Posudek oponenta na bakalářskou práci
Bakalářský studijní program : Biochemie
Studijní obor : Biochemie
Student: Tereza Sedláčková
Název práce: Techniky zobrazování biomolekul, bakterií a buněk v subnanometrickém
měřítku mikroskopem AFM
Oponent a jeho pracoviště: Mgr. Šárka Novotná
Středoevropský technologický institut (CEITEC)
Má práce experimentální charakter : Ano Ne
Odborná úroveň práce : A B C D E F
Textová úroveň práce : A B C D E F
Grafická úroveň práce : A B C D E F
Rozsah : A B C D E F
Literatura : A B C D E F
Připomínky do diskuse, dotazy :
V teoretické části je stručně a přehledně popsán přístroj mikroskop atomárních sil (AFM),
jeho součásti a principy měření pomocí různých režimů. Popisuje nejčastěji používané
povrchy pro přichycení sledovaných vzorků (DNA, bílkovin) a jejich vhodnou aktivaci.
Experimentální část se zaměřuje na přípravu pozorovaných vzorků DNACalfThymus a IgG,
nastavení AFM přístroje a samotné měření vzorků.
Výhrady a návrhy na úpravu:
- U většiny obrázků bych vytkla nedostatečný popis:
o Obr. 10 doplnila bych popisek B - biomolekula
o Obr. 14 není popsán vůbec, doplnila bych alespoň stručný popis a objasnila
bych vložený vzorec reálné amplitudy.
o Obr. 15 vyvarovala bych se spekulací o velikosti molekuly 0,3 - 0,5µm.
Autorka je zřejmě odhadla. Raději bych se zaměřila na to, co lze z obrázku
jasně vyčíst ( možné artefakty, přibližná tloušťka zobrazované DNA apod.).
Výsledky bych porovnala s naměřenými údaji v 3D rozlišení a ty pak zahrnula
do závěru.
o U obr. 17 a 18 chybí jakýkoliv komentář. Autorka u obrázku 18 na str. 36
uvádí velikost IgG molekuly 20 µm. I když bereme v potaz nedostatečný a
chybný popis os (z důvodu nedostupného softwaru), tato prezentace výsledků
se mi zdá matoucí a nepřehledná, navíc došlo k záměně osy z a y.
- Nepatrné stylistické chyby str. 29 katilever
- Zbytečně podrobné členění sekce 4.1 Materiály a metody do třetí úrovně. V tomto
případě je lepší použít stručný seznam použitého materiálu.
- Není nutné uvádět běžné laboratorní vybavení (pipety, pinzety, chladnička,.. )
- V sekci Silanizace povrchu a imobilizace DNACalfThymus na str. 28 bych použila termín
napařování slídy, aby byl lépe pochopen postup modifikace činidlem APDMES.
- V závěru je chybně použit termín „metoda APDMES“. Jedná se o činidlo nikoli o
metodu.
- Pokud autorka používá přílohu, je vhodné se na ní odkázat v textu. Pokud tomu tak
není, je zbytečné ji přikládat.
Otázky:
1) K čemu konkrétně slouží triethylamin používaný v experimentu na modifikaci
povrchu slídy společně s činidlem APDMES?
2) Jakým způsobem byla zjištěna optimální koncentrace 0,5µg·ml-1
použité DNACalfThymus
k navázání na upravený povrch slídy?
3) Popište obrázek 3 na str. 13 a vysvětlete jakou roli hraje vzdálenost hrot-vzorek na
působící sílu.
Práci doporučuji k obhajobě : Ano Ne
Návrh hodnocení : A B C D E F
V Brně dne 9. června 2011
……………………………………………….
podpis