In 3rd EFS Functional Genomics Conference 2008. 2008.

GARAJOVÁ, Ingrid, Marek SVOBODA, Ondřej SLABÝ, Eva KREJČÍ, Ilona KOCÁKOVÁ, Markéta BEDNAŘÍKOVÁ, Roman ŠEFR and Rostislav VYZULA. DNA microarray analysis of locally advanced rectal adenocarcinomas: prediction of sensitivity to neoadjuvant chemoradiotherapy (DNA microarray analysis of locally advanced rectal adenocarcinomas: prediction of sensitivity to neoadjuvant chemoradiotherapy.). In III. dny diagnostické, prediktivní a experimentální onkologie. Sborník příspěvků. 2007th ed. Olomouc: Solen. p. 24-24. ISBN 978-80-244-1824-7. 2007.

KILIAN, Joachim, Dion WHITEHEAD, Jakub HORÁK, Dierk WANKE, Stefan WEINL, Oliver BATISTIC, Cecilia D´ANGELO, Erich BORNBERG-BAUER, Jörg KUDLA and Klaus HARTER. The AtGenExpress global stress expression data set: protocols, evaluation and model data analysis of UV-B light, drought and cold stress responses. The Plant Journal. England: BLACKWELL PUBLISHING, vol. 50, No 2, p. 347-363. ISSN 0960-7412. 2007.

STREHOVSKÝ, Michal, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ and Petr KRONTORÁD. TransMap Viewer. 2007.

SCHIMEK, Michael and Tomáš PAVLÍK. A comparative study of false discovery rate procedures in R. In Proceedings of the 21th International Workshop on Statistical Modelling. Galway, Ireland, 3-7 July 2006. 21st ed. Galway, Ireland: Statistical Modelling Society. p. 466-473. ISBN 1-86220-180-3. 2006.

ŠERÝ, Omar and Petr ZVOLSKÝ. Historický přehled vzniku molekulární psychiatrie (Historic overview of establishment of molecular psychiatry). Česká a slovenská psychiatrie. Praha: ČLS J.E. Purkyně, vol. 102, No 5, p. 246-249. ISSN 1212-0383. 2006.

TICHÝ, Boris, M. SVOBODA, Jiří MAYER and Šárka POSPÍŠILOVÁ. Odběr a zpracování vzorků pro expresní DNA čipy (Sample taking and processing for expression DNA microarrays). Klinická onkologie. vol. 19, suppl, p. 346-350. ISSN 1802-5307. 2006.

BUDINSKÁ, Eva and Eva GELNAROVÁ. A Method for Detecting Breakpoints in Array CGH data. In EnviroInfo Brno 2005. Networking Environmental Information. Part 2. Proceedings of the 19th International Conference Informatics for Environmental Protection. Brno: Masaryk University in Brno. p. 673 - 676. ISBN 80-210-3780-6. 2005.

KOUTNÁ, Irena, Eva JANSOVÁ, Petr KRONTORÁD, Zbyněk SVOBODA, Michal KOZUBEK and Stanislav KOZUBEK. cDNA Microarray Technology as a Tool for Better Understanding of Progress of Malignant Diseases. In Prague Post Genome Technology Workshop. Prague, Czech Republic: Czech Pattern Recognition Society. p. 69-72. ISBN 80-01-03239-6. 2005.

LIDMAN, Petr, Zdenko STANÍČEK, Filip PROCHÁZKA, Eva BUDINSKÁ, Jiří JARKOVSKÝ and Ladislav DUŠEK. Projekt EMIL (Effective Microarray IntelLigence): přínos metod umělé inteligence pro analýzu microarrays (Project EMIL (Effective Microarray IntelLigence): benefits of artificial intelligence methods for microarray analysis). In Sborník abstraktů konference se zahraniční účastí. Analytická cytometrie III. Brno: Česká společnost pro analytickou cytologii. p. 107-108. ISBN 80-239-5155-6. 2005.

LIDMAN, Petr, Zdenko STANÍČEK, Filip PROCHÁZKA, Jan MUŽÍK, Ladislav DUŠEK, Rostislav VYZULA and Pavel ANDRES. Projekt UIRON ("Universal information robot in oncology"): přínos metod umělé inteligence v biomedicíně a klinické praxi (Project UIRON ("Universal information robot in oncology"): benefits of artificial intelligence methods in biomedicine & clinical practice). In Vybrané otázky onkologie IX. Praha: Galén. p. 143-144. ISBN 80-7262-382-6. 2005.

LIDMAN, Petr, Zdenko STANÍČEK, Filip PROCHÁZKA, Ladislav DUŠEK, Jiří JARKOVSKÝ and Eva BUDINSKÁ. Rule-based systems: employing intelligent computer assistant in biomedicine & clinical practice. In Proceedings of 1st International Summer School on Computational Biology. Brno: Masarykova univerzita. p. 100-104. ISBN 80-210-3907-8. 2005.

WEINSTOCK, George M., David ŠMAJS, Petra MATĚJKOVÁ, Michal STROUHAL, Thomas J. ALBERT, Steven J. NORRIS, Timothy PALZKILL and Erica J. SODERGREN. Treponema Genomics. In Molecular Biology of Spirochetes. Praha: Státní zdravotní ústav. p. 96-100. Volume 373 NATO Science Series. ISBN 1-58603-665-3. 2005.