Format for Printing from Your Browser, MS-Word, LaTeX, rich LaTeX

Životopis

Identifikace osoby
  • Vladimír Ulman, narozen 1. dubna 1980 v Plzni v Československu, ženatý, 2 děti
Pracoviště
Funkce na pracovišti
  • výzkumný a vývojový pracovník
Vzdělání a akademická kvalifikace
  • 2011: PhD, informatika, FI MU, Brno. Disertační práce: "Fast Anisotropic Filtering and Performance Evaluation Tool for Optical Flow in Biomedical Image Analysis"
  • 2006: RNDr, informatika, FI MU, Brno. Rigorózní práce: "Mosaicking of High - Resolution Biomedical Images"
  • 2004: Mgr, informatika, FI MU, Brno. Diplomová práce: "Image Composition"
Přehled zaměstnání
  • 2016-nyní: výzkumný a vývojový pracovník (post-doc) MPI-CBG
  • 2009-2015: výzkumný a vývojový pracovník FI MU
  • 2006-2014: správce výpočetní techniky
Pedagogická činnost
  • 2013-2015: výuka cvičení návrhu základních algoritmů
  • 2010-2015: výuka cvičení programování C a C++ zaměřeného na zprac. biomed. obr.
  • 2005-2015: vedení několika bakalářských a diplomových prací
  • 2005: výuka cvičení obecného programování C a C++
Vědeckovýzkumná činnost
  • zpracování, analýza a simulace biomedicínského obrazu
    - specializace na časové sekvence takových obrazů
    - simulace: generování umělých populací živých buněk pro testování kvality algoritmů
    - lineární filtrování v prostorové doméně
    - optický tok a registrační techniky
    - trackování
    - skládání a zpracování rozsáhlých počástech snímaných obrazů
Vybrané publikace
  • SVOBODA, David and Vladimír ULMAN. MitoGen: A Framework for Generating 3D Synthetic Time-Lapse Sequences of Cell Populations in Fluorescence Microscopy. IEEE Transactions on Medical Imaging. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, 2017, vol. 36, No 1, p. 310-321. ISSN 0278-0062. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/TMI.2016.2606545. URL info
  • SOROKIN, Dmitry, Igor PETERLÍK, Vladimír ULMAN, David SVOBODA and Martin MAŠKA. Model-Based Generation of Synthetic 3D Time-Lapse Sequences of Motile Cells with Growing Filopodia. Online. In 14th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Melbourne: IEEE, 2017, p. 822-826. ISBN 978-1-5090-1172-8. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2017.7950644. URL info
  • SVOBODA, David, Vladimír ULMAN, Peter KOVÁČ, Barbara ŠALINGOVÁ, Lenka TESAŘOVÁ, Irena KRONTORÁD KOUTNÁ and Petr MATULA. Vascular Network Formation in Silico Using the Extended Cellular Potts Model. In 2016 IEEE International Conference on Image Processing. Piscataway, NJ, USA: IEEE Signal Processing Society, 2016, p. 3180-3183. ISBN 978-1-4673-9961-6. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2016.7532946. URL info
  • ULMAN, Vladimír, David SVOBODA, Matti NYKTER, Michal KOZUBEK and Pekka RUUSUVUORI. Virtual cell imaging: A review on simulation methods employed in image cytometry. Cytometry Part A. John Wiley & Sons, 2016, 89A, No 12, p. 1057-1072. ISSN 1552-4922. Available from: https://dx.doi.org/10.1002/cyto.a.23031. URL info
  • SVOBODA, David, Vladimír ULMAN and Igor PETERLÍK. On Proper Simulation of Chromatin Structure in Static Images As Well As in Time-Lapse Sequences in Fluorescence Microscopy. In Proceedings of 2015 IEEE International Symposium on Biomedical Imaging. Stoughton (WI, USA): Engineering in Medicine and Biology Society, 2015, p. 712-716. ISBN 978-1-4799-2374-8. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/ISBI.2015.7163972. info
  • ULMAN, Vladimír, Zoltán ORÉMUŠ and David SVOBODA. TRAgen: A Tool for Generation of Synthetic Time-Lapse Image Sequences of Living Cells. In Vittorio Murino, Enrico Puppo, Gianni Vernazza. Proceedings of 18th International Conference on Image Analysis and Processing. Heidelberg, Německo: Springer International Publishing, 2015, p. 623-634. ISBN 978-3-319-23230-0. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-319-23231-7_56. info
  • MAŠKA, Martin, Vladimír ULMAN, David SVOBODA, Pavel MATULA, Petr MATULA, Cristina EDERRA, Ainhoa URBIOLA, Tomás ESPAÑA, Subramanian VENKATESAN, Deepak M W BALAK, Pavel KARAS, Tereza BOLCKOVÁ, Markéta ŠTREITOVÁ, Craig CARTHEL, Stefano CORALUPPI, Nathalie HARDER, Karl ROHR, Klas E G MAGNUSSON, Joakim JALDÉN, Helen M BLAU, Oleh DZYUBACHYK, Pavel KŘÍŽEK, Guy M HAGEN, David PASTOR-ESCUREDO, Daniel JIMENEZ-CARRETERO, Maria J LEDESMA-CARBAYO, Arrate MUÑOZ-BARRUTIA, Erik MEIJERING, Michal KOZUBEK and Carlos ORTIZ-DE-SOLORZANO. A Benchmark for Comparison of Cell Tracking Algorithms. Bioinformatics. 2014, vol. 30, No 11, p. 1609-1617. ISSN 1367-4803. Available from: https://dx.doi.org/10.1093/bioinformatics/btu080. URL info
