Master's thesis

Predicted 3D structures as a source of potential novel sugar-interacting proteins

Predikované 3D struktury jako zdroj nových proteinů interagujících s cukry

Bc. Kateřina Nazarčuková
Abstract

Proteiny vázající cukry, jako jsou lektiny, představují nezbytnou součást celé řady biologických procesů, včetně progrese rakoviny a interakcí mezi hostitelem a patogenem. Tradičně jsou tyto proteiny identifikovány na bioinformatické úrovni prostřednictvím konzervovaných sekvenčních motivů v rámci proteinových rodin. Tento přístup má však svá omezení. Proteiny, které vážou cukry na základě své prostorové …more

Abstract

Sugar-binding proteins, such as lectins, are essential components in a wide range of biological processes, including cancer progression and host-pathogen interactions. Traditionally, sugar-binding proteins have been identified at the bioinformatic level through conserved sequence motifs within protein families. However, this method has its limitations. Proteins that bind sugars based on their three …more

Keywords
proteiny interagující s cukry strukturní vyhledávání AlphaFold predikce sugar-interacting proteins structure-based search prediction
Thesis description
Lektiny jsou cukr vázající proteiny, které se vyskytují u všech typů organismů. Podílí se na životně důležitých procesech počínaje vývojem buňky a konče vzájemným rozpoznáváním ve vztahu hostitel-patogen. V tuto chvíli je známo více než 10 tis. experimentálních struktur proteinů se sacharidy. Nedávný rozvoj predikčních nástrojů v čele s AlphaFold2 však poskytuje predikované struktury pro miliony dosud nezkoumaných sekvencí. Náplní diplomové práce bude v návaznosti na předchozí výzkum vyvinout a optimalizovat postupy pro (polo-)automatizované vyhledávání potenciálních cukr-vázajících proteinů na základě teoreticky predikovaných 3D struktur.
Administrative information
The thesis has been checked:
16/5/2026 12:55, Mgr. Josef Houser, Ph.D., UČO 77781
Full text of thesis
3,4 MB / file PDF
Attachments (1)
Language used
English English
Defence date
16/6/2026
The thesis was defended successfully

Supervisor

Mgr. Josef Houser, Ph.D., UČO 77781
CF BIC CSB CEITEC MU
RNDr. Tomáš Raček, Ph.D., UČO 324965
NCBR PřF MU

Reader

doc. RNDr. David Šafránek, Ph.D., UČO 3159
KSUZD FI MU

Consultant

prof. RNDr. Michaela Wimmerová, Ph.D., UČO 854
ÚBioch Chem PřF MU

Literature

  • REPELOVÁ, Daniela. Vyhledávání proteinů interagujících s cukry v genomu vybraných organismů. Edited by Josef Houser. ???
Cite this text
Masaryk University Faculty of Science
Programme
Plan
Bioinformatics

Theses on a related topic

List of theses with an identical keyword.

Similar documents

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.