Bakalářská práce

Segmentation of Membrane-Stained Cells in Image Data of Organoids

Bruno Petrus, učo 514305
Anotace

V tejto práci je prezentovaný dvojkrokový proces spracovania obrazu, ktorý má za cieľ segmentovať obrazové dáta organoidov. Tieto dáta obsahujú dva obrazové kanály, v jednom sú ofarbené membrány buniek a v druhom jadrá buniek. V prvej fáze sa vytvorí hrubá segmentácia jednotlivých buniek pomocou analýzy Laplaceovho operátora a watershed algoritmu v kanáli s ofarbenými membránami. V druhej fáze je segmentácia …více

Abstract

In this thesis, we present a two-stage image analysis pipeline for segmenting membrane-stained and nuclei-stained image data of organoids captured using a fluorescence microscope. In the first stage, a coarse segmentation of individual cells in the membrane channel is obtained by analysing the Laplacian operator's response and watershed-driven tesselation. In the second stage, the coarse segmentation …více

Klíčová slova
segmentation image processing scikit-image watershed thresholding fluorescence microscopy zero-crossing
Zadání práce
The primary objective of this thesis is to develop an image analysis pipeline for segmenting membrane-stained cells in fluorescence microscopy image data of organoids without the existence of reference annotations. The textual part of the thesis must include a concise and comprehensive description of the developed pipeline and its quantitative evaluation focused on segmentation accuracy and execution time. The implementation of the developed pipeline will be delivered in an easy-to-use form and complemented with a practical guide that documents the exemplary usage of the developed pipeline.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
19. 5. 2023 07:59, doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734
Plný text práce
17,2 MB / soubor PDF
Přílohy (1)
Jazyk práce
angličtina angličtina
Termín obhajoby
27. 6. 2023
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. RNDr. Martin Maška, Ph.D., učo 60734
CABO KVI FI MU

Oponent

doc. RNDr. Pavel Matula, Ph.D., učo 2927
KVI FI MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Informatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.