  • SVOBODA, David, Vladimír ULMAN, Luděk MATYSKA, Martin MAŠKA, Ján BELLA and Stanislav STEJSKAL. On Proper Simulation of Phenomena Influencing Image Formation in Fluorescence Microscopy. In 2014 IEEE International Conference on Image Processing. Neuveden: IEEE Signal Processing Society, 2014, p. 3944-3948. ISBN 978-1-4799-5750-7. Available from: https://dx.doi.org/10.1109/ICIP.2014.7025801. URL info
  • SVOBODA, David and Vladimír ULMAN. Towards a Realistic Distribution of Cells in Synthetically Generated 3D Cell Populations. In Alfredo Petrosino. 17th International Conference on Image Analysis and Processing - ICIAP 2013. LNCS 8157, Part II. Berlin, Heidelberg: Springer-Verlag, 2013, p. 429-438. ISBN 978-3-642-41183-0. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-41184-7_44. info
  • SVOBODA, David and Vladimír ULMAN. Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy. In Campilho, Aurélio; Kamel, Mohamed. Proceedings of 9th International Conference on Image Analysis and Recognition. LNCS 7325, Part II. Heidelberg: Springer-Verlag, 2012, p. 473-482. ISBN 978-3-642-31297-7. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-31298-4_56. info
  • ULMAN, Vladimír. Boundary Treatment for Young-van Vliet Recursive Zero-Mean Gabor Filtering. EURASIP Journal on Advances in Signal Processing. NEW YORK (USA): HINDAWI PUBLISHING CORPORATION, 2011, vol. 2011, ID 234090, p. 1-9. ISSN 1687-6172. Available from: https://dx.doi.org/10.1155/2011/234090. doprovodná webová stránka info
  • ULMAN, Vladimír and David SVOBODA. Tool for Generation of Synthetic Image Datasets for Time-Lapse Fluorescence Microscopy. In 11th European Light Microscopy Initiative (ELMI) meeting. 2011. Odkaz na prezentovaný nástroj. info
  • ULMAN, Vladimír. Filtering with Anisotropic 3D Gabor Filter Bank Efficiently Computed with 1D Convolutions without Interpolation. In Proceedings of the Seventh IASTED International Conference on Signal Processing, Pattern Recognition and Applications. Calgary: ACTA Press, 2010, p. 33-42. ISBN 978-0-88986-823-6. související webová prezentace info
  • ULMAN, Vladimír. Improving Accuracy of Optical Flow of Heeger's Original Method on Biomedical Images. In Proceedings of the 7th International Conference on Image Analysis and Recognition, ICIAR 2010. Povoa de Varzim (Portugal): Springer, 2010, p. 263-273. ISBN 978-3-642-13771-6. Available from: https://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-13772-3_27. URL info
  • HUBENÝ, Jan, Vladimír ULMAN and Pavel MATULA. Estimating Large Local Motion in Live-Cell Imaging Using Variational Optical Flow. In VISAPP 2007 Second International Conference On Computer Vision Theory And Applications, Proceedings. Portugal: INSTICC PRESS, 2007, p. 542-548. ISBN 978-972-8865-74-0. info
  • VAŘECHA, Miroslav, Jana AMRICHOVÁ, Michal ZIMMERMANN, Vladimír ULMAN, Emilie LUKÁŠOVÁ and Michal KOZUBEK. Bioinformatic and image analyses of the cellular localization of the apoptotic proteins endonuclease G, AIF, and AMID during apoptosis in human cells. Apoptosis. USA: Springer Science, 2007, vol. 12, No 7, p. 1155-1171. ISSN 1360-8185. info
  • ULMAN, Vladimír and Jan HUBENÝ. Pseudo-real Image Sequence Generator for Optical Flow Computations. In Proceedings of 15th Scandinavian Conference on Image Analysis. LNCS 4522. Heidelberg: Springer, 2007, p. 976-985. ISBN 978-3-540-73039-2. info
  • SKALNÍKOVÁ, Magdalena, Eva BÁRTOVÁ, Vladimír ULMAN, Petr MATULA, David SVOBODA, Andrea HARNIČAROVÁ, Michal KOZUBEK and Stanislav KOZUBEK. Distinct patterns of histone methylation and acetylation in human interphase nuclei. Physiological Research. Prague: Czech Academy of Sciences, 2007, vol. 56, No 6, p. 797-806. ISSN 0862-8408. info
  • ULMAN, Vladimír. Mosaicking of High-resolution Biomedical Images Acquired from Wide-field Optical Microscope. In Proceedings of the 3rd European Medical and Biological Engineering Conference EMBEC'05. Praha: IFMBE Proceedings Series, vol. 11, 2005, p. 1-5. ISSN 1727-1983. info

2017/09/04

Životopis: RNDr. Vladimír Ulman, Ph.D. (učo 4203), verze: čeština(5), změněno: 4. 9. 2017 09:41, V. Ulman

Another Variant: English(1)