Hybridní zóna mezi dvěma poddruhy myši domácí, Mus musculus musculus a M. m. domesticus, které se od společného předka oddělily před půl milionem let, je považována za tenzní hybridní zónu, udžovanou migrací rodičovských genomů do oblasti hybridní zóny a selekcí proti hybridům. Selekce je asociována se sníženou plodností hybridů. To dělá z těchto dvou poddruhů neocenitelný model pro studium speciace. V této práci představuji výsledky ze čtyř studií, které byly provedeny jak in situ v hybridní zóně, tak v řízených laboratorních podmínkách. Menší část výsledků se týká vlivu chromozomu X na fertilitu hydridů, který se jeví být dobře zdokumentován. Přesto jsme v naší studii popsali pozici a roli nového lokusu Hstx2 na chromozomu X a tří autozomálních lokusů, polymorfních v populaci M. m. musculus, které přispívají k asymetrii hybridní sterility. Větší část práce je věnována dosud spíš opomíjenému vlivu chromozomu Y na plodnost samců. Nejprve jsme se zaměřili na chování chromozomu Y v hybridní zóně. Zjistili jsme že asymetrická introgrese chromozomu Y M. m. musculus na území M. m. domesticus není omezena pouze na Česko-Bavorskou část hybridní zóny. Zdá se, že k tomuto jevu dochází ve střední Evropě běžně. Mechanismus, který může přispívat k šíření chromosomu Y přes hybridní zónu, byl naznačen dvěma studiemi, využívajícími experimentální křížení kmenů odvozených z divokých populací myši domácí. V obou studiích jsme zjistili podstatné rozdíly v kvalitě spermií mezi hybridy nesoucími chromozom Y původu M. m. musculus a M. m. domesticus. Obecně lze říci, že hybridi s chromozomem Y z poddruhu M. m. domesticus trpí zvýšeným výskytem spermií s disociovaným bičíkem. Z výsledků jsme vyvodili, že tyto rozdíly jsou asociovány s chromozomem X, ale jsou modulovány jeho interakcí s chromozomem Y. V situaci, kdy jsou tyto vlivy posilovány kompeticí mezi samci u promiskuitních druhů, mohou přispívat k posílení reprodukčích bariér a ke vzniku nových druhů.