V CBIA FI MU byl v nedávné minulosti vytvořen MitoGen, simulátor růstu populace buněk. Program MitoGen vytváří sekvenci realisticky vypadajících 3D obrazů buněk, které jsou navíc doplněné o anotace pro účely vývoje a testování algoritmů zpracování obrazu. Program MitoGenu je naprogramovaný v C++, jedno-vláknově, a je značně výpočetně náročný.

Cílem této práce je především zkrátit čas potřebný k vyprodukování simulované sekvence a to zejména pomocí nástrojů paralelizace programů na úrovni procesoru. Konkrétně se v praktické části práce očekává vytvoření nástrojů specifických pro více-vláknový běh MitoGenu včetně nástrojů pro řešení problémů při práci se sdílenou pamětí, a jejich zaintegrování do programu. Součástí řešení bude také vytvoření nového druhu zámků, které umožní zamykat části obrazů, nikoliv pouze zamykat celou datovou strukturu -- celý obraz. Student se nevyhnutelně bude muset seznámit s architekturou programu, s netriviálním procesem simulace, identifikovat úseky vhodné pro zavedení paralelizace a vše implementovat a otestovat.

V teoretické části práce by měl být celý simulační systém rozepsán a diskutován z pohledu uvažované paralelizace, přesně vysvětleno použité řešení a zdokumentovány dosažené výsledky.