Uvoľňovanie vápnika je mechanizmus nevyhnutný pre svalovú
kontrakciu. Ryanodínové receptory (ryrs) sú proteíny
vápnikových kanálov sarkoplazmatického retikula exprimované
predovšetkým v kostrovom a srdcovom svalstve a v mozgu. V mojej
práci som sa zamerala na evolučný vývoj týchto proteínov a na
identifikáciu možných evolučne významných miest v ich
sekvencii.
Na zvýšenie systematického pokrytia som predikovala gény pre
ryrs z neanotovaných sekvencií z WGS databáze. Vytvorila som
viacnásobný alignment všetkých dostupných aminokyselinových
sekvencií ryrs chordátov vrátane sekvencií predikovaných mojím
postupom. Na základe viacnásobného alignmentu a vybraného
substitučného modelu bol zrekonštruovaný fylogenetický strom
metódou maximálnej vierohodnosti a Bayesovskou analýzou.
Evolučne významné miesta boli zistené v Slow-fast analýze,
ktorá rozpoznáva rýchlo vyvíjajúce sa dáta na základe odhadu
miery substitúcií v alignmente, a v selekčnej analýze, ktorá je
založená na metódach maximálnej vierohodnosti rozpoznávajúcich
kodóny. Prítomnosť selekcie bola testovaná na základe pomeru
odhadov mier nesynonymických a synonymických mutácií na
jednotlivých pozíciách alignmentu.
Napredikovala som 27 potenciálnych ryr sekvencií 13 rôznych
druhov v rámci skupiny chordátov a presnosť týchto sekvencií
som overila z evolučného hľadiska. Ďalej som identifikovala
evolučne významné miesta v ryr proteínoch a zistila štatisticky
významný vplyv pozitívnej selekcie na ryr proteíny. Intenzívny
selekčný tlak na N-terminálnu oblasť, C-terminálnu oblasť a D1,
D2 a D3 regióny naznačuje ich dôležitú úlohu pri divergentných
procesoch v evolúcii ryr proteínov.