V dnešní době existuje škála programů zabývající se analýzou makromolekulárních struktur a nové jsou denně vyvíjeny. Cílem této práce je vytvoření nástrojů, které umožní těmto programům přístup k vizualizační aplikaci PyMOL, a to způsobem vytvářejícím jak možnosti překladu výstupních dat analytických programů do dat, které je aplikace PyMOL schopna zobrazit, tak možností tvorby uživatelského rozhraní vlastního programu jako rozšíření aplikace PyMOL. Ve snaze naplnění tohoto cíle byly vytvořeny nástroje v podobě knihovny PyMOLBuilder a aplikace PyMOLPluginCompiler umožnující překlad programů napsaných v jazyce C# do jazyka Python. Tyto nástroje jsou pak vybudovány na teoretickém základu analytické části dnešních kompilátorů a praktickém využití metod projektu Roslyn, možností vytváření rozšíření programů napsaných v jazyce Python a metod návrhu a tvorby rozšiřitelných a snadno použitelných knihoven.