Evropská populace hybridogenetických vodních žab představuje
zajímavý, avšak komplexní příklad živočichů využívajících
alternativní a zároveň bizarní formu reprodukce –
hybridogenezi. Páření mezi jedinci Pelophylax lessonae a
Pelophylax ridibundus vede ke vzniku hybridních potomků
označovaných jako Pelophylax esculentus. Tito hybridi udržují
svou existenci zpětným křížením s rodičovskými druhy, a proto
by mohli potenciálně sloužit jako prostředek pro mezidruhový
přenos genetické informace.

Vyhledal jsem čtení sekvencí všech tří zmíněných druhů žab,
zhodnotil je a připravil pro mapování na referenční genom
blízce příbuzného žabího taxonu. Poté jsem provedl variant
calling, z výsledného VCF souboru s detekovanými genotypy
jedinců jsem vytvořil matici genotypů, která sloužila jako
vstup pro algoritmus diem. Po ko-polarizaci markerů jsem
upravenou matici genotypů vykreslil spolu s hybridními indexy
jednotlivců, a potenciálně introdukované varianty jsem
lokalizoval a podrobil analýze v kontextu relevantním pro
biologii taxonů.

Kvalita dat, omezený počet exemplářů a nepříliš vhodný
referenční genom pravděpodobně přispěly, alespoň částečně, k
nejednoznačným výsledkům. Pro odhalení nových poznatků v této
oblasti by byla zapotřebí lepší, ideálně celo-genomová a bohatě
anotovaná datová sada. Nicméně, nedávno implementovaná metoda
genomové polarizace se ukázala být skvělou volbou pro
rozpoznávání taxonů i v případě hybridogenetických systémů.
Vybízím tedy vědce, aby se seznámili s algoritmem diem a
přijali nastupující novou éru celo-genomové analýzy markerů,
která by mohla zpřesnit náš současný pohled na biologické
koncepty.