Informační systém Masarykovy univerzity 

Archiv závěrečné práce Martin Demko FI N-AP BIO

česky | in English

Agenda:
Změnit agendu. Adresa v ISu:

Masarykova univerzita

Fakulta informatiky

magisterský studijní program/obor:
Aplikovaná informatika/Bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Zobrazit popisek

Bc. Martin Demko

Rozšíření a refaktorizace nástroje BioDiVinE

Extension and refactorisation of BioDiVinE tool

Anotace: Práca sa venuje rozšíreniu nástroja BioDiVinE o nový obecnejší popis vstupného modelu podporujúceho aj nelineárne funkcie prevažne sigmoidálneho charakteru. Zároveň s tým musí nová verzia tohto programu poskytovať aj prechod od nelineárneho vstupného modelu k multi-afinnému, aby sa mohol nový nástroj využívať k pôvodnému účelu, a síce k overovaniu vlastností modelov. Keďže sa v skutočnosti jedná o …více

Abstract: This thesis introduces an extension of the BioDiVinE tool in the supported formalism for dynamical models. In particular, a new general description of input model that facilitates non-linear functions constructed from sigmoidal functions is considered. This extension requires a conversion of a non-linear input model to multi-affine model so that the new version of tool can still perform model checking …více

ordinárne diferenciálne rovnice po častiach multi-afinný ODE model nelineárne regulačné funkcie overovanie modelov LTL Michaelis-Mentenovej kinetika Hillova kinetika ordinary differential equations piecewise multi-affine ODE model non-linear regulatory functions model checking Michaelis-Menten kinetics Hill equation

Zadání: Cílem práce je v teoretické části nastudovat nové abstrakční techniky pro dynamické modely biologických systémů representovaných prostřednictvím nelineárních diferenciálních rovnic. Jde o techniky optimalizace diskretizace spojitých regulačních funkcí funkcemi po částech lineárními, publikováno na konferenci CAV 2011 (Grosu et al.) Výsledkem bude návrh začlenění této nové abstrakční techniky do nástroje …více

Jazyk práce: slovenština

  • Zadáno/změněno 24. 6. 2014 08:33, Helena Kryštofová
  • Záznam založen 12. 3. 2014 14:13, Helena Kryštofová
  • Zveřejnit od 26. 5. 2014 10:39, Helena Kryštofová
  • Práce převzata 26. 5. 2014 10:39, Helena Kryštofová

Obhajoba diplomové práce

  • Proběhla 23. 6. 2014, práce byla úspěšně obhájena.

Vedoucí:

  • RNDr. David Šafránek, Ph.D., KSUZD FI MU, Katedra strojového učení a zpracování dat - Fakulta informatiky

Oponent:

Plný text práce
Příloha

Literatura:

  • BARNAT, Jiří, Luboš BRIM a David ŠAFRÁNEK. High-performance analysis of biological systems dynamics with the DiVinE model checker. Briefings in Bioinformatics, Oxford (UK): Oxford University Press, 2010, roč. 11, č. 3, s. 301-312. ISSN 1467-5463.

Citační záznam

Citace dle ISO 690: LaTeX | HTML | text | BibTeX | Wikipedie

Kontrola závěrečné práce

Práce zkontrolována: 26. 5. 2014 10:47, RNDr. David Šafránek, Ph.D.


Nástroje.Seřadit vzestupně.Seřadit sestupně. Spočítat nepřečtené soubory ve složkách. Spočítat velikost složek. Zobrazit mapu souborů. Napřed složky, pak soubory.Seřadit vzestupně.Seřadit sestupně. Složka či souborSeřadit vzestupně.Seřadit sestupně. Vložil/aSeřadit vzestupně.Seřadit sestupně. VloženoSeřadit vzestupně.Seřadit sestupně. Expirace: Seřadit vzestupně.Expirace: Seřadit sestupně.
Nástroje.Tato složka.  Archiv závěrečné práce Martin Demko FI N-AP BIO /fi_m/Kryštofová, H.12.  3. 2014
Číst smí:
• kdokoliv v Internetu
Nikdo nemá právo vkládat.Nikdo nemá právo spravovat.Žádný atribut.
Nástroje.Soubor annotation_english.txt, 653 B, holý textAnotace anglicky annotation_english.txtDemko, M.25.  5. 2014
Číst smí:
• kdokoliv v Internetu
Nikdo nemá právo vkládat.Nikdo nemá právo spravovat.Žádný atribut.
Nástroje.Soubor annotation.txt, 599 B, holý textAnotace česky annotation.txtDemko, M.25.  5. 2014
Číst smí:
• kdokoliv v Internetu
Nikdo nemá právo vkládat.Nikdo nemá právo spravovat.Žádný atribut.
Nástroje.Soubor keywords.txt, 334 B, holý textKlíčová slova keywords.txtDemko, M.25.  5. 2014
Číst smí:
• kdokoliv v Internetu
Nikdo nemá právo vkládat.Nikdo nemá právo spravovat.Žádný atribut.
Nástroje.Soubor dp.sk.final.pdf, 1 MB, PDF Soubor dp.sk.final.txt, 93,9 KB, holý textPlný text práce dp.sk.final.pdfDemko, M.25.  5. 2014
Číst smí:
• kdokoliv v Internetu
Nikdo nemá právo vkládat.Nikdo nemá právo spravovat.Žádný atribut.
Nástroje.Soubor oponentura-martin-demko.pdf, 74,6 KB, PDF Soubor oponentura-martin-demko.txt, 2,5 KB, holý textPosudek oponenta oponentura-martin-demko.pdfDražanová, J.15.  6. 2014
Číst smí:
• kdokoliv v Internetu
Nikdo nemá právo vkládat.Nikdo nemá právo spravovat.Žádný atribut.
Nástroje.Soubor demko.pdf, 26,2 KB, PDF Soubor demko.txt, 2 KB, holý textPosudek vedoucího demko.pdfŠafránek, D.16.  6. 2014
Číst smí:
• kdokoliv v Internetu
Nikdo nemá právo vkládat.Nikdo nemá právo spravovat.Žádný atribut.
Nástroje.Soubor biodivine-1.1.zip, 1,4 MB, archív ZIPPriloha - zdrojove kody nastroja biodivine-1.1.zipDemko, M.25.  5. 2014
Číst smí:
• kdokoliv v Internetu
Nikdo nemá právo vkládat.Nikdo nemá právo spravovat.Žádný atribut.
Nástroje.Soubor dp.zip, 36 MB, archív ZIPPriloha - zdrojove kody textu prace dp.zipDemko, M.25.  5. 2014
Číst smí:
• kdokoliv v Internetu
Nikdo nemá právo vkládat.Nikdo nemá právo spravovat.Žádný atribut.
Prohlédnout tuto složku po přihlášení do ISu (znáte-li svoje heslo do ISu, můžete zde vidět více souborů)

Relevantní odkazy 


Nahoru | Aktuální datum a čas: 20. 9. 2017 07:43, 38. (sudý) týden

Kontakty: istech(zavináč/atsign)fi(tečka/dot)muni(tečka/dot)cz, studijní odd., správci práv, is-technici, e-technici, IT podpora | Použití cookies | Více o Informačním systému