Cieľom tejto práce bolo navrhnúť a implementovať pokročilý skriptovací nástroj pre aplikáciu CAVER Analyst, ktorá umožňuje pracovať s molekulárnymi dátami prevažne skrz grafické užívateľské rozhranie. Doteraz bolo možné v aplikácii vykonávať iba preddefinované príkazy aplikácie. Skriptovací nástroj by mal teda umožniť automatizáciu zložitejších úloh. Práca obsahuje prehľad a návrh vhodného skriptovacieho jazyka, analýzu a návrh nástroja umožňujúceho komunikáciu tohto jazyka s aplikáciou a nakoniec popis výslednej implementácie.