Životopis

Životopis

Identifikace osoby

• Vrábel Patrik, Mgr.
  Datum narození 27. listopad, 1975 v Olomouci, Česká Republika.

Pracoviště

• Katedra Analytické Chemie,
  Přírodovědecká fakulta, Masarykova Univerzita,
  Kotlářská 2, 61137 Brno, Česká Republika.

Funkce na pracovišti

• Řádný student doktorského studijního programu.

Vzdělání a akademická kvalifikace

• 2003 - nyní: Doktorský studijní program, Analytická Chemie, předpokládané ukončení červen 2006.
  Název disertační práce: Studium proteomu bakteriofága B812 za použití kapilární elektroforézy a hmotnostní spektrometrie.
  Masarykova Univerzita, Přírodovědecká fakulta. Školitel: Josef Havel, Odborný konzultant: Jan Preisler.
• 1997 - 2003: Magisterský studijní program, Analytická chemie a Didaktika chemie pro střední školy (navíc), Mgr.
  Název diplomové práce: Kombinace kapilární elektroforézy s hmotnostní spektrometrií pro analýzu peptidů.
  Masarykova Univerzita, Přírodovědecká fakulta. Vedoucí diplomové práce: Jan Preisler.

Odborné znalosti

• Vývoj analytické instrumentace
  Ve spolupráci s vedoucím diplomové práce Janem Preislerem a technikem Katedry analytické chemie Pavlem Krásenským jsem během řešení diplomové práce zkonstruoval a optimalizoval sestavu pro kapilární elektroforézu s laserem indukovanou fluorescenční detekcí. Získal jsem praktické znalosti z optiky detekčních systémů, aplikace fotonásobičů, pevnolátkových laserů Nd:YAG (532nm, 266nm), vysokonapěťových zdrojů, fluorescenčních měření a sběru dat prostřednictvím AD/DA převodníků do PC vč. programování aplikací ve vývojovém prostředí NI LabVIEW 6.1.
  Během doktorského studia jsem spolupracoval na konstrukci a optimalizaci nanášecího zařízení spojující off-line kapilární elektroforézu s hmotnostní spektrometrií MALDI TOF. Získal jsem praktické znalosti o mikrofluidní technologii, vakuové technice, vylepšené přípravě MALDI vzorku a kombinaci CE-MS.
  Získal jsem zkušenosi s vytvářením aplikací pro ovládání krokových motorů a sběr dat ve vývojovém prostředí LabVIEW.
• Proteomická Analýza
  Cílem doktorské práce bylo vytvoření platformy pro alternativní analýzu proteomu s demonstrací metody pomocí vzorku bakteriofága 812 (proteinová frakce>CE-depozice>on-target lokalizace proteinů LIF>on-target digesce proteinů>MS). Získaná proteomická data jsou porovnávána s daty získanými standardním postupem pro analýzu proteomu (proteinová frakce>1D-PAGE>digesce v roztoku>MS). Alternativní metoda vykazuje vyšší citlivost a velmi malou spotřebu vzorku, proti standardní metodě, při zachování obdobné informační hodnoty.
• Metody
  Kolonové separace: CE, ITP a LC separace rhodaminových barviv, aminokyselin, peptidů, proteinů a fluorescenčně značených biomolekul.
  Fluorescence: Měření a detekce fluorescence v roztoku a v pevné fázi po excitaci Xe lampou nebo 532/266 nm pevnolátkovými lasery Nd:YAG. Studium účinku organických rozpouštědel/elektrolytů na fluorescenci v roztoku a účinku aditiv v případě fluorescence z pevné fáze.
  Hmotnostní spektrometrie: 5-ti letá zkušenost s hmotnostní spektrometrií MALDI TOF MS (přístroj Axima CFR, Kratos Analytical) peptidů, proteinů, proteinových digestů a s analýzou fluorescenčně značených derivátů proteinů a peptidů. Automatizace měření v hmotnostní spektrometrii.

Pedagogická činnost

• Výuka "C1101 Informatika - základy" (2 semestry) a "C 2102 Informatika - aplikace" (2 semestry) na PřF MU.
• Vedení laboratorní úlohy v rámci "C8102 - pokročilých laboratorních cvičení z Analytické chemie" v laboratoři metod CELIF a CE-MS na PřF MU. (2 semestry, v českém a anglickém jazyce)
• Výuka chemie na víceletém gymnáziu v rámci praxe během studia učitelství chemie pro střední školy.
• Od září 2006 učitel chemie, informatiky a přírodopisu na ZŠ v Brně.

Vědeckovýzkumná činnost

• 2002 - 2003: Grantový projekt FRVŠ č. 793/2002.
  Název: Kapilární elektroforéza s laserem indukovanou fluorescencí(LIF) pro pokročilé laboratorní cvičení.
  Řešitel: Jan Preisler, Spoluřešitelé: Josef Havel, Patrik Vrábel.
  Stav: Úspěšně obhájeno.
• 2003 - 2005: Grantový projekt GAČR č. 203/03/0515.
  Název: Integrovaná analýza genomu a proteomu terapeuticky významných bakteriofágů.
  Řešitel: Jan Preisler, Spoluřešitelé: Karel Kleparník, Zbyněk Zdráhal.
  Stav: řešený.
• 2005: Grantový projekt FRVŠ č. 2897/2005.
  Název: Studium derivatizace peptidů fluorescenčním reagentem za použití hmotnostní spektrometrie MALDI TOF.
  Řešitel: Patrik Vrábel, Spoluřešitel: Jan Preisler.
  Stav: Úspěšně obhájeno.

Akademické stáže

• Mezinárodní intenzivní program Erasmus pro učitele - Teaching in Foreign Languages:
  TiFoLa 2, Leden 8-22, 2005 v Brně, Pedagogická fakulta, Masarykova Univerzita, Brno, Česká Republika.
  TiFoLa 3, Leden 8-22, 2006 v Limericku, Mary Immaculate College, Irsko.

Universitní aktivity, konference, přednášky

• 53. výroční konference ASMS (American Society for Mass Spectrometry), San Antonio, Texas, 5-9 Leden, 2005.
  Poster č.1, Název: Capillary Electrophoresis Combined with Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry and Native Fluorescence Detection for Protein Analysis.
  Poster č.2, Název: Study of Derivatization of Peptides and Proteins for Fluorescence Detection Using Capillary Electrophoresis and Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry.
• Biologicky Aktivní peptidy IX, Praha, Česká Republika, 20-22 Duben, 2005.
  Název přednášky: Study of Fluorescently Labelled Peptides and Small Proteins Using Capillary Electrophoresis Combined with Laser Induced Fluorescence and MALDI MS Detection.
• 3. Mezinárodní a 28. Evropské peptidové Symposium, Praha, Česká Republika, 5-10 Říjen, 2004.
  Název posteru: Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Identification of Fluorescently Labeled Peptides for Optimization of Laser Induced Fluorescence Detection.
• 17th International Symposium on Microscale Separation and Capillary Electrophoresis, Salzburg, Rakousko, 8-12 Březen, 2004.
  Název posteru: Capillary Electrophoresis of Bacteriophage 812 Proteins Combined with MALDI Mass Spectrometry.
• 54. Sjezd Chemických Společností, Brno, Česká Republika, 1-4 Srpen, 2002.
  Název posteru: Development and Characterization of Capillary Electrophoresis Instrument Utilizing Laser Induced Fluorescence Detection System.

Vybrané publikace

• VRÁBEL, Patrik, Petr TÁBORSKÝ, Markéta RYVOLOVÁ, Josef HAVEL a Jan PREISLER. Sensitive Detection and Separation of Fluorescent Derivatives using Capillary Electrophoresis with Laser-Induced Fluorescence Detection with 532 nm Nd:YAG Laser. Journal of Luminescence. Holland: Elsevier, 2006, roč. 118, č. 2, s. 283-292. ISSN 0022-2313. URL info
• RYVOLOVÁ, Markéta, Petr TÁBORSKÝ, Patrik VRÁBEL, Josef HAVEL a Jan PREISLER. Derivatizace aminokyselin, peptidů a proteinů pro laserem indukovanou fluorescenční detekci v kapilární elektroforéze. Chemické listy. Praha: Asociace českých chemických společností, 2006, roč. 100, č. 3, s. 191-195, 6 s. ISSN 0009-2770. URL info
• PREISLER, Jan, Patrik VRÁBEL, Ondřej PEŠ, Helena ŘEHULKOVÁ a Josef HAVEL. Capillary Electrophoresis Combined with Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry and Native Fluorescence Detection for Protein Analysis. In Proceedings of the 53rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied topics. 2005. info
• VRÁBEL, Patrik, Petr TÁBORSKÝ, Markéta RYVOLOVÁ, Helena ŘEHULKOVÁ, Josef HAVEL a Jan PREISLER. Study of Fluorescently Labelled Peptides and Small Proteins Using Capillary Electrophoresis Combined with Laser Induced Fluorescence and MALDI MS Detection. In Collection Symposium Series, Biollogicaly Active Peptides. 8. vyd. Praha: Institute of Organic Chemistry and Biochemistry, Academy of Sciences of the Czech Republic, 2005, s. 103-106. ISBN 80-86241-26-2. URL info
• VRÁBEL, Patrik, Jan PREISLER, Markéta RYVOLOVÁ, Helena ŘEHULKOVÁ a Petr TÁBORSKÝ. Study of Derivatization of Peptides and Proteins for Fluorescence Detection Using Capillary Electrophoresis and Matrix-Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry. In Proceedings of the 53rd ASMS Conference on Mass Spectrometry and Allied topics. 2005. URL info
• PREISLER, Jan, Patrik VRÁBEL, Jaromíra NOVÁKOVÁ, Michal SPĚŠNÝ, Zbyněk ZDRÁHAL, Hana KONEČNÁ, Pavel KRÁSENSKÝ, Luděk EYER, Jiří DOŠKAŘ, Roman PANTŮČEK, František FORET a Karel KLEPÁRNÍK. Capillary Electrophoresis of Bacteriophage 812 Proteins Combined with MALDI Mass Spectrometry. In Final Program and Book of Abstracts of 17th International Symposium on Microscale Separations and Capillary Electrophoresis. 2004. URL info
• VRÁBEL, Patrik, Petr TÁBORSKÝ, Markéta RYVOLOVÁ, Josef HAVEL a Jan PREISLER. Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Mass Spectrometry Identification of Fluorescently Labeled Peptides for Optimization of Laser Induced Fluorescence Detection. In Journal of Peptide Science, 3rd International and 28th European PEPTIDE Symposium. Supplement to Vol. 10. Prague, Czech Republic: WILEY, 2004, s. 282. ISBN 965-90833-0-0. URL info
• VRÁBEL, Patrik, Jan PREISLER, Josef HAVEL a Pavel KRÁSENSKÝ. Vývoj a charakterizace přístroje pro kapilární elektroforézu s laserem indukovanou fluorescenční detekcí. In Chemické listy, Sborník. ročník 96, vydání 6. Praha: Česká společnost chemická, 2002, s. 459-460. ISSN 0009-2770. info

7. 11. 2006

Další varianta: angličtina(1)