Diplomová práce

Klasifikace trojitě negativních nádorů prsu s využitím WES, RNA-Seq a proteomických dat se zaměřením na signaturu bazálního subtypu

Classification of triple negative breast cancer based on WES, RNA-Seq and proteomics data with emphasis on basal-like subtype signature

Bc. Klára Synková
Anotace

Trojitě negativní karcinom prsu (TNBC) představuje vysoce heterogenní a agresivní skupinu nádorů prsu. Současné studie se zaměřují především na zpřesnění klasifikace TNBC a hledání nových terapeutických molekul pro cílenou léčbu pacientek. Tato diplomová práce se zaměřila na identifikaci potenciálního biomarkeru specifického pro bazální subtyp TNBC s využitím multiomických dat: „whole exome sequencing …více

Abstract

Triple negative breast cancer (TNBC) is a highly heterogeneous and the most aggressive subtype of breast cancer. Current studies are mainly focused on refining the TNBC classification and discovery of new therapeutic molecules for targeted treatment of patients. This thesis focuses on identification of a potential biomarker specific for the basal subtype of TNBC using multi-omics data: whole exome …více

Klíčová slova
TNBC bazální subtyp biomarker CRISPR/Cas9 EDIL3 proteomika RNA-Seq basal-like subtype proteomics
Zadání práce
Trojitě negativní karcinom prsu (TNBC) je možné klasifikovat na základě přítomnosti mutací, exprese genů nebo kvantit proteinů. Cílem diplomové práce bude zaměřit se na skupinu nádorů odpovídajících tzv. bazálnímu subtypu na základě RNA-Sequencing (RNA-Seq) a proteomických dat v rámci vysoce charakterizovaného souboru 96 TNBC tkání a analyzovat molekulární profily vybraných genů souvisejících s přežitím pacientů. Vybraný cílový gen bude poté knockoutován metodou CRISPR/Cas9 a bude funkčně studován jeho potenciální terapeutický význam.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
22. 5. 2025 14:35, doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D., učo 8757
Plný text práce
1,6 MB / soubor PDF

Upozornění:

Část závěrečné práce byla v souladu s § 47b zákona o vysokých školách skryta z důvodu překážky pro její zveřejnění do 15. 5. 2028.

Odůvodnění: Zveřejnění částí této závěrečné práce týkající se kapitol  5.1-5.3 je z důvodu ochrany duševního vlastnictví odloženo na dobu 3 let.

Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
23. 6. 2025
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Pavel Bouchal, Ph.D., učo 8757
ÚBioch Chem PřF MU

Oponent

Mgr. Jitka Holčáková, Ph.D.
abs PřF MU

Konzultant

Mgr. Pavla Bouchalová, Ph.D., učo 53314
ÚBioch Chem PřF MU

Literatura

  • BOUCHAL, Pavel; Olga T. SCHUBERT; Jakub FAKTOR; Lenka ČÁPKOVÁ; Hana IMRICHOVÁ; Karolína ZOUFALOVÁ; Vendula PÁRALOVÁ; Roman HRSTKA; Yansheng S. LIU; Holger A. EBHARDT; Eva BUDINSKÁ; Rudolf NENUTIL a Ruedi AEBERSOLD. Breast Cancer Classification Based on Proteotypes Obtained by SWATH Mass Spectrometry. Cell Reports. CAMBRIDGE: Cell Press, 2019, roč. 28, č. 3, s. "832"-"843.e7", 20 s. ISSN 2211-1247. Dostupné z: https://doi.org/10.1016/j.celrep.2019.06.046.
  • JANÁČOVÁ, Lucia; Michaela ŠTENCKOVÁ; Petr LAPČÍK; Šárka HRACHOVINOVÁ; Pavla BOUCHALOVÁ; David POTĚŠIL; Roman HRSTKA; Petr MÜLLER a Pavel BOUCHAL. Catechol-O-methyl transferase suppresses cell invasion and interplays with MET signaling in estrogen dependent breast cancer. Scientific Reports. Nature Research, 2023, roč. 13, č. 1, s. 1-14. ISSN 2045-2322. Dostupné z: https://doi.org/10.1038/s41598-023-28078-1.
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Analytická biochemie

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.