Oponentský posudek disertační práce RNDr. Vladimíry Vranove, studentky postgraduálního doktorského studia oboru Obecná a molekulární genetika na Přírodovědecké fakultě MU v Brně na téma: „Charakterizácia vrodených a získaných chromozómových aberácií pomocou techník komparatívnej genómovej hybridizácie s vyšším rozlišením (HR-CGH) a array-CGH" Cílem doktorské disertační práce RNDr. Vladimíry Vranove bylo zavedení, optimalizace a ověření účinnosti metody CGH s vyšším rozlišením (HR-CGH) a array-CGH při vyšetřování nebalancovaných chromosomových změn. Testování účinnosti těchto metod bylo prováděno na souboru nemocných, kteří byli diagnostikováni na OLG FN Brno. Disertační práce má 163 číslovaných stran. Vlastní textová část práce má 50 stran, seznam příloh 3 strany, 1 strana - závěr, 11 stran literárních odkazů, které jsou řazené podle abecedy a dvě strany seznamu zkratek. Přílohy tvoří 89 stran. Práce je napsaná ve slovenštině, stylisticky a obsahově má velmi dobrou úroveň. Práce začíná slovenským a anglickým abstraktem, obsahem a dále je rozčleněna na kapitoly: literární přehled, cíle práce, experimentální část, závěr, seznam použité literatury, seznam použitých zkratek, seznam tabulek a obrázků a seznam příloh. Přílohou jsou tyto publikované práce: RNDr. V.Vránová je prvním autorem dvou publikací v časopisech s impakt faktorem, jednoho rukopisu k publikaci a jedné práce publikovaná ve firemním časopise. Dále je RNDr.Vránová spoluautorkou tří publikací s impakt faktorem, dvou dalších prácí publikovaných v českých časopisech. Přílohy dokladují celkem 9 prací, ve kterých je RNDr. Vránová autorkou nebo spoluautorkou. Další významnou publikační aktivitou RNDr. Vránové je 7 autorských publikovaných abstrakt a v dalších 9 případech je spoluautorkou. RNDr. Vladimíra Vránová přednesla celkem 7 ústních sdělení. Výsledky práce byly presentovány jak na domácích tak zahraničních konferencích. Úvodní část předložené disertace je uveden kapitolou LITERÁRNÍ PŘEHLED, který zahrnuje přehledný popis jednotlivých molekulárně cytogenetických metod. Je sepsán na 22 stranách a začíná charakteristikou vrozených a získaných chromosomových změn. Dále jsou v této části velmi recentně popsány principy, význam a použití metod klasické CGH, CGH s vyšším rozlišením a metod arrayCGH. Jednotlivé podkapitoly informují o významu a použití těchto metod v některých oblastech lidské medicíny a oblastech výzkumu lidského genomu. Všechny tyto kapitoly jsou zpracované na základě recentních poznatků, se znalostí a porozuměním problematice molekulárně cytogenetických metod. Ke kapitole „Literární přehled " mám jen jedno doplnění: Na str. 14 je nepřesně použitá definice Molekulární cytogenetiky. Nejde o metodu, ale o obor genetiky, který zahrnuje kombinaci cytogenetiky a molekulární biologie. V této části mi pouze chybí kapitola zabývající s kontrolou kvality DNA a uvedení zkušeností se získáváním kvalitní DNA z různých typů studovaných tkání. Kapitoly: CÍL PRÁCE A EXPERIMENTÁLNÍ ČÁST V této kapitole jsou uvedeny celkem tři hlavní cíle práce, které jsou v následující „Experimentální části" blíže specifikovány a popsány. Tento popis jasně ukazuje velký rozsah a uplatnění zavedených molekulárně cytogenetických metod. Publikace dosažených výsledků v časopisech s impakt faktorem dokazuje, že jejich zavedení a využití v klinické praxi, nejen pro studium vrozených ale i získaných chromosomových změn, je neopomenutelný. Dokladem jsou publikace z oblasti klinické genetiky, hematologie a onkológie. Kapitola: PŘÍLOHY Je souborem prací RNDr. Vránová , o kterých je možné říct, že jsou pro začínající vědeckou práci velmi hodnotné. Za jednu z významných publikací, podle mého názoru, je možné považovat analýzu 18 nemocných s glioblastomem pomocí metod CGH. Tuto práci lze považovat v České republice za prioritní v oblasti solidních nádorů, stejně jako prioritní použití metody HR-CGH. Na autorku mám následující otázky: 1. V souboru vyšetřených nemocných metodou HR-CGH byly nalezeny a publikovány některé změny, které nepatří mezi nenáhodné změny u nemocných s akutní leukémií. Jednalo se např. o změny oblastí na chromosomu 16q, lpter nebo 14q a další, které jsou i při vyšetření klasickou CGH často falešně pozitivní. Byly tyto změny potvrzeny metodou FISH? 2. Jsou stanoveny u metody HR-CGH chromosomové oblasti s nej častějšími falešně pozitivními nálezy? 3. Jaké j e kritérium pro užití metody CGH a HR-CGH ve vaší klinické praxi ? 4. Jaké jsou vaše zkušenosti s metodami C G H prováděnými na archivovaném a histologický fixovaném materiálu? ZÁVĚR HODNOCENÍ CÍLE DISERTAČNÍ PRÁCE BYLY SPLNĚNY. Předložená práce je obsahově a odborně na velmi dobré úrovni a je odrazem znalostí problematiky molekulární cytogenetiky a jejich metod. Předložená disertace představuje soubor velmi hodnotných výsledků, které jsou součástí 9 publikací, z toho 4 s IF a řady presentací na domácích i zahraničních konferencích. Některé dosažené unikátní výsledky mohou být základem pro další studie a nepochybně svědčí jak o erudici uchazeče, tak pracoviště, které mu práci umožnilo provést. V této souvislosti není možné opomenout i vysokou odbornou a vědeckou úroveň školitele a dalších spolupracovníků, kteří také přispěli významných způsobem k molekulárně cytogenetické a klinické charakteristice sledovaných souborů. Na základě těchto skutečností doporučuji předloženou práci k obhajobě a na základě úspěšné obhajoby doporučuji udělení akademického titulu Ph.D. podle § 47 Zákona o vysokých školách č. 111/98 Sb. V Olomouci 28.5.2008 Prof. RNDr. Mgr. Marie Jarošová, CSc HOK F N a LF UP Olomouc I.P.Pavlova 6, 77520 Olomouc