Diplomová práce

Vyvinutí metody pro standardizaci analýzy mikrobiomu

Development of method for standardization of microbiom analysis

Bc. Nikola Odložilíková
Anotace

Mikrobiom je pojem popisující mikrobiální osídlení životního prostředí a lidského těla, zahrnující bakterie, archea, viry i prvoky. Je známa jeho souvislost s četnými chronickými a akutními onemocněními, a právě větší znalost mikrobiomu by mohla přispět k léčbě těchto onemocnění. Významnými zástupci mikrobiomu jsou metanogenní archea, které významně zužitkovávají vodík a tím přebytek oxidu uhličitého …více

Abstract

The microbiome is a term describing microbial colonization of the environment and the human body, including bacteria, archaea, viruses, and protozoa. It is known to be associated with numerous chronic and acute diseases, where a better understanding of the microbiome could significantly contribute to the treatment of these diseases. The important representatives of the microbiome are methanogenic archaea …více

Klíčová slova
mikrobiom metanogeny archea NGS 16S rRNA gen mcrA gen microbiome methanogens archaea 16S rRNA gene mcrA gene
Zadání práce
Mohutný rozvoj sekvenování druhé generace umožnil studium obtížně kultivovatelných methanogenních archeí tvořících podstatnou část environmentálního a lidského mikrobiomu jako důležitý faktor při rozvoji onemocnění. Bohužel, největším problémem je v současné značná nestandardizovanost analýzy mikrobiomu, což následně vede k získávané informací velice nekonzistentní a často protichůdných. Kromě individuálních a geograficky specifických rozdílů je na vině zejména transport vzorku a různé metodiky zpracování vzorků. Cílem diplomové práce bude navržení a následné odzkoušení nových primerů pro analýzy methanogenních archeí na základě sekvenace funkčního mcrA genu, které by měly zajistit větší standardizovanost analýzy archeí oproti klasické sekvenaci 16S rDNA. V první fázi práce bude úkolem studenta podílet se na návrhu vhodných primerů v rámci mcrA genu. Ve druhé fázi bude u vybraných směsí čistých kmenů provedena sekvenace mcrA genu pro zjištění přesnosti nově navržené metodiky. Ve třetí fázi bude poté prakticky otestováno použití navržené metodiky na bakteriální směsi a reálné environmentální a lidské vzorky, kdy získaná data budou porovnána s výsledky klasické sekvenace 16s rDNA na přístroji MiniSeq.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
18. 6. 2020 08:00, doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D., učo 13418
Plný text práce
1,6 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
1. 7. 2020
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Jan Lochman, Ph.D., učo 13418
ÚBioch Chem PřF MU

Oponent

Mgr. Iva Buriánková, Ph.D.

Konzultant

Mgr. Martina Zapletalová, Ph.D., učo 357594
ÚBioch Chem PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Biochemie
Obor

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.