Posudek oponenta na diplomovou práci
Autor práce: Bc. Veronika Horská
Název práce: Homologní modelování a virtuální screening potenciálních
inhibitorů intelektinu
Oponent a jeho Mgr. Stanislav Kozmon, PhD., Masarykova Univerzita,
pracoviště: CEITEC MU, Kamenice 753/5, 615 00 Brno
Poř. číslo
Kritérium hodnocení Body
(0-3)
1
celkový rozsah diplomové práce (doporučení pro teoretickou část do
1/3 celkového rozsahu), vyváženost rozsahů jednotlivých částí a jejich
strukturovanost
3
2
kvalita literární rešerše (množství použitých původních pramenných
zdrojů, vhodnost výběru) 3
3
výstižnost formulace základního problému a cílů podle zadání práce a
poznatků z literární rešerše 3
4 logika postupu při vlastní výzkumné práci 3
5 úplnost popisu používaných metodik 2
6 experimentální náročnost práce 2
7 úroveň zpracování experimentálních dat 2
8
úroveň diskuse - interpretace výsledků, zařazení do kontextu
v literatuře.
2
9 úroveň souhrnu (i v angličtině) 3
10 grafická úprava textu a obrázků 2
11 jazyková a stylistická úroveň, respektování platného názvosloví 2
12
správnost a úplnost legend u obrázků a tabulek (srozumitelnost bez
zřetele k ostatnímu textu, vysvětlení značek, jednotky uváděných
veličin)
2
13
správnost používání citačních odkazů (přítomnost necitovaných údajů,
dodržování jednotného stylu citací, používání oficiálních zkratek
časopisů)
2
Celkem bodů 31
Známka B max 39
Konkrétní připomínky a dotazy (možno připojit samostatný list)
Po odbornej stránke je práca na dobrej úrovni, jej rozsah je primeraný. Úvod je napísaný prehľadne
a delený do logických častí. Studentka vychádzala hlavne z primárnych zdrojov, čomu zodpovedá
aj počet referencovaných publikácii v počte 87. Metodika je popísaná dostatočne na pochopenie
študovanej problematiky aj keď tam chýbajú niektoré detaily ako napr. nie je jasne aké parametre
pre Ca2 +
boli použité, verzia použitého software nesedí (spomínaný je AMBER13, aj keď taká
verzia nevyšla), alebo že M D simulácia bežala za konštantného počtu častíc, tlaku a objemu, čo je
veľmi nezvyčajná simulácia. Popis výsledkov a diskusia je logická a prehľadná a je na dobrej
úrovni. Tu by som vytkol používanie RMSD na dva atómy, čo by malo byť správne interpretované
ako vzdialenosť medzi dvoma atómami. Záver prehľadne zhrňuje získané výsledky. Z formálnych
nedostatkov by som vytkol prítomnosť preklepov a nesprávne použité názvoslovie organických
kyselín a ich esterov.
Pre autora práce mám nasledujúce otázky:
1. Na str. 34 je spomenuté, že parametre pre Ca boli získané experimentálne. Tak by ma zaujímalo
čo to presne znamená a aké teda bolí parametre pre Ca2 +
?
2. Ako finálny templát pre Váš model ste nakoniec použili štruktúru 1LWU čo predstavuje ITLN
z mihule so 17% identitou s Vašou sekvenciou. Zaujímalo by ma prečo sta na modelovanie
nepoužili štruktúru ľudského ITLN (3GHG), ktorý má vyššiu identitu?
3. Na Obr. 28 máte nameranú vzdialenosť medzi Ca2 +
a cysteínom až 120 Á, čo mi príde veľmi
veľa vzhľadom na veľkosť systému. Viete mi povedať, čo mohlo spôsobiť, že ste namerali tak
veľkú vzdialenosť?
Chyby, které je nutno opravit
V práci sa nenachádzajú žiadne zásadné chyby, ktoré by bolo potrebné opraviť.
Závěr: práci doporučuji k obhajobě.
V Brně dne
podpis