## Methods of Structural Biology
(Metody strukturní biologie)

Rozsah: 3/2/0. 5 kr. (plus ukončení).  
Ukončení: zk. / z   
Vyučující: Mgr. Pavel Plevka PhD (přednášející)   
Předpoklady:
Všeobecné povědomí o středoškolské matematice a geometrii. Goniometrické funkce, matice, vektorová algebra.  

### Cíle předmětu:
Kurz seznámí studenty s teorií a metodami proteinové krystalografie, a kryo-elektronové mikroskopie. 
Součástí kurzu bude teoretický a počítačový seminář s praktickým předvedením výpočtu struktur z experimentálních dat. 
Studenti se dozvědí o využití těchto metod pro studium makromolekul a jejich komplexů.

### Osnova:

1. Úvod, krystaly, symetrie a záření X
2. Krystaly a symetrie, teorie rentgenové difrakce
3. Teorie rentgenové difrakce krystaly I.
4. Teorie rentgenové difrakce krystaly II.
5. Intenzita signálu
6. Řešení fázového problému
7. Fáze
8. Anomální rozptyly
9. Molecular Replacement II., Laueho difrakce, zpřesňování strukturního modelu, 
10. Elektronová mikroskopie biomolekul a jejich komplexů
11.Klasifikace snímků a multivariantní analýza
12. 3D rekonstrukce

Výukové metody:
Účast na přednáškách, cvičení a samostudium (samostudium zahrnuje čtení kapitol z učebnice a vypracovávání domácích úkolů).   

Metody hodnocení: Vypracování domácích úkolů, závěrečný test

### Literatura:

1. Joseph Goldstein, Dale E. Newbury, David C. Joy, Charles E. Lyman, Patrick Echlin (Author), Eric Lifshin, Linda Sawyer, J.R. Michael: Scanning Electron Microscopy and X-ray Microanalysis: Third Edition 3rd Edition, Springer, 2003
2. Donald E. Sands: Introduction to Crystallography (Dover Books on Chemistry), Dover Publications; Revised ed. 1994
3. Dennis Sherwood, Jon Cooper: Crystals, X-rays and Proteins: Comprehensive Protein Crystallography, Oxford University Press; 1st Ed., 2015