## Problems and Issues of Molecular Modeling
(Problémy molekulových simulací)

Rozsah: 2/0/0. 2 kr. (plus ukončení). 
Ukončení: z.
Vyučující: doc. RNDr. Robert Vácha, PhD. (přednášející)

#### Předpoklady:
C7790 Počítač.chemie a Molekulové Modelování I  
Časté používání molekulového modelování

### Cíle předmětu:
Seznámit studenty s limity a omezeními výpočetních metod a matematických nástrojů implementovaných do programů pro molekulové modelování.

### Osnova:
1. Termostaty:
11 – Zachování ekvipartičního teorému - letící ledová kostka 
12 – Správnost termostatu – kanonický soubor  
13 – Oddělené termostaty pro různé částí systemu 
14 – Stochastické termostaty a dynamika 
2. Dalekodosahové interakce:
21 – Cut-off
22 – Elektroneutralita systemu
23 – Dipól v boxu 
3. Forcefield:
31 – Parametrizace proteinů 
32 – Různá mixovací pravidla
33 – Polarizační katastrofa
34 – Protein voda
35 – Škálovaní nábojů
4. Externí pole: 
41 – Pohyb nenabitých částic v el. poli

Výukové metody: Samostatné studium literatury, prezentace a diskuze   
Metody hodnocení: Prezentace a diskuze studovaného problému  
Vyučovací jazyk: Angličtina

### Literatura:

- Daan Frenkel, Berend Smit: Understanding Molecular Simulation: From Algorithms to Applications (Computational Science) 2nd Ed., Academic Press, 2001
- Andrew Leach: Molecular Modelling: Principles and Applications 2nd Ed., Pearson, 2001