Předložená diplomová práce se zabývá studiem retenčního chování sekvenčních izomerů trinukleotidů v chromatografickém módu kapalinové chromatografie s hydrofilními interakcemi. Snahou této práce je popsat možné typy interakcí, případně retenčních mechanizmů, které mohou významně přispět k pochopení tohoto chromatografického módu. První část této práce je věnována studiu záměny organického modifikátoru, jakožto významnému parametru, ovlivňujícího zásadně vlastnosti mobilní fáze. Vybrané modifikátory (acetonitril, methanol) vykazovaly významnou změnu selektivity studovaných analytů v důsledku rozdílných proton-donorních vlastností. Další část práce se zabývá změnami pH v mobilní fázi a složením mobilní fáze z pohledu směsného rozpouštědla. Tyto experimenty odhalily významné posuny ionizačních rovnovah v systému, které rozhodovaly o přítomnosti iontových forem analytů. Díky těmto experimentům bylo možné posoudit významnost coulombických interakcí analytů s nabitou stacionární fází. Závěr této práce je věnován termodynamické analýze chromatografického systému pomocí van’t Hoffových křivek, které byly použity pro výpočty termodynamických veličin, díky kterým bylo možné částečně posoudit retenční mechanizmus tohoto velmi komplexního separačního módu.