Trojitě negativní karcinom prsu (TNBC) spadá do podskupiny
nádorů prsu, které jsou vysoce heterogenní a jsou
charakterizované absencí estrogenového receptoru (ER),
progesteronového receptoru (PR) a receptoru epidermálního
lidského růstového faktoru 2 (HER2). Vzhledem k absenci těchto
terapeutických cílů jsou možnosti cílené léčby u pacientek s
TNBC omezené především na chemoterapii, a proto je v současné
době věnována značná pozornost identifikaci nových
potenciálních terapeutických cílů a souvisejících molekulárních
markerů. Tato diplomová práce byla zaměřena na funkční
charakterizaci potenciálních biomarkerů specifických pro
imunomodulatorní subtypy TNBC s využitím multiomických
přístupů. Analýza vycházela z dat získaných metodami RNA-Seq,
„whole exome sequencing“ (WES) a proteomické analýzy provedené
pomocí kapalinové chromatografie online spojené s tandemovou
hmotnostní spektrometrií s datově nezávislým sběrem dat
(LC-DIA-MS/MS). Na základě klasifikace pacientek s TNBC do 7
klastrů a následných bioinformatických analýz byly jako
kandidátní proteiny vybrány „proteasome subunit beta type 10“
(PSMB10) a „gamma-interferon-inducible lysosomal thiol
reductase“ (IFI30), kde tyto proteiny vykazovaly specifitu pro
klastry, které nejvíce odpovídaly imunomodulatornímu subtypu
TNBC. Pomocí metody CRISPR/Cas9 byly následně vybrány TNBC
buněčné linie, u kterých byly vytvořeny knock outy genů PSMB10,
resp. IFI30. Následně byl funkčně analyzován vliv exprese
PSMB10 na proliferaci a migraci buněk. Migrace buněk byla
měřena metodou „scratch assay“, zatímco proliferace byla
analyzována pomocí CCK-8 „proliferation assay“. Získané
výsledky ukázaly, že ztráta exprese PSMB10 vede k významnému
snížení proliferační schopnosti buněk, zatímco její vliv na
migrační kapacitu buněk na základě získaných dat není
jednoznačný. Výsledky by mohly přispět k odhalení úlohy PSMB10
v molekulárních mechanismech spojených s imunomodulatorními
subtypy TNBC.