Disertační práce

Shape-aware fusion for cell segmentation benchmarking

Aleksandra Melnikova
Anotace

Segmentace obrazů buněk je problém počítačového vidění, jehož cílem je v obrazech z mikroskopu odělit buňky od pozadí. Vzhledem k tomu, že tvar buňky je v oblasti biomedicínského výzkumu zdrojem cenných informací, je nutné segmentaci buněk provádět co nejpřesněji. Benchmarking neboli hodnocení metod segmentace buněk se obvykle provádí porovnáním výstupu metody segmentace buněk s tzv. referenčními

Hlavními přínosy této práce jsou metoda fúze 2D tvarů, kterou lze použít pro vytváření konsenzuálních anotací a pro výpočet průměrného tvaru, studie existujících 3D metod s ohledem na schopnost zachovat morfologické charakteristiky tvaru a první veřejně dostupné referenční volumetrické anotace časosběrných 3D obrazů migrujících buněk se složitými dynamickými tvary.

…více

Abstract

Cell image segmentation is a computer vision problem that involves delineating cells in a microscopy image by separating them from the image background. As cell shape is a source of valuable information for biomedical research, cell segmentation needs to be performed as accurately as possible. The benchmarking, or evaluation, of the cell segmentation methods, is usually performed by comparing the

The main contributions of this work are a 2D fusion method that can be applied to consensus of annotations and mean shape computation problems, a study on existing 3D methods with respect to the ability to preserve morphological shape characteristics, and first publicly available full 3D time-lapse segmentation annotations of migrating cells with complex dynamic shapes.

…více

Klíčová slova
Shape fusion average shape mean shape median shape shape analysis segmentation mask fusion cell segmentation benchmarking cell segmentation evaluation
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
23. 1. 2026 12:18, doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D., učo 3019
Plný text práce
11,4 MB / soubor PDF
Jazyk práce
angličtina angličtina
Obhajoba dosud neproběhla

Vedoucí

doc. RNDr. Petr Matula, Ph.D., učo 3019
KVI FI MU

Oponenti

doc. Ing. Radim Kolář, Ph.D.
Ústav biomedicínského inženýrství, FEKT, VUT v Brně
Mr. Christoph Sommer
Institute of Science and Technology Austria (ISTA)
Mr. Etienne Decencière
Centre de Statistique et Images, Mines Paris-PSL
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Fakulta informatiky
Studijní program
Plán
Fundamenty informatiky

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

 
Název
Vložil
Vloženo
Práva
Archiv závěrečné práce Aleksandra Melnikova FI D-IN4 INA nikes/6
Nazarejová, A.
26. 9. 2018
Složky
Soubory
Anotace anglicky annotation_english.txt
Melnikova, A.
22. 1. 2026
Anotace česky annotation.txt
Melnikova, A.
22. 1. 2026
Klíčová slova keywords.txt
Melnikova, A.
22. 1. 2026
Plný text práce PhD_Thesis.pdf
Melnikova, A.
22. 1. 2026
Posudek vedoucího posudek_vedouciho_Matula.pdf
Nazarejová, A.
22. 1. 2026

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.