Diplomová práce

Porovnání vlivu technologických a biologických faktorů na detekci složení bakteriomu technologií 16S rRNA gene sekvenace

Comparison of effects of technological and biological factors on the detection of bacterial composition by 16SrRNA gene sequencing

Bc. Pavla Mrhačová
Anotace

Detekce složení bakteriomu pomocí technologie 16S rRNA sekvenace je ovlivněna řadou faktorů, které lze rozdělit na technologické a biologické. Technologické faktory vycházejí z přípravy vzorků, procesu sekvenování a následného zpracování dat. Biologické faktory odráží přirozené vlastnosti vzorků, jako je jejich materiál, původ a environmentální či klinické proměnné. V této diplomové práci byly analyzovány …více

Abstract

Detection of bacteriome composition using 16S rRNA sequencing technology is influenced by a number of factors, which can be divided into technological and biological factors. Technological factors are based on sample preparation, the sequencing process and subsequent data processing. Biological factors reflect the inherent properties of the samples, such as their material, origin and environmental …více

Klíčová slova
Bakteriom Technologické faktory Biologické faktory 16S rRNA Sekvenování Složení bakteriomu nf-core/ampliseq Bacteriome Technological factors Biological factors Sequencing Bacteriome composition
Zadání práce
Nejčastější technologií studia taxonomického složení mikrobiomu je sekvencování genu pro 16S rRNA. Výsledky jsou ovšem velice často ovlivněny mnoha technologickými faktory jako typ odběrového kitu, typ extrakce DNA, způsob přípravy sekvenační knihovny, použité primery a pod. Cílem této bakalářské práce je udělat analýzu desítek sekvenačních běhů 16S rRNA sekvenace z Laboratoře analýzy mikrobiomu centra RECETOX a porovnat vlivy různých faktorů na kvalitativní a kvantitativní výsledky, včetně efektu na následnou filtraci bakteriálních kmenů pro další statistickou analýzu. Za tímto účelem student(ka)
- nastuduje technologii sekvenace genu pro 16SrRNA a literaturu na téma vlivu technologických efektů
- nastuduje způsob bioinformatického zpracování 16SrRNA dat
- provede analýzu výsledků sekvenačních běhů a porovná různé technologické efekty za využití statistických a vícerozměrných metod
- výsledky interpretuje


Literatura:

VÍDEŇSKÁ, Petra, Kristýna ŠMERKOVÁ, Barbora ZWINSOVÁ, Vlad POPOVICI, Lenka MICENKOVÁ, Karel SEDLAR a Eva BUDINSKÁ. Stool sampling and DNA isolation kits affect DNA quality and bacterial composition following 16S rRNA gene sequencing using MiSeq Illumina platform. Scientific reports. LONDON: NATURE PUBLISHING GROUP, 2019, roč. 9, SEP 2019, s. 1-14. ISSN 2045-2322. doi:10.1038/s41598-019-49520-3.
Administrativní informace
Práce zkontrolována:
9. 1. 2025 14:36, doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D., učo 40822
Plný text práce
2 MB / soubor PDF
Jazyk práce
čeština čeština
Termín obhajoby
30. 1. 2025
Práce byla úspěšně obhájena

Vedoucí

doc. Mgr. Eva Budinská, Ph.D., učo 40822
Bioinf EnvEpi RECETOX PřF MU

Oponent

Mgr. Petra Vídeňská, Ph.D.
RECETOX PřF MU, Mendelova univerzita v Brně, Agronomická fakulta, Ústav chemie a biochemie

Konzultanti

Ing. Petr Andrla
SekvDat Infra RECETOX PřF MU
Mgr. Soňa Smetanová, Ph.D., učo 184544
Biostat Infra RECETOX PřF MU
Citovat tuto práci
Masarykova univerzita Přírodovědecká fakulta
Studijní program
Plán
Biomedicínská bioinformatika

Práce na příbuzné téma

Seznam prací, které mají shodná klíčová slova.

Podobné práce

  • Přidání souboru

    Soubor nebo složku lze nahrát pomocí tlačítka Přidat.

  • Další operace se soubory

    Podrobnosti lze zjistit označením příslušného řádku.

  • Pohled pro experty

    Pro častou práci je možné zvolit režim Více možností.

  • Vyhledávání souborů

    Vyhledávaný výraz můžete zadat přímo do adresního řádku.

  • Rychlý přístup k souborům

    Pomocí funkce Nedávné je možné se rychle vrátit k právě prohlíženým souborům. Oblíbené soubory je také možné označit Hvězdičkou